Dear Bruce,
Thanks Bruce. That's all right.
I want to know if I e-mail to you my subject's data successfully. The subject's image had a incorrect segmentation in surfs after recon-all.
Thanks in advance.
All the best.
 
2013-12-16
Rujing Zha
发件人：Bruce Fischl <fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
发送时间：2013-12-16 22:24
主题：Re: [Freesurfer] unpacksdcmdir: specifies unpacking rules from the command-line ERROR
收件人："Rujing Zha"<charujing123@163.com>
抄送："freesurfer"<freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
 
sorry, I don't know that code very well. Doug is probably the right one to  
help you 
Bruce 
 
 
On Mon, 16 Dec 2013, Rujing Zha wrote: 
 
> Dear Bruce, 
> I did setup the "-run 015" not "013" in unpacksdcmdir as I told in previous 
> message. But it generated the "013" folder automatically after running 
> unpacksdcdir, which made me so confused. 
> As it created the "013" folder, I guess unpacksdcmdir didnot recognized 
> structure image correctly which was in the "15th" line of the scan.info. 
> Thanks Bruce. 
> All the best. 
>   
> 2013-12-16 
>  
> ____________________________________________________________________________ 
> Rujing Zha 
>  
> ____________________________________________________________________________ 
> 发件人：Bruce Fischl <fischl@nmr.mgh.harvard.edu> 
> 发送时间：2013-12-16 22:12 
> 主题：Re: [Freesurfer] unpacksdcmdir: specifies unpacking rules from the 
> command-line ERROR 
> 收件人："Rujing Zha"<charujing123@163.com> 
> 抄送："freesurfer"<freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> 
>   
> but why are you giving recon-all the path to run 013 instead of 015? I   
> don't know the fsfast file structure, but your scan.info says that 013 is  
?? ?an EPI fun and 015 is the mprage  
>   
> On Sat,   
> 14 Dec 2013, Rujing Zha wrote:  
>   
> > Hi Bruce,  
> > It generated a 013 subfolder in after running this code "unpacksdcmdir  
> > -src ../data/liujunhao -targ ../work/liujunhao -fsfast -run 015 3danat mg 
> z  
> > 001.mgz". It is 15 that I can see the number of  t1_mpr_ns_sag_iso_zhang 
?? ?in  
> > the unpack.log.  
> > Then I ran "recon-all -i ../work/liujunhao/3danat/013/001.mgz -s liujunha 
> o",  
> > and it finished without error.  
> > "recon-all -s liujunhao -all" was run and ERROR would be displayed:  
> > ERROR: input(s) cannot have multiple frames!  
> > The recon-all.log unpack.log and scan.info were unloaded in the attachmen 
> t.  
> > Thanks.  
> > All the best.  
> >    
> > 2013-12-14  
> >   
> > _________________________________________________________________________ 
> ___  
> > Rujing Zha  
> >   
> >  
> _______________________________________________  
> Freesurfer mailing list  
> Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu  
> https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer  
>   
>   
> The information in this e-mail is intended only for the person to whom it i 
> s  
> addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-ma 
> il  
> contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLi 
> ne at  
> http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to you in e 
> rror  
> but does not contain patient information, please contact the sender and pro 
> perly  
> dispose of the e-mail.  
>   
>  
>