I don't understand what you are trying to do. What do you mean by sulcal probability map?

Hi Doug

I just wanted to let you know that I finally sorted this out - you were correct that minc files have a scale factor (hidden to Freesurfer), and so I used "mincreshape" on the original mincs and now my overlays in Freesurfer are values of 0 and 1.

However, I have another question with regards to mri_concat - I used this followed by mris_fwhm and my maximum overlap in my sulcal probability map is lower (15-20%) than when I use "mri_average". Do you know why this would be? Below is an example of what I ran:

trisanna@kaplan:/data-01/trisanna/freesurfer/freesurfer_5.3/fsaverage/DISPLAY_overlays_fsaverage_right/aalf_rh$ mri_average -noconform -p *.mgz average.mgz
inhibiting isotropic volume interpolation
binarizing images to compute pct at each voxel
1 of 40: reading fsaverage_overlay_aalf_icbm-102_right.mgz...
2 of 40: reading fsaverage_overlay_aalf_icbm-103_right.mgz...
3 of 40: reading fsaverage_overlay_aalf_icbm-104_right.mgz...
4 of 40: reading fsaverage_overlay_aalf_icbm-105_right.mgz...
5 of 40: reading fsaverage_overlay_aalf_icbm-106_right.mgz...
6 of 40: reading fsaverage_overlay_aalf_icbm-107_right.mgz...
7 of 40: reading fsaverage_overlay_aalf_icbm-108_right.mgz...
8 of 40: reading fsaverage_overlay_aalf_icbm-109_right.mgz...
9 of 40: reading fsaverage_overlay_aalf_icbm-110_right.mgz...
10 of 40: reading fsaverage_overlay_aalf_icbm-111_right.mgz...
11 of 40: reading fsaverage_overlay_aalf_icbm-112_right.mgz...
12 of 40: reading fsaverage_overlay_aalf_icbm-113_right.mgz...
13 of 40: reading fsaverage_overlay_aalf_icbm-114_right.mgz...
14 of 40: reading fsaverage_overlay_aalf_icbm-115_right.mgz...
15 of 40: reading fsaverage_overlay_aalf_icbm-117_right.mgz...
16 of 40: reading fsaverage_overlay_aalf_icbm-118_right.mgz...
17 of 40: reading fsaverage_overlay_aalf_icbm-119_right.mgz...
18 of 40: reading fsaverage_overlay_aalf_icbm-120_right.mgz...
19 of 40: reading fsaverage_overlay_aalf_icbm-121_right.mgz...
20 of 40: reading fsaverage_overlay_aalf_icbm-122_right.mgz...
21 of 40: reading fsaverage_overlay_aalf_icbm-123_right.mgz...
22 of 40: reading fsaverage_overlay_aalf_icbm-126_right.mgz...
23 of 40: reading fsaverage_overlay_aalf_icbm-127_right.mgz...
24 of 40: reading fsaverage_overlay_aalf_icbm-131_right.mgz...
25 of 40: reading fsaverage_overlay_aalf_icbm-133_right.mgz...
26 of 40: reading fsaverage_overlay_aalf_icbm-135_right.mgz...
27 of 40: reading fsaverage_overlay_aalf_icbm-137_right.mgz...
28 of 40: reading fsaverage_overlay_aalf_icbm-139_right.mgz...
29 of 40: reading fsaverage_overlay_aalf_icbm-140_right.mgz...
30 of 40: reading fsaverage_overlay_aalf_icbm-141_right.mgz...
31 of 40: reading fsaverage_overlay_aalf_icbm-142_right.mgz...
32 of 40: reading fsaverage_overlay_aalf_icbm-143_right.mgz...
33 of 40: reading fsaverage_overlay_aalf_icbm-144_right.mgz...
34 of 40: reading fsaverage_overlay_aalf_icbm-146_right.mgz...
35 of 40: reading fsaverage_overlay_aalf_icbm-150_right.mgz...
36 of 40: reading fsaverage_overlay_aalf_icbm-158_right.mgz...
37 of 40: reading fsaverage_overlay_aalf_icbm-200_right.mgz...
38 of 40: reading fsaverage_overlay_aalf_icbm-201_right.mgz...
39 of 40: reading fsaverage_overlay_aalf_icbm-203_right.mgz...
40 of 40: reading fsaverage_overlay_aalf_icbm-204_right.mgz...
writing to average.mgz...
alignment and averaging took 0 minutes and 1 seconds.

versus


trisanna@kaplan:/data-01/trisanna/freesurfer/freesurfer_5.3/fsaverage/DISPLAY_overlays_fsaverage_right/aalf_rh$ mri_concat *.mgz --o /data-01/trisanna/freesurfer/freesurfer_5.3/fsaverage/DISPLAY_overlays_fsaverage_right/aalf_rh/test.mgz --mean
ninputs = 40
Checking inputs
nframestot = 40
Allocing output
Done allocing
nframes = 40
Computing mean across frames
Writing to /data-01/trisanna/freesurfer/freesurfer_5.3/fsaverage/DISPLAY_overlays_fsaverage_right/aalf_rh/test.mgz

trisanna@kaplan:/data-01/trisanna/freesurfer/freesurfer_5.3/fsaverage/DISPLAY_overlays_fsaverage_right/aalf_rh$ mris_fwhm --smooth-only --s fsaverage --hemi rh --i /data-01/trisanna/freesurfer/freesurfer_5.3/fsaverage/DISPLAY_overlays_fsaverage_right/aalf_rh_average/test.mgz --o /data-01/trisanna/freesurfer/freesurfer_5.3/fsaverage/DISPLAY_overlays_fsaverage_right/aalf_rh_average/test_sm.mgz --surf pial --fwhm 3
fsaverage rh pial
Number of vertices 163842
Number of faces    327680
Total area         76345.085938
GroupSurface 104338.609375
AvgVtxArea       0.465968
AvgVtxDist       0.775229
StdVtxDist       0.263666
Not Polynomial detrending
Smoothing input by fwhm=3.000000, gstd=1.273983, niters=5
Only smoothing, so saving and exiting now

Best

Trisanna

--

Ph.D. Candidate

McGill University

Integrated Program in Neuroscience

Psychology

On Thu, Nov 10, 2016 at 4:22 PM, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:

it is probably the case that there is a scale factor in your file that
is not = 1. Can you look inside the file to see?


