Kiely

On Fri, May 18, 2012 at 3:25 PM, Priti Srinivasan <rspriti@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:

Hi Kiely,

In your terminal (after sourcing the freesurfer environment) type the
following:

gedit $FREESURFER_HOME/bin/trac-preproc (use pico if you're using mac, you
can also use other editors like vi or emacs)

This will open up trac-preproc script in a text editor.

you can scroll through to #--- Intra-subject registration ----#

in the script and look for the following lines:

if ($doregflt) then
# Register low-b to anatomical using flirt
set cmd = flirt
set cmd = ($cmd -in $dwidir/lowb_brain.nii.gz)
set cmd = ($cmd -ref $dwidir/brain_anat.nii.gz)
set cmd = ($cmd -out $dwidir/lowb_brain_anat.flt.nii.gz)
set cmd = ($cmd -omat $xfmdir/diff2anat.flt.mat)
set cmd = ($cmd -cost mutualinfo)
echo $cmd |& tee -a $LF |& tee -a $CF
if ($RunIt) then
$fs_time $cmd |& tee -a $LF
if ($status) goto error_exit
endif

Change the mutualinfo in the above line to corratio

Re-run trac-all -intra -inter -masks -tensor -prior -c <your_dmrirc_file>
and then trac-all -path

Best,
Priti

> That's where I looked, but all I see is the following (I don't see the
> command line that creates the diff2anat for me to edit):
>
>
> Last login: Fri May 18 13:45:47 on ttys000
> /Applications/freesurfer/bin/trac-preproc ; exit;
> Kielys-MacBook-Air:~ kielydonnelly$
> /Applications/freesurfer/bin/trac-preproc ; exit;
>
> USAGE: trac-preproc
>
> Required arguments:
> -c <file> : dmrirc file (see dmrirc.example)
>
> Other arguments:
> -log <file> : default is trac-all.log in the same dir as dmrirc
> -nolog : do not save a log file
> -cmd <file> : default is trac-all.cmd in the same dir as dmrirc
> -nocmd : do not save a cmd file
> -no-isrunning : do not check whether this subject is currently being
> processed
> -umask umask : set unix file permission mask (default 002)
> -grp groupid : check that current group is alpha groupid
> -allowcoredump : set coredump limit to unlimited
> -debug : generate much more output
> -dontrun : do everything but execute each command
> -version : print version of this script and exit
> -help : print full contents of help
>
> logout
>
> [Process completed]
>
> On Fri, May 18, 2012 at 1:59 PM, Anastasia Yendiki <
> ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
>
>>
>> This is a script, it's in the directory where all freesurfer scripts
>> are.
>> You can find it by doing "which trac-preproc".
>>
>>
>> On Fri, 18 May 2012, Kiely Madhavan wrote:
>>
>> OK - Can you point me in the direction of the trac-preproc file that I
>>> should edit?
>>>
>>> On Fri, May 18, 2012 at 12:18 PM, Anastasia Yendiki <
>>> ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
>>>
>>> The other registration files depend on diff2anat. For example,
>>> diff2mni is composed of diff2anat and anat2mni. If
>>> you're using the old diff2mni, it's like you didn't change
>>> anything.
>>>
>>> The -intra step creates all these. You need to edit the command
>>> that
>>> generates the diff2anat in your version of
>>> trac-preproc. Either comment that line out so that it runs
>>> everything but that, or change that line to the options
>>> that worked for you.
>>>
>>>
>>> On Fri, 18 May 2012, Kiely Madhavan wrote:
>>>
>>> I only created a diff2anat.flt.mat file which replaced the old
>>> one.
>>> Do they all need to be recreated? If so,
>>> is that something I
>>> add to the command line?
>>>
>>> On Fri, May 18, 2012 at 10:55 AM, Anastasia Yendiki <
>>> ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
>>>
>>> Were the old .mat files replaced with the new ones?
>>>
>>> On Fri, 18 May 2012, Kiely Madhavan wrote:
>>>
>>> That seemed to fix the registration issue, but I'm
>>> still
>>> unable to
>>> reconstruct the tracts using trac-all -path. I'm
>>> getting
>>> the same error that
>>> the control points are not within the mask. THis
>>> happens
>>> for all tracts.
>>> Thanks,
>>>
>>> Kiely
>>>
>>> On Wed, May 16, 2012 at 11:39 AM, Anastasia Yendiki

>>> <ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu**> wrote:
>>>
>>> á á áThe .mat registration matrix should be saved under
>>> dmri/xfms/.
>>>
>>>
>>> á á áOn Wed, 16 May 2012, Kiely Donnelly wrote:
>>>
>>> á á á á á áI tried using corratio and it seems to have fixed
>>> á á á á á áthe registration issue.
>>> á á á á á áI'm very new to this so just want to make sure I
>>> did
>>> á á á á á áit correctly before I
>>> á á á á á ámove forward. Should the command line look
>>> something
>>> á á á á á álike this if I am
>>> á á á á á árunning it in this individuals dmri directory:á
>>>
>>> á á á á á áflirt -in dwi_orig.nii.gz -ref brain_anat.nii.gz
>>> á á á á á á-out
>>> á á á á á álowb_brain_anat.flt.nii.gz -omat
>>> diff2anat.flt.mat
>>> á á á á á á-cost corratio
>>>
>>>
>>> á á á á á áThanks so much for your help.
>>>
>>> á á á á á áKiely
>>>
>>> á á á á á áOn Wed, May 16, 2012 at 10:12 AM, Priti
>>> Srinivasan
>>> á á á á á á<rspriti@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
>>> á á á á á áá á áyou have to run flirt commandline separately
>>> to
>>> á á á á á ácheck if it
>>> á á á á á áá á ásolves your
>>> á á á á á áá á áproblem.
>>>
>>>
>>> á á á á á áá á á> Is this something I can change in my
>>> dmrirc
>>> á á á á á áfile or do I need
>>> á á á á á áá á áto run flirt
>>> á á á á á áá á á> on it's own?
>>> á á á á á áá á á>
>>> á á á á á áá á á> Thanks,
>>> á á á á á áá á á>
>>> á á á á á áá á á> Kiely
>>> á á á á á áá á á>
>>> á á á á á áá á á> On Wed, May 16, 2012 at 9:27 AM, Priti
>>> á á á á á áSrinivasan <
>>> á á á á á áá á á> rspriti@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
>>> á á á á á áá á á>
>>> á á á á á áá á á>> Kiely, For flirt, try using corratio,
>>> cost
>>> á á á á á áfunction instead
>>> á á á á á áá á áof
>>> á á á á á áá á á>> mutualinfo
>>> á á á á á áá á á>> (which is the default in trac-all) to see
>>> if
>>> á á á á á áthat solves your
>>> á á á á á áá á á>> registration
>>> á á á á á áá á á>> problem.
>>> á á á á á áá á á>>
>>> á á á á á áá á á>>
>>> á á á á á áá á á>> > Hi Kiely - Looks like you used flirt
>>> for
>>> á á á á á áthe intra-subject
>>> á á á á á áá á á>> registration,
>>> á á á á á áá á á>> > so you can look in trac-all.log for the
>>> á á á á á áflirt command line
>>> á á á á á áá á áthat
>>> á á á á á áá á á>> registers
>>> á á á á á áá á á>> > diffusion to anatomical and play around
>>> á á á á á áwith the
>>> á á á á á áá á áparameters.
>>> á á á á á áá á á>> >
>>> á á á á á áá á á>> > You can also use bbregister instead of
>>> á á á á á áflirt for the
>>> á á á á á áá á áintra-subject
>>> á á á á á áá á á>> > registration - it has the option to
>>> á á á á á áinitialize with flirt
>>> á á á á á áá á áor with SPM.
>>> á á á á á áá á á>> >
>>> á á á á á áá á á>> > Hope this helps,
>>> á á á á á áá á á>> > a.y
>>> á á á á á áá á á>> >
>>> á á á á á áá á á>> > On Wed, 16 May 2012, Kiely Donnelly
>>> wrote:
>>> á á á á á áá á á>> >
>>> á á á á á áá á á>> >> Hi Priti - Thanks for your help. The
>>> á á á á á áinter-subject
>>> á á á á á áá á áregistration seems
>>> á á á á á áá á á>> to
>>> á á á á á áá á á>> >> have run OK, but there must be
>>> something
>>> á á á á á áwrong with the
>>> á á á á á áá á áintra-subject
>>> á á á á á áá á á>> >> registration. When I try to view it
>>> using
>>> á á á á á áfreeview, it's
>>> á á á á á áá á ácompletely
>>> á á á á á áá á á>> dark
>>> á á á á á áá á á>> >> - I
>>> á á á á á áá á á>> >> don't see a brain at all. Is there a
>>> way
>>> á á á á á áto troubleshoot
>>> á á á á á áá á áthis?
>>> á á á á á áá á á>> >> Thanks,
>>> á á á á á áá á á>> >>
>>> á á á á á áá á á>> >> Kiely
>>> á á á á á áá á á>> >>
>>> á á á á á áá á á>> >> On Wed, May 9, 2012 at 2:08 PM, Priti
>>> á á á á á áSrinivasan
>>> á á á á á áá á á>> >> <rspriti@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
>>> á á á á á áá á á>> >> á á á Hi Kiely,
>>> á á á á á áá á á>> >>
>>> á á á á á áá á á>> >> á á á Have you checked your inter and
>>> á á á á á áintra subject
>>> á á á á á áá á áregistrations?
>>> á á á á á áá á á>> The
>>> á á á á á áá á á>> >> á á á control
>>> á á á á á áá á á>> >> á á á points going off the dwi is not
>>> á á á á á áonly for one paths
>>> á á á á á áá á ábut for all
>>> á á á á á áá á á>> >> á á á the paths.
>>> á á á á á áá á á>> >> á á á If the registration goes
>>> terribly
>>> á á á á á áwrong, this can
>>> á á á á á áá á áhappen. You
>>> á á á á á áá á á>> >> á á á can take a
>>> á á á á á áá á á>> >> á á á look at
>>> á á á á á áá á á>> >>
>>> á á á á á áá á á>> >> á á á

>>> /dmri/lowb_brain_anat.flt.nii.**gz

>>> á á á á á á(For intra subject
>>> á á á á á áá á á>> registration
>>> á á á á á áá á á>> >> á á á diff-anat)
>>> á á á á á áá á á>> >>
>>> á á á á á áá á á>> >> á á á and
>>> á á á á á áá á á>> >>
>>> á á á á á áá á á>> >> á á á /dmri/brain_anat_mni.nii.gz (For
>>> á á á á á áinter-subject
>>> á á á á á áá á áregistration
>>> á á á á á áá á á>> >> á á á anat-mni)
>>> á á á á á áá á á>> >>
>>> á á á á á áá á á>> >> á á á I would start by checking that
>>> á á á á á áfirst.
>>> á á á á á áá á á>> >>
>>> á á á á á áá á á>> >> á á á Priti
>>> á á á á á áá á á>> >>
>>> á á á á á áá á á>> >> á á á > Hello--
>>> á á á á á áá á á>> >> á á á >
>>> á á á á á áá á á>> >> á á á > I have run Tracula
>>> successfully
>>> á á á á á áfor ~75 healthy
>>> á á á á á áá á ásubjects.
>>> á á á á á áá á á>> >> á á á However, the
>>> á á á á á áá á á>> >> á á á > pathway reconstruction seems
>>> to
>>> á á á á á áfail for a handful
>>> á á á á á áá á áof people.
>>> á á á á á áá á á>> >> á á á I've
>>> á á á á á áá á á>> >> á á á > attached
>>> á á á á á áá á á>> >> á á á > the log file for one of these
>>> á á á á á ásubjects. It appears
>>> á á á á á áá á áthat the
>>> á á á á á áá á á>> >> á á á control points
>>> á á á á á áá á á>> >> á á á > are not within the dwi. A
>>> similar
>>> á á á á á áproblem occurred
>>> á á á á á áá á áin a
>>> á á á á á áá á á>> >> á á á subject with
>>> á á á á á áá á á>> >> á á á > substantial signal loss in the
>>> á á á á á ádwi, but that
>>> á á á á á áá á ádoesn't seem to
>>> á á á á á áá á á>> >> á á á be the case
>>> á á á á á áá á á>> >> á á á > for this particular person. I
>>> á á á á á áhave been creating
>>> á á á á á áá á áthe entire
>>> á á á á á áá á á>> >> á á á set of tracts,
>>> á á á á á áá á á>> >> á á á > but at this point, I'm only
>>> á á á á á áinterested in the SLFt
>>> á á á á á áá á áand SLFp.
>>> á á á á á áá á á>> >> á á á >
>>> á á á á á áá á á>> >> á á á > Thanks,
>>> á á á á á áá á á>> >> á á á >
>>> á á á á á áá á á>> >> á á á > Kiely
>>> á á á á á áá á á>> >> >

