#!/bin/bash

## Stampa la shell corrente per debug
echo "Shell in uso: $SHELL"

## Configurare FreeSurfer
export FREESURFER_HOME="/usr/local/freesurfer/8.0.0"
echo "Verifico esistenza di FreeSurfer: $FREESURFER_HOME"
ls -la $FREESURFER_HOME || echo "Percorso FreeSurfer non accessibile"

## Usa . invece di source per maggiore compatibility
. $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh || echo "Errore nel caricare SetUpFreeSurfer.sh"

## Percorsi TRACULA
export TRACULA_DATA="/home/gabriellam/Desktop/soggetto_prova_002_S_6652/prova_tracula"
echo "Verifico esistenza directory TRACULA: $TRACULA_DATA"
ls -la $TRACULA_DATA || echo "Percorso TRACULA non accessibile"

export SUBJECTS_DIR=$TRACULA_DATA/fs
echo "SUBJECTS_DIR: $SUBJECTS_DIR"

## Verifica directory corrente prima e dopo
pwd
cd $TRACULA_DATA || echo "Non posso accedere a $TRACULA_DATA"
pwd

## Verifica esistenza del file di configurazione
ls -la dmrirc.mio_config.tcsh || echo "File dmrirc.mio_config.tcsh non trovato"

### Step1: trac-all preprocessing 

trac-all -prep -c dmrirc.mio_config.tcsh


### Step2: trac-all bedpostx

trac-all -bedp -c dmrirc.mio_config.tcsh 

### Step3: trac-all -path 

trac-all -path -c dmrirc.mio_config.tcsh