On 11/10/2016 03:11 PM, Trisanna Sprung-Much wrote:
> Hi Doug
>
> I received the following answer from one of the guys who manages MINC:
>
> "MINC files do contain a "scale factor" that can convert the raw voxel
> values to the "true" voxel values.  I do not know if the FreeSurfer
> software correctly interprets this"
>
> What exactly does this mean?
>
> Trisanna
>
> --
> Ph.D. Candidate
> McGill University
> Integrated Program in Neuroscience
> Psychology
>
>
> On Thu, Nov 10, 2016 at 12:55 PM, Trisanna Sprung-Much
> <trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
> <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>> wrote:
>
>     sure, Doug. I can look into this.
>
>     Trisanna
>
>     --
>     Ph.D. Candidate
>     McGill University
>     Integrated Program in Neuroscience
>     Psychology
>
>
>     On Thu, Nov 10, 2016 at 12:50 PM, Douglas N Greve
>     <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> wrote:
>
>         Not really. It could be that minc has a scale factor in the
>         file that we
>         do not read. Can you check that?
>
>
>         On 11/09/2016 06:50 PM, Trisanna Sprung-Much wrote:
>         > any thoughts as to what that could be?
>         >
>         > Trisanna
>         >
>         > --
>         > Ph.D. Candidate
>         > McGill University
>         > Integrated Program in Neuroscience
>         > Psychology
>         >
>         >
>         > On Mon, Nov 7, 2016 at 6:13 PM, Trisanna Sprung-Much
>         > <trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>
>         > <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>>> wrote:
>         >
>         >     Hi Doug
>         >
>         >     Well, now that is very odd...
>         >     yes, when I use my minc viewer (see previous email image
>         attached)
>         >     I see 0 and 1...
>         >
>         >     So, something is happening in the conversion of the .mnc
>         >
>         >
>         >     best
>         >     Trisanna
>         >
>         >     --
>         >     Ph.D. Candidate
>         >     McGill University
>         >     Integrated Program in Neuroscience
>         >     Psychology
>         >
>         >
>         >     On Mon, Nov 7, 2016 at 4:38 PM, Douglas N Greve
>         >     <greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> wrote:
>         >
>         >         I did not see binary values. The values were 255 in
>         the mnc
>         >         volume. The
>         >         caveat here is that I can only read it in using FS,
>         so if there is
>         >         something burried in the FS code that causes the
>         values to
>         >         change from 1
>         >         to 255, I might not see it. Is there a minc viewer
>         you can use to
>         >         resolve this?
>         >
>         >
>         >         On 11/07/2016 04:23 PM, Trisanna Sprung-Much wrote:
>         >         > Hi Doug
>         >         >
>         >         > I am confused. The values of the input .mnc for
>         mri_vol2surf
>         >         are 0 and
>         >         > 1.*I attach a snapshot using an inhouse software
>         where you
>         >         can see the
>         >         > "1" highlighted in blue.* We also used the
>         following command
>         >         to ensure
>         >         > they are 0 and 1:
>         >         >
>         >         > minclookup ' label_folder '/labels_final_minc1.mnc '
>         >         label_folder
>         >         > '/label_aalf.mnc -discrete -lut_string "4 1"
>         -clobber --> this
>         >         > extracts my id 4 that I painted this sulcus with
>         and gives
>         >         it a value
>         >         > of 1.
>         >         >
>         >         > Do you mean you do not see the binary values on
>         your end?
>         >         >
>         >         > Trisanna
>         >         >
>         >         > --
>         >         > Ph.D. Candidate
>         >         > McGill University
>         >         > Integrated Program in Neuroscience
>         >         > Psychology
>         >         >
>         >         >
>         >         > On Mon, Nov 7, 2016 at 3:53 PM, Douglas N Greve
>         >         > <greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> wrote:
>         >         >
>         >         >     It looks like the input has values of 255 and
>         0, not 1
>         >         and 0. How
>         >         >     do you
>         >         >     verify that the values are 0 and 1?
>         >         >
>         >         >
>         >         >     On 11/07/2016 03:43 PM, Trisanna Sprung-Much
>         wrote:
>         >         >     > Hi Doug
>         >         >     >
>         >         >     > I have uploaded the label_aalf.mnc and
>         >         testsurfaceoverlay.mgz
>         >         >     >
>         >         >     > Here is an example of the mri_vol2surf that
>         I use
>         >         >     >
>         >         >     > *
>         >         >     > trisanna@kaplan:~$ mri_vol2surf --mov
>         >         >     >
>         >
>          /data-01/trisanna/freesurfer/icbm-113/label/label_aalf.mnc --o
>         >         >     >
>         >
>          /data-01/trisanna/freesurfer/icbm-113/testsurfaceoverlay.mg
>         <http://testsurfaceoverlay.mg>z
>         >         >     --hemi lh
>         >         >     > *--surf pial --regheader icbm-113
>         >         >     > srcvol =
>         >
>          /data-01/trisanna/freesurfer/icbm-113/label/label_aalf.mnc
>         >         >     > srcreg unspecified
>         >         >     > srcregold = 0
>         >         >     > srcwarp unspecified
>         >         >     > surf = pial
>         >         >     > hemi = lh
>         >         >     > reshape = 0
>         >         >     > interp = nearest
>         >         >     > float2int = round
>         >         >     > GetProjMax = 0
>         >         >     > INFO: float2int code = 0
>         >         >     > INFO: changing type to float
>         >         >     > Done loading volume
>         >         >     > Computing registration from header.
>         >         >     >   Using
>         >         /data-01/trisanna/freesurfer/icbm-113/mri/orig.mgz
>         as target
>         >         >     > reference.
>         >         >     > Reading surface
>         >         /data-01/trisanna/freesurfer/icbm-113/surf/lh.pial
>         >         >     > Done reading source surface
>         >         >     > Mapping Source Volume onto Source Subject
>         Surface
>         >         >     >  1 0 0 0
>         >         >     > using old
>         >         >     > Done mapping volume to surface
>         >         >     > Number of source voxels hit = 53960
>         >         >     > Writing to
>         >         >
>         >
>         /data-01/trisanna/freesurfer/icbm-113/testsurfaceoverlay.mg
>         <http://testsurfaceoverlay.mg>
>         >         <http://testsurfaceoverlay.mg>z
>         >         >     > Dim: 159741 1 1
>         >         >     > *
>         >         >     > When I open this in Freeview, the values are
>         either 0
>         >         or 255. However,
>         >         >     > they were binary (0 or 1) in the
>         label_aalf.mnc input
>         >         file.*
>         >         >     >
>         >         >     >
>         >         >     > The mri_concat command that I ran on
>         label_aalf for 20
>         >         >     hemispheres is:
>         >         >     >
>         >         >     > *trisanna@kaplan:~$ mri_concat
>         >         >     >
>         >         >
>         >
>         /data-01/trisanna/freesurfer/fsaverage/committee_meeting/DISPLAY_overlays_fsaverage_left/aalf_lh/*.mgz
>         >         >     > --o
>         >         >     >
>         >         >
>         >
>         /data-01/trisanna/freesurfer/fsaverage/committee_meeting/DISPLAY_overlays_fsaverage_left/aalf_lh/mri_concat_test.mgz
>         >         >     > --mean*
>         >         >     > ninputs = 20
>         >         >     > Checking inputs
>         >         >     > nframestot = 20
>         >         >     > Allocing output
>         >         >     > Done allocing
>         >         >     > nframes = 20
>         >         >     > Computing mean across frames
>         >         >     > Writing to
>         >         >     >
>         >         >
>         >
>         /data-01/trisanna/freesurfer/fsaverage/committee_meeting/DISPLAY_overlays_fsaverage_left/aalf_lh/mri_concat_test.mgz
>         >         >     >
>         >         >     >
>         >         >     > thanks
>         >         >     >
>         >         >     > Trisanna
>         >         >     >
>         >         >     > --
>         >         >     > Ph.D. Candidate
>         >         >     > McGill University
>         >         >     > Integrated Program in Neuroscience
>         >         >     > Psychology
>         >         >     >
>         >         >     >
>         >         >     > On Tue, Nov 1, 2016 at 2:45 PM, Douglas N Greve
>         >         >     > <greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> wrote:
>         >         >     >
>         >         >     >     Can you send me the mri_concat command
>         and also
>         >         upload the
>         >         >     input files
>         >         >     >     to our filedrop?
>         >         >     >
>         >         >     > https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2
>         <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2>
>         >         <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2
>         <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2>>
>         >         >     <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2
>         <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2>
>         >         <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2
>         <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2>>>
>         >         >     >
>          <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2
>         <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2>
>         >         <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2
>         <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2>>
>         >         >     <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2
>         <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2>
>         >         <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2
>         <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2>>>>
>         >         >     >
>         >         >     >     On 11/01/2016 02:31 PM, Trisanna
>         Sprung-Much wrote:
>         >         >     >     > Does anyone know who wrote the script for
>         >         mri_concat? I
>         >         >     would really
>         >         >     >     > like to get this figured out.
>         >         >     >     >
>         >         >     >     > thanks
>         >         >     >     >
>         >         >     >     > Trisanna
>         >         >     >     >
>         >         >     >     > --
>         >         >     >     > Ph.D. Candidate
>         >         >     >     > McGill University
>         >         >     >     > Integrated Program in Neuroscience
>         >         >     >     > Psychology
>         >         >     >     >
>         >         >     >     >
>         >         >     >     > On Fri, Oct 21, 2016 at 12:13 PM, Trisanna
>         >         Sprung-Much
>         >         >     >     > <trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>
>         >         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>>
>         >         >     <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>
>         >         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>>>
>         >         >     >
>          <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>
>         >         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>>
>         >         >     <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>
>         >         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>>>>
>         >         >     >     >
>         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>
>         >         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>>
>         >         >     <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>
>         >         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>>>
>         >         >     >
>          <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>
>         >         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>>
>         >         >     <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>
>         >         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>>>>>> wrote:
>         >         >     >     >
>         >         >     >     >     thanks Bruce - I had indeed used
>         this months
>         >         ago but
>         >         >     at the
>         >         >     >     >     workshop this semester Doug had
>         suggested
>         >         mri_concat
>         >         >     as it is a
>         >         >     >     >     newer command and also doesn't
>         blur the
>         >         data. I am
>         >         >     just having
>         >         >     >     >     problems creating percentage
>         values with
>         >         mri_concat.
>         >         >     >     >
>         >         >     >     >     *Would you know why mri_vol2surf
>         is taking a
>         >         binary minc
>         >         >     >     file and
>         >         >     >     >     creating values ranging from 0-255
>         that
>         >         mri_concat then
>         >         >     >     preserves?*
>         >         >     >     >
>         >         >     >     >     best
>         >         >     >     >     Trisanna
>         >         >     >     >
>         >         >     >     >     --
>         >         >     >     >     Ph.D. Candidate
>         >         >     >     >     McGill University
>         >         >     >     >     Integrated Program in Neuroscience
>         >         >     >     >     Psychology
>         >         >     >     >
>         >         >     >     >
>         >         >     >     >     On Fri, Oct 21, 2016 at 9:29 AM,
>         Bruce Fischl
>         >         >     >     >     <fischl@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         >     <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>         >         >     >     <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         >     <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
>         >         >     >     <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         >     <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>         >         >     >     <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>
>         >         >     >     >     wrote:
>         >         >     >     >
>         >         >     >     >         Hi Trisanna
>         >         >     >     >
>         >         >     >     >         not sure about mri_concat, but
>         mri_average
>         >         >     -noconform -p ...
>         >         >     >     >         should do the trick
>         >         >     >     >
>         >         >     >     >         cheers
>         >         >     >     >         Bruce
>         >         >     >     >         On Wed, 19 Oct 2016, Trisanna
>         >         Sprung-Much wrote:
>         >         >     >     >
>         >         >     >     >  Something weird is happening with
>         >         mri_vol2surf
>         >         >     - even
>         >         >     >     >             though the data looks
>         great, the
>         >         values are odd
>         >         >     >     >             which carries over when I
>         try to
>         >         average with
>         >         >     >     mri_concat.
>         >         >     >     >             I would just like to get
>         percentage
>         >         values
>         >         >     >     >             with mri_concat.
>         >         >     >     >  thanks!
>         >         >     >     >
>         >         >     >     >  Trisanna
>         >         >     >     >
>         >         >     >     >             --
>         >         >     >     >             Ph.D. CandidateMcGill
>         University
>         >         >     >     >
>         >         >     >     >  Integrated Program in Neuroscience
>         >         >     >     >  Psychology
>         >         >     >     >
>         >         >     >     >
>         >         >     >     >             On Mon, Oct 17, 2016 at
>         5:21 PM,
>         >         Trisanna
>         >         >     Sprung-Much
>         >         >     >     >
>          <trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>
>         >         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>>
>         >         >     <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>
>         >         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>>>
>         >         >     >
>          <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>
>         >         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>>
>         >         >     <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>
>         >         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>>>>
>         >         >     >     >
>         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>
>         >         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>>
>         >         >     <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>
>         >         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>>>
>         >         >     >
>          <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>
>         >         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>>
>         >         >     <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>
>         >         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca
>         <mailto:trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca>>>>>> wrote:
>         >         >     >     >  Hi Doug
>         >         >     >     >
>         >         >     >     >             Here is what I ran:
>         >         >     >     >
>         >         >     >     >  trisanna@kaplan:~$ mri_vol2surf --mov
>         >         >     >     >
>         >         >     >
>         >
>          /data-01/trisanna/freesurfer/icbm-113/label/label_aalf.mnc
>         >         >     >     >             --o
>         >         >     >     >
>         >         >     >
>         >
>          /data-01/trisanna/freesurfer/icbm-113/testsurfaceoverlay.mg
>         <http://testsurfaceoverlay.mg>
>         >         <http://testsurfaceoverlay.mg>
>         >         >     <http://testsurfaceoverlay.mg>
>         >         >     >     <http://testsurfaceoverlay.mg>z
>         >         >     >     >        --hemi lh --surf pial --regheader
>         >         >     >     >  icbm-113
>         >         >     >     >             srcvol =
>         >         >     >     >
>         >         >     >
>         >
>          /data-01/trisanna/freesurfer/icbm-113/label/label_aalf.mnc
>         >         >     >     >             srcreg unspecified
>         >         >     >     >  srcregold = 0
>         >         >     >     >  srcwarp unspecified
>         >         >     >     >             surf = pial
>         >         >     >     >             hemi = lh
>         >         >     >     >  reshape = 0
>         >         >     >     >             interp = nearest
>         >         >     >     >  float2int = round
>         >         >     >     >  GetProjMax = 0
>         >         >     >     >             INFO: float2int code = 0
>         >         >     >     >             INFO: changing type to float
>         >         >     >     >             Done loading volume
>         >         >     >     >  Computing registration from header.
>         >         >     >     >  Using
>         >         >     >
>          /data-01/trisanna/freesurfer/icbm-113/mri/orig.mgz
>         >         >     >     >             as target reference.
>         >         >     >     >  Reading surface
>         >         >     >     >
>         /data-01/trisanna/freesurfer/icbm-113/surf/lh.pial
>         >         >     >     >             Done reading source surface
>         >         >     >     >  Mapping Source Volume onto Source
>         >         Subject Surface
>         >         >     >     >              1 0 0 0
>         >         >     >     >             using old
>         >         >     >     >             Done mapping volume to surface
>         >         >     >     >             Number of source voxels
>         hit = 53960
>         >         >     >     >  Writing to
>         >         >     >     >
>         >         >     >
>         >
>          /data-01/trisanna/freesurfer/icbm-113/testsurfaceoverlay.mg
>         <http://testsurfaceoverlay.mg>
>         >         <http://testsurfaceoverlay.mg>
>         >         >     <http://testsurfaceoverlay.mg>
>         >         >     >     <http://testsurfaceoverlay.mg>z
>         >         >     >     >             Dim: 159741 1 1
>         >         >     >     >
>         >         >     >     >             When I open this in
>         Freeview, the
>         >         values are
>         >         >     either 0 or
>         >         >     >     >             255 (see attached image).
>         However, they
>         >         >     >     >             were binary (0 or 1) in the
>         >         label_aalf.mnc
>         >         >     input file...
>         >         >     >     >
>         >         >     >     >  Trisanna
>         >         >     >     >
>         >         >     >     >
>         >         >     >     >             --
>         >         >     >     >             Ph.D. CandidateMcGill
>         University
>         >         >     >     >
>         >         >     >     >  Integrated Program in Neuroscience
>         >         >     >     >  Psychology
>         >         >     >     >
>         >         >     >     >
>         >         >     >     >             On Wed, Oct 12, 2016 at
