Hi experts,
 
A quick question: I  installed FS 5.1 a month ago, should I replace with this recon-all file and run it with flag -clean-tal in the future? why the steps have to be switched?
 
 
Thanks!
 
2012-04-19
Chunhui Chen
_________________
 
State Key Laboratory of Cognitive Neuroscience and Learning
Beijing Normal University
Beijing, China 100875
发件人： Nick Schmansky
发送时间： 2012-04-17  22:53:40
收件人： Ed Gronenschild
抄送： freesurfer
主题： Re: [Freesurfer] How to switch order of Talairach and nu-correctionstages in recon-all
Ed,
email probably trounced it.  recon-all is a text file.  attached is a
gzipped version.  use gunzip to unpack it.
N.
On Tue, 2012-04-17 at 16:45 +0200, Ed Gronenschild wrote:
> Hi Nick,
> 
> It does not work properly, it only produces an error message,
> even with no option at all:
> 
> 'nknown option: '-
> Usage: tcsh [ -bcdefilmnqstvVxX ] [ argument ...].
> 
> Ed
> 
> On 17 Apr 2012, at 16:28, Nick Schmansky wrote:
> 
> > a modified recon-all is attached.  it will run nu_correct prior to the
> > talairach stage, as will be the case with v5.2.  so you can just run:
> >
> > recon-all -s subjid -all -clean-tal
> >
> > n.
> >
> >
> > On Tue, 2012-04-17 at 08:58 +0200, Ed Gronenschild wrote:
> >> Hi Nick,
> >>
> >> The option -talairach-nu is not recognized in version v5.1.0.
> >>
> >> How can I proceed now?
> >>
> >> Ed
> >>
> >> On 16 Apr 2012, at 17:32, Nick Schmansky wrote:
> >>
> >>> Ed,
> >>>
> >>> Hi, no there is not an option to switch them.  The nu correct  
> >>> stage in
> >>> 5.1 needs the talairach to run.
> >>>
> >>> However, if your intent is to get a better talairach result by
> >>> using the
> >>> nu corrected input (as it did prior to v5.1), then you can do the
> >>> following:
> >>>
> >>> recon-all -s subjid -motioncor -talairach -nuintensitycor
> >>>
> >>> then run:
> >>>
> >>> recon-all -s subjid -all -talairach-nu -clean-tal
> >>>
> >>> on the second run, it will use the nu.mgz in the talairach stage.
> >>>
> >>> Note that in the next version, v5.2, one iteration of nu_correct
> >>> will be
> >>> run prior to the talairach stage to use as input to the talairach
> >>> stage,
> >>> in order to get the better talairach results that people were seeing
> >>> prior to v5.1.  it will still run the current nu_correct stage to
> >>> create
> >>> nu.mgz (the nu used in talairach gets discarded).
> >>>
> >>> Nick
> >>>
> >>>
> >>>
> >>> On Mon, 2012-04-16 at 09:10 +0200, Ed Gronenschild wrote:
> >>>> Hi,
> >>>>
> >>>> As of version 5.1 the Talairach stage precedes the nu-correction
> >>>> stage.
> >>>> Is there an option or possibility to switch this order?
> >>>>
> >>>> Cheers,
> >>>> Ed
> >>>> _______________________________________________
> >>>> Freesurfer mailing list
> >>>> Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
> >>>> https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
> >>>>
> >>>>
> >>>
> >>>
> >>>
> >>>
> >>> The information in this e-mail is intended only for the person to
> >>> whom it is
> >>> addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and
> >>> the e-mail
> >>> contains patient information, please contact the Partners
> >>> Compliance HelpLine at
> >>> http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to
> >>> you in error
> >>> but does not contain patient information, please contact the sender
> >>> and properly
> >>> dispose of the e-mail.
> >>
> >>
> >
> > <recon-all>
> 
> 
_______________________________________________
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