>>> á á á á á á_____________________________**__________________

>>> á á á á á áá á á>> >> > Freesurfer mailing list
>>> á á á á á áá á á>> >> > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>>> á á á á á áá á á>> >> >
>>> á á á á á áá á

>>> á á á á á ááhttps://mail.nmr.mgh.**
>>> harvard.edu/mailman/listinfo/**freesurfer<https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer>

>>> á á á á á áá á á>> >>
>>> á á á á á áá á á>> >>
>>> á á á á á áá á á>> >>
>>> á á á á á áá á á>> >> The information in this e-mail is
>>> á á á á á áintended only for the
>>> á á á á á áá á áperson to
>>> á á á á á áá á á>> whom
>>> á á á á á áá á á>> >> it is
>>> á á á á á áá á á>> >> addressed. If you believe this e-mail
>>> was
>>> á á á á á ásent to you in
>>> á á á á á áá á áerror and
>>> á á á á á áá á á>> the
>>> á á á á á áá á á>> >> e-mail
>>> á á á á á áá á á>> >> contains patient information, please
>>> á á á á á ácontact the Partners
>>> á á á á á áá á áCompliance
>>> á á á á á áá á á>> >> HelpLine at
>>> á á á á á áá á á>> >>

>>> http://www.partners.org/**complianceline<http://www.partners.org/complianceline>.

>>> á á á á á áIf the e-mail was
>>> á á á á á áá á ásent to
>>> á á á á á áá á á>> you
>>> á á á á á áá á á>> >> in error
>>> á á á á á áá á á>> >> but does not contain patient
>>> information,
>>> á á á á á áplease contact
>>> á á á á á áá á áthe sender
>>> á á á á á áá á á>> >> and properly
>>> á á á á á áá á á>> >> dispose of the e-mail.
>>> á á á á á áá á á>> >>
>>> á á á á á áá á á>> >>
>>> á á á á á áá á á>> >>
>>> á á á á á áá á á>> >>
>>> á á á á á áá á á>> >> --
>>> á á á á á áá á á>> >> Kiely M. Donnelly, M.A.
>>> á á á á á áá á á>> >> Doctoral Candidate, Clinical
>>> á á á á á áNeuropsychology
>>> á á á á á áá á á>> >> University of Cincinnati
>>> á á á á á áá á á>> >>
>>> á á á á á áá á á>>
>>> á á á á á

>>> á>>___________________________**____________________

>>> á á á á á áá á á>> > Freesurfer mailing list
>>> á á á á á áá á á>> > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>>> á á á á á áá á á>> >
>>> á á á á á áá á

>>> á á á á á ááhttps://mail.nmr.mgh.**
>>> harvard.edu/mailman/listinfo/**freesurfer<https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer>

>>> á á á á á áá á á>>
>>> á á á á á áá á á>>
>>> á á á á á áá á á>
>>> á á á á á áá á á>
>>> á á á á á áá á á> --
>>> á á á á á áá á á> Kiely M. Donnelly, M.A.
>>> á á á á á áá á á> Doctoral Candidate, Clinical
>>> Neuropsychology
>>> á á á á á áá á á> University of Cincinnati
>>> á á á á á áá á á>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>> á á á á á á--
>>> á á á á á áKiely M. Donnelly, M.A.
>>> á á á á á áDoctoral Candidate, Clinical Neuropsychology
>>> á á á á á áUniversity of Cincinnati
>>>
>>>
>>>
>>>
>>> --
>>> Kiely M. Donnelly, M.A.
>>> Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology
>>> University of Cincinnati
>>>
>>>
>>>
>>>
>>> --
>>> Kiely M. Donnelly, M.A.
>>> Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology
>>> University of Cincinnati
>>>
>>>
>>>
>>>
>>> --
>>> Kiely M. Donnelly, M.A.
>>> Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology
>>> University of Cincinnati
>>>
>>>
>
>
> --
> Kiely M. Donnelly, M.A.
> Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology
> University of Cincinnati
>

--
Kiely M. Donnelly, M.A.
Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology
University of Cincinnati