>         2:09 PM,
>         >         Douglas N Greve
>         >         >     >     >             <greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>         >         >     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
>         >         >     >     >
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> wrote:
>         >         >     >     >  Hmmm, I don't know what could
>         >         be going
>         >         >     on. Can you
>         >         >     >     >             send the command line
>         >         >     >     >  and all terminal output?
>         >         >     >     >
>         >         >     >     >
>         >         >     >     >  On 10/06/2016 10:37 PM,
>         >         Trisanna Sprung-Much
>         >         >     >     wrote:
>         >         >     >     >  > Hi Doug
>         >         >     >     >  >
>         >         >     >     >  > So the pixel values are 0
>         >         and 1 *in
>         >         >     the original
>         >         >     >     >             .mnc*. It seems that
>         >         >     >     >  > after performing
>         >         mri_vol2surf they
>         >         >     become 0 and
>         >         >     >     >             255, and stay this way
>         >         >     >     >  > after mri_surf2surf as well.
>         >         So, why would
>         >         >     >     >  mri_vol2surf be changing
>         >         >     >     >  > the values?
>         >         >     >     >  >
>         >         >     >     >  > Trisanna
>         >         >     >     >  >
>         >         >     >     >  >
>         >         >     >     >  >
>         >         >     >     >  > --
>         >         >     >     >  > Ph.D. Candidate
>         >         >     >     >  > McGill University
>         >         >     >     >  > Integrated Program in
>         >         Neuroscience
>         >         >     >     >  > Psychology
>         >         >     >     >  >
>         >         >     >     >  >
>         >         >     >     >  > On Thu, Oct 6, 2016 at 11:30 AM,
>         >         >     Douglas Greve
>         >         >     >     >  > <greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>         >         >     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
>         >         >     >     >  <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>         >         >     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>
>         >         >     >     >  <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
>         >         >     >     >  <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>         >         >     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> wrote:
>         >         >     >     >  >
>         >         >     >     >  >     What are the pixel
>         >         values in the mgz file?
>         >         >     >     >             They should be binary,
>         >         >     >     >  >     ie, 1=in a label, 0 =
>         >         out of label
>         >         >     >     >  >
>         >         >     >     >  >
>         >         >     >     >  >     On 10/6/16 10:22 AM,
>         >         Trisanna
>         >         >     >     Sprung-Much wrote:
>         >         >     >     >  >>  Overlays in .mgz format using
>         >         >     mri_vol2surf
>         >         >     >     >  >>
>         >         >     >     >  >>  --
>         >         >     >     >  >>  Ph.D. Candidate
>         >         >     >     >  >>  McGill University
>         >         >     >     >  >>  Integrated Program in
>         >         Neuroscience
>         >         >     >     >  >>  Psychology
>         >         >     >     >  >>
>         >         >     >     >  >>
>         >         >     >     >  >>  On Wed, Oct 5, 2016 at
>         >         5:56 PM,
>         >         >     Douglas
>         >         >     >     N Greve
>         >         >     >     >  >>  <greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>         >         >     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
>         >         >     >     >  <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>         >         >     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>
>         >         >     >     > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>         >         >     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
>         >         >     >     >  <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>         >         >     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> wrote:
>         >         >     >     >  >>
>         >         >     >     >  >>    what is a labeled vertex?
>         >         >     What file
>         >         >     >     >  format? mgz? annot?
>         >         >     >     >  >>
>         >         >     >     >  >>
>         >         >     >     >  >>    On 10/05/2016 05:03 PM,
>         >         Trisanna
>         >         >     >     >  Sprung-Much wrote:
>         >         >     >     >  >>    > the source files are
>         >         labelled
>         >         >     >     vertices
>         >         >     >     >             from 20 subjects:
>         >         >     >     >  >>    >
>         >         >     >     >  >>    > -T1s were labelled
>         >         using an MNI
>         >         >     >     software
>         >         >     >     >  >>    > -Surfaces were created in
>         >         >     FreeSurfer
>         >         >     >     >             and surface overlays
>         >         >     >     >  >>    of the
>         >         >     >     >  >>    > labels were created using
>         >         >     >     mri_vol2surf
>         >         >     >     >  >>    > -Surface overlays were
>         >         >     registered to
>         >         >     >     >  fsaverage using
>         >         >     >     >  >> mri_surf2surf and
>         >         >     >     >  >>    > then averaged to create a
>         >         >     probability
>         >         >     >     >             map, originally using
>         >         >     >     >  >> "mri_average"
>         >         >     >     >  >>    >
>         >         >     >     >  >>    > So, essentially the
>         >         >     overlays are
>         >         >     >     binary
>         >         >     >     >             files of my labels
>         >         >     >     >  >>    I believe
>         >         >     >     >  >>    > - I can send one over if
>         >         >     you wish.
>         >         >     >     >  >>    >
>         >         >     >     >  >>    > Trisanna
>         >         >     >     >  >>    >
>         >         >     >     >  >>    >
>         >         >     >     >  >>    > --
>         >         >     >     >  >>    > Ph.D. Candidate
>         >         >     >     >  >>    > McGill University
>         >         >     >     >  >>    > Integrated Program in
>         >         >     Neuroscience
>         >         >     >     >  >>    > Psychology
>         >         >     >     >  >>    >
>         >         >     >     >  >>    >
>         >         >     >     >  >>    > On Wed, Oct 5, 2016 at
>         >         4:52 PM,
>         >         >     >     Douglas
>         >         >     >     >             N Greve
>         >         >     >     >  >>    >
