I believe if you simply run:

$> recon-all -i /volumetric/Case018/case018_tp2/22-1.dcm -subject
case018_tp2 -all

You should be all set. You do not need to type any of the following commands:

> clear
> cd  /volumetric
> ln -s /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage


-Zeke

> Zeke,
>
> I created another directory named "volumetric" and put my data under it.
> To final check before running the recon-all, here is the info from
> terminal:
> -------- freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v5.3.0 --------
> Setting up environment for FreeSurfer/FS-FAST (and FSL)
> FREESURFER_HOME   /usr/local/freesurfer
> FSFAST_HOME       /usr/local/freesurfer/fsfast
> FSF_OUTPUT_FORMAT nii.gz
> SUBJECTS_DIR      /usr/local/freesurfer/subjects
> MNI_DIR           /usr/local/freesurfer/mni
> ubuntu:~> cd /volumetric
> ubuntu:/volumetric> ls
> Case018  Case022
>
>
> and I'm going to run this:
>
> #!/bin/tcsh
>
> clear
> cd  /volumetric
> ln -s /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage
>
> recon-all -i /volumetric/Case018/case018_tp2/22-1.dcm -subject
> case018_tp2
> -all
>
> On Fri, Sep 19, 2014 at 1:24 PM, <zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
>
>> Mahmoud,
>>
>> If I recall correctly, your on a virtual machine with the
>> /mnt/hgfs/mydata
>> directory being a shared directory, and you werent able to write to it
>> when running recon-all.
>>
>> So, what you want to do is create another directory within your virtual
>> machine that holds your subjects data. You will still need the
>> $FREESURFER_HOME/subjects directory because that directory contains
>> files
>> required by recon-all, so you will have a separate directory which
>> contains your subjects.
>>
>> You should not be creating symlinks or anything like that.
>>
>> Just restore the fsaverage directory from the link I sent you back into
>> $FREESURFER_HOME/subjects, put your subject data somewhere else in the
>> VM,
>> and run recon-all with the correct arguments.
>>
>> -Zeke
>>
>>
>> > yes, that is true. If it's already there the symlink will fail. You
>> > should be able to rm it if it is there an incorrect (or leave it if it
>> is
>> > there and correct)
>> > On Fri, 19 Sep 2014, Mahmoud wrote:
>> >
>> >> Bruce and Zeke,
>> >> Thank you so much for your advice.
>> >> The last question before running the recon again. if I say:

>> >> cd  /mnt/hgfs/mydata
>> >> ln -s /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage
>> >>
>> >> It means that I shouldn't already have the fsaverage under /mydata
>> >> directory, right ?
>> >>
>> >> Mahmoud
>> >>
>> >> On Fri, Sep 19, 2014 at 12:09 PM, Bruce Fischl
>> >> <fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
>> >> wrote:
>> >>       the easiest thing to do is:
>> >>
>> >>       cd  /mnt/hgfs/mydata
>> >>       ln -s /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage
>> >>
>> >>
>> >>       then you don't have to worry about source and target. It will
>> >>       implicitly create the symlink in $PWD
>> >>
>> >>       cheers
>> >>       Bruce
>> >>       On Fri, 19 Sep 2014, Mahmoud wrote:
>> >>
>> >>             Bruce,
>> >>
>> >>             By "symlink from your /mnt/hgfs/mydata/fsaverage to
>> >>             /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage" you mean
>> >>             "ln -s
>> >>             /mnt/hgfs/mydata/fsaverageÂ
>> >>             /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage" ?
>> >>             which fsaverage is the target ?
>> >>
>> >>             Thanks,
>> >>             Mahmoud
>> >>
>> >>             On Fri, Sep 19, 2014 at 9:50 AM, Mahmoud
>> >>             <zeydabadi@gmail.com> wrote:
>> >>             Ã‚      Bruce,
>> >>             Thank you for your follow up and advice. Please let
>> >>             me know:
>> >>             1- How to download the fsaverage again?
>> >>             2- should I do the symlink manually or it will be
>> >>             done by recon-all
>> >>             later ?
>> >>             3- What steps should I take before running the
>> >>             recon-all -all ? should
>> >>             I create any specific directory? set any permission
>> >>             ?
>> >>
>> >>             Best,
>> >>             Mahmoud
>> >>
>> >>             On Fri, Sep 19, 2014 at 9:41 AM, Bruce Fischl
>> >>             <fischl@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
>> >>             Ã‚      yes, you symlinked it to itself which is why
>> >>             you are
>> >>             Ã‚      getting the infinite recursion error. You
>> need
>> >>             to delete
>> >>             Ã‚      /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage
>> >>
>> >>             Ã‚      and download the fsaverage dir again, put it
>> >>             in that
>> >>             Ã‚      directory, then symlink from your
>> >>             Ã‚      /mnt/hgfs/mydata/fsaverage to
>> >>             Ã‚      /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage
>> >>
>> >>             Ã‚      cheers
>> >>             Ã‚      Bruce
>> >>             Ã‚      On Fri, 19 Sep 2014, Mahmoud wrote:
>> >>
>> >>             Ã‚            Bruce,
>> >>
>> >>             Ã‚            I already had my data in a shared
>> folder
>> >>             Ã‚            (/mnt/hgfs/mydata) but I got the
>> >>             Ã‚            permission error the same point
>> that I
>> >>             got the
>> >>             Ã‚            symlink error lastly. So, I
>> >>             Ã‚            tought that might be due to
>> something
>> >>             related
>> >>             Ã‚            to shared directory.
>> >>             Ã‚            Then I copied my subjects under
>> the
>> >>             Ã‚            $SUBJECTS_DIR but got the symlink
>> error.
>> >>
>> >>             Ã‚            running ls -l
>> >>             /usr/local/freesurfer/subjects
>> >>             Ã‚            /fsaverage  shows me this:
>> >>
>> >>             Ã‚            lrwxrwxrwx 1 mahmoud mahmoud 40
>> Sep 18
>> >>             20:23
>> >>             Ã‚          Â
>> /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage
>> >>             ->
>> >>             Ã‚          Â
>> /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage
>> >>
>> >>             Ã‚            Thank you,
>> >>             Ã‚            Mahmoud
>> >>
>> >>
>> >>             Ã‚            On Fri, Sep 19, 2014 at 9:23 AM,
>> Bruce
>> >>             Fischl
>> >>             Ã‚            <fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
>> >>             Ã‚            wrote:
>> >>             Ã‚                  the  directory
>> >>             Ã‚            /usr/local/freesurfer/subjects is
>> for
>> >>             subjects
>> >>             Ã‚                  that we distribute
>> and NOT where
>> >>             you
>> >>             Ã‚            should be putting your
>> >>             Ã‚                  subject data. Is that
>> what you
>> >> are
>> >>             Ã‚            doing? You may have
>> >>             Ã‚                  overwritten the
>> fsaverage dir
>> >>             there. Can
>> >>             Ã‚            you run:
>> >>
>> >>             Ã‚                  ls -l
>> >>             Ã‚          Â
>> /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage
>> >>
>> >>             Ã‚                  and send us the
>> results?
>> >>
>> >>             Ã‚                  you should create a
>> directory
>> >>             elsewhere
>> >>             Ã‚            with your subject data
>> >>             Ã‚                  and point
>> SUBJECTS_DIR at it
>> >>
>> >>             Ã‚                  cheers
>> >>             Ã‚                  Bruce
>> >>
>> >>             Ã‚                  On Fri, 19 Sep 2014,
>> Mahmoud
>> >>             wrote:
>> >>
>> >>             Ã‚                        Bruce,
>> >>
>> >>             Ã‚                        Here is
>> the info when I
>> >> open
>> >>             a new
>> >>             Ã‚            terminal:
>> >>
>> >>             Ã‚                        --------
>> >>             Ã‚                      Â
>> >>             Ã‚          Â
>> >>             freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v5.3.0
>> >>             Ã‚                        --------
>> >>             Ã‚                        Setting
>> up environment
>> >> for
>> >>             Ã‚            FreeSurfer/FS-FAST (and
>> >>             Ã‚                        FSL)
>> >>             Ã‚                      Â
>> FREESURFER_HOMEÂ Â
>> >>             Ã‚            /usr/local/freesurfer
>> >>             Ã‚                      Â
>> FSFAST_HOMEÂ Â Â Â Â Â
>> >>             Ã‚            /usr/local/freesurfer/fsfast
>> >>             Ã‚                      Â
>> FSF_OUTPUT_FORMAT nii.gz
>> >>             Ã‚                      Â
>> SUBJECTS_DIRÂ Â Â Â Â
>> >>             Ã‚            /usr/local/freesurfer/subjects
>> >>             Ã‚                      Â
>> >> MNI_DIRÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> >>             Ã‚            /usr/local/freesurfer/mni
>> >>             Ã‚                      Â
>> ubuntu:~>
>> >>
>> >>             Ã‚                        On Fri,
>> Sep 19, 2014 at
>> >> 8:56
>> >>             AM,
>> >>             Ã‚            Bruce Fischl
>> >>             Ã‚                      Â
>> >> <fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
>> >>             Ã‚                        wrote:
>> >>             Ã‚                          Â
>>   can you tell us
>> >> what
>> >>             your
>> >>             Ã‚            FREESURFER_HOME is
>> >>             Ã‚                        and what
>> your
>> >>             Ã‚                          Â
>>   SUBJECTS_DIR
>> >> is? You
>> >>             will
>> >>             Ã‚            need to remove the
>> >>             Ã‚                        broken
>> link
>> >>             Ã‚                          Â
>>   probably
>> >>
>> >>             Ã‚                          Â
>>   On Fri, 19 Sep
>> >> 2014,
>> >>             Mahmoud
>> >>             Ã‚            wrote:
>> >>
>> >>             Ã‚                          Â
>>         Hi
>> >> Bruce,
>> >>
>> >>             Ã‚                          Â
>>       Â
>> >> Actually I
>> >>             couldn't.
>> >>             Ã‚            It says: ls: cannot
>> >>             Ã‚                        access
>> >>             Ã‚                          Â
>>       Â
>> >>             Ã‚                      Â
>> >>             Ã‚          Â
>> >>             /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage: Too
>> >>             Ã‚            many
>> >>             Ã‚                          Â
>>         levels
>> >> of
>> >>             symbolic
>> >>             Ã‚            links
>> >>             Ã‚                          Â
>>         And
>> >> even I
>> >>             couldn't cd
>> >>             Ã‚            to fsaverage !
>> >>             Ã‚                          Â
>>         In
>> >> fact there is
>> >>             no
>> >>             Ã‚            directory  under
>> >>             Ã‚                      Â
>> SUBJETCS_DIR
>> >>             Ã‚                          Â
>>         named
>> >> fsaverage,
>> >>             it
>> >>             Ã‚            seems
>> >>             Ã‚                          Â
>>         the
>> >> fsaverage
>> >>             under
>> >>             Ã‚            SUBJETCS_DIR is just
>> >>             Ã‚                        a broken
>> >>             Ã‚                          Â
>>         link,
>> >> and I have
>> >>             no
>> >>             Ã‚            idea
>> >>             Ã‚                          Â
>>         why
>> >> the the link
>> >>             is
>> >>             Ã‚            broken and how to
>> >>             Ã‚                        fix it.
>> >>             Ã‚                          Â
>>         Any
>> >> help would
>> >>             be
>> >>             Ã‚            highly appreciated !
>> >>
>> >>             Ã‚                          Â
>>         Thank
>> >> you,
>> >>             Ã‚                          Â
>>       Â
>> >> Mahmoud
>> >>
>> >>
>> >>             Ã‚                          Â
>>         On
>> >> Fri, Sep 19,
>> >>             2014
>> >>             Ã‚            at 8:21 AM, Bruce
>> >>             Ã‚                        Fischl
>> >>             Ã‚                          Â
>>       Â
>> >>             Ã‚            <fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
>> >>             Ã‚                          Â
>>         wrote:
>> >>             Ã‚                          Â
>>           Â
>> >>   Hi Mahmoud
>> >>
>> >>             Ã‚                          Â
>>           Â
>> >>   were you
>> >>             able to
>> >>             Ã‚            create a symlink
>> >>             Ã‚                        to
>> fsaverage
>> >>             Ã‚                          Â
>>         in
>> >> your
>> >>             Ã‚                          Â
>>           Â
>> >> Â
>> >>             SUBJECTS_DIR? If
>> >>             Ã‚            not, that is the
>> >>             Ã‚                        reason
>> for
>> >>             Ã‚                          Â
>>         this
>> >> error
>> >>             Ã‚                          Â
>>           Â
>> >>   Bruce
>> >>
>> >>             Ã‚                          Â
>>           Â
>> >>   On Thu, 18
>> >>             Sep
>> >>             Ã‚            2014, Mahmoud
>> >>             Ã‚                        wrote:
>> >>
>> >>             Ã‚                          Â
>>           Â
>> >>         Dear
>> >>             all,
>> >>
>> >>             Ã‚                          Â
>>           Â
>> >>       Â
>> >>             After
>> >>             Ã‚            running "recon-all -i
>> >>             Ã‚                          Â
>>           Â
>> >>       Â
>> >>             Ã‚                          Â
>>       Â
>> >>             Ã‚                      Â
>> >>             Ã‚          Â
>> >>             $SUBJECTS_DIR/Case018/case018_tp2/22-1.dcm
>> >>             Ã‚                          Â
>>           Â
>> >>       Â
>> >>             -subject
>> >>             Ã‚            case018_tp2 -all"
>> >>             Ã‚                        I'm
>> always
>> >>             Ã‚                          Â
>>       Â
>> >> getting the
>> >>             Ã‚                          Â
>>           Â
>> >>       Â
>> >>             following
>> >>             Ã‚            error and really
>> >>             Ã‚                          Â
>>           Â
>> >>       Â
>> >>             don't know
>> >>             Ã‚            how to fix.Â
>> >>
>> >>             Ã‚                          Â
>>           Â
>> >>       Â
>> >>             Could
>> >>             Ã‚            anybody please help
>> >>             Ã‚                        me. The
>> >>             Ã‚                          Â
>>       Â
>> >> recon-all.log
>> >>             file
>> >>             Ã‚                          Â
>>           Â
>> >>         is
>> >>             Ã‚            attached.
