hi, all

 

does freesurfer v5 have multiple fsaverage subjects with varying number of vertices?

 

see the following mails; where does fsaverage6 locate?

 

--------------------------------------------------------------------

Nick Schmansky nicks at nmr.mgh.harvard.edu

 

Fri Sep 10 15:23:09 EDT 2010

 

    * Previous message: [Freesurfer] two questions about freesurfer

    * Next message: [Freesurfer] memory error and WM edits

    * Messages sorted by: [ date ] [ thread ] [ subject ] [ author ]

 

1. in freesurfer v5, there are now multiple fsaverage subjects with

varying number of vertices.  fsaverage6 has about 40,000 vertices per

hemi, so you can just include the flag:

 

--target fsaverage6

 

after the -qcache flag, and it will use that as the target instead of

fsaverage (producing files like 'rh.thickness.fsaverage6.mgh', which

will have 40K thickness samples).

 

--------------------------------------------------------------------

On Fri, 2010-09-10 at 15:19 +0800, Dai Dai wrote:

> Hi, all

>  

> I am a new user of freesurfer and now I have two questions. 

>  

> 1. For my work, the number of vertex in surface data is too much to

> process. How can I downsample the surface mesh as well as the

> curvation file (e.g. thickness)? The vertex number of fsaverage

> template is ~160,000, normally more than that of every subject. Can I

> construct an average surface of less vertexes or downsample the

> fsaverage surface to that of ~20000 vertexes and then transform all

> the subjects using these templates with less vertexes (using recon-all

> -qcache)?

 

2011-05-26

Dai Dai

_______________________________________________
Freesurfer mailing list
Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer