Dear Freesurfer expert,

Please receive my email as a kind reminder of my previous one: Can I extract the cortical boundary as a spatial series and the center of the mass in the grey matter segmented images using the FreeSurfer? Can you please let me know how to?

Many thanks in advance,

Dr. -Ing. Alexandra Korda

Forschung & Lehre

Zentrum für Integrative Psychiatrie ZIP gGmbH

Campus Lübeck

Ratzeburger Allee 160 I Haus B7 I 23538 Lübeck

Tel.: +49 451 500-98715

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MailScanner has detected a possible fraud attempt from "secure-web.cisco.com" claiming to be https://translationalpsychiatry.de/alexandra-korda/

From: Korda, Alexandra
Sent: 21 July 2023 15:53:02
To: freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
Subject: Re: [Freesurfer] cortical boundary and center of gravity

I am sorry, I mean the grey matter segmented images. What I wanted to do is to measure the complexity of the cortical boundary.

I have run an analysis using VBM in which I used the segmented brain MR images, calculate the center of the mass in these images and the cortical boundary (per slice, but this is not a problem to use the 3D cortical boundary spatial-series). Then, I calculated the distances between the center of the mass and the cortical boundary.

Is it possible to replicate this analysis using the FreeSurfer?

Many thanks for the help.

Dr. -Ing. Alexandra Korda

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From: Korda, Alexandra
Sent: 21 July 2023 08:24:21
To: freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
Subject: Re: [Freesurfer] cortical boundary and center of gravity

The distance between the center of the mass in the GM images and the points in the outer boundary in the GM images.

Thanks for the quick reply.

Dr. -Ing. Alexandra Korda

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From: freesurfer-bounces@nmr.mgh.harvard.edu <freesurfer-bounces@nmr.mgh.harvard.edu> on behalf of Douglas N. Greve <dgreve@MGH.HARVARD.EDU>
Sent: 20 July 2023 22:53:23
To: freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
Subject: Re: [Freesurfer] cortical boundary and center of gravity

Achtung, externe Mail!

External Email - Use Caution

I'm not sure I understand what you are asking for. Do you want to compute the distance from a given point in the volume to the closest point on cortex?

On 7/20/2023 7:09 AM, Alexandra.Korda@uksh.de wrote:

External Email - Use Caution

Hello FreeSurfer Developers,

I need to compute the distance between the center of the mass in grey matter images and the cortical boundary. Then, I need this spatial-series to be saved in a csv. It is also possible to save the cortical boundary series and the center of gravity and then externally calculate the distances.

I've searched for it in the archived question but I didn't find anything similar.

Looking forward to your response.

With kind regards,

Dr. -Ing. Alexandra Korda

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