
At 2013-06-18 02:35:40,"Bruce Fischl" <fischl@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
>can you give a complete description of your study and what you are trying 
>to achieve? Have you analyzed all your individual subjects in FreeSurfer 
>(recon-all)? What is the mask you want to use?
>
>On Tue, 18 Jun 2013, xiangbo_2010 wrote:
>
>> I want to obtain the cortical thickness from a group of subjects, thanks!
>> 
>> 
>> 
>> 
>> 
>> At 2013-06-18 00:13:08,"Bruce Fischl" <fischl@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
>> >are you trying to do this for a single subject or for a group of subjects 
>> >, or group average data?
>> >On Tue, 18 Jun 2013, xiangbo_2010 wrote:
>> >
>> >> my subject has finished the recon-all on the structural image, whether us
>> e
>> >> the command:  "mri_vol2surf --src sig.img --src_type analyze --srcreg
>> >> register.dat --hemi rh --o ./sig-rh.img --out_type analyze --float2int ro
>> und
>> >> --trgsubject ico --icoorder 7" to obtain the result? thanks!
>> >> 
>> >> Bo
>> >> 
>> >> 
>> >> 
>> >> 
>> >> 
>> >> At 2013-06-18 00:00:09,"Bruce Fischl" <fischl@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
>> >> >and what subject do you wan to obtain thickness measures from? You could
>>  
>> >> >use mri_vol2vol to map your mask to the individual using the MNI 
>> >> >transform
>> >> >On Mon, 17 Jun 2013, xiangbo_2010 wrote:
>> >> >
>> >> >> the mask was obtained from xjview, and use the MNI space in my study,
>> >> >> thanks!
>> >> >> Bo
>> >> >> 
>> >> >> 
>> >> >> 
>> >> >> 
>> >> >> 
>> >> >> At 2013-06-17 23:52:33,"Bruce Fischl" <fischl@nmr.mgh.harvard.edu> wro
>> te:
>> >> >> >sorry, the formatting of your emails is lost in my reader and you may
>>  
>> >> >> >have said this before, but what is the mask of? What space is it in?
>> >> >> >
>> >> >> >On Mon, 17 Jun 2013, 
>> >> >> >xiangbo_2010 wrote:
>> >> >> >
>> >> >> >> I want to get cortical thickness, and have finished the recon-all, 
>> and
>> >> >> >> obtained the mask from SPM which include the file with .img and .hd
>> r,
>> >> >> >> whether I should convert the file (.img and .hdr) to file (.nii), a
>> nd 
>> >> use
>> >> >> >> the command:  "bbregister --s bert --mov func.nii --init-spm --reg
>> >> >> >> register.dat tkregister2 --mov func.nii --reg register.dat --surf "
>>  to
>> >> >> >> obtain the result? thanks!
>> >> >> >> 
>> >> >> >> Bo
>> >> >> >> 
>> >> >> >> 
>> >> >> >> 
>> >> >> >> 
>> >> >> >> 
>> >> >> >> At 2013-06-17 23:07:19,"Bruce Fischl" <fischl@nmr.mgh.harvard.edu> 
>> wro
>> >> te:
>> >> >> >> >please cc the list so others can answer. Do you mean get cortical 
>> >> >> >> >thickness? If so, then you need to run recon-all on the structural
>>  im
>> >> age
>> >> >> >> >
>> >> >> >> >
>> >> >> >> >On Mon, 17 Jun 2013, xiangbo_2010 
>> >> >> >> >wrote:
>> >> >> >> >
>> >> >> >> >> I have obtained the mask from xjview (.img), I want to obtain th
>> e C
>> >> T f
>> >> >> rom
>> >> >> >> >> the mask, thanks!
>> >> >> >> >> Bo
>> >> >> >> >> 
>> >> >> >> >> 
>> >> >> >> >> 
>> >> >> >> >> 
>> >> >> >> >> 
>> >> >> >> >> At 2013-06-17 22:40:43,"Bruce Fischl" <fischl@nmr.mgh.harvard.ed
>> u> 
>> >> wro
>> >> >> te:
>> >> >> >> >> >what are you trying to map to the surface?
>> >> >> >> >> >On Mon, 17 Jun 2013, xiangbo_2010 
>> >> >> >> >> >wrote:
>> >> >> >> >> >
>> >> >> >> >> >> 
>> >> >> >> >> >> Hi Bruce
>> >> >> >> >> >> Thank you for my help, when I use the bbregister, do not know
>>  ho
>> >> w t
>> >> >> o c
>> >> >> >> hoo
>> >> >> >> >> se
>> >> >> >> >> >> data for  --mov, thanks!
>> >> >> >> >> >> 
>> >> >> >> >> >> Bo
>> >> >> >> >> >> 
>> >> >> >> >> >> 
>> >> >> >> >> >> 
>> >> >> >> >> >> 
>> >> >> >> >> >> At 2013-06-17 20:34:39,"Bruce Fischl" <fischl@nmr.mgh.harvard
>> .ed
>> >> u> 
>> >> >> wro
>> >> >> >> te:
>> >> >> >> >> >> >Hi Bo,
>> >> >> >> >> >> >
>> >> >> >> >> >> >tksurfer doesn't take a path to a file. Read the help on it 
>> - y
>> >> ou 
>> >> >> nee
>> >> >> >> d t
>> >> >> >> >> o 
>> >> >> >> >> >> >reconstrcut the subject with recon-all then give it the subj
>> ect
>> >>  id
>> >> >> .  
