can you email us the input file and the full command line you ran?
On Thu, 5
Apr 2018, srishti goel wrote:

> So it gave this error:
>
> 3d normalization pass 1 of 2
>
> white matter peak found at 110
>
> HISTOalloc(-2147483648): could not allocate histogram
>
> Cannot allocate memory
>
>
> Best,
> Srishti
> Social/Clinical Research Specialist
> Child Imaging Research and Life Experiences Lab
> University of North Carolina at Chapel Hill
> email (W): srishtig@email.unc.edu
> skype: srishti.goel12
>
>
> On Thu, Apr 5, 2018 at 12:43 PM, Bruce Fischl <fischl@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
>       let's see if it works. If it does, you should be able to run
>
>       recon-all -s SUBJID -make all
>
>       cheers
>       Bruce
>
>
>       On Thu, 5 Apr 2018, srishti goel wrote:
>
>             Should I re-run the recon-all after running the last command from recon-all.cmd?
>
>             Best,
>             Srishti
>             Social/Clinical Research Specialist
>             Child Imaging Research and Life Experiences Lab
>             University of North Carolina at Chapel Hill
>             email (W): srishtig@email.unc.edu
>             skype: srishti.goel12
>
>
>             On Thu, Apr 5, 2018 at 12:31 PM, Bruce Fischl <fischl@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
>             ? ? ? Hi Srishti
>
>             ? ? ? if you look in the subject's scripts dir there should be a file named "recon-all.cmd". Try
>             rerunning the last
>             ? ? ? command in it (probably from the mri dir)
>
>             ? ? ? cheers
>             ? ? ? Bruce
>             ? ? ? On Thu, 5 Apr 2018, srishti goel wrote:
>
>             ? ? ? ? ? ? I am sorry, I am not sure what do you mean by running the command line directly?
>             ? ? ? ? ? ? I use the following command:
>
>             ? ? ? ? ? ? sbatch --mem 2200 -t 6-00:00 --mail-type END --mail-user srishtig@email.unc.edu --wrap
>             "export
>             ? ? ? ? ? ? SUBJECTS_DIR=/proj/hng/sheridanlab/freeSurfer/DukeYAS/Freesurfer_out/; recon-all -s 13166
>             ? ? ? ? ? ? -autorecon2-cp -autorecon3 -nowmsa"
>
>
>             ? ? ? ? ? ? where sbatch..... until export is our local server submission command and I run this
>             command from the
>             ? ? ? ? ? ? command line itself, not
>             ? ? ? ? ? ? using any script.
>
>
>             ? ? ? ? ? ? Best,
>             ? ? ? ? ? ? Srishti
>             ? ? ? ? ? ? Social/Clinical Research Specialist
>             ? ? ? ? ? ? Child Imaging Research and Life Experiences Lab
>             ? ? ? ? ? ? University of North Carolina at Chapel Hill
>             ? ? ? ? ? ? email (W): srishtig@email.unc.edu
>             ? ? ? ? ? ? skype: srishti.goel12
>
>
>             ? ? ? ? ? ? On Thu, Apr 5, 2018 at 12:24 PM, Bruce Fischl <fischl@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? if you run the command that failed again on the command line directly (that is, not
>             in
>             ? ? ? ? ? ? recon-all) does it fail
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? again?
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? On Thu, 5 Apr 2018, srishti goel wrote:
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Hi Bruce,
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? The machine definitely hasn't run out of memory. Here is the memory usage
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? from recon-all.log ?
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?total ? ? ? ? ? ? ?used ? ? ? ?free ? ? ? ? ? ? ? ? ?
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? shared ?buff/cache ? available
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Mem: ? ? ?263726968 ? ?34330048 ? 152102696 ? ? ? 12944 ? ?77294224 ?
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 191963372
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Swap: ? ? ? 2097148 ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? ? ? 2097148
>
>
>
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Best,
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Srishti
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Social/Clinical Research Specialist
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Child Imaging Research and Life Experiences Lab
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? University of North Carolina at Chapel Hill
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? email (W): srishtig@email.unc.edu
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? skype: srishti.goel12
>
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? On Thu, Apr 5, 2018 at 12:16 PM, Bruce Fischl <fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? wrote:
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Hi Srishti
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? are you sure that your machine didn't just run out of memory?
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? The recon-all.log file includes the amount of free (and total)
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? memory at the time the process was started.
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? cheers
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Bruce
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?On Thu, 5 Apr 2018, srishti goel wrote:
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Hi,
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? I have been trying to edit structural brains and
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? very few times I would get the following error while
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? running recon-all -s
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? subjID
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? white matter peak found at 110
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? cannot allocate memory
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Upon looking at the archive, there was only one
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? similar issue and it was recommend to check mri_info
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? as the brain mask might
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? have been corrupted. I did that and here is the
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? output:
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Volume information for brainmask.mgz
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? type: MGH
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? dimensions: 256 x 256 x 256
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? voxel sizes: 1.000000, 1.000000, 1.000000
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? type: UCHAR (0)
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? ? ? fov: 256.000
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? ? ? dof: 0
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? xstart: -128.0, xend: 128.0
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ystart: -128.0, yend: 128.0
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? zstart: -128.0, zend: 128.0
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? TR: 0.00 msec, TE: 0.00 msec, TI: 0.00
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? msec, flip angle: 0.00 degrees
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? nframes: 1
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? PhEncDir: UNKNOWN
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? FieldStrength: 0.000000
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ras xform present
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? xform info: x_r =? -1.0000, y_r = ? 0.0000, z_r
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? 0.0000, c_r =? ? -1.0000
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? : x_a = ? 0.0000, y_a = ? 0.0000, z_a
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? 1.0000, c_a =? ? 37.5000
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? : x_s = ? 0.0000, y_s =? -1.0000, z_s
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? 0.0000, c_s = ? ? 4.7185
>
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? talairach xfm
>             ? ? ? ? ? ? :/pine/scr/s/r/srishtig/Duke_Test/Freesurfer_out/11039/mri/transforms/talair
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ach.xfm
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Orientation ? : LIA
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Primary Slice Direction: coronal
>
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? voxel to ras transform:
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? ? ? ? ? -1.0000 ? 0.0000 ? 0.0000 ? 127.0000
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0.0000 ? 0.0000 ? 1.0000 ? -90.5000
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0.0000? -1.0000 ? 0.0000 ? 132.7185
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0.0000 ? 0.0000 ? 0.0000 ? ? 1.0000
>
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? voxel-to-ras determinant -1
>
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ras to voxel transform:
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? ? ? ? ? -1.0000? -0.0000? -0.0000 ? 127.0000
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? ? ? ? ? -0.0000? -0.0000? -1.0000 ? 132.7185
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? ? ? ? ? -0.0000 ? 1.0000? -0.0000? ? 90.5000
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? ? ? ? ? -0.0000? -0.0000? -0.0000 ? ? 1.0000
>
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Is there any other way to resolve this issue than
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? reconstruction the brain again and doing all the
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? edits all over again hoping
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? that the?brain mask does not get corrupted this
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? time?
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Appreciate any help with this.
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Best,
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Srishti
>
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? _______________________________________________
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Freesurfer mailing list
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>
>
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? The information in this e-mail is intended only for the person to whom
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? it is
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? e-mail
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? contains patient information, please contact the Partners Compliance
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? HelpLine at
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to you
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? in error
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? but does not contain patient information, please contact the sender
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? and properly
>             ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? dispose of the e-mail.
>
>
>
>
>             ? ? ? ? ? ? _______________________________________________
>             ? ? ? ? ? ? Freesurfer mailing list
>             ? ? ? ? ? ? Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>             ? ? ? ? ? ? https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>
>
>             ? ? ? ? ? ? The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is
>             ? ? ? ? ? ? addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail
>             ? ? ? ? ? ? contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at
>             ? ? ? ? ? ? http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to you in error
>             ? ? ? ? ? ? but does not contain patient information, please contact the sender and properly
>             ? ? ? ? ? ? dispose of the e-mail.
>
>
>
>
>             _______________________________________________
>             Freesurfer mailing list
>             Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>             https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>
>
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>             addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail
>             contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at
>             http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to you in error
>             but does not contain patient information, please contact the sender and properly
>             dispose of the e-mail.
>
>
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> Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
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> addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail
> contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at
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> but does not contain patient information, please contact the sender and properly
> dispose of the e-mail.
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