Hi Doug,
OK, I see. Thanks Doug.
All the best.
 
2013-12-19
Rujing Zha
发件人：Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu>
发送时间：2013-12-19 04:38
主题：Re: [Freesurfer] design matrix and contrast in fsgdf
收件人："Rujing Zha"<charujing123@163.com>
抄送："freesurfer"<freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
 
yes 
On 12/17/2013 10:06 PM, Rujing Zha wrote: 
> Dear Doug, 
> Thanks for your precious help. 
> Considering the 2nd example, I just want to know whether some brain  
> surface thickness correlate the score without subjects coming from  
> control or patient group. I think my aim is the same as want you told  
> me "test whether the score is equal to 0 or not". Am I right? 
> Thanks. 
> All the best. 
> 2013-12-18 
> ------------------------------------------------------------------------ 
> /Rujing Zha/ 
> ------------------------------------------------------------------------ 
> *发件人：*Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu> 
> *发送时间：*2013-12-18 00:31 
> *主题：*Re: [Freesurfer] design matrix and contrast in fsgdf 
> *收件人：*"freesurfer"<freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> 
> *抄送：* 
> That looks correct. The contrasts for the 2nd example will test whether 
> the score is equal to 0 or not (and not an interaction between diagnosis 
> and score). It is not wrong, but I just wanted to make sure you know 
> what you are testing. 
> doug 
> On 12/17/2013 01:50 AM, Rujing Zha wrote: 
> > Dear all, 
> > I want to design a group t-test analysis and correlation analysis for 
> > pial thickness. I have read the PPT of freesurfer.groupanalysis, and I 
> > wrote a specific design matrix and contrast for my data. However it is 
> > the first time that I design matrix in fsgdf by freesurfer. I didnot 
> > confirm whether I wrote is correct. I need someone to help me review it.  
> 
> > I have two groups, four groups were classified as sex.(Is this 
> > necessary or correct?) 
> > Here is my design matrix in fsgdf for 2 group t-test: 
> > GroupDescriptorFile 1 
> > Title lh_ttest 
> > Class con_male 
> > Class con_female 
> > Class pat_male 
> > Class pat_female 
> > Variables Age edu 
> > Input subjid1 con_male 19 10 
> > Input subjid2 con_male 20 20 
> > Input subjid3 con_male 20 20 
> > Input subjid4 con_male 19 10 
> > Input subjid5 con_female 20 20 
> > Input subjid6 con_female 20 20 
> > Input subjid7 con_female 19 10 
> > Input subjid8 pat_male 20 20 
> > Input subjid9 pat_male 20 20 
> > Input subjid10 pat_male 19 10 
> > Input subjid11 pat_female 20 20 
> > Input subjid12 pat_female 20 20 
> > DefaultVariable Age 
> > In this section, I just want to compare the patient group(class 3 and 
> > 4) and control group(class 1 and 2) in thickness controling the age 
> > and education by ANCOVA. Does this fsgdf implement ANCOVA? 
> > Here is my contrast for this: 
> > 0.5 0.5 -0.5 -0.5 0 0 0 0 0 0 0 0 
> > Here is my design matrix in fsgdf for partial regression: 
> > GroupDescriptorFile 1 
> > Title lh_regression 
> > Class con_male 
> > Class con_female 
> > Class pat_male 
> > Class pat_female 
> > Variables Age edu score1 score2 
> > Input subjid1 con_male 19 10 20 30 
> > Input subjid2 con_male 20 20 20 30 
> > Input subjid3 con_male 20 20 20 30 
> > Input subjid4 con_male 19 10 20 30 
> > Input subjid5 con_female 20 20 20 30 
> > Input subjid6 con_female 20 20 20 30 
> > Input subjid7 con_female 19 10 20 30 
> > Input subjid8 pat_male 20 20 20 30 
> > Input subjid9 pat_male 20 20 20 30 
> > Input subjid10 pat_male 19 10 20 30 
> > Input subjid11 pat_female 20 20 20 30 
> > Input subjid12 pat_female 20 20 20 30 
> > DefaultVariable score1 
> > In this section, I want to implement partial regression analysis(i.e. 
> > score1 and score2) by controling the age,edu and sex. 
> > Here is my contrast for score1: 
> > 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.25 0.25 0.25 0.25 0 0 0 0 
> > Here is my contrast for score2: 
> > 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.25 0.25 0.25 0.25 
> > Any reply will be highly appreciated. 
> > Thanks. 
> > All the best. 
> > 2013-12-17 
> > ------------------------------------------------------------------------  
> 
> > /Rujing Zha/ 
> > 
> > 
> > _______________________________________________ 
> > Freesurfer mailing list 
> > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu 
> > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer 
> --  
> Douglas N. Greve, Ph.D. 
> MGH-NMR Center 
> greve@nmr.mgh.harvard.edu 
> Phone Number: 617-724-2358 
> Fax: 617-726-7422 
> Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting 
> FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2 
> www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html 
> Outgoing: ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/ 
> _______________________________________________ 
> Freesurfer mailing list 
> Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu 
> https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer 
> The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is  
> 
> addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail  
> 
> contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at  
> 
> http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to you in error  
> 
> but does not contain patient information, please contact the sender and properly  
> 
> dispose of the e-mail. 
 
--  
Douglas N. Greve, Ph.D. 
MGH-NMR Center 
greve@nmr.mgh.harvard.edu 
Phone Number: 617-724-2358 
Fax: 617-726-7422 
 
Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting 
FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2 
www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html 
Outgoing: ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/ 
 
_______________________________________________ 
Freesurfer mailing list 
Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu 
https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer