Hi all, I'm still trying to sort out some problems I've been having with selxavg3-sess in Freesurfer 4.5 on RedHat Linux, CentOs 5.5.

I've tried a bunch of things, but I will provide the simplified process here as a starting point.  I have a blocked design where I have 3 conditions, fixation, noise, and shape.  Things look good when I compare shape vs noise, but very very bad in an unrealistic way when I compare anything to fixation (shape vs fixation, noise vs fixation, active vs fixation).  Attached are the pictures I get.  The subjects are not moving much (checked the motion correction output).  I tried running the analysis with the -no-whiten flag and it made no difference.  When this data is analyzed with Brain Voyager by others in my lab, this problem doesn't exist, and you see appropriate activity for the vs. fixation conditions.  When I run data collected with PACE, I don't have this comparison to fixation problem, but I do for nonPACE bold runs.


Commands I ran:
 mkanalysis-sess -analysis infIPS -TR 2 -paradigm loc.dat -designtype blocked -funcstem fmc -motioncor -runlistfile loc_runs.txt -inorm -nskip 2 -nconditions 2 -timewindow 20 -gammafit 2.25 1.25 -noautostimdur

mkcontrast-sess -analysis infIPS -contrast shape_vs_fix -a 2 -c 0
mkcontrast-sess -analysis infIPS -contrast noise_vs_fix -a 1 -c 0
mkcontrast-sess -analysis infIPS -contrast shape_vs_noise -a 2 -c 1
mkcontrast-sess -analysis infIPS -contrast act_vs_fix -a 2 -a 1 -c 0

selxavg3-sess -sf loc_loc-sess -df loc_loc.dir -analysis infIPS


Any thoughts?

Katie


On Fri, Nov 12, 2010 at 4:19 PM, Katie Bettencourt <kcrum@bu.edu> wrote:
This is in blocked designs and in event related gamma designs (I haven't had time to finish sorting out my FIR problems, so that's a different email), but they've all boiled down to essentially these sets of commands:

mkanalysis-sess.new -analysis num_loc -TR 2 -paradigm num.dat -designtype blocked -funcstem fmc -runlistfile num_runs.txt -inorm -nconditions 4 -timewindow 20 -gammafit 2.25 1.25

mkcontrast-sess -analysis num_loc -contrast act_vs_fix -a 1 -a 2 -a 3 -a 4 -c 0
mkcontrast-sess -analysis num_loc -contrast lnum_vs_snum -a 1 -c 2
...etc...

preproc-sess -nosmooth -sf num-sess -df num.dir

selxavg3-sess -sf num-sess -df num.dir -analysis num_loc -skip
-or-
selxavg-sess -sf num-sess -df num.dir -analysis num_loc

stxgrinder-sess -analysis num_loc -contrast [contrastname here] -sf num-sess -df num.dir

I have tried running the same (w/ selxavg3-sess) as above but with using:
1.  the -nskip 2 flag in mkanalysis-sess.new to skip the first 2 TRs (no change)
2.  using mkanalysis-sess (no .new) with the -no-whiten flag
3.  getting rid of the -timewindow flag
4.  running stxgrinder-sess and paint-sess after selxavg3-sess to get the sig-0-lh and sig-0-rh files

None of these things have had any effect.  I've checked the motion parameters and they haven't moved much.  The raw data seems fine because it analyzes fine in BrainVoyager (which I don't want to use for a multitude of reasons, but others in my lab do use).  I still end up with the entire brain activating and activating strongly for the baseline conditions, but only if the data were acquired using nonPACE BOLD runs and only if I use selxavg3-sess.  My PACE data is fine in both.

Katie


On Fri, Nov 12, 2010 at 3:29 PM, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
And this is not usging FIR, right? Can you send me your mkanalysis-sess commands for selxavg-sess and selxavg3-sess?

Katie Bettencourt wrote:
That's ok, we;ve gone back and forth a bit.

The real problem is that when I use selxavg3-sess on data collected in non PACE sequences, it looks fine in contrasts that aren't against baseline (the 0 condition in the paradigm files) but when I look at conditions vs baseline (like act-vs-fix) the entire brain shows strong activation for the baseline condition (I had attached pictures originally, but basically imaging a brain that looks pretty much all blue and you get an accurate picture).  When I used selxavg-sess instead, I see a little less activation for the comparisons that aren't against baseline, but appropriate pictures when I compare against baseline.

As I've said, this data has been analyzed in Brain voyager and looks fine (actually stronger) but doesn't work in Freesurfer right.  The activity I see with selxavg3-sess when I compare nonbaseline conditions (ie. shape-vs-noise) appears to be in similar locations in both Freesurfer and BrainVoyager (though again weaker in Freesurfer for same thresholds).  It's really just the comparison to baseline that seems to be screwed up.

