Hi Doug

Well, now that is very odd...
yes, when I use my minc viewer (see previous email image attached) I see 0 and 1...

So, something is happening in the conversion of the .mnc

best

Trisanna

--

Ph.D. Candidate

McGill University

Integrated Program in Neuroscience

Psychology

On Mon, Nov 7, 2016 at 4:38 PM, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:

I did not see binary values. The values were 255 in the mnc volume. The
caveat here is that I can only read it in using FS, so if there is
something burried in the FS code that causes the values to change from 1
to 255, I might not see it. Is there a minc viewer you can use to
resolve this?


On 11/07/2016 04:23 PM, Trisanna Sprung-Much wrote:
> Hi Doug
>
> I am confused. The values of the input .mnc for mri_vol2surf are 0 and
> 1.*I attach a snapshot using an inhouse software where you can see the
> "1" highlighted in blue.* We also used the following command to ensure
> they are 0 and 1:
>
> minclookup ' label_folder '/labels_final_minc1.mnc ' label_folder
> '/label_aalf.mnc -discrete -lut_string "4 1" -clobber --> this
> extracts my id 4 that I painted this sulcus with and gives it a value
> of 1.
>
> Do you mean you do not see the binary values on your end?
>
> Trisanna
>
> --
> Ph.D. Candidate
> McGill University
> Integrated Program in Neuroscience
> Psychology
>
>
> On Mon, Nov 7, 2016 at 3:53 PM, Douglas N Greve
> <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> wrote:
>
>     It looks like the input has values of 255 and 0, not 1 and 0. How
>     do you
>     verify that the values are 0 and 1?
>
>
>     On 11/07/2016 03:43 PM, Trisanna Sprung-Much wrote:
>     > Hi Doug
>     >
>     > I have uploaded the label_aalf.mnc and testsurfaceoverlay.mgz
>     >
>     > Here is an example of the mri_vol2surf that I use
>     >
>     > *
>     > trisanna@kaplan:~$ mri_vol2surf --mov
>     > /data-01/trisanna/freesurfer/icbm-113/label/label_aalf.mnc --o
>     > /data-01/trisanna/freesurfer/icbm-113/testsurfaceoverlay.mgz
>     --hemi lh
>     > *--surf pial --regheader icbm-113
>     > srcvol = /data-01/trisanna/freesurfer/icbm-113/label/label_aalf.mnc
>     > srcreg unspecified
>     > srcregold = 0
>     > srcwarp unspecified
>     > surf = pial
>     > hemi = lh
>     > reshape = 0
>     > interp = nearest
>     > float2int = round
>     > GetProjMax = 0
>     > INFO: float2int code = 0
>     > INFO: changing type to float
>     > Done loading volume
>     > Computing registration from header.
>     >   Using /data-01/trisanna/freesurfer/icbm-113/mri/orig.mgz as target
>     > reference.
>     > Reading surface /data-01/trisanna/freesurfer/icbm-113/surf/lh.pial
>     > Done reading source surface
>     > Mapping Source Volume onto Source Subject Surface
>     >  1 0 0 0
>     > using old
>     > Done mapping volume to surface
>     > Number of source voxels hit = 53960
>     > Writing to
>     /data-01/trisanna/freesurfer/icbm-113/testsurfaceoverlay.mgz
>     > Dim: 159741 1 1
>     > *
>     > When I open this in Freeview, the values are either 0 or 255. However,
>     > they were binary (0 or 1) in the label_aalf.mnc input file.*
>     >
>     >
>     > The mri_concat command that I ran on label_aalf for 20
>     hemispheres is:
>     >
>     > *trisanna@kaplan:~$ mri_concat
>     >
>     /data-01/trisanna/freesurfer/fsaverage/committee_meeting/DISPLAY_overlays_fsaverage_left/aalf_lh/*.mgz
>     > --o
>     >
>     /data-01/trisanna/freesurfer/fsaverage/committee_meeting/DISPLAY_overlays_fsaverage_left/aalf_lh/mri_concat_test.mgz
>     > --mean*
>     > ninputs = 20
>     > Checking inputs
>     > nframestot = 20
>     > Allocing output
>     > Done allocing
>     > nframes = 20
>     > Computing mean across frames
>     > Writing to
>     >
>     /data-01/trisanna/freesurfer/fsaverage/committee_meeting/DISPLAY_overlays_fsaverage_left/aalf_lh/mri_concat_test.mgz
>     >
>     >
>     > thanks
>     >
>     > Trisanna
>     >
>     > --
>     > Ph.D. Candidate
>     > McGill University
>     > Integrated Program in Neuroscience
>     > Psychology
>     >
>     >
>     > On Tue, Nov 1, 2016 at 2:45 PM, Douglas N Greve
>     > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> wrote:
>     >
>     >     Can you send me the mri_concat command and also upload the
>     input files
>     >     to our filedrop?