>         >         <greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>         >         >     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
>         >         >     >     >  <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>         >         >     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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>         >         >     >     >  >>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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>         >         >     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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>         >         >     >     >  <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>         >         >     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>> wrote:
>         >         >     >     >  >>    >
>         >         >     >     >  >>    >    what are the source
>         >         >     files ("all
>         >         >     >     >  files"). What data
>         >         >     >     >  >>    type, value range,
>         >         >     >     >  >>    >    where did they come
>         >         from?
>         >         >     >     >  >>    >
>         >         >     >     >  >>    >
>         >         >     >     >  >>    >    On 10/05/2016 04:48 PM,
>         >         >     Trisanna
>         >         >     >     >  Sprung-Much wrote:
>         >         >     >     >  >>    >    > Hi Doug
>         >         >     >     >  >>    >    >
>         >         >     >     >  >>    >    > So, of course now
>         >         it works
>         >         >     >     >  without --keep-filetype...
>         >         >     >     >  >>    :p it looks
>         >         >     >     >  >>    >    > pretty much the same
>         >         >     was when I
>         >         >     >     >             use --keep-filetype.
>         >         >     >     >  >>    >    >
>         >         >     >     >  >>    >    > However, the
>         >         values of
>         >         >     Min and
>         >         >     >     >             Max are still odd (out
>         >         >     >     >  >>    of 256) - see
>         >         >     >     >  >>    >    > snapshot
>         >         >     >     >  >>    >    >
>         >         >     >     >  >>    >    > Trisanna
>         >         >     >     >  >>    >    >
>         >         >     >     >  >>    >    >
>         >         >     >     >  >>    >    >
>         >         >     >     >  >>    >    >
>         >         >     >     >  >>    >    >
>         >         >     >     >  >>    >    > --
>         >         >     >     >  >>    >    > Ph.D. Candidate
>         >         >     >     >  >>    >    > McGill University
>         >         >     >     >  >>    >    > Integrated Program in
>         >         >     >     Neuroscience
>         >         >     >     >  >>    >    > Psychology
>         >         >     >     >  >>    >    >
>         >         >     >     >  >>    >    >
>         >         >     >     >  >>    >    > On Wed, Oct 5,
>         >         2016 at
>         >         >     4:23 PM,
>         >         >     >     >  Douglas N Greve
>         >         >     >     >  >>    >    >
>         >         >     <greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>         >         >     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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>         >         >     >     >  <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
>         >         >     >     >  <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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>         >         >     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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>         >         >     >     >  >>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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>         >         >     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>
>         >         >     >     >  >>    >
>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>         >         >     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
>         >         >     >     >  <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>         >         >     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>
>         >         >     >     >  >>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>         >         >     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
>         >         >     >     >  <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>         >         >     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>         >         >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>         >         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>>> wrote:
>         >         >     >     >  >>    >    >
>         >         >     >     >  >>    >    > Depending upon the
>         >         >     type of the
>         >         >     >     >             data, the
>         >         >     >     >  >> --keep-datatype may
>         >         >     >     >  >>    >    mess
>         >         >     >     >  >>    >    > things
>         >         >     >     >  >>    >    >    up quite a bit.
>         >         >     What happens
>         >         >     >     >             if you don't include
>         >         >     >     >  >>    that? It
>         >         >     >     >  >>    >    will not
>         >         >     >     >  >>    >    > create an annotation.
>         >         >     maybe you
>         >         >     >     >             mean some other
>         >         >     >     >  >>    file type?
>         >         >     >     >  >>    >    >
>         >         >     >     >  >>    >    >
>         >         >     >     >  >>    >    >    On 10/05/2016
>         >         02:36 PM,
>         >         >     >     >  Trisanna Sprung-Much wrote:
>         >         >     >     >  >>    >    > >
>         >         >     >     >  >>    >    > > Hi Doug
>         >         >     >     >  >>    >    > >
>         >         >     >     >  >>    >    > > I spoke with
>         >         you at the
>         >         >     >     >  Freesurfer tutorial
>         >         >     >     >  >>    last week
>         >         >     >     >  >>    >    about using
>         >         >     >     >  >>    >    > > mri_average to
>         >         >     average my
>         >         >     >     >             sulcal labels and get a
>         >         >     >     >  >>    > probability map on
>         >         >     >     >  >>    >    > > fsaverage. You had
>         >         >     suggested
>         >         >     >     >             using "mri_concat"
>         >         >     >     >  >> instead,
>         >         >     >     >  >>    >    which is a
>         >         >     >     >  >>    >    > > newer command.
>         >         So, I
>         >         >     >     performed
>         >         >     >     >             the following
>         >         >     >     >  >> command:
>         >         >     >     >  >>    >    > >
>         >         >     >     >  >>    >    > > *mri_concat all
>         >         >     files --o
>         >         >     >     >  output.mgz --mean
>         >         >     >     >  >> --keep-datatype*
>         >         >     >     >  >>    >    > >
>         >         >     >     >  >>    >    > > I had to put