>> >> >> >> To 
>> >> >> >> >> >> >project a volumetric map onto the surface use mri_vol2surf, 
>> wit
>> >> h t
>> >> >> he 
>> >> >> >> >> >> >registration typically computed by bbregister.
>> >> >> >> >> >> >
>> >> >> >> >> >> >cheers
>> >> >> >> >> >> >Bruce
>> >> >> >> >> >> >
>> >> >> >> >> >> >
>> >> >> >> >> >> >On Mon, 17 Jun 2013, xiangbo_2010 wrote:
>> >> >> >> >> >> >
>> >> >> >> >> >> >> Hi dougThank you for giving this information, I used the 
>> >> >> >> >> >> >command: "/tksurfer fsaverage lh inflated -aparc -mni152reg 
>> -ov
>> >> erl
>> >> >> ay 
>> >> >> >> /pa
>> >> >> >> >> thn
>> >> >> >> >> >> ame/to/s 
>> >> >> >> >> >> >> pm/roi/yourfile.img/", but do not have results for me, and
>>  do
>> >>  no
>> >> >> t k
>> >> >> >> now
>> >> >> >> >>  ho
>> >> >> >> >> >> w
>> >> >> >> >> >> >> to do next? thanks!
>> >> >> >> >> >> >> 
>> >> >> >> >> >> >> 
>> >> >> >> >> >> >> Bo
>> >> >> >> >> >> >> 
>> >> >> >> >> >> >> 
>> >> >> >> >> >> >> 
>> >> >> >> >> >> >> 
>> >> >> >> >> >> >> 
>> >> >> >> >> >> >> At 2013-06-06 23:04:30,"Douglas N Greve" <greve@nmr.mgh.ha
>> rva
>> >> rd.
>> >> >> edu
>> >> >> >> > w
>> >> >> >> >> rot
>> >> >> >> >> >> e:
>> >> >> >> >> >> >> >Hi Stephanie, I don't know which recommendation you are r
>> efe
>> >> rri
>> >> >> ng 
>> >> >> >> to.
>> >> >> >> >>  We
>> >> >> >> >> >>  
>> >> >> >> >> >> >> >get a lot of emails, and I can't remember each one. Can y
>> ou 
>> >> rep
>> >> >> ost
>> >> >> >>  wi
>> >> >> >> >> th 
>> >> >> >> >> >> >> >the full thread?
>> >> >> >> >> >> >> >doug
>> >> >> >> >> >> >> >
>> >> >> >> >> >> >> >
>> >> >> >> >> >> >> >On 06/06/2013 10:40 AM, McMains, Stephanie wrote:
>> >> >> >> >> >> >> >> I am wondering why you didn't tell them to go through f
>> sva
>> >> reg
>> >> >> e s
>> >> >> >> pac
>> >> >> >> >> e? 
>> >> >> >> >> >> >> >>  I thought that was an easy way to go from SPM MNI to f
>> ree
>> >> sur
>> >> >> fer
>> >> >> >>  la
>> >> >> >> >> nd.
>> >> >> >> >> >> >> >>
>> >> >> >> >> >> >> >>> /tksurfer fsaverage lh inflated -aparc -mni152reg -ove
>> rla
>> >> y /
>> >> >> pat
>> >> >> >> hna
>> >> >> >> >> me/
>> >> >> >> >> >> to/
>> >> >> >> >> >> >> spm/roi/yourfile.img/
>> >> >> >> >> >> >> >>
>> >> >> >> >> >> >> >>
>> >> >> >> >> >> >> >> I am wondering because when I look at the segmentation 
>> for
>> >>  fs
>> >> >> ave
>> >> >> >> rag
>> >> >> >> >> e, 
>> >> >> >> >> >> >> >> it seems like it is missing a lot of the gray matter, p
>> art
>> >> icu
>> >> >> lar
>> >> >> >> ly 
>> >> >> >> >> in 
>> >> >> >> >> >> >> >> the big sulci, most likely from the 'smoothing' that co
>> mes
>> >>  wi
>> >> >> th 
>> >> >> >> >> >> >> >> averaging subjects together.  And therefore I wonder if
>>  th
>> >> is 
>> >> >> is 
>> >> >> >> the
>> >> >> >> >>  
>> >> >> >> >> >> >> >> best thing to use as an intermediate step.  Are you ins
>> tea
>> >> d s
>> >> >> ugg
>> >> >> >> est
>> >> >> >> >> ing
>> >> >> >> >> >>  
>> >> >> >> >> >> >> >> (as it seemed like in this thread), to put the SPM roi 
>> int
>> >> o i
>> >> >> ndi
>> >> >> >> vid
>> >> >> >> >> ual
>> >> >> >> >> >>  
>> >> >> >> >> >> >> >> subject space and then somehow project it to the surfac
>> e i
>> >> n f
>> >> >> ree
>> >> >> >>  su
>> >> >> >> >> rfe
>> >> >> >> >> >> r?