>     >
>     > https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2
>     <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2>
>     >     <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2
>     <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2>>
>     >
>     >     On 11/01/2016 02:31 PM, Trisanna Sprung-Much wrote:
>     >     > Does anyone know who wrote the script for mri_concat? I
>     would really
>     >     > like to get this figured out.
>     >     >
>     >     > thanks
>     >     >
>     >     > Trisanna
>     >     >
>     >     > --
>     >     > Ph.D. Candidate
>     >     > McGill University
>     >     > Integrated Program in Neuroscience
>     >     > Psychology
>     >     >
>     >     >
>     >     > On Fri, Oct 21, 2016 at 12:13 PM, Trisanna Sprung-Much
>     >     > <trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>     <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>
>     >     <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>     <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>>
>     >     > <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>     <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>
>     >     <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>     <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>>>> wrote:
>     >     >
>     >     >     thanks Bruce - I had indeed used this months ago but
>     at the
>     >     >     workshop this semester Doug had suggested mri_concat
>     as it is a
>     >     >     newer command and also doesn't blur the data. I am
>     just having
>     >     >     problems creating percentage values with mri_concat.
>     >     >
>     >     >     *Would you know why mri_vol2surf is taking a binary minc
>     >     file and
>     >     >     creating values ranging from 0-255 that mri_concat then
>     >     preserves?*
>     >     >
>     >     >     best
>     >     >     Trisanna
>     >     >
>     >     >     --
>     >     >     Ph.D. Candidate
>     >     >     McGill University
>     >     >     Integrated Program in Neuroscience
>     >     >     Psychology
>     >     >
>     >     >
>     >     >     On Fri, Oct 21, 2016 at 9:29 AM, Bruce Fischl
>     >     >     <fischl@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >     <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >     <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >     <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
>     >     >     wrote:
>     >     >
>     >     >         Hi Trisanna
>     >     >
>     >     >         not sure about mri_concat, but mri_average
>     -noconform -p ...
>     >     >         should do the trick
>     >     >
>     >     >         cheers
>     >     >         Bruce
>     >     >         On Wed, 19 Oct 2016, Trisanna Sprung-Much wrote:
>     >     >
>     >     >             Something weird is happening with mri_vol2surf
>     - even
>     >     >             though the data looks great, the values are odd
>     >     >             which carries over when I try to average with
>     >     mri_concat.
>     >     >             I would just like to get percentage values
>     >     >             with mri_concat.
>     >     >             thanks!
>     >     >
>     >     >             Trisanna
>     >     >
>     >     >             --
>     >     >             Ph.D. CandidateMcGill University
>     >     >
>     >     >             Integrated Program in Neuroscience
>     >     >             Psychology
>     >     >
>     >     >
>     >     >             On Mon, Oct 17, 2016 at 5:21 PM, Trisanna
>     Sprung-Much
>     >     >             <trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>     <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>
>     >     <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>     <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>>
>     >     >  <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>     <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>
>     >     <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>     <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>>>> wrote:
>     >     >                   Hi Doug
>     >     >
>     >     >             Here is what I ran:
>     >     >
>     >     >             trisanna@kaplan:~$ mri_vol2surf --mov
>     >     >
>     >      /data-01/trisanna/freesurfer/icbm-113/label/label_aalf.mnc
>     >     >             --o
>     >     >
>     >      /data-01/trisanna/freesurfer/icbm-113/testsurfaceoverlay.mg
>     <http://testsurfaceoverlay.mg>
>     >     <http://testsurfaceoverlay.mg>z
>     >     >        --hemi lh --surf pial --regheader
>     >     >             icbm-113
>     >     >             srcvol =
>     >     >
>     >      /data-01/trisanna/freesurfer/icbm-113/label/label_aalf.mnc
>     >     >             srcreg unspecified
>     >     >             srcregold = 0
>     >     >             srcwarp unspecified
>     >     >             surf = pial
>     >     >             hemi = lh
>     >     >             reshape = 0
>     >     >             interp = nearest
>     >     >             float2int = round
>     >     >             GetProjMax = 0
>     >     >             INFO: float2int code = 0
>     >     >             INFO: changing type to float
>     >     >             Done loading volume
>     >     >             Computing registration from header.
