Dear Doug,
Thanks for your kindhearted help, Doug.
I upload the standard output and error message file named "unpack_log", and the unpack log file named unpack.log in the attachment.
Thanks in advance.
All the best.
 
2013-12-18
Rujing Zha
发件人：Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu>
发送时间：2013-12-18 00:51
主题：Re: [Freesurfer] unpacksdcmdir: specifies unpacking rules from the command-line ERROR
收件人："Rujing Zha"<charujing123@163.com>
抄送："freesurfer"<freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
 
 
Is that all it says? Can you send the log file? 
 
On 12/16/2013 10:00 PM, Rujing Zha wrote: 
> Hi Doug, 
> Thanks Doug. 
> I tried the "-run 15" option, it generate a "015" folder. However  
> unpacksdcmdir code echo ERROR message: 
> "ERROR:mri_convert 
> child killed: segmentation violation   ", 
> and the script terminated. 
> All the best. 
> 2013-12-17 
> ------------------------------------------------------------------------ 
> /Rujing Zha/ 
> ------------------------------------------------------------------------ 
> *发件人：*Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu> 
> *发送时间：*2013-12-17 02:56 
> *主题：*Re: [Freesurfer] unpacksdcmdir: specifies unpacking rules from  
> the command-line ERROR 
> *收件人：*"freesurfer"<freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> 
> *抄送：* 
> If you passed "-run 015" it should have generated a 015 folder and not a 
> 013 folder. The only thing I can think may have gone wrong is that it 
> expected 15 instead of 015. 
> doug 
> On 12/16/2013 09:24 AM, Bruce Fischl wrote: 
> > sorry, I don't know that code very well. Doug is probably the right 
> > one to help you 
> > Bruce 
> > 
> > 
> > On Mon, 16 Dec 2013, Rujing Zha wrote: 
> > 
> >> Dear Bruce, 
> >> I did setup the "-run 015" not "013" in unpacksdcmdir as I told in 
> >> previous 
> >> message. But it generated the "013" folder automatically after running 
> >> unpacksdcdir, which made me so confused. 
> >> As it created the "013" folder, I guess unpacksdcmdir didnot recognized  
> 
> >> structure image correctly which was in the "15th" line of the scan.info.  
> 
> >> Thanks Bruce. 
> >> All the best. 
> >> 
> >> 2013-12-16 
> >> 
> >> ____________________________________________________________________________  
> 
> >> 
> >> Rujing Zha 
> >> 
> >> ____________________________________________________________________________  
> 
> >> 
> >> 发件 人：Bruce Fischl <fischl@nmr.mgh.harvard.edu> 
> >> 发送时间：2013-12-16 22:12 
> >> 主  
> 题：Re: [Freesurfer] unpacksdcmdir: specifies unpacking rules from the 
> >> command-line ERROR 
> >> 收件人："Rujing Zha"<charujing123@163.com> 
> >> 抄 送："freesurfer"<freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> 
> >> 
> >> but why are you giving recon-all the path to run 013 instead of 015? I 
> >> don't know the fsfast file structure, but your scan.info says that 
> >> 013 is 
> > ?? ?an EPI fun and 015 is the mprage 
> >> 
> >> On Sat, 
> >> 14 Dec 2013, Rujing Zha wrote: 
> >> 
> >> > Hi Bruce, 
> >> > It generated a 013 subfolder in after running this code "unpacksdcmdir  
> 
> >> > -src ../data/liujunhao -targ ../work/liujunhao -fsfast -run 015 
> >> 3danat mg 
> >> z 
> >> > 001.mgz". It is 15 that I can see the number of 
> >> t1_mpr_ns_sag_iso_zhang 
> > ?? ?in 
> >> > the unpack.log. 
> >> > Then I ran "recon-all -i ../work/liujunhao/3danat/013/001.mgz -s 
> >> liujunha 
> >> o", 
> >> > and it finished without error. 
> >> > "recon-all -s liujunhao -all" was run and ERROR would be displayed: 
> >> > ERROR: input(s) cannot have multiple frames! 
> >> > The recon-all.log unpack.log and scan.info were unloaded in the 
> >> attachmen 
> >> t. 
> >> > Thanks. 
> >> > All the best. 
> >> > 
> >> > 2013-12-14 
> >> > 
> >> > 
> >> _________________________________________________________________________  
> 
> >> 
> >> ___ 
> >> > Rujing Zha 
> >> > 
> >> > 
> >> _______________________________________________ 
> >> Freesurfer mailing list 
> >> Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu 
> >> https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer 
> >> 
> >> 
> >> The information in this e-mail is intended only for the person to 
> >> whom it i 
> >> s 
> >> addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and 
> >> the e-ma 
> >> il 
> >> contains patient information, please contact the Partners Compliance 
> >> HelpLi 
> >> ne at 
> >> http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to 
> >> you in e 
> >> rror 
> >> but does not contain patient information, please contact the sender 
> >> and pro 
> >> perly 
> >> dispose of the e-mail. 
> >> 
> >> 
> >> 
> > 
> > 
> > _______________________________________________ 
> > Freesurfer mailing list 
> > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu 
> > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer 
> --  
> Douglas N. Greve, Ph.D. 
> MGH-NMR Center 
> greve@nmr.mgh.harvard.edu 
> Phone Number: 617-724-2358 
> Fax: 617-726-7422 
> Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting 
> FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2 
> www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html 
> Outgoing: ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/ 
> _______________________________________________ 
> Freesurfer mailing list 
> Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu 
> https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer 
 
--  
Douglas N. Greve, Ph.D. 
MGH-NMR Center 
greve@nmr.mgh.harvard.edu 
Phone Number: 617-724-2358 
Fax: 617-726-7422 
 
Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting 
FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2 
www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html 
Outgoing: ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/ 
 
_______________________________________________ 
Freesurfer mailing list 
Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu 
https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer