Nevertheless when I use that register.dat to view a statmap on the anatomical space (which is the same registration from epi to t1 space) I have activation outside of the brain. I understand that BBR has aligned the images well, but it seems not to have scaled the EPI image down enough so that it fits within the T1 image. 

On Wed, Aug 31, 2011 at 3:18 PM, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
That registration appears to be ok. Remember, that is the boundary between the cortical gray and white matter, not the edge of the brain or skull, so it should be interior.
doug

noam Schneck wrote:
Here are slices from the registration.  
On Wed, Aug 31, 2011 at 2:39 PM, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> wrote:

   You should not need to adjust the registration. The surface should
   follow the gray white boundary in the EPI (hard to see but there).
   Can you send a pic of the green surface on the EPI with the
   default registration (ie, without you making changes)?

   noam Schneck wrote:

       It is from an individual. I checked the registration, the
       green surface outline seems well within the movable EPI image.
       I can scale it down manually and than the zstat, with the
       scaled down register.dat, fits within the anatomical. Is this
       the only solution?

       On Wed, Aug 31, 2011 at 2:34 PM, Douglas N Greve
       <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> wrote:

          Is this a zmap from the individual run or the gfeat? If
          individual, double check the registration with
           tkregister2 --mov example_func.nii.gz --reg
       anat2exf.register.dat
          --surfs
          If from a gfeat, then you should use anat2std.register.dat,
       like

          tkmedit bert orig.mgz -overlay zstat1.nii.gz -overlay-reg
          anat2exf.register.dat -fthresh 2.3 -fmax 4.3 -aux brain.mgz
       -seg
          aparc+aseg.mgz

          doug

          noam Schneck wrote:

              Hi,
              Here is the command line for viewing the zstat from a
       single
              subject single run, in which I ran into the same
       problem. I've
              also attached a screenshot of the tkmedit image:
        tkmedit bert
              bert/mri/orig.mgz -overlay zstat1.nii.gz -overlay-reg
              anat2exf.register.dat -fthresh 2.3 -fmax 4.3 -aux
              bert/mri/brain.mgz -seg bert/mri/aparc+aseg.mgz
              Thank you so much for your help,
              Noam
              On Wed, Aug 31, 2011 at 12:04 PM, Douglas N Greve
              <greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> wrote:



                 noam Schneck wrote:

                     Hi Doug

                     Here are more detailed versions of my first two
       questions.
                     1) I used tkmedit to look at the mean_func
       produced by
              a gfeat
                     analysis of one subject's three functional runs
              overlayed onto
                     the anatomical image produced by recon-all on
       that same
                     subject(bert/mri/orig.mgz). The registration
       matrix I
              used was
                     the anat2std.dat that was produced by running
              reg-feat2anat on
                     all three of the feat analyses from the individual
              runs. When
                     I did this I saw that the mean_func image was
       outside the
                     boundaries of the anatomical image.
       Correspondingly, when I
                     overlayed the zstat.nii.gz from the gfeat
       analysis onto the
                     anatomical image I had activation outside of the
       anatomical
                     image brain.

                 What was the command line?


                     2)  Originally, I ran BBR on a subject that I
       had run
                     Recon-all for.  I used BBR to register the
              example_func.nii.gz
                     to the bert/mri/orig.mgz. I had BBR output an
       fsl.mat.
               I then
                     used ApplyXFM in fsl to apply BBR's fsl.mat to
       register the
                     example_func.nii.gz onto a T1 image that had been
              created by
                     converting bert/mri/brainmask.mgz into niftii with
                     mri_convert. I tried it again, this time
       converting the
                     orig.mgz to niftii. In both cases the
       example_func in
              T1 space
                     image produced by ApplyXFM is rotated about 90
       degrees and
                     also inverted.  This is viewed in fslview, I have
              attached a
                     screenshot. The corresponding T1 images created by
              mri_convert
                     are not.  What can I do to allow me to use BBR's
       fsl.mat
                     within ApplyXFM?

