yes


On 04/19/2018 07:17 AM, Fernanda Hansen P. de Moraes wrote:
> Douglas, thank you very much again.
> So I can assume it is the lGI for the area (in this case the lobe)?
>
> Thank you again!
>
> On Wed, Apr 18, 2018 at 11:48 PM Douglas Greve <dgreve@mgh.harvard.edu
> <mailto:dgreve@mgh.harvard.edu>> wrote:
>
>     The "intensity" is the mean value of the input (lh.pial_lgi in
>     this case) averaged over vertices. If  you wan the total number,
>     multiply it by the number of vertices or re-run with --accumulate.
>     The area is the surface area of the entire lobe.
>
>
>     On 4/18/18 3:23 PM, Fernanda Hansen P. de Moraes wrote:
>>     Sorry, my mistake.
>>
>>     mri_segstats --annot DA011 lh lobesStrict --i
>>     DA011/surf/lh.pial_lgi --sum lh.lobesStrict.annot.pial_lgi.stats
>>
>>     On Wed, Apr 18, 2018 at 4:13 PM Douglas N. Greve
>>     <dgreve@mgh.harvard.edu <mailto:dgreve@mgh.harvard.edu>> wrote:
>>
>>         What is your command line? Also, please remember to post to
>>         the list
>>
>>
>>         On 04/18/2018 02:10 PM, Fernanda Hansen P. de Moraes wrote:
>>         > Dear Douglas,
>>         >
>>         > thank you.
>>         >
>>         >  The code worked, but I didn't understand the result very
>>         well. What
>>         > means intensity? The area, is the ara from the piall_lgi
>>         surface
>>         > (outer surface)?
>>         >
>>         > Thank you again
>>         >
>>         > On Tue, Apr 17, 2018 at 1:07 PM Douglas Greve
>>         <dgreve@mgh.harvard.edu <mailto:dgreve@mgh.harvard.edu>
>>         > <mailto:dgreve@mgh.harvard.edu
>>         <mailto:dgreve@mgh.harvard.edu>>> wrote:
>>         >
>>         >     If you run it with --help you will see an example
>>         >
>>         >
>>         >     On 4/16/18 7:16 AM, Fernanda Hansen P. de Moraes wrote:
>>         >>     Thank you, Douglas,
>>         >>
>>         >>     do you have any suggestions on how to make you work?
>>         >>
>>         >>     Fernanda
>>         >>
>>         >>
>>         >>
>>         >>     On Fri, Apr 13, 2018 at 5:56 PM Douglas Greve
>>         >>     <dgreve@mgh.harvard.edu
>>         <mailto:dgreve@mgh.harvard.edu>
>>         <mailto:dgreve@mgh.harvard.edu
>>         <mailto:dgreve@mgh.harvard.edu>>> wrote:
>>         >>
>>         >>         that should work, except the command line is not
>>         quite right
>>         >>
>>         >>
>>         >>         On 4/13/18 4:22 PM, Fernanda Hansen P. de Moraes
>>         wrote:
>>         >>>         Good night,
>>         >>>
>>         >>>         does anyone know if it is possible to calculate
>>         the lGI for
>>         >>>         the ?h.lobesStrict.annot? And if it yes, how can
>>         I do it?
>>         >>>
>>         >>>         I've already tried to use:
>>         >>>
>>         >>>         /mri_segstats --annot
>>         subjxx/label/lh.lobesStrict.annot --i
>>         >>>  $SUBJECTS_DIR/subjxx/surf/lh.pial_lgi --sum
>>         >>>  lh.lobesStrict.annot.pial_lgi.stats/
>>         >>>
>>         >>>         Thank you!
>>         >>>         --
>>         >>>         Fernanda Hansen P. de Moraes
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