>> >> >> >> >> >> >> >>
>> >> >> >> >> >> >> >> Thanks,
>> >> >> >> >> >> >> >> Stephanie
>> >> >> >> >> >> >> >>
>> >> >> >> >> >> >> >>
>> >> >> >> >> >> >> >> +++++++++++++++++++++++++
>> >> >> >> >> >> >> >>
>> >> >> >> >> >> >> >> Stephanie McMains
>> >> >> >> >> >> >> >> Neuroimaging Staff Scientist
>> >> >> >> >> >> >> >> Center for Brain Science
>> >> >> >> >> >> >> >> Harvard University
>> >> >> >> >> >> >> >> 52 Oxford Street
>> >> >> >> >> >> >> >> Cambridge, MA 02138
>> >> >> >> >> >> >> >>
>> >> >> >> >> >> >> >> +++++++++++++++++++++++++
>> >> >> >> >> >> >> >> For answers to frequently asked questions:
>> >> >> >> >> >> >> >> http://cbs.fas.harvard.edu/science/core-facilities/neur
>> oim
>> >> agi
>> >> >> ng/
>> >> >> >> inf
>> >> >> >> >> orm
>> >> >> >> >> >> ati
>> >> >> >> >> >> >> on-investigators/faq
>> >> >> >> >> >> >> >>
>> >> >> >> >> >> >> >>
>> >> >> >> >> >> >> >>
>> >> >> >> >> >> >> >>
>> >> >> >> >> >> >> >>
>> >> >> >> >> >> >> >>
>> >> >> >> >> >> >> >>
>> >> >> >> >> >> >> >>
>> >> >> >> >> >> >> >>
>> >> >> >> >> >> >> >> _______________________________________________
>> >> >> >> >> >> >> >> Freesurfer mailing list
>> >> >> >> >> >> >> >> Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>> >> >> >> >> >> >> >> https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/frees
>> urf
>> >> er
>> >> >> >> >> >> >> >
>> >> >> >> >> >> >> >-- 
>> >> >> >> >> >> >> >Douglas N. Greve, Ph.D.
>> >> >> >> >> >> >> >MGH-NMR Center
>> >> >> >> >> >> >> >greve@nmr.mgh.harvard.edu
>> >> >> >> >> >> >> >Phone Number: 617-724-2358
>> >> >> >> >> >> >> >Fax: 617-726-7422
>> >> >> >> >> >> >> >
>> >> >> >> >> >> >> >Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
>> >> >> >> >> >> >> >FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2
>> >> >> >> >> >> >> >www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
>> >> >> >> >> >> >> >Outgoing: ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgo
>> ing
>> >> /fl
>> >> >> at/
>> >> >> >> gre
>> >> >> >> >> ve/
>> >> >> >> >> >> >> >
>> >> >> >> >> >> >> >_______________________________________________
>> >> >> >> >> >> >> >Freesurfer mailing list
>> >> >> >> >> >> >> >Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>> >> >> >> >> >> >> >https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesur
>> fer
>> >> >> >> >> >> >> >
>> >> >> >> >> >> >> >
>> >> >> >> >> >> >> >The information in this e-mail is intended only for the p
>> ers
>> >> on 
>> >> >> to 
>> >> >> >> who
>> >> >> >> >> m i
>> >> >> >> >> >> t i
>> >> >> >> >> >> >> s
>> >> >> >> >> >> >> >addressed. If you believe this e-mail was sent to you in 
>> err
>> >> or 
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>> >> >> >>  th
>> >> >> >> >> e e
>> >> >> >> >> >> -ma
>> >> >> >> >> >> >> il
>> >> >> >> >> >> >> >contains patient information, please contact the Partners
>>  Co
>> >> mpl
>> >> >> ian
>> >> >> >> ce 
>> >> >> >> >> Hel
>> >> >> >> >> >> pLi
>> >> >> >> >> >> >> ne at
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>> s s
>> >> ent
>> >> >>  to
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>> >> >> >> >> u i
>> >> >> >> >> >> n e
>> >> >> >> >> >> >> rror
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>> the
>> >>  se
>> >> >> nde
>> >> >> >> r a
>> >> >> >> >> nd 
>> >> >> >> >> >> pro
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>> >> >> >> >> >> >> >dispose of the e-mail.
>> >> >> >> >> >> >> >
>> >> >> >> >> >> >> 
>> >> >> >> >> >> >> 
>> >> >> >> >> >> >> 
>> >> >> >> >> >> >>
>> >> >> >> >> >> 
>> >> >> >> >> >> 
>> >> >> >> >> >> 
>> >> >> >> >> >>
>> >> >> >> >> 
>> >> >> >> >> 
>> >> >> >> >> 
>> >> >> >> >>
>> >> >> >> 
>> >> >> >> 
>> >> >> >> 
>> >> >> >> 
>> >> >> >> 
>> >> >> >>
>> >> >> 
>> >> >> 
>> >> >> 
>> >> >>
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