Hi Freesurfer community:<div><br></div><div><br clear="all"><div>I run hippocampal subfields command succesfully</div><div><br></div><div><div><font color="#3366ff">recon-all -s CORBIC_vol15 finished without error at Thu Aug 30 11:29:16 COT 2012</font></div>

<div><font color="#3366ff">done</font></div></div><div><br></div><div>but when I run  kvlQuantifyHippocampalSubfieldSegmentations.sh</div><div><br></div><div>the terminal shows some errors:</div><div><br></div><div><div>
<font color="#3333ff">resultsDirectory /home/cvalencia/freesurfer/subjects/volumetria</font></div>
<div><font color="#3333ff">cd /home/cvalencia/freesurfer/subjects/volumetria</font></div><div><font color="#3333ff">resultsDirectory /home/cvalencia/freesurfer/subjects/volumetria</font></div><div><font color="#3333ff">startIndex: 1</font></div>

<div><font color="#3333ff">endIndex: 5</font></div><div><font color="#3333ff">cd CORBIC_vol15/</font></div><div><font color="#3333ff">Quantifying subject CORBIC_vol15/ left</font></div><div><font color="#3333ff">Doing left side</font></div>

<div><font color="#3333ff">cd mri</font></div><div><font color="#3333ff">kvlQuantifyPosteriorProbabilityImages /home/cvalencia/freesurfer/data/GEMS/compressionLookupTable_left.txt             posterior_Left-Hippocampus.mgz             posterior_left_presubiculum.mgz             posterior_left_CA1.mgz             posterior_left_CA2-3.mgz             posterior_left_fimbria.mgz             posterior_left_subiculum.mgz             posterior_left_CA4-DG.mgz             posterior_left_hippocampal_fissure.mgz             &gt; volumeStats_left.txt</font></div>

<div><font color="#3333ff">cd ..</font></div><div><font color="#3333ff">Quantifying subject CORBIC_vol15/ right</font></div><div><font color="#3333ff">Doing right side</font></div><div><font color="#3333ff">cd mri</font></div>

<div><font color="#3333ff">kvlQuantifyPosteriorProbabilityImages /home/cvalencia/freesurfer/data/GEMS/compressionLookupTable.txt             posterior_Right-Hippocampus.mgz             posterior_right_presubiculum.mgz             posterior_right_CA1.mgz             posterior_right_CA2-3.mgz             posterior_right_fimbria.mgz             posterior_right_subiculum.mgz             posterior_right_CA4-DG.mgz             posterior_right_hippocampal_fissure.mgz             &gt; volumeStats_right.txt</font></div>

<div><font color="#3333ff">cd ..</font></div><div><font color="#3333ff">cd ..</font></div><div><font color="#3333ff">cd fsaverage/</font></div><div><font color="#3333ff">Quantifying subject fsaverage/ left</font></div><div>

<font color="#3333ff">Doing left side</font></div><div><font color="#3333ff">cd mri</font></div><div><font color="#3333ff">kvlQuantifyPosteriorProbabilityImages /home/cvalencia/freesurfer/data/GEMS/compressionLookupTable_left.txt             posterior_Left-Hippocampus.mgz             posterior_left_presubiculum.mgz             posterior_left_CA1.mgz             posterior_left_CA2-3.mgz             posterior_left_fimbria.mgz             posterior_left_subiculum.mgz             posterior_left_CA4-DG.mgz             posterior_left_hippocampal_fissure.mgz             &gt; volumeStats_left.txt</font></div>

<div><font color="#3333ff">terminate called after throwing an instance of &#39;itk::ExceptionObject&#39;</font></div><div><font color="#3333ff">  what():  itkMGHImageIO.cxx:216:</font></div><div><font color="#3333ff">itk::ERROR: MGHImageIO(0x9231728): Can&#39;t find/open file: posterior_Left-Hippocampus.mgz</font></div>

<div><font color="#3333ff">/home/cvalencia/freesurfer/bin/kvlQuantifyHippocampalSubfieldSegmentations.sh: línea 22: 15068 Abortado                (`core&#39; generado) kvlQuantifyPosteriorProbabilityImages /home/cvalencia/freesurfer/data/GEMS/compressionLookupTable_left.txt posterior_Left-Hippocampus.mgz posterior_left_presubiculum.mgz posterior_left_CA1.mgz posterior_left_CA2-3.mgz posterior_left_fimbria.mgz posterior_left_subiculum.mgz posterior_left_CA4-DG.mgz posterior_left_hippocampal_fissure.mgz &gt; volumeStats_left.txt</font></div>

<div><font color="#3333ff">failed to do kvlQuantifyPosteriorProbabilityImages /home/cvalencia/freesurfer/data/GEMS/compressionLookupTable_left.txt             posterior_Left-Hippocampus.mgz             posterior_left_presubiculum.mgz             posterior_left_CA1.mgz             posterior_left_CA2-3.mgz             posterior_left_fimbria.mgz             posterior_left_subiculum.mgz             posterior_left_CA4-DG.mgz             posterior_left_hippocampal_fissure.mgz             &gt; volumeStats_left.txt</font></div>

</div><div><br></div><div>when I tried to visualize them</div><div><br></div><div><div><font color="#3366ff">cvalencia@cvalencia-Precision-WorkStation-T3400:~/freesurfer/subjects/volumetria/CORBIC_vol15$  freeview nu.mgz \</font></div>

<div><font color="#3366ff">&gt;   -p-labels posterior_left_* posterior_Left-Hippocampus.mgz \</font></div><div><font color="#3366ff">&gt;   -p-labels posterior_right_* posterior_Right-Hippocampus.mgz \</font></div><div><font color="#3366ff">&gt;   -p-prefix posterior_ -p-lut $FREESURFER_HOME/FreeSurferColorLUT.txt</font></div>

<div><font color="#3366ff">freeview.bin: No match.</font></div></div><div><font color="#3366ff"><br></font></div><div>Am I miss something?</div><div><br></div><div>Best regards, </div>-- <br><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse">-- <br>

<font><strong>Carolina Valencia M</strong></font></span><br>
</div>