>     >     >               Using
>     >     /data-01/trisanna/freesurfer/icbm-113/mri/orig.mgz
>     >     >             as target reference.
>     >     >             Reading surface
>     >     >  /data-01/trisanna/freesurfer/icbm-113/surf/lh.pial
>     >     >             Done reading source surface
>     >     >             Mapping Source Volume onto Source Subject Surface
>     >     >              1 0 0 0
>     >     >             using old
>     >     >             Done mapping volume to surface
>     >     >             Number of source voxels hit = 53960
>     >     >             Writing to
>     >     >
>     >      /data-01/trisanna/freesurfer/icbm-113/testsurfaceoverlay.mg
>     <http://testsurfaceoverlay.mg>
>     >     <http://testsurfaceoverlay.mg>z
>     >     >             Dim: 159741 1 1
>     >     >
>     >     >             When I open this in Freeview, the values are
>     either 0 or
>     >     >             255 (see attached image). However, they
>     >     >             were binary (0 or 1) in the label_aalf.mnc
>     input file...
>     >     >
>     >     >             Trisanna
>     >     >
>     >     >
>     >     >             --
>     >     >             Ph.D. CandidateMcGill University
>     >     >
>     >     >             Integrated Program in Neuroscience
>     >     >             Psychology
>     >     >
>     >     >
>     >     >             On Wed, Oct 12, 2016 at 2:09 PM, Douglas N Greve
>     >     >             <greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >     >        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> wrote:
>     >     >                   Hmmm, I don't know what could be going
>     on. Can you
>     >     >             send the command line
>     >     >                   and all terminal output?
>     >     >
>     >     >
>     >     >                   On 10/06/2016 10:37 PM, Trisanna Sprung-Much
>     >     wrote:
>     >     >                   > Hi Doug
>     >     >                   >
>     >     >                   > So the pixel values are 0 and 1 *in
>     the original
>     >     >             .mnc*. It seems that
>     >     >                   > after performing mri_vol2surf they
>     become 0 and
>     >     >             255, and stay this way
>     >     >                   > after mri_surf2surf as well. So, why would
>     >     >             mri_vol2surf be changing
>     >     >                   > the values?
>     >     >                   >
>     >     >                   > Trisanna
>     >     >                   >
>     >     >                   >
>     >     >                   >
>     >     >                   > --
>     >     >                   > Ph.D. Candidate
>     >     >                   > McGill University
>     >     >                   > Integrated Program in Neuroscience
>     >     >                   > Psychology
>     >     >                   >
>     >     >                   >
>     >     >                   > On Thu, Oct 6, 2016 at 11:30 AM,
>     Douglas Greve
>     >     >                   > <greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >     >             <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>     >     >             <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >     >             <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> wrote:
>     >     >                   >
>     >     >                   >     What are the pixel values in the mgz file?
>     >     >             They should be binary,
>     >     >                   >     ie, 1=in a label, 0 = out of label
>     >     >                   >
>     >     >                   >
>     >     >                   >     On 10/6/16 10:22 AM, Trisanna
>     >     Sprung-Much wrote:
>     >     >                   >>     Overlays in .mgz format using
>     mri_vol2surf
>     >     >                   >>
>     >     >                   >>     --
>     >     >                   >>     Ph.D. Candidate
>     >     >                   >>     McGill University
>     >     >                   >>     Integrated Program in Neuroscience
>     >     >                   >>     Psychology
>     >     >                   >>
>     >     >                   >>
>     >     >                   >>     On Wed, Oct 5, 2016 at 5:56 PM,
>     Douglas
>     >     N Greve
>     >     >                   >>     <greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >     >             <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>     >     > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >     >             <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> wrote:
>     >     >                   >>
>     >     >                   >>         what is a labeled vertex?
>     What file
>     >     >             format? mgz? annot?
>     >     >                   >>
>     >     >                   >>
>     >     >                   >>         On 10/05/2016 05:03 PM, Trisanna
>     >     >             Sprung-Much wrote:
>     >     >                   >>         > the source files are labelled
>     >     vertices
>     >     >             from 20 subjects:
>     >     >                   >>         >
>     >     >                   >>         > -T1s were labelled using an MNI
>     >     software
>     >     >                   >>         > -Surfaces were created in
>     FreeSurfer
>     >     >             and surface overlays
>     >     >                   >>         of the
>     >     >                   >>         > labels were created using
>     >     mri_vol2surf
>     >     >                   >>         > -Surface overlays were
>     registered to
>     >     >             fsaverage using
>     >     >                   >>  mri_surf2surf and
>     >     >                   >>         > then averaged to create a
>     probability
>     >     >             map, originally using
>     >     >                   >>  "mri_average"
>     >     >                   >>         >
>     >     >                   >>         > So, essentially the
>     overlays are
>     >     binary
>     >     >             files of my labels
>     >     >                   >>         I believe
>     >     >                   >>         > - I can send one over if
>     you wish.
>     >     >                   >>         >
>     >     >                   >>         > Trisanna
>     >     >                   >>         >
>     >     >                   >>         >
>     >     >                   >>         > --
>     >     >                   >>         > Ph.D. Candidate
>     >     >                   >>         > McGill University
>     >     >                   >>         > Integrated Program in
>     Neuroscience
>     >     >                   >>         > Psychology
>     >     >                   >>         >
>     >     >                   >>         >
>     >     >                   >>         > On Wed, Oct 5, 2016 at 4:52 PM,
>     >     Douglas
>     >     >             N Greve
>     >     >                   >>         > <greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >     >             <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>     >     >             <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >     >             <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
>     >     > >>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >     >             <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>     >     >                   >>  <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >     >             <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> wrote:
>     >     >                   >>         >
>     >     >                   >>         >    what are the source
>     files ("all
>     >     >             files"). What data
>     >     >                   >>         type, value range,
>     >     >                   >>         >    where did they come from?
>     >     >                   >>         >
>     >     >                   >>         >
>     >     >                   >>         >    On 10/05/2016 04:48 PM,
>     Trisanna
>     >     >             Sprung-Much wrote:
>     >     >                   >>         >    > Hi Doug
>     >     >                   >>         >    >
>     >     >                   >>         >    > So, of course now it works
>     >     >             without --keep-filetype...
>     >     >                   >>         :p it looks
>     >     >                   >>         >    > pretty much the same
>     was when I
>     >     >             use --keep-filetype.
>     >     >                   >>         >    >
>     >     >                   >>         >    > However, the values of
>     Min and
>     >     >             Max are still odd (out
>     >     >                   >>         of 256) - see
>     >     >                   >>         >    > snapshot
>     >     >                   >>         >    >
>     >     >                   >>         >    > Trisanna
>     >     >                   >>         >    >
>     >     >                   >>         >    >
>     >     >                   >>         >    >
>     >     >                   >>         >    >
>     >     >                   >>         >    >
>     >     >                   >>         >    > --
>     >     >                   >>         >    > Ph.D. Candidate
>     >     >                   >>         >    > McGill University
>     >     >                   >>         >    > Integrated Program in
>     >     Neuroscience
>     >     >                   >>         >    > Psychology
>     >     >                   >>         >    >
>     >     >                   >>         >    >
>     >     >                   >>         >    > On Wed, Oct 5, 2016 at
>     4:23 PM,
>     >     >             Douglas N Greve
>     >     >                   >>         >    >
>     <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >     >             <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>     >     >                   >>  <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >     >             <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
>     >     >                   >>  <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >     >             <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>     >     >                   >>  <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >     >             <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>
>     >     >                   >>         >
>     >      <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >     >             <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>     >     >                   >>  <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >     >             <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
>     >     >                   >>         >
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >     >             <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>     >     >                   >>  <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >     >             <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> wrote:
>     >     >                   >>         >    >
>     >     >                   >>         >    > Depending upon the
>     type of the
>     >     >             data, the
>     >     >                   >> --keep-datatype may
>     >     >                   >>         >    mess
>     >     >                   >>         >    > things
>     >     >                   >>         >    >    up quite a bit.
