no, I was in subjects_dir. Updated the command to this and it works now.
thanks.

mri_aparc2aseg --s FGH_09112013 --labelwm --hypo-as-wm --rip-unknown --volmask --o FGH_09112013/mri/wmdivided.mgz --annot aparc.split



On Thu, Apr 10, 2014 at 11:24 AM, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:

Are you in the folder just above the mri folder?

On 04/10/2014 11:20 AM, Corinna Bauer wrote:
> Hi Doug,
> Following the example in recon-all.log, I tried this: mri_aparc2aseg
> --s FGH_09112013 --labelwm --hypo-as-wm --rip-unknown --volmask --o
> mri/wmdivided.mgz --annot aparc.split
>
> and received and mgh Write error.mghWrite(mri/wmdivided.mgz, -1):
> could not open file
>
>
>
> On Thu, Apr 10, 2014 at 11:11 AM, Douglas N Greve
> <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> wrote:
>
>     Use mri_aparc2aseg with the --labelwm option. Look in the
>     recon-all.log
>     file for an example command line that generates wmparc.mgz
>
>     doug
>
>     On 04/10/2014 09:52 AM, Corinna Bauer wrote:
>     > For creating corresponding wm segmentations to the rois derived from
>     > mris_divide_parcellation, should mri_aparc2wmseg be used or should I
>     > follow the steps outlined in this posting
>     >
>     https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/pipermail//freesurfer/2010-February/013471.html
>     > ?
>     >
>     > Thanks
>     >
>     > Corinna
>     >
>     >
>     > On Wed, Apr 9, 2014 at 10:28 AM, Corinna Bauer
>     <corinnab83@gmail.com <mailto:corinnab83@gmail.com>
>     > <mailto:corinnab83@gmail.com <mailto:corinnab83@gmail.com>>> wrote:
>     >
>     >     Perfect. Thanks!
>     >
>     >
>     >     On Wed, Apr 9, 2014 at 10:22 AM, Douglas N Greve
>     >     <greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> wrote:
>     >
>     >
>     >         you'll need to figure it out from the volume itself by
>     loading
>     >         the seg
>     >         with both -seg and -aux. When you find the label you want,
>     >         click on it
>     >         and the aux value in the control window will tell you
>     what the
>     >         id is
>     >
>     >         doug
>     >
>     >         On 04/09/2014 09:41 AM, Corinna Bauer wrote:
>     >         > In the mri_extract_label, there is a label number. Where
>     >         would I find
>     >         > this for the new labels?
>     >         >
>     >         > i.e. mri_extract_label ${subj_dir}/mri/aparc+aseg.mgz 2035
>     >         > ${subj_dir}/hardi_labels/ctx-rh-insula.nii
>     >         >
>     >         >
>     >         > On Tue, Apr 8, 2014 at 10:50 PM, Douglas Greve
>     >         > <greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> wrote:
>     >         >
>     >         >     yep, exactly
>     >         >
>     >         >
>     >         >     On 4/8/14 6:00 PM, Corinna Bauer wrote:
>     >         >>     Hi Doug,
>     >         >>     After I have the labels then in each subject's T1
>     >         space, I will
>     >         >>     need to then put them into diffusion and resting
>     state
>     >         space.
>     >         >>
>     >         >>     I already have scripts that put the parcellations
>     into
>     >         >>     subject-specific diffusion/resting state space (using
>     >         bbregister,
>     >         >>     tkregister2, mri_vol2vol (using the inverse
>     >         registration from
>     >         >>     bbregister to put the T1 into diffusion space),
>     >         mri_extract_label
>     >         >>     (extract labels from aparc+aseg.mgz), and then
>     >         mri_label2vol
>     >         >>     (register each of the extracted labels into diffusion
>     >         space).
>     >         >>     Would a similar approach work for the new labels?
>     >         >>
>     >         >>     Corinna
>     >         >>
>     >         >>
>     >         >>     On Tue, Apr 8, 2014 at 5:42 PM, Douglas N Greve
>     >         >>     <greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> wrote:
>     >         >>
>     >         >>
>     >         >>         Exactly what you have described won't work very
>     >         well because
>     >         >>         it would be
>     >         >>         in the volume. I would divide up the
>     parcellations in
>     >         >>         fsaverage space
>     >         >>         like you've done, then map the parcellation
>     to each
>     >         subject using
>     >         >>         mri_surf2surf (--sval-annot, see example 6)
>     >         >>
>     >         >>         doug
>     >         >>
>     >         >>         On 04/08/2014 04:54 PM, Corinna Bauer wrote:
>     >         >>         > Hello all,
>     >         >>         >
>     >         >>         > I am planning to use
>     mris_divide_parcellation to
>     >         split the
>     >         >>         Desikan
>     >         >>         > atlas into smaller ROIs, but will need the new
>     >         ROIs to be
>     >         >>         consistent
>     >         >>         > between subjects.
>     >         >>         >
>     >         >>         > Can I achieve this if I register each
>     subject to
>     >         fsaverage
>     >         >>         space and
>     >         >>         > then apply the inverse transform to the divided
>     >         >>         parcellations (which
>     >         >>         > are currently done on the fsaverage brain)?
>     >         >>         >
>     >         >>         > If so, for extracting each label, what would be
>     >         used for
>     >         >>         the label
>     >         >>         > number?
>     >         >>         > (i.e. mri_extract_label
>     >         ${subj_dir}/mri/aparc+aseg.mgz *2035*
>     >         >>         > ${subj_dir}/hardi_labels/ctx-rh-insula.nii)
>     >         >>         >
>     >         >>         >
>     >         >>         > Thanks
>     >         >>         >
>     >         >>         > Corinna
>     >         >>         >
>     >         >>         >
>     >         >>         > _______________________________________________
>     >         >>         > Freesurfer mailing list
>     >         >>         > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >         <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >         >>         <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >         <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>     >         >>         >
>     > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>     >         >>
>     >         >>         --
>     >         >>         Douglas N. Greve, Ph.D.
>     >         >>         MGH-NMR Center
>     >         >> greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>     >         >>         Phone Number: 617-724-2358 <tel:617-724-2358>
>     <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>>
>     >         <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358
>     <tel:617-724-2358>>>
>     >         >>         Fax: 617-726-7422 <tel:617-726-7422>
>     <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>>
>     >         <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422
>     <tel:617-726-7422>>>
>     >         >>
>     >         >>         Bugs:
>     > surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
>     <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
>     >         <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
>     >         >>
>     <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
>     >         >>         FileDrop:
>     https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2
>     >         >> www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
>     <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
>     >
>     <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
>     >         >>
>     >
>     <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
>     >         >>         Outgoing:
>     >         >>
>     ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/
>     >         >>
>     >         >> _______________________________________________
>     >         >>         Freesurfer mailing list
>     >         >> Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >         <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >         >>         <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >         <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>     >         >>
>     https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>     >         >>
>     >         >>
>     >         >>         The information in this e-mail is intended
>     only for the
>     >         >>         person to whom it is
>     >         >>         addressed. If you believe this e-mail was sent to
>     >         you in
>     >         >>         error and the e-mail
>     >         >>         contains patient information, please contact the
>     >         Partners
>     >         >>         Compliance HelpLine at
>     >         >> http://www.partners.org/complianceline . If the
>     e-mail was
>     >         >>         sent to you in error
>     >         >>         but does not contain patient information, please
>     >         contact the
>     >         >>         sender and properly
>     >         >>         dispose of the e-mail.
>     >         >>
>     >         >>
>     >         >>
>     >         >>
>     >         >> _______________________________________________
>     >         >>     Freesurfer mailing list
>     >         >> Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >         <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >          <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >         <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>     >         >>
>     https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>     >         >
>     >         >
>     >         > _______________________________________________
>     >         >     Freesurfer mailing list
>     >         > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >         <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >         <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>     >         >
>     https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>     >         >
>     >         >
>     >         >     The information in this e-mail is intended only
>     for the
>     >         person to
>     >         >     whom it is
>     >         >     addressed. If you believe this e-mail was sent to
>     you in
>     >         error and
>     >         >     the e-mail
>     >         >     contains patient information, please contact the
>     Partners
>     >         >     Compliance HelpLine at
>     >         > http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was
>     >         sent to
>     >         >     you in error
>     >         >     but does not contain patient information, please
>     contact the
>     >         >     sender and properly
>     >         >     dispose of the e-mail.
>     >         >
>     >         >
>     >         >
>     >         >
>     >         > _______________________________________________
>     >         > Freesurfer mailing list
>     >         > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >         <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >         >
>     https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>     >
>     >         --
>     >         Douglas N. Greve, Ph.D.
>     >         MGH-NMR Center
>     > greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >         Phone Number: 617-724-2358 <tel:617-724-2358>
>     <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>>
>     >         Fax: 617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422
>     <tel:617-726-7422>>
>     >
>     >         Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
>     <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
>     >         <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
>     >         FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2
>     > www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
>     <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
>     >
>     <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
>     >         Outgoing:
>     > ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/
>     >
>     > _______________________________________________
>     >         Freesurfer mailing list
>     > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >         <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>     >
>     >
>     >
>     >
>     >
>     > _______________________________________________
>     > Freesurfer mailing list
>     > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>
>     --
>     Douglas N. Greve, Ph.D.
>     MGH-NMR Center
>     greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     Phone Number: 617-724-2358
>     Fax: 617-726-7422
>
>     Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
>     <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
>     FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2
>     www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
>     <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
>     Outgoing:
>     ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/
>
>     _______________________________________________
>     Freesurfer mailing list
>     Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>
>
>
>
> _______________________________________________
> Freesurfer mailing list
> Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
> https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer

--
Douglas N. Greve, Ph.D.
MGH-NMR Center
greve@nmr.mgh.harvard.edu
Phone Number: 617-724-2358
Fax: 617-726-7422

Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2
www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
Outgoing: ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/

_______________________________________________
Freesurfer mailing list
Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer