Hi Bruce,
Thanks Bruce.
I will try the FTP.
Would you please help me deal with another two problems?
The 1st one is :
There is a excellent segmentation in -surfs after editing the pial and running -autorecon-pial. Some voxels was removed from the brainmask.mgz in editing the pial. However the -aseg image still have those voxels which I have removed from the brainmask.mgz. Does this aseg image will influence my group thickness analysis if I donot process additionally? There are brainmask.mgz(pic 1) and aseg(pic 2) snapshots in the attachment.
The 2nd one is :
I could not visualize the inflated image properly by tksurfer. Here was the detailed describe: 
tksurfer yizhihui rh inflated
I could see little thing in the tksurfer after typing the command above. The result can be got in picture 3 of the attachment and the standard output message can be seen in the picture 4. I had visualized it in the freeview tool by typing "freeview -f $SUBJETCS_DIR/yizhihui/surf/rh.inflated ". The result can be seen in picture 5.
CentOS 5.8 is used in my server and I use "freesurfer-Linux-centos4-stable-pib-v5.3.0".
Thanks in advance.
All the best.
 
2013-12-17
Rujing Zha
发件人：Bruce Fischl <fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
发送时间：2013-12-16 23:57
主题：Re: [Freesurfer] unpacksdcmdir: specifies unpacking rules from the command-line ERROR
收件人："Rujing Zha"<charujing123@163.com>
抄送："freesurfer"<freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
 
Hi Rujing 
 
you can use either our FTP site or our file drop. Info for this is at  
http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FtpFileExchange 
 
and 
https://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html 
 
cheers 
Bruce 
 
On Mon, 16 Dec  
2013, Rujing Zha wrote: 
 
> Hi Bruce, 
> Maybe 163 email has some problems. I will try my gmail to send you and Louis 
> my data. But I donot know whether your email can get attachment size 289M? 
> Thanks. 
> All the best. 
>   
> 2013-12-16 
>  
> ____________________________________________________________________________ 
> Rujing Zha 
>  
> ____________________________________________________________________________ 
> 发件人：Bruce Fischl <fischl@nmr.mgh.harvard.edu> 
> 发送时间：2013-12-16 22:37 
> 主题：Re: [Freesurfer] unpacksdcmdir: specifies unpacking rules from the 
> command-line ERROR 
> 收件人："Rujing Zha"<charujing123@163.com> 
> 抄送："freesurfer"<freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> 
>   
> no, I didn't get it  
> On Mon, 16 Dec 2013, Rujing Zha wrote:  
>   
> > Dear Bruce,  
> > Thanks Bruce. That's all right.  
> > I want to know if I e-mail to you my subject's data successfully. The  
> > subject's image had a incorrect segmentation in surfs after recon-all.  
> > Thanks in advance.  
> > All the best.  
> >    
> > 2013-12-16  
> >   
> > _________________________________________________________________________ 
> ___  
> > Rujing Zha  
> >   
> > _________________________________________________________________________ 
> ___  
> > 发件人：Bruce Fischl <fischl@nmr.mgh.harvard.edu>  
> > 发送时间：2013-12-16 22:24  
> > 主题：Re: [Freesurfer] unpacksdcmdir: specifies unpacking rules from the 
?? ?> command-line ERROR  
> > 收件人："Rujing Zha"<charujing123@163.com>  
> > 抄送："freesurfer"<freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>  
> >    
> > sorry, I don't know that code very well. Doug is probably the right one t 
> o  
> ?? ?   
> > help you   
> > Bruce   
> >    
> >    
> > On Mon, 16 Dec 2013, Rujing Zha wrote:   
> >    
> > > Dear Bruce,   
> > > I did setup the "-run 015" not "013" in unpacksdcmdir as I told in prev 
> io  
> > us   
> > > message. But it generated the "013" folder automatically after running 
?? ?  
> > > unpacksdcdir, which made me so confused.   
> > > As it created the "013" folder, I guess unpacksdcmdir didnot recognized 
>    
> > > structure image correctly which was in the "15th" line of the scan.info 
> .  
> ?? ?> Thanks Bruce.   
> > > All the best.   
> > >     
> > > 2013-12-16   
> > >    
> > > _______________________________________________________________________ 
> __  
> > ___   
> > > Rujing Zha   
> > >    
> > > _______________________________________________________________________ 
> __  
> > ___   
> > > 发件人：Bruce Fischl <fischl@nmr.mgh.harvard.edu>   
> > > 发送时间：2013-12-16 22:12   
> > > 主题：Re: [Freesurfer] unpacksdcmdir: specifies unpacking rules from th 
> e  
> ?? ?> command-line ERROR   
> > > 收件人："Rujing Zha"<charujing123@163.com>   
> > > 抄送："freesurfer"<freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>   
> > >     
> > > but why are you giving recon-all the path to run 013 instead of 015? I 
?? ?   
> ?? ?> don't know the fsfast file structure, but your scan.info says that 01 
> 3 is  
> >     
> > ?? ?an EPI fun and 015 is the mprage    
> > >     
> > > On Sat,     
> > > 14 Dec 2013, Rujing Zha wrote:    
> > >     
> > > > Hi Bruce,    
> > > > It generated a 013 subfolder in after running this code "unpacksdcmdi 
> r  
> ?? ?   
> > > > -src ../data/liujunhao -targ ../work/liujunhao -fsfast -run 015 3dana 
> t  
> ?? ?mg   
> > > z    
> > > > 001.mgz". It is 15 that I can see the number of  t1_mpr_ns_sag_iso_zh 
> an  
> > g   
> > ?? ?in    
> > > > the unpack.log.    
> > > > Then I ran "recon-all -i ../work/liujunhao/3danat/013/001.mgz -s liuj 
> un  
> > ha   
> > > o",    
> > > > and it finished without error.    
> > > > "recon-all -s liujunhao -all" was run and ERROR would be displayed:  
?? ?  
> > > > ERROR: input(s) cannot have multiple frames!    
> > > > The recon-all.log unpack.log and scan.info were unloaded in the attac 
> hm  
> > en   
> > > t.    
> > > > Thanks.    
> > > > All the best.    
> > > >      
> > > > 2013-12-14    
> > > >     
> > > > _____________________________________________________________________ 
> __  
> > __   
> > > ___    
> > > > Rujing Zha    
> > > >     
> > > >    
> > > _______________________________________________    
> > > Freesurfer mailing list    
> > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu    
> > > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer    
> > >     
> > >     
> > > The information in this e-mail is intended only for the person to whom 
?? ?it  
> >  i   
> > > s    
> > > addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the 
?? ?e-  
> > ma   
> > > il    
> > > contains patient information, please contact the Partners Compliance He 
> lp  
> > Li   
> > > ne at    
> > > http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to you 
?? ?in  
> >  e   
> > > rror    
> > > but does not contain patient information, please contact the sender and 
>  p  
> > ro   
> > > perly    
> > > dispose of the e-mail.    
> > >     
> > >    
> > >   
> >   
> >  
> _______________________________________________  
> Freesurfer mailing list  
> Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu  
> https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer  
>   
>   
> The information in this e-mail is intended only for the person to whom it i 
> s  
> addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-ma 
> il  
> contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLi 
> ne at  
> http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to you in e 
> rror  
> but does not contain patient information, please contact the sender and pro 
> perly  
> dispose of the e-mail.  
>   
>  
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