>     What happens
>     >     >             if you don't include
>     >     >                   >>         that? It
>     >     >                   >>         >    will not
>     >     >                   >>         >    > create an annotation.
>     maybe you
>     >     >             mean some other
>     >     >                   >>         file type?
>     >     >                   >>         >    >
>     >     >                   >>         >    >
>     >     >                   >>         >    >    On 10/05/2016 02:36 PM,
>     >     >             Trisanna Sprung-Much wrote:
>     >     >                   >>         >    > >
>     >     >                   >>         >    > > Hi Doug
>     >     >                   >>         >    > >
>     >     >                   >>         >    > > I spoke with you at the
>     >     >             Freesurfer tutorial
>     >     >                   >>         last week
>     >     >                   >>         >    about using
>     >     >                   >>         >    > > mri_average to
>     average my
>     >     >             sulcal labels and get a
>     >     >                   >>         > probability map on
>     >     >                   >>         >    > > fsaverage. You had
>     suggested
>     >     >             using "mri_concat"
>     >     >                   >>  instead,
>     >     >                   >>         >    which is a
>     >     >                   >>         >    > > newer command. So, I
>     >     performed
>     >     >             the following
>     >     >                   >>  command:
>     >     >                   >>         >    > >
>     >     >                   >>         >    > > *mri_concat all
>     files --o
>     >     >             output.mgz --mean
>     >     >                   >> --keep-datatype*
>     >     >                   >>         >    > >
>     >     >                   >>         >    > > I had to put
>     --keep-datatype
>     >     >             or else it tried
>     >     >                   >>         to create an
>     >     >                   >>         >    annot
>     >     >                   >>         >    > file.
>     >     >                   >>         >    > >
>     >     >                   >>         >    > > This worked just fine.
>     >     >                   >>         >    > >
>     >     >                   >>         >    > > My question then is
>     >     concerning
>     >     >             *the min and max
>     >     >                   >>  values
>     >     >                   >>         >    *when this
>     >     >                   >>         >    > > average is overlayed in
>     >     >             Freeview. See the snapshot
>     >     >                   >>         > attached. The
>     >     >                   >>         >    > > values seem to be based
>     >     on 256
>     >     >             instead of
>     >     >                   >>  percentage and
>     >     >                   >>         >    this is
>     >     >                   >>         >    > what
>     >     >                   >>         >    > > happens when I used
>     >     >             "mri_average" without
>     >     >                   >>  specifying the
>     >     >                   >>         >    "-p". Is
>     >     >                   >>         >    > > there a way to
>     illustrate the
>     >     >             values in
>     >     >                   >>  percentage in a
>     >     >                   >>         > similar way
>     >     >                   >>         >    > > with mri_concat?
>     >     >                   >>         >    > >
>     >     >                   >>         >    > > Many thanks!
>     >     >                   >>         >    > >
>     >     >                   >>         >    > > Trisanna
>     >     >                   >>         >    > >
>     >     >                   >>         >    > >
>     >     >                   >>         >    > > --
>     >     >                   >>         >    > > Ph.D. Candidate
>     >     >                   >>         >    > > McGill University
>     >     >                   >>         >    > > Integrated Program in
>     >     Neuroscience
>     >     >                   >>         >    > > Psychology
>     >     >                   >>         >    > >
>     >     >                   >>         >    > >
>     >     >                   >>         >    > >
>     >     >                   >>         >    > >
>     >     >  _______________________________________________
>     >     >                   >>         >    > > Freesurfer mailing list
>     >     >                   >>         >    > >
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>     >     >                   >>
>     >      <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
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>     >     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >     >             <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
>     >     >                   >>         >
>     >     >              <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >     >             <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>     >     >                   >>
>     >      <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >     >             <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
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>     >     >                   >>         >    >    --
>     >     >                   >>         >    > Douglas N. Greve, Ph.D.
