Dear all,

I am struggling with coverting and combining pial surfaces back to native space. My result is 90 degrees rotated, and shifted from the original MRI.

The initial lh.pial and rh.pial look good, and when I translate them to native space they still look good. However when I combined them, they suddenly shift and rotate. Does anyone know what happens, how I can prevent it, or reliably can shift and rotate back?

Also, if I do not save directly to STL, the surfaces get messed up in –combinesurfs, with a lot of vertices shifted to the center of the surface (see picture below). But this is not my biggest problem, as I want STL in the end.

My code:

tkregister2 --mov rawavg.mgz --targ orig.mgz --reg register.native.dat --noedit –regheader

mri_surf2surf --sval-xyz pial --reg register.native.dat rawavg.mgz --tval lh.pial.native --tval-xyz --hemi lh --s {SUBJECT}

mri_surf2surf --sval-xyz pial --reg register.native.dat rawavg.mgz --tval rh.pial.native --tval-xyz --hemi rh --s {SUBJECT}

mris_convert --combinesurfs $SUBJECTS_DIR/${subject}/surf/lh.pial.native $SUBJECTS_DIR/${subject}/surf/rh.pial.native $SUBJECTS_DIR/bh_native.stl

Thanks in advance,

Nicole

De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender direct te informeren door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch Centrum Utrecht is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de W.H.W. (Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd bij de Kamer van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197.

This message may contain confidential information and is intended exclusively for the addressee. If you receive this message unintentionally, please do not use the contents but notify the sender immediately by return e-mail. University Medical Center Utrecht is a legal person by public law and is registered at the Chamber of Commerce for Midden-Nederland under no. 30244197.