>         >         >     --keep-datatype
>         >         >     >     >             or else it tried
>         >         >     >     >  >>    to create an
>         >         >     >     >  >>    >    annot
>         >         >     >     >  >>    >    > file.
>         >         >     >     >  >>    >    > >
>         >         >     >     >  >>    >    > > This worked
>         >         just fine.
>         >         >     >     >  >>    >    > >
>         >         >     >     >  >>    >    > > My question then is
>         >         >     >     concerning
>         >         >     >     >             *the min and max
>         >         >     >     >  >> values
>         >         >     >     >  >>    >    *when this
>         >         >     >     >  >>    >    > > average is
>         >         overlayed in
>         >         >     >     >  Freeview. See the snapshot
>         >         >     >     >  >>    > attached. The
>         >         >     >     >  >>    >    > > values seem to
>         >         be based
>         >         >     >     on 256
>         >         >     >     >  instead of
>         >         >     >     >  >> percentage and
>         >         >     >     >  >>    >    this is
>         >         >     >     >  >>    >    > what
>         >         >     >     >  >>    >    > > happens when I used
>         >         >     >     >  "mri_average" without
>         >         >     >     >  >> specifying the
>         >         >     >     >  >>    >    "-p". Is
>         >         >     >     >  >>    >    > > there a way to
>         >         >     illustrate the
>         >         >     >     >             values in
>         >         >     >     >  >> percentage in a
>         >         >     >     >  >>    > similar way
>         >         >     >     >  >>    >    > > with mri_concat?
>         >         >     >     >  >>    >    > >
>         >         >     >     >  >>    >    > > Many thanks!
>         >         >     >     >  >>    >    > >
>         >         >     >     >  >>    >    > > Trisanna
>         >         >     >     >  >>    >    > >
>         >         >     >     >  >>    >    > >
>         >         >     >     >  >>    >    > > --
>         >         >     >     >  >>    >    > > Ph.D. Candidate
>         >         >     >     >  >>    >    > > McGill University
>         >         >     >     >  >>    >    > > Integrated
>         >         Program in
>         >         >     >     Neuroscience
>         >         >     >     >  >>    >    > > Psychology
>         >         >     >     >  >>    >    > >
>         >         >     >     >  >>    >    > >
>         >         >     >     >  >>    >    > >
>         >         >     >     >  >>    >    > >
>         >         >     >     >
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>         >         Ph.D.
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>         >         >     >     >  >>  >     --
>         >         >     >     >  >>  >  Douglas N. Greve, Ph.D.
>         >         >     >     >  >>  >  MGH-NMR Center
>         >         >     >     >  >>  > greve@nmr.mgh.harvard.edu
>         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
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>         >         >     >     >  >>  Douglas N. Greve, Ph.D.
>         >         >     >     >  >>  MGH-NMR Center
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>         >         >     >     >             >
>         > http://www.partners.org/complianceline
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>         does not
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>         >         properly dispose
>         >         >     of the
>         >         >     >     e-mail.
>         >         >     >     >             >
>         >         >     >     >             >
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>         >         >     >     >             > Freesurfer mailing list
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>         >
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>         >         >     Bugs:
>         surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
>         <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
>         >
>          <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
>         <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>>
>         >         >
>          <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
>         <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
>         >
>          <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
>         <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>>>
>         >         >     FileDrop:
>         https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2
>         <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2>
>         >         <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2
>         <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2>>
>         >         >     <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2
>         <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2>
>         >         <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2
>         <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2>>>
>         >         >
>         www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
>         <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
>         >
>          <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
>         <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>>
>         >         >
>         >
>         <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
>         <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
>         >
>          <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
>         <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>>>
>         >         >     Outgoing:
>         >         >
>         >
>         ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/
>         <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/>
>         >
>          <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/
>         <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/>>
>         >         >
>         >
>         <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/
>         <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/>
>         >
>          <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/
>         <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/>>>
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>         >
>          <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
>         <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>>
>         >         FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2
>         <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2>
>         >         <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2
>         <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2>>
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>         <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
>         >
>          <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
>         <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>>
>         >         Outgoing:
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>         <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/>>
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