Katie

On Fri, Nov 12, 2010 at 3:11 PM, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> wrote:

   sorry, I've lost track of what the problem is exactly. If I
   remember: you analyze using selxavg-sess and brain voyager and
   things look ok, but in selxavg3-sess you lose activation?

   doug

   Katie Bettencourt wrote:

       I tried it with the -no-whiten flag and again there is no
       difference between the -no-whiten and the normal version.  Any
       other thoughts?  The only thing that seems to come up is that
       when the data is collected with a PACE sequence I don't get
       this problem, but a standard BOLD sequence does.  I would
       assume it was motion or something, but the motion parameters
       are small and the data works fine in brain voyager.

       The only thing I think that is done different in brain voyager
       is that they skip the first 2 TRs (and each experiment starts
       with fixation), I tried to do that with the -nskip 2 option,
       do I need to also use the -tpef function or is that only if
       your paradigm file doesn't start at 0?

       Katie

       On Fri, Nov 12, 2010 at 1:02 PM, Katie Bettencourt
       <kcrum@bu.edu <mailto:kcrum@bu.edu> <mailto:kcrum@bu.edu

       <mailto:kcrum@bu.edu>>> wrote:

          No, it was with .new  should I be using mkanalysis-sess usually
          instead of mkanalysis-sess.new?  What exactly is the
       difference?


          Katie


          On Fri, Nov 12, 2010 at 1:00 PM, Douglas N Greve
          <greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> wrote:

              Is it in mkanalysis-sess (without the ".new")?

              Katie Bettencourt wrote:

                  I tried using the no-whiten flag with
       mkanalysis.new and
                  it said there was no such flag and I can't find any
                  reference to it on the wiki.

                  Katie

                  On Wed, Nov 10, 2010 at 5:31 PM, Douglas N Greve
                  <greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                  <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                  <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                  <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> wrote:


                     Can you create a new analysis using the
       -no-whiten flag
                  and re-run
                     selxavg3-sess? For the other error, you need to
       select
                  a prestim
                     and timewindow that are integer multiples of 1.5.

                     doug

                     Katie Bettencourt wrote:

                         So this data has been previously analyzed in
                  BrainVoyager, and
                         there is no problems with it, subject
       movement is
                  very low (<
                         2mm across all runs and timepoints), though
       I did
                  notice that
                         this problem does not happen when I analyze data
                  collected
                         with PACE sequences, and not with ones that
       do not
                  use PACE.
                          I tried running the selxavg3-sess with the
                  -svres-unwhitened
                         (which is the only whitening related command I
                  could see), but
                         it made no difference.  I'm not sure how to
       look at
                  the raw
                         data precisely, but I do know it works
       correctly in BV.

                         Any other thoughts on what's going wrong
       here?  Can
                  I at least
                         trust the data that isn't against baseline
       in this
                  case?  It
                         looks similar, though weaker to the same data
                  analyzed with
                         BrainVoyager (not sure why I keep getting weaker
                  activation in
                         Freesurfer than Brainvoyager, but that's a
       different
                         consideration).


                         Somewhat relatedly, when I try to run a FIR
                  analysis with
                         selxavg3-sess (instead of selxavg-sess):
                         mkanalysis-sess.new -analysis supIPS_loc-fir -TR
                  1.5 -paradigm
                         supIPS.dat -designtype event-related
       -funcstem fmc
                  -motioncor
                         -runlistfile supIPSruns.txt -inorm -nskip 2
                  -nconditions 6
                         -tprestim 2 -timewindow 20

                         selxavg3-sess -s 101103TM -df supIPS.dir
       -analysis
                  supIPS_loc-fir

                         I get this output/error:

                         selxavg3-sess logfile is
                                           /home/kcb/mri-space/supIPS_loc/log/selxavg3-sess-bold-supIPS_loc-fir-101110150643.log
                                           --------------------------------------------------------------
                         -------------------------------------------
                         /home/kcb/mri-space/101103TM_supIPS
                         Wed Nov 10 15:06:43 EST 2010
                         anadir =
                  /home/kcb/mri-space/101103TM_supIPS/bold/supIPS_loc-fir
                         ------------------------------------------
                         ------- matlab output --------------------
                         Warning: Unable to open display 'iconic'.
        You will
                  not be
                         able to display graphics on the screen.

                                                    < M A T L A B (R) >
                                          Copyright 1984-2010 The
       MathWorks,
                  Inc.
                                        Version 7.10.0.499 (R2010a)
       64-bit
                  (glnxa64)
                                                      February 5, 2010

                           To get started, type one of these: helpwin,
                  helpdesk, or demo.
                          For product information, visit
       www.mathworks.com <http://www.mathworks.com>
                  <http://www.mathworks.com>
                         <http://www.mathworks.com>
       <http://www.mathworks.com>.


                          >> >> >> >> >> >> >>
                                /usr/local/freesurfer4.5/fsfast/toolbox/fast_selxavg3.m
                         >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >>
       >> >>
                  >> >> >>
                         $Id: fast_selxavg3.m,v 1.55.2.8 2009/04/17
       20:09:46
                  greve Exp $
                         outtop = /home/kcb/mri-space
                         Extension format = nii
                         UseFloat = 0
                         INFO: acfbins is not set, setting to 10
                         INFO: mask is not set, setting to brain
                          1 1_vs_fix.mat
                          2 2_vs_1.mat
                          3 2_vs_fix.mat
                          4 3_vs_1.mat
                          5 3_vs_2.mat
                          6 3_vs_fix.mat
                          7 4_vs_1.mat
                          8 4_vs_2.mat
                          9 4_vs_3.mat
                         10 4_vs_fix.mat
                         11 643_vs_2-delay.mat
                         12 643_vs_2.mat
                         13 6_vs_1.mat
                         14 6_vs_2.mat
                         15 6_vs_3.mat
                         16 6_vs_4.mat
                         17 6_vs_fix.mat
                         18 act_vs_fix.mat
                         19 allvres.mat
                         20 omnibus.mat
                         21 zallvres.mat
                         22 zomnibus.mat
                         ERROR: psdmin=-2 not int mult of dpsd=1.5
                         ERROR: psdmax=17.5 not int mult of dpsd=1.5
                         ??? Index exceeds matrix dimensions.

                         Error in ==> fast_condctrstmtx at 102
                          Rpost  = diag(WDelays(nnpost)); % Diagonal
                  PostStim Weights

                         Error in ==> flac_conmat at 64
                          R =
                         fast_condctrstmtx(dpsd,TW,-psdmin,con.sumevreg,WDelay,1);

                         Error in ==> fast_ldanaflac at 474
                          flactmp = flac_conmat(flac,nthcon);

                         Error in ==> fast_selxavg3 at 85
                          flac0 = fast_ldanaflac(analysis);
                          >> ------------------------------------------
                         ERROR: fast_selxavg3() failed\n


                         Katie

                         On Wed, Nov 10, 2010 at 11:03 AM, Douglas N
       Greve
                         <greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                  <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                  <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                  <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                  <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                  <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> wrote:

                            I have no idea what is happening, but I can
                  suggest a few
                         checks. Have
                            you looked at the motion correction
       plots? Have
                  you looked
                         at the raw
                            data? Another thing to try is to turn off
                  whitening when
                         you make the
                            analysis for selxavg3-sess.

                            doug

                            Katie Bettencourt wrote:
                            > Hi all,
                            >
                            > I'm still trying to figure out what's
       going on
                  with the
                         differences
                            > I'm getting between selxavg-sess and
                  selxavg3-sess.  I"m
                         using
                            > freesurfer4.5. I was using
       selxavg3-sess (as
                  suggested on
                         the wiki)
                            > but I was getting weird activation maps
       when I
                  compared any
                            condition
                            > vs. baseline, where most of the brain
       was more
                  activity
                         for baseline
                            > (which was fixation) - see the attached
                  picture for
                            > act-fix-gamma-selxavg3-rh.png.   So I ran
                  selxavg-sess
                         which was
                            what
                            > I used to run with an older version of
                  freesurfer, and when I
                            did this
                            > I got a more appropriate picture - see
                  act-fix-gamma-rh.png
                            >
                            > The experiment starts with fixation
       (baseline)
                  so I tried
                            running the
                            > analysis with and without skipping the
       first 2
                  TRs to account
                            for the
                            > BOLD spike, but it makes no difference
       in the
                  activation map.
                            >
                            > These are essentially the commands I ran:
                            > mkanalysis-sess.new -analysis loc_loc -TR 2
                  -paradigm loc.dat
                            > -designtype blocked -funcstem fmc
       -runlistfile
                         loc_runs.txt -inorm
                            > -nconditions 2 -timewindow 20 -gammafit
       2.25 1.25
                            >
                            > mkcontrast-sess -analysis loc_loc -contrast
                  shape_vs_fix
                         -a 2 -c 0
                            >
                            > selxavg3-sess -s 101006SP_loc_loc -df
       loc_loc.dir
                         -analysis loc_loc
                            >
                            >
                            > Thoughts?  Or should I just not use
       selxavg3-sess?
                            >
                            > Katie
                            >
                            >
                            > ---------- Forwarded message ----------
                            > From: *Katie Bettencourt* <kcrum@bu.edu
       <mailto:kcrum@bu.edu>
                  <mailto:kcrum@bu.edu <mailto:kcrum@bu.edu>>
                         <mailto:kcrum@bu.edu <mailto:kcrum@bu.edu>
       <mailto:kcrum@bu.edu <mailto:kcrum@bu.edu>>>
                  <mailto:kcrum@bu.edu <mailto:kcrum@bu.edu>
       <mailto:kcrum@bu.edu <mailto:kcrum@bu.edu>>
                  <mailto:kcrum@bu.edu <mailto:kcrum@bu.edu>
       <mailto:kcrum@bu.edu <mailto:kcrum@bu.edu>>>>
                            <mailto:kcrum@bu.edu
       <mailto:kcrum@bu.edu> <mailto:kcrum@bu.edu <mailto:kcrum@bu.edu>>
                  <mailto:kcrum@bu.edu <mailto:kcrum@bu.edu>
       <mailto:kcrum@bu.edu <mailto:kcrum@bu.edu>>>
                         <mailto:kcrum@bu.edu <mailto:kcrum@bu.edu>
       <mailto:kcrum@bu.edu <mailto:kcrum@bu.edu>>
                  <mailto:kcrum@bu.edu <mailto:kcrum@bu.edu>
       <mailto:kcrum@bu.edu <mailto:kcrum@bu.edu>>>>>>
                            > Date: Tue, Nov 2, 2010 at 2:31 PM
                            > Subject: Questions about event related
                  processing and
                            selxavg-sess and
                            > selxavg3-sess
                            > To: freesurfer maillist
                  <freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
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                            >
                            >
                            > Hi all,
                            >
                            > I've been trying to analyses both an event
                  related and
                         block design
                            > experiments and have noticed a couple
       things
                  that are
                         confusing
                            me and
                            > I would appreciate any help anyone
       could give me.
                            >
                            > 1.  In trying do the event-related
       analysis,
                  I'm am a bit
                            confused by
                            > the FIR vs Gamma analysis and the use
       of the
                  time window and
                            tprestim
                            > in the FIR analysis.  I have an experiment
                  with 6 set size
                            conditions
                            > and 1 fixation condition.  each trial is 6s
                  long with a
                         TR of 1.5
                            >
                            > I have run both of these commands:
                            >
                            >  mkanalysis-sess.new -analysis
       supIPS_loc -TR
                  1.5 -paradigm
                            supIPS.dat
                            > -designtype event-related -funcstem fmc
       -motioncor
                         -runlistfile
                            > supIPSruns.txt -inorm -nskip 2
       -nconditions 6
                  -gammafit
                         2.25 1.25
                            >
                            > mkanalysis-sess.new -analysis
       supIPS_loc -TR
                  1.5 -paradigm
                            supIPS.dat
                            > -designtype event-related -funcstem fmc
       -motioncor
                         -runlistfile
                            > supIPSruns.txt -inorm -nskip 2
       -nconditions 6
                  -tprestim 2
                            -timewindow 20
                            >
                            >
                            > The FIR gives me a time course window,
       which
                  makes me
                         think that
                            > perhaps that is the one I want to use,
       but it
                  shows very
                         little
                            > activation.  This data has been previously
                  analyzed in Brain
                            Voyager,
                            > so I know it's not a case of the conditions
                  not actually
                         causing
                            > activation, but for some reason, the FIR
                  analysis doesn't
                         show any.
                            > I'm not sure if this is due to a bad time
                  window/tprestim
                            settings, or
                            > something else.  However the gamma fit
                  analysis shows a
                         bunch of
                            > activity where I expect to see it, but
       no time
                  course window.
                            > (attached are pngs of the differences
       for the
                  act_vs_fixation
                            > comparison).
                            >
                            >
                            > 2.  In addition, in both the event related
                  (gamma) and a
                         normal
                            block
                            > design (different experiment) I get
       very different
                         results (at least
                            > for certain comparisons) depending on
       whether
                  I use
                         selxavg-sess
                            (with
                            > stxgrinder-sess for each contrast) or
                  selxavg3-sess.  The
                            differences
                            > are shown in the attached pngs
                  (act_vs_fix-gamma.png
                         (which is the
                            > selxavg-sess and stxgrinder-sess
       analysis and
                            > act_vs_fix-gamma-selxavg3).  In the block
                  design, both
                         selxavg3 and
                            > selxavg (+stxgrinder) give me very similar
                  activation
                         when comparing
                            > two non-null conditions (ie.
       shape_vs_noise)
                  but very
                         different (and
                            > similar to the differences in the attached
                  pictures)
                         activations
                            when
                            > comparing against the null (ie
       shape_vs_fix or
                  noise_vs_fix).
                             What am
                            > I doing wrong here?
                            >
                            > Thanks for your help!
                            >
                            > Katie
                            >
                            >
                            >
                                                     ------------------------------------------------------------------------
                            >
                            >
                            >
                                                     ------------------------------------------------------------------------
                            >
                            >
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