Dear Freesurfer experts,

I send you this e-mail again in anticipation of your help.

I see the error message when I perform QDEC.

The error message is as below.

Id: mri_glmfit.c,v 1.196.2.8 2012/11/01 18:51:41 greve Exp $

cwd /home/sgk

cmdline mri_glmfit --y /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/y.mgh --fsgd /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/qdec.fsgd dods --glmdir /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI --surf fsaverage lh --label /mnt/hgfs/share/suicide/fsaverage/label/lh.aparc.label --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Avg-Intercept-area.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Avg-area-SSI-Cor.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Diff-S-NS-Intercept-area.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Diff-S-NS-Cor-area-SSI.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Diff-F-M-Intercept-area.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Diff-F-M-Cor-area-SSI.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-X-diagnosis-sex-Intercept-area.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-X-diagnosis-sex-Cor-area-SSI.mat

sysname Linux

hostname localhost.localdomain

machine x86_64

user sgk

FixVertexAreaFlag = 1

UseMaskWithSmoothing 1

OneSampleGroupMean 0

y /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/y.mgh

logyflag 0

usedti 0

FSGD /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/qdec.fsgd

labelmask /mnt/hgfs/share/suicide/fsaverage/label/lh.aparc.label

maskinv 0

glmdir /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI

IllCondOK 0

ReScaleX 1

DoFFx 0

Creating output directory /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI

Loading y from /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/y.mgh

INFO: gd2mtx_method is dods

Saving design matrix to /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/Xg.dat

Normalized matrix condition is 24522.5

Design matrix ------------------

1.000 0.000 0.000 0.000 15.000 0.000 0.000 0.000 24.000 0.000 0.000 0.000 21.000 0.000 0.000 0.000 149457.594 0.000 0.000 0.000;

1.000 0.000 0.000 0.000 19.000 0.000 0.000 0.000 50.000 0.000 0.000 0.000 20.000 0.000 0.000 0.000 161540.203 0.000 0.000 0.000;

1.000 0.000 0.000 0.000 7.000 0.000 0.000 0.000 55.000 0.000 0.000 0.000 26.000 0.000 0.000 0.000 167295.906 0.000 0.000 0.000;

0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 10.000 0.000 0.000 0.000 31.000 0.000 0.000 0.000 27.000 0.000 0.000 0.000 175241.703 0.000;

0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 15.000 0.000 0.000 0.000 59.000 0.000 0.000 0.000 23.000 0.000 0.000 0.000 165616.797 0.000;

0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 11.000 0.000 0.000 0.000 57.000 0.000 0.000 0.000 22.000 0.000 0.000 0.000 183255.594 0.000;

1.000 0.000 0.000 0.000 26.000 0.000 0.000 0.000 37.000 0.000 0.000 0.000 23.000 0.000 0.000 0.000 159212.203 0.000 0.000 0.000;

0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 14.000 0.000 0.000 0.000 50.000 0.000 0.000 0.000 22.000 0.000 0.000 0.000 170017.094 0.000;

0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 16.000 0.000 0.000 0.000 26.000 0.000 0.000 0.000 19.000 0.000 0.000 0.000 190217.906 0.000;

0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 39.000 0.000 0.000 0.000 19.000 0.000 0.000 0.000 156341.000 0.000;

1.000 0.000 0.000 0.000 18.000 0.000 0.000 0.000 49.000 0.000 0.000 0.000 32.000 0.000 0.000 0.000 168844.297 0.000 0.000 0.000;

1.000 0.000 0.000 0.000 21.000 0.000 0.000 0.000 39.000 0.000 0.000 0.000 26.000 0.000 0.000 0.000 149945.406 0.000 0.000 0.000;

1.000 0.000 0.000 0.000 11.000 0.000 0.000 0.000 39.000 0.000 0.000 0.000 22.000 0.000 0.000 0.000 166132.906 0.000 0.000 0.000;

1.000 0.000 0.000 0.000 17.000 0.000 0.000 0.000 41.000 0.000 0.000 0.000 25.000 0.000 0.000 0.000 139924.406 0.000 0.000 0.000;

1.000 0.000 0.000 0.000 27.000 0.000 0.000 0.000 45.000 0.000 0.000 0.000 34.000 0.000 0.000 0.000 133331.797 0.000 0.000 0.000;

1.000 0.000 0.000 0.000 11.000 0.000 0.000 0.000 47.000 0.000 0.000 0.000 24.000 0.000 0.000 0.000 164844.703 0.000 0.000 0.000;

1.000 0.000 0.000 0.000 23.000 0.000 0.000 0.000 46.000 0.000 0.000 0.000 26.000 0.000 0.000 0.000 163024.203 0.000 0.000 0.000;

0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 31.000 0.000 0.000 0.000 42.000 0.000 0.000 0.000 33.000 0.000 0.000 0.000 140203.797 0.000;

0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 18.000 0.000 0.000 0.000 21.000 0.000 0.000 0.000 29.000 0.000 0.000 0.000 186282.297 0.000;

