发件人:"charujing" <charujing@gmail.com>
发送时间:2014-01-05 10:26
主题:Fw: Re: Re: [Freesurfer] problems about freeview
收件人:"charujing123"<charujing123@163.com>
抄送:"freesurfer"<freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
 

发件人:"charujing"<charujing@gmail.com>
发送时间:2014-01-05 09:55
主题:Re: Re: [Freesurfer] problems about freeview
收件人:"zkaufman"<zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu>,"Ruopeng Wang"<rpwang@nmr.mgh.harvard.edu>,"charujing"<charujing@gmail.com>
抄送:"freesurfer"<freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
 
Hi Ruopeng and Zeke,
Thanks. I will try the latest version. CentOS has 6.0,6.1,6.2,6.3,6.4 and 6.5, also part of them have desktop, server and alternate version. And in Freesurfer download page we can see:

OS

Platform

Version

Release Date

Download

Size

Linux

CentOS 6 x86_64 (64b)

stable v5.3.0

15 May 2013

freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v5.3.0.tar.gz

4.2G

Linux

CentOS 4 x86_64 (64b)

stable v5.3.0

15 May 2013

freesurfer-Linux-centos4_x86_64-stable-pub-v5.3.0.tar.gz

4.0G

Linux

CentOS 4 (32b)

stable v5.3.0

15 May 2013

freesurfer-Linux-centos4-stable-pub-v5.3.0.tar.gz

3.8G

Mac

Lion OX X 10.7 (64b Intel)

stable v5.3.0

15 May 2013

freesurfer-Darwin-lion-stable-pub-v5.3.0.dmg

3.5G

Mac

SnowLeopard OS X 10.6 (32b Intel)

stable v5.3.0

15 May 2013

freesurfer-Darwin-snowleopard-i686-stable-pub-v5.3.0.dmg

3.2G

Virtualbox

Xubuntu 12.04

stable v5.3.0

15 Aug 2013

freesurfer-Virtualbox-linux-x86-stable-pub-v5.3-full.vdi.gz

9.0G

Also I want to know which CentOS version(6.0,6.1,6.2,6.3,6.4 or 6.5?) and its desktop, alternate or server I should installed or all of them are appropriate for freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v5.3.0.tar.gz.
Thanks Ruopeng and Zeke.
All the best.
Rujing Zha
 
2014-01-05

charujing

发件人:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu
发送时间:2014-01-05 07:10
主题:Re: [Freesurfer] problems about freeview
收件人:"charujing"<charujing@gmail.com>
抄送:"Ruopeng Wang"<rpwang@nmr.mgh.harvard.edu>,"freesurfer"<freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>,"Z K"<zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu>
 
Hello Rujing, 
 
You can download the most up to date version of freeview using the 
following link: 
 
ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/fsdev/zkaufman/dev/ 
 
In order to use this version, you will need to replace the file 
$FREESURFER_HOME/bin/freeview.bin currently on your system, with the file 
you download from the link above. Let me know if you need additional 
assistance. 
 
 
-Zeke 
 
 
 
> Hi Rujing, 
> I am able to replicate the issue with 5.3.0 release. The good news is the 
> issue does not appear in the current dev version (so I think it has been 
> fixed). Zeke, would it be possible for Rujing to download a copy of the 
> latest freeview build? 
> Best, 
> Ruopeng 
> On Jan 4, 2014, at 10:40 AM, "charujing" <charujing@gmail.com> wrote: 
>> Dear doug, bruce and others, 
>> Previously I could not view " 
>> freeview -f 
>> $SUBJECTS_DIR/fsaverage/surf/lh.inflated:overlay=lh.gender_age.glmdir/lh-Avg-thickness-age-Cor/mc-z.negative.sig.cluster.mgh:overlay_threshold=2,5:annot=lh.gender_age.glmdir/lh-Avg-thickness-age-Cor/mc-z.negative.sig.ocn.annot 
>> " from the 
>> "http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FsTutorial/GroupAnalysis". The 
>> freeview did represent 3 images. But it reported a something about no 
>> geomatric information and I couldnot configure the overlay(When I 
>> clicked the "configure overlay", it stopped without any response). My OS 
>> is CentOS 6.5 desktop version, and graphic card is NVIDIA GEFORCE GTX 
>> 650 and setup the NVIDIA driver. Freesurfer version is 
>> freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v5.3.0.tar.gz.My computer has 
>> 2G memory and 4 processors. 
>> I need help to fix it. 
>> If anyone have viewed sample data or other data(*.inflated, 
>> *sig.cluster.mgh,and *sig.ocn.annot) simultaneously successfully by 
>> freeview just as above, would you please tell me some information? The 
>> information I need is Freesurer version, Centos version(desktop or 
>> others) and something in CentOS setup, graphic card version and its 
>> driver, memory size. 
>> Thanks very much, doug, brucen and others. 
>> Any reply will be highly appreciated. 
>> All the best. 
>> Rujing Zha 
>> _______________________________________________ 
>> Freesurfer mailing list 
>> Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu 
>> https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer 
 
 
 
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