External Email - Use Caution        

ok so after the recon-all command runs, in the output directory's mri folder, a file called brainmask.mgz is formed. I have been doing a freeview -v of this file which corresponds to the final skull stripped output for my input slice that I wanted. 
Now as per the information that you gave me, I should have a volume.  This leads me to two questions. How do I access the volume, where is it in the folder ? And how to I get slices again from this volume because originally I had slices and slices is what my system will further deal with.

On Mon, Mar 25, 2019 at 7:20 PM Bruce Fischl <fischl@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
there are no outputs for single slices, only for volumes. After we
convert the dicom series everything is a volume from then on, no more
single slices
On Mon, 25 Mar 2019, Chhavi Yadav wrote:

>
>         External Email - Use Caution        
>
> Okay but then how do I access the mgzs of the rest of the slices? since only one folder was formed
> which I suppose has the output for a single slice which was mentioned in the recon-all command with
> -i flag.
>
> On Mon, Mar 25, 2019 at 7:15 PM Bruce Fischl <fischl@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
>       yes, you don't need to process them separately. We don't in general
>       process slices - we process entire volumes
>
>       cheers
>       Bruce
>       On Mon, 25 Mar 2019, Chhavi Yadav
>       wrote:
>
>       >
>       >         External Email - Use Caution        
>       >
>       > I meant I want to run autorecon1 over all the slices. I am trying to preprocess all
>       the slices." If
>       > the rest of the dicoms are in the same dir we 
>       > will find them and properly assemble the volume from them." means I dont have to
>       preprocess all the
>       > slices separately? How do I get the preprocessed mgzs of all the rest of the slices?
>       >
>       > On Mon, Mar 25, 2019 at 7:08 PM Bruce Fischl <fischl@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
>       >       Hi Chhavi
>       >
>       >       can you post this type of question to the FS list (which I'll cc on my
>       >       response)? You only need to give recon-all a single dicom slice that is
>       >       from the correct series. If the rest of the dicoms are in the same dir we
>       >       will find them and properly assemble the volume from them.
>       >
>       >       cheers
>       >       Bruce
>       >
>       >
>       >       On Mon, 25 Mar 2019, Chhavi Yadav wrote:
>       >
>       >       >
>       >       >         External Email - Use Caution        
>       >       >
>       >       > Hi Bruce, is there a way I can do recon-all -autorecon1 for all the slices for
>       a
>       >       subject without
>       >       > using the -i flag? I mean I do not want to mention every single slice's name
>       in the
>       >       command.
>       >       >
>       >       > On Mon, Mar 25, 2019 at 12:59 PM Bruce Fischl <fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
>       wrote:
>       >       >
>       >       >       On Mon, 25 Mar 2019, Chhavi Yadav wrote:
>       >       >
>       >       >       >
>       >       >       >         External Email - Use Caution        
>       >       >       >
>       >       >       > Okay got it. So I will still writerecon-all -autorecon1 -i new.dcm -s
>       outnew
>       >       >       > Just that new.dcm should be in the folder with the other slices. Is
>       that
>       >       correct?
>       >       >       >
>       >       >       > Also some of my slices are noisy, just ears or completely black.
>       >       >       > Sorry for sending to the list.
>       >       >       >
>       >       >       > Thanks for your help..
>       >       >       > Chhavi
>       >       >       >
>       >       >       >
>       >       >       > On Mon, Mar 25, 2019 at 12:44 PM Bruce Fischl
>       <fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
>       >       wrote:
>       >       >       >       Hi Chhavi
>       >       >       >
>       >       >       >       if you look in the recon-all.log file you will see the volume
>       dimensions
>       >       >       >       as:
>       >       >       >
>       >       >       >       Image information
>       >       >       >               RunNo             4
>       >       >       >               SeriesNo          5
>       >       >       >               ImageNo           56
>       >       >       >               NImageRows        256
>       >       >       >               NImageCols        240
>       >       >       >               NFrames           1
>       >       >       >               SliceArraylSize   1
>       >       >       >               IsMosaic          0
>       >       >       >               ImgPos             36.2753 164.5335  99.2486
>       >       >       >               VolRes              1.0000   1.0000   1.2000
>       >       >       >               VolDim            240      256        1
>       >       >       >               Vc                 -0.0000  -1.0000   0.0000
>       >       >       >               Vr                 -0.0000  -0.0000  -1.0000
>       >       >       >               Vs                 -1.0000  -0.0000   0.0000
>       >       >       >               VolCenter          35.6753  44.5335 -28.7514
>       >       >       >               TransferSyntaxUID 1.2.840.10008.1.2.1
>       >       >       >
>       >       >       >
>       >       >       >       so it is only a single slice. You need to have the entire dicom
>       series
>       >       in
>       >       >       >       the same directory so that we can find the other slices
>       >       >       >       cheers
>       >       >       >       Bruce
>       >       >       >
>       >       >       >
>       >       >       >       On Mon, 25 Mar 2019,
>       >       >       >       Chhavi Yadav wrote:
>       >       >       >
>       >       >       >       >
>       >       >       >       >         External Email - Use Caution        
>       >       >       >       >
>       >       >       >       > attached is a sample on which it fails.I just do recon-all
>       -autorecon1
>       >       -i
>       >       >       new.dcm -s outnew
>       >       >       >       >
>       >       >       >       > Is this okay? Also attached is the log.
>       >       >       >       > I haven't tried all.
>       >       >       >       >
>       >       >       >       > On Mon, Mar 25, 2019 at 12:26 PM Bruce Fischl
>       >       <fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
>       >       >       wrote:
>       >       >       >       >       did all of them fail? That seems unlikely. Our failure
>       rates are
>       >       usually
>       >       >       >       >       pretty low (less than a couple of percent). If they are
>       all
>       >       failing
>       >       >       >       >       something else is wrong
>       >       >       >       >
>       >       >       >       >
>       >       >       >       >       On Mon, 25 Mar 2019, Chhavi Yadav wrote:
>       >       >       >       >
>       >       >       >       >       >
>       >       >       >       >       >         External Email - Use Caution        
>       >       >       >       >       >
>       >       >       >       >       > HI Bruce,Thanks for your email.
>       >       >       >       >       > I actually have 3500 files. So cant do transform on
>       them
>       >       manually. Any
>       >       >       other way?
>       >       >       >       Like
>       >       >       >       >       downloading the
>       >       >       >       >       > previous version of freesurfer?
>       >       >       >       >       > Chhavi
>       >       >       >       >       >
>       >       >       >       >       > On Mon, Mar 25, 2019 at 10:56 AM Bruce Fischl
>       >       >       <fischl@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
>       >       >       >       >       >       Hi Chhavi
>       >       >       >       >       >
>       >       >       >       >       >       the automated Talairach transform creation can
>       sometimes
>       >       fail,
>       >       >       >       >       >       particularly in the presence of very large
>       ventricles or
>       >       lots of
>       >       >       >       >       >       damaged white matter or
>       >       >       >       >       >       both. We have a tutorial on checking and
>       correcting it
>       >       here:
>       >       >       >       >       >
>       >       >       >      >    >https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=https-3A__surfer.nmr.mgh.harvard.edu_fswiki_FsTut
>       ori
>       >       a
>       >       >       l_Tala
>       >       >       >       ir
>       >       >       >       >
>       >       >       >      >    >ach-5Ffreeview&d=DwIDaQ&c=slrrB7dE8n7gBJbeO0g-IQ&r=N9tx5lNt4OZx_Y6zKcYlyQ&m=jmk4B1izuOm3OQVT
>       tDK
>       >       b
>       >       >       HktL7Q
>       >       >       >       rJ
>       >       >       >       >
>       >       >       >       >       >     
>       >        JELPuLToS-_5lkY&s=LpBDOkEFGzHx0owj2xszaOGP5m2RG6gsMN9vq30fOBU&e=
>       >       >       >       >       >
>       >       >       >       >       >       cheers
>       >       >       >       >       >       Bruce
>       >       >       >       >       >
>       >       >       >       >       >       On
>       >       >       >       >       >       Mon, 25 Mar 2019, Chhavi Yadav wrote:
>       >       >       >       >       >
>       >       >       >       >       >       >
>       >       >       >       >       >       >         External Email - Use Caution        
>       >       >       >       >       >       >
>       >       >       >       >       >       > Hi,I am a beginner to freesurfer. Never used
>       it
>       >       before.
>       >       >       >       >       >       > Currently I am working on some dicoms from
>       ADNI that I
>       >       want to
>       >       >       preprocess.
>       >       >       >       >       >       > But I am getting this 'talairach_afd:
>       Talairach
>       >       Transform:
>       >       >       >       transforms/talairach.xfm
>       >       >       >       >       >       ***FAILED*** ' error.
>       >       >       >       >       >       > I am attaching the error log and other files
>       for your
>       >       >       reference. Please
>       >       >       >       help me
>       >       >       >       >       out.
>       >       >       >       >       >       >
>       >       >       >       >       >       > Regards,
>       >       >       >       >       >       > Chhavi
>       >       >       >       >       >       >
>       >       >       >       >       >       >_______________________________________________
>       >       >       >       >       >       Freesurfer mailing list
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>       fo_
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>       >       >       >       >
>       >       >       >      >    >r&d=DwICAg&c=slrrB7dE8n7gBJbeO0g-IQ&r=N9tx5lNt4OZx_Y6zKcYlyQ&m=jmk4B1izuOm3OQVTtDKbHktL7QrJJ
>       ELP
>       >       u
>       >       >       LToS-_
>       >       >       >       5l
>       >       >       >       >
>       >       >       >       >       >     
>        kY&s=bKPWvTI6mhmqTDXPcjuZiBrd9LczeJVcqb47rKN8Lvg&e=
>       >       >       >       >       >
>       >       >       >       >       >
>       >       >       >       >       >_______________________________________________
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>       >       >       >    >https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=https-3A__mail.nmr.mgh.harvard.edu_mailman_listinfo_
>       f
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>       >       >       >
>       >       >       >    >r&d=DwICAg&c=slrrB7dE8n7gBJbeO0g-IQ&r=N9tx5lNt4OZx_Y6zKcYlyQ&m=rJfQ3hIQWvKqc6fZyhUQKNa911LU20Ws
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>       >       >       c8g2VP7
>       >       >       >
>       >       >       >       >       LM&s=DgN0IsA48XVzgAFsDxvg5H2euo0dyxsaX8Y4v0koRB0&e=
>       >       >       >       >
>       >       >       >       >
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>       r
>       >       ee
>       >       >       surfe
>       >       >     >r&d=DwICAg&c=slrrB7dE8n7gBJbeO0g-IQ&r=N9tx5lNt4OZx_Y6zKcYlyQ&m=0en6N_H-HDM_3l0J3ZVznuaBX1sw-F8kv
>       1
>       >       S2
>       >       >       TCg3F
>       >       >       >       G0&s=9Qp6YLWJpuHPgkqfW-Sv0N-cNqEect_0FX7_G-R_V10&e=
>       >       >       >
>       >       >       >
>       >       >       >
>       >       >
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