>> >>
>> >>             Ã‚                          Â
>>           Â
>> >>       Â
>> >>             Thank you,
>> >>             Ã‚                          Â
>>           Â
>> >>       Â
>> >>             Mahmoud
>> >>
>> >>             Ã‚                          Â
>>           Â
>> >>       Â
>> >>             Reporting
>> >>             Ã‚            on  70
>> >>             Ã‚                      Â
>> segmentations
>> >>             Ã‚                          Â
>>           Â
>> >>       Â
>> >>             Ã‚            mri_segstats done
>> >>             Ã‚                          Â
>>           Â
>> >>       Â
>> >>             Ã‚                          Â
>>       Â
>> >>             Ã‚                      Â
>> >>             Ã‚          Â
>> >>             /usr/local/freesurfer/subjects/case018_tp2/label
>> >>             Ã‚                          Â
>>           Â
>> >>       Â
>> >>             Ã‚                          Â
>>       Â
>> >>             Ã‚                      Â
>> >>             Ã‚          Â
>> >>             #--------------------------------------------
>> >>             Ã‚                          Â
>>           Â
>> >>         #@#
>> >>             BA
>> >>             Ã‚            Labels lh Thu Sep 18
>> >>             Ã‚                        20:23:27
>> EDT
>> >>             Ã‚                          Â
>>         2014
>> >>             Ã‚                          Â
>>           Â
>> >>       Â
>> >>             INFO:
>> >>             Ã‚            fsaverage subject does
>> >>             Ã‚                        not
>> exist
>> >>             Ã‚                          Â
>>         in
>> >>             Ã‚                          Â
>>           Â
>> >>       Â
>> >>             Ã‚            SUBJECTS_DIR
>> >>             Ã‚                          Â
>>           Â
>> >>       Â
>> >>             INFO:
>> >>             Ã‚            Creating symlink to
>> >>             Ã‚                      Â
>> fsaverage
>> >>             Ã‚                          Â
>>       Â
>> >> subject...
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>> >>             Ã‚            levels of symbolic
>> >>             Ã‚                        links
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>>         file
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>> >>             Ã‚            = surface
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>> >>             Ã‚            = white
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>> >>             Ã‚            = sphere.reg
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>> >>             Ã‚            = sphere.reg
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>> >>         Use
>> >>             Ã‚            ProjAbs  = 0, 0
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>>           Â
>> >>         Use
>> >>             Ã‚            ProjFrac = 0, 0
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>> >>             Ã‚                          Â
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>> >>             Ã‚                      Â
>> /usr/local/freesurfer
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>> >>             /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage/label/lh.BA1.label
>> >>             Ã‚                          Â
>>           Â
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>> >>             Ã‚            ubuntu
>> >>             Ã‚                      Â
>> 3.13.0-35-generic
>> >>             Ã‚                          Â
>>       Â
>> >> #62-Ubuntu SMP
>> >>             Fri
>> >>             Ã‚                          Â
>>           Â
>> >>         Aug
>> >>             15
>> >>             Ã‚            01:58:42 UTC 2014
>> >>             Ã‚                          Â
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>> >>             x86_64
>> >>             Ã‚            x86_64 x86_64
>> >>             Ã‚                      Â
>> GNU/Linux
>> >>
>> >>             Ã‚                          Â
>>           Â
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>> >>             Ã‚            -s case018_tp2
>> >>             Ã‚                        exited
>> with
>> >>             Ã‚                          Â
>>         ERRORS
>> >> at Thu
>> >>             Ã‚                          Â
>>           Â
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>> >>             Ã‚            20:23:27 EDT 2014
>> >>
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>>           Â
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>> >>             Ã‚                      Â
>> >>             Ã‚          Â
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>>  /usr/local/freesurfer/subjects/case018_tp2/scripts/recon-all.log
>> >>
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>>       Â
>> >> Freesurfer
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>> >>             Ã‚            list
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>>       Â
>> >>             Ã‚                      Â
>> >>             Ã‚          Â
>> >>
>> https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>> >>
>> >>
>> >>             Ã‚                          Â
>>         The
>> >> information
>> >>             in
>> >>             Ã‚            this e-mail is
>> >>             Ã‚                        intended
>> only for
>> >>             Ã‚                          Â
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>>         you in
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>>         e-mail
>> >>             Ã‚                          Â
>>       Â
>> >> contains patient
>> >>             Ã‚            information, please
>> >>             Ã‚                        contact
>> the
>> >>             Ã‚                          Â
>>       Â
>> >> Partners
>> >>             Compliance
>> >>             Ã‚                          Â
>>       Â
>> >> HelpLine at
>> >>             Ã‚                          Â
>>       Â
>> >>             Ã‚          Â
>> http://www.partners.org/complianceline .