                     Here is the header info for the T2*_T1 image
       attached
              to this
                     email. sizeof_hdr     348
                     data_type      FLOAT32
                     dim0           3
                     dim1           256
                     dim2           256
                     dim3           256
                     dim4           1
                     dim5           1
                     dim6           1
                     dim7           1
                     vox_units      mm
                     time_units     s
                     datatype       16
                     nbyper         4
                     bitpix         32
                     pixdim0        0.0000000000
                     pixdim1        1.0000000000
                     pixdim2        1.0000000000
                     pixdim3        1.0000000000
                     pixdim4        1.5000000000
                     pixdim5        1.0000000000
                     pixdim6        1.0000000000
                     pixdim7        1.0000000000
                     vox_offset     352
                     cal_max        0.0000
                     cal_min        0.0000
                     scl_slope      0.000000
                     scl_inter      0.000000
                     phase_dim      0
                     freq_dim       0
                     slice_dim      0
                     slice_name     Unknown
                     slice_code     0
                     slice_start    0
                     slice_end      0
                     slice_duration 0.000000
                     time_offset    0.000000
                     intent         Unknown
                     intent_code    0
                     intent_name    intent_p1      0.000000
                     intent_p2      0.000000
                     intent_p3      0.000000
                     qform_name     Scanner Anat
                     qform_code     1
                     qto_xyz:1      -1.000000  -0.000000  -0.000000
        128.678986
                     qto_xyz:2      -0.000000  0.000000  1.000000
        -100.598366
                     qto_xyz:3      0.000000  -1.000000  0.000000
        143.524200
                     qto_xyz:4      0.000000  0.000000  0.000000
        1.000000
                     qform_xorient  Right-to-Left
                     qform_yorient  Superior-to-Inferior
                     qform_zorient  Posterior-to-Anterior
                     sform_name     Scanner Anat
                     sform_code     1
                     sto_xyz:1      -1.000000  -0.000000  0.000000
        128.678986
                     sto_xyz:2      -0.000000  -0.000000  1.000000
        -100.598366
                     sto_xyz:3      -0.000000  -1.000000  0.000000
        143.524200
                     sto_xyz:4      0.000000  0.000000  0.000000
        1.000000
                     sform_xorient  Right-to-Left
                     sform_yorient  Superior-to-Inferior
                     sform_zorient  Posterior-to-Anterior
                     file_type      NIFTI-1+
                     file_code      1
                     descrip        FreeSurfer Jun 18 2008
                     aux_file                     Thank you,
                     Noam

                     On Mon, Aug 29, 2011 at 1:16 PM, Douglas N Greve
                     <greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> wrote:

                        Hi Noam,


                        noam Schneck wrote:

                            Hi,

                            I am trying to use reg-feat2anat to
       register my Feat
                     analyses
                            to anatomical images and running into a
       number
              of problems.
                            1) When I check the registration of the
              mean_func to the
                            anatomical in tkregister2 it looks fine. But
              when I overlay
                            the fsl statmaps onto the anatomical
       brain they
              extend
                     outside
                            of boundaries of the anatomical brain.

                        Need more detail. What command are you using to
              visualize?


                            2) Also, before using reg-feat2anat. I was
              trying to do the
                            EPI_2_structural registration in FLIRT
       with the
              fsl.mat
                            produced by BBR. When I try this the
       registered
              image is
                            rotated 90 degrees from the original
       image.  Why
              does
                     that happen?

                        More detail needed. What program did you run?
       What
                     visualization
                        tool? This will align the anatomical in the
              conformed space
                     to the
                        EPI, so make sure you're using the right
       anatomical.


                            3) I also noticed that if I look at the
       header
                     information for
                            an image in fslhd and mri_info the
       orientations are
                     flipped.
                            If the fslhd orientation is RAS it will
       be LPI
              in mri_info.
                            Could this be related to what is happening in
              question (2)?

                        Need more detail. What images are you looking at?

                        In general, you have to tell us specifically what
              you are
                     doing.
                        It's going to be very hard to help with vague
              descriptions.
                        doug


                            Best,
                            Noam
                                                 ------------------------------------------------------------------------

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              <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422
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                        Bugs:
       surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
       <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
              <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
                            <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
                               <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>

                        FileDrop:
                            www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
       <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
                     <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
                                   <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
                                      <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>




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              e-mail was
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              contact the
                        sender and properly
                        dispose of the e-mail.



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                 --     Douglas N. Greve, Ph.D.
                 MGH-NMR Center
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                 Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
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                 FileDrop:
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       <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
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