>     >     >                   >>         >    > MGH-NMR Center
>     >     >                   >>         >    >
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>     >     >             >>         >     --
>     >     >             >>         >  Douglas N. Greve, Ph.D.
>     >     >             >>         >  MGH-NMR Center
>     >     >             >>         > greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
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>     >     >             >>         >  Fax: 617-726-7422 <tel:617-726-7422>
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>     >     >             >>         >  Outgoing:
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>     >     >             >>         >
>     >     >             >>         >
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>      <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>     <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer>>>
>     >     >             >>
>     >     >
>     >
>      <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>     <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer>
>     >
>      <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>     <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer>>
>     >     >
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>     >
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>     >     >             >>         --
>     >     >             >>         Douglas N. Greve, Ph.D.
>     >     >             >>         MGH-NMR Center
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>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
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>     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >     >             <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
>     >     >             >>         Phone Number: 617-724-2358
>     <tel:617-724-2358>
>     >     <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>> <tel:617-724-2358>
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>     <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358>>
>     >     >             >>         Fax: 617-726-7422
>     <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422>
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>     <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422>>
>     >     >             >>
>     >     >        >>         Bugs:
>     >     > surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
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>     >     <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
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>     >     >
>     >      <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
>     <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
>     >     <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
>     <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>>>
>     >     >             >>
>     >     >
>     >     <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
>     <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
>     >     <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
>     <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>>
>     >     >
>     >      <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
>     <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
>     >     <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
>     <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>>>>
>     >     >             >>         FileDrop:
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>     <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2>>
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>     >     <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2
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>     >     >             >>
>     >      <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2
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>     >     <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2
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>     >     >             <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2
>     <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2>
>     >     <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2
>     <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2>>>>
>     >     >             >>
>     > www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
>     <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
>     >     <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
>     <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>>
>     >     >
>     >
>     <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
>     <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
>     >     <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
>     <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>>>
>     >     >             >>
>     >     >
>     >     <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
>     <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
>     >     <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
>     <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>>
>     >     >
>     >
>     <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
>     <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
>     >     <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
>     <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>>>>
>     >     >             >>         Outgoing:
>     >     >             >>
>     >     >
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>     <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/>
>     >
>      <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/
>     <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/>>
>     >     >
>     >
>     <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/
>     <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/>
>     >
>      <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/
>     <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/>>>
>     >     >             >>
>     >     >
>     >
>      <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/
>     <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/>
>     >
>      <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/
>     <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/>>
>     >     >
>     >
>     <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/
>     <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/>
>     >
>      <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/
>     <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/>>>>
>     >     >             >>
>     >     >             >> _______________________________________________
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>     >     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
>     >     >             >>
>     >     >
>     https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>     <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer>
>     >
>      <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>     <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer>>
>     >     >
>     >
>     <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>     <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer>
>     >
>      <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>     <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer>>>
>     >     >             >>
>     >     >
>     >
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>     >
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>     <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer>>
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>     >
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>     >     >
>     >
>     <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>     <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer>
>     >
>      <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>     <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer>>>
>     >     >             >
>     >     >
>     >
>      <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>     <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer>
>     >
>      <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>     <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer>>
>     >     >
>     >
>     <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>     <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer>
>     >
>      <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>     <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer>>>>
>     >     >             The
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>     >     was sent
>     >     >             to you in
>     >     >             >     error and the e-mail contains patient
>     information,
>     >     >             please contact
>     >     >             >     the Partners Compliance HelpLine at
>     >     >             > http://www.partners.org/complianceline
>     <http://www.partners.org/complianceline>
>     >     <http://www.partners.org/complianceline
>     <http://www.partners.org/complianceline>>
>     >     >             <http://www.partners.org/complianceline
>     <http://www.partners.org/complianceline>
>     >     <http://www.partners.org/complianceline
>     <http://www.partners.org/complianceline>>>
>     >     >             >     <http://www.partners.org/complianceline
>     <http://www.partners.org/complianceline>
>     >     <http://www.partners.org/complianceline
>     <http://www.partners.org/complianceline>>
>     >     >             <http://www.partners.org/complianceline
>     <http://www.partners.org/complianceline>
>     >     <http://www.partners.org/complianceline
>     <http://www.partners.org/complianceline>>>> . If the e-mail
>     >     >             was sent
>     >     >             >     to you in error but does not contain patient
>     >     >             information, please
>     >     >             >     contact the sender and properly dispose
>     of the
>     >     e-mail.
