What platform are you using (eg, mac?). Can you send the recon-all.log file? Can you verify that the file actually exists and that you have read permissions?

On 9/3/2021 4:52 AM, Szulia Agata wrote:
        External Email - Use Caution        

        External Email - Use Caution        

Hi,

I have a problem with running recon-all on some subjects. Mostly, it does exit without errors, however sometimes it exits with "ERROR: Label BA1_exvivo does not exist in SUBJECTS_DIR fsaverage! The fsaverage link probably points to an older freesurfer version”. I have only one version of fs installed - 7.2.0. Does anyone know why does it happen and how to proceed with recon-all in such cases?

I attach recon-all log files.

Thank you very much for your help,
Agata

Klauzula poufności. Ta wiadomość pocztowa i wszelkie załączone do niej pliki są poufne i podlegają ochronie prawnej. Jeśli nie jesteś jej prawidłowym adresatem, jakiekolwiek wykorzystanie w tym zapoznanie się z treścią przesłanych informacji, jej ujawnienie, reprodukcja, dystrybucja lub inne rozpowszechnienie, są ściśle zabronione. Jeśli otrzymał/a Pan/i niniejszy przekaz wskutek błędu, proszę o niezwłocznie powiadomienie nadawcy i usunięcie otrzymanych informacji. Kontakt: Uniwersytet Medyczny w Łodzi, 90–419 Łódź, Al. Kościuszki 4, Rektorat – Centrala, Tel. 42 272 59 66 umed.lodz.pl Confidentiality Notice - This e-mail is confidential, may be legally privileged. If you are not the intended recipient, you may not use, disclosure, distribute, copy, print or rely on this e-mail. If you received this e-mail in error, please notify the sender and delete the material from any computer.Contact:Medical University of Lodz, 90–419 Lodz, POLAND, 4 Kosciuszki Avenue, Rector’s Office, phone 0048 42 272 59 66 umed.lodz.pl


_______________________________________________
Freesurfer mailing list
Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
https://secure-web.cisco.com/1VU8Z-St2juYdzoDyFBCfVOITguLFIKT-OqLUXBT92Sc5HSGk3pCCF6cXCN82QlMZ00aDZiZvSYtSM4g1t5HYPBsQT7tRaBwdB9bWaAPA7pJYkCY2Ceeg8sebyWD2mmdhEeY69-iZwfpYdBxEOxWV43glcLgmShcyI_1WVHe6ltbGi-4MSxKNzEN1SFzzq3s79XLn7GynMNzNy3RYcjMUXlbciL3RHtZfIPF3t4J5dyFQxbmcQSDwYItjMeglZShS/https%3A%2F%2Fmail.nmr.mgh.harvard.edu%2Fmailman%2Flistinfo%2Ffreesurfer