0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 18.000 0.000 0.000 0.000 21.000 0.000 0.000 0.000 17.000 0.000 0.000 0.000 171746.094;

0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 17.000 0.000 0.000 0.000 34.000 0.000 0.000 0.000 15.000 0.000 0.000 0.000 145005.203 0.000 0.000;

0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 15.000 0.000 0.000 0.000 54.000 0.000 0.000 0.000 27.000 0.000 0.000 0.000 168633.203;

0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 17.000 0.000 0.000 0.000 27.000 0.000 0.000 0.000 20.000 0.000 0.000 0.000 186731.297;

0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 61.000 0.000 0.000 0.000 28.000 0.000 0.000 0.000 154627.500 0.000 0.000;

0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 10.000 0.000 0.000 0.000 44.000 0.000 0.000 0.000 22.000 0.000 0.000 0.000 154626.297 0.000 0.000;

0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 4.000 0.000 0.000 0.000 59.000 0.000 0.000 0.000 20.000 0.000 0.000 0.000 177918.500;

0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 4.000 0.000 0.000 0.000 56.000 0.000 0.000 0.000 27.000 0.000 0.000 0.000 157687.797 0.000 0.000;

0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 8.000 0.000 0.000 0.000 58.000 0.000 0.000 0.000 32.000 0.000 0.000 0.000 173899.094;

0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 21.000 0.000 0.000 0.000 20.000 0.000 0.000 0.000 18.000 0.000 0.000 0.000 175980.500;

0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 59.000 0.000 0.000 0.000 28.000 0.000 0.000 0.000 162526.703 0.000 0.000;

0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 2.000 0.000 0.000 0.000 37.000 0.000 0.000 0.000 20.000 0.000 0.000 0.000 198622.797;

0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 3.000 0.000 0.000 0.000 32.000 0.000 0.000 0.000 24.000 0.000 0.000 0.000 157633.906 0.000 0.000;

0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 17.000 0.000 0.000 0.000 21.000 0.000 0.000 0.000 21.000 0.000 0.000 0.000 164236.297;

0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 22.000 0.000 0.000 0.000 46.000 0.000 0.000 0.000 23.000 0.000 0.000 0.000 144559.703 0.000 0.000;

0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 7.000 0.000 0.000 0.000 32.000 0.000 0.000 0.000 24.000 0.000 0.000 0.000 156151.500 0.000 0.000;

0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 16.000 0.000 0.000 0.000 46.000 0.000 0.000 0.000 27.000 0.000 0.000 0.000 154306.406;

0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 19.000 0.000 0.000 0.000 20.000 0.000 0.000 0.000 188334.203;

0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 20.000 0.000 0.000 0.000 55.000 0.000 0.000 0.000 26.000 0.000 0.000 0.000 134977.406 0.000 0.000;

--------------------------------

ERROR: matrix is ill-conditioned or badly scaled, condno = 24522.5

--------------------------------

Possible problem with experimental design:

Check for duplicate entries and/or lack of range of

continuous variables within a class.

If you seek help with this problem, make sure to send:

1. Your command line:

mri_glmfit --y /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/y.mgh --fsgd /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/qdec.fsgd dods --glmdir /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI --surf fsaverage lh --label /mnt/hgfs/share/suicide/fsaverage/label/lh.aparc.label --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Avg-Intercept-area.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Avg-area-SSI-Cor.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Diff-S-NS-Intercept-area.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Diff-S-NS-Cor-area-SSI.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Diff-F-M-Intercept-area.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Diff-F-M-Cor-area-SSI.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-X-diagnosis-sex-Intercept-area.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-X-diagnosis-sex-Cor-area-SSI.mat

2. The FSGD file (if using one)

3. And the design matrix above

Error in Analyze: command failed: mri_glmfit --y /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/y.mgh --fsgd /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/qdec.fsgd dods --glmdir /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI --surf fsaverage lh --label /mnt/hgfs/share/suicide/fsaverage/label/lh.aparc.label --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Avg-Intercept-area.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Avg-area-SSI-Cor.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Diff-S-NS-Intercept-area.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Diff-S-NS-Cor-area-SSI.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Diff-F-M-Intercept-area.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Diff-F-M-Cor-area-SSI.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-X-diagnosis-sex-Intercept-area.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-X-diagnosis-sex-Cor-area-SSI.mat

I also attach the error message.

Could you tell me how I can fix this problem?

I am sincerely looking forward to receiving your reply.

Best regards,

Seung-Gul

Seung-Gul Kang, M.D., Ph.D.

Psychiatrist, Professor; Department of Psychiatry, Gil Medical Center

연구부학장. Dean, Department of Research Affairs; Gachon University College of Medicine

인천광역시자살예방센터장. Director, Incheon Suicide Prevention Center

21, Namdong-daero 774 beon-gil, Namdong-gu, Incheon, 21565, South Korea

---------- Forwarded message ---------
From: Seung-Gul Kang (강승걸) <sg.kang422@gmail.com>
Date: 2018년 6월 12일 (화) 오후 3:32
Subject: Error during QDEC
To: Freesurfer support list <freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>