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>     >     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>     >     >             >
>     >     >https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>     <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer>
>     >
>      <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>     <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer>>
>     >     >
>     >
>     <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>     <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer>
>     >
>      <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>     <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer>>>
>     >     >             --
>     >     >             Douglas N. Greve, Ph.D.
>     >     >             MGH-NMR Center
>     >     > greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>     >     >             Phone Number: 617-724-2358 <tel:617-724-2358>
>     <tel:617-724-2358>
>     >     <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>>
>     >     >             Fax:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422>
>     >     >
>     >     >        Bugs:
>     surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
>     <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
>     >     <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
>     <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>>
>     >     >
>     >      <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
>     <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
>     >     <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
>     <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>>>
>     >     >             FileDrop:
>     https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2
>     <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2>
>     >     <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2
>     <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2>>
>     >     >             <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2
>     <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2>
>     >     <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2
>     <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2>>>
>     >     > www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
>     <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
>     >     <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
>     <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>>
>     >     >
>     >
>     <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
>     <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
>     >     <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
>     <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>>>
>     >     >             Outgoing:
>     >     >
>     ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/
>     <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/>
>     >
>      <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/
>     <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/>>
>     >     >
>     >
>     <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/
>     <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/>
>     >
>      <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/
>     <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/>>>
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>     >     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>     >     >
>     https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>     <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer>
>     >
>      <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>     <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer>>
>     >     >
>     >
>     <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>     <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer>
>     >
>      <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>     <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer>>>
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>     >     >
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>     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>     >     >
>     https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>     <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer>
>     >
>      <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>     <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer>>
>     >     >
>     >
>     <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>     <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer>
>     >
>      <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>     <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer>>>
>     >     >
>     >     >
>     >     >    The information in this e-mail is intended only for the
>     >     person
>     >     >         to whom it is
>     >     >         addressed. If you believe this e-mail was sent to
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>     >     >         and the e-mail
>     >     >         contains patient information, please contact the
>     Partners
>     >     >         Compliance HelpLine at
>     >     > http://www.partners.org/complianceline
>     <http://www.partners.org/complianceline>
>     >     <http://www.partners.org/complianceline
>     <http://www.partners.org/complianceline>>
>     >     >         <http://www.partners.org/complianceline
>     <http://www.partners.org/complianceline>
>     >     <http://www.partners.org/complianceline
>     <http://www.partners.org/complianceline>>> . If the e-mail was
>     >     >         sent to you in error
>     >     >         but does not contain patient information, please
>     contact the
>     >     >         sender and properly
>     >     >         dispose of the e-mail.
>     >     >
>     >     >
>     >     >
>     >     >
>     >     >
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>     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >     >
>     https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>     <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer>
>     >
>      <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>     <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer>>
>     >
>     >     --
>     >     Douglas N. Greve, Ph.D.
>     >     MGH-NMR Center
>     > greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >     Phone Number: 617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358>
>     >     Fax: 617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422>
>     >
>     >     Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
>     <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
>     >     <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
>     <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>>
>     >     FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2
>     <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2>
>     >     <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2
>     <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2>>
>     >www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
>     <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
>     >     <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
>     <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>>
>     >     Outgoing:
>     > ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/
>     <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/>
>     >
>      <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/
>     <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/>>
>     >
>     >     _______________________________________________
>     >     Freesurfer mailing list
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