>> >>             Ã‚                        If the
>> >>             Ã‚                          Â
>>         e-mail
>> >> was sent
>> >>             to you
>> >>             Ã‚                          Â
>>         in
>> >> error
>> >>             Ã‚                          Â
>>         but
>> >> does not
>> >>             contain
>> >>             Ã‚            patient
>> >>             Ã‚                      Â
>> information, please
>> >>             Ã‚                          Â
>>       Â
>> >> contact the
>> >>             sender
>> >>             Ã‚                          Â
>>         and
>> >> properly
>> >>             Ã‚                          Â
>>       Â
>> >> dispose of the
>> >>             e-mail.
>> >>
>> >>
>> >>
>> >>
>> >>             Ã‚                      Â
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>> Freesurfer mailing list
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>> >>             Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
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>> >>             Ã‚          Â
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>> https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>> >>
>> >>
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>> information in this
>> >>             e-mail is
>> >>             Ã‚            intended only for
>> >>             Ã‚                        the
>> person to whom
>> >>             Ã‚                        it is
>> >>             Ã‚                      Â
>> addressed. If you
>> >> believe
>> >>             this
>> >>             Ã‚            e-mail was sent to
>> >>             Ã‚                        you in
>> error and the
>> >>             Ã‚                        e-mail
>> >>             Ã‚                        contains
>> patient
>> >>             information,
>> >>             Ã‚            please contact the
>> >>             Ã‚                        Partners
>> Compliance
>> >>             Ã‚                        HelpLine
>> at
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>> >>             Ã‚          Â
>> http://www.partners.org/complianceline .
>> >>             If
>> >>             Ã‚            the
>> >>             Ã‚                        e-mail
>> was sent to you
>> >>             Ã‚                        in error
>> >>             Ã‚                        but does
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>> >> patient
>> >>             Ã‚            information, please
>> >>             Ã‚                        contact
>> the sender
>> >>             Ã‚                        and
>> properly
>> >>             Ã‚                        dispose
>> of the e-mail.
>> >>
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>> >>
>> >>
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>> >>             Ã‚            it is
>> >>             Ã‚            addressed. If you believe this
>> e-mail
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>> >>             Ã‚            e-mail
>> >>             Ã‚            contains patient information,
>> please
>> >>             contact
>> >>             Ã‚            the Partners Compliance
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>> http://www.partners.org/complianceline .
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>> >>             Ã‚            in error
>> >>             Ã‚            but does not contain patient
>> >>             information,
>> >>             Ã‚            please contact the sender
>> >>             Ã‚            and properly
>> >>             Ã‚            dispose of the e-mail.

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>> >>             The information in this e-mail is intended only for
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>> >>             you in error
>> >>             and the e-mail
>> >>             contains patient information, please contact the
>> >>             Partners
>> >>             Compliance HelpLine at
>> >>             http://www.partners.org/complianceline . If the
>> >>             e-mail was sent
>> >>             to you in error
>> >>             but does not contain patient information, please
>> >>             contact the
>> >>             sender and properly
>> >>             dispose of the e-mail.
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>> >>
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>> >> Freesurfer mailing list
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>> >>
>> >>
>> >> The information in this e-mail is intended only for the person to
>> whom
>> >> it is
>> >> addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and
>> the
>> >> e-mail
>> >> contains patient information, please contact the Partners Compliance
>> >> HelpLine at
>> >> http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to
>> you
>> >> in error
>> >> but does not contain patient information, please contact the sender
>> >> and properly
>> >> dispose of the e-mail.
>> >>
>> >>
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