Hi Bruce and others,

I completed the mri_annotation2label and mri_label2label(which used mask created from the mri_binarize), but the result is the same as that without mask.Here are my codes:

====================================================================================

mri_binarize --i *.ocn.mgh --match 1 --o cluster1.mgh

mri_annotation2label --subject fsaverage --hemi rh --outdir $SUBJECTS_DIR/fsaverage/label

mri_label2label --srclabel $SUBJECTS_DIR/fsaverage/label/rh.superiofrontal.label --srcsubject fsaverage --trgsubject test --regmethod volume --srcmask cluster1.mgh 1 bfloat

====================================================================================

Last step used the mask, but its result is just tha same as that without mask. I also checked the mask file which doesnot have any problem.

Thanks.

All the best.

Rujing Zha


At 2014-04-08 23:10:35,"Bruce Fischl" <fischl@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
>what kind of a mask? If a label you can use mri_label2label
>cheers
>Bruce
>On Tue, 8 Apr 
>2014, Rujing Zha wrote:
>
>> Hi FS experts and others, I try to check my group analysis result by seeing the subjects' original space corresponding area. So
>> I need to know how to convert my mask from fsaverage space into specific subject's space.
>> Thanks
>> All the best.
>> RujingZha
>> 
>> 
>> 
>>
>_______________________________________________
>Freesurfer mailing list
>Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>
>
>The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is
>addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail
>contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at
>http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to you in error
>but does not contain patient information, please contact the sender and properly
>dispose of the e-mail.
>