sorry, I'm not sure I understand. bbregister will let you register a T2
to the T1 of the same subject, is that what you want?

cheers
Bruce
On Sun, 17 May 2020,
Amar Shukla wrote:

>
>         External Email - Use Caution        
>
> Dear Sir,
> thank you, Sir, for your valuable advice,
>
> Can I register all the t2 types file with a Structural template,
> cross-registration we can do or not?
>
>
>
> On Mon, May 11, 2020 at 11:04 PM Douglas N. Greve <dgreve@mgh.harvard.edu>
> wrote:
>       It is probably more up-to-date to run
>       bbregister --help
>
>       On 5/9/2020 1:10 PM, Bruce Fischl wrote:
>       https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/bbregister
>       On Sat, 9 May 2020, Amar Shukla wrote:
>
>
>                     External Email - Use Caution        
>
>             Dear Sir,
>             Thank you for valuable information, do we have
>             any link or resource to get
>             through this tool.
>
>             regards
>             Amar Shukla
>
>             On Sat, May 9, 2020 at 10:31 PM Bruce Fischl
>             <fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
>             wrote:
>                   Hi Amar
>
>                   no restriction - all of those should be
>             registerable using
>                   Doug's
>                   excellent bbregister tool
>
>                   cheers
>                   Bruce
>                   On Sat, 9 May 2020, Amar Shukla wrote:
>
>                   >
>                   >         External Email - Use
>             Caution        
>                   >
>                   > Dear SirDo we have restriction in the
>             registration with a
>                   different format
>                   > of data like DTI, sMRI, PET and many
>             more or we can go for
>                   registration in
>                   > any combination in FREE Surfer.
>                   >
>                   > regards
>                   > Amar Shukla
>                   >
>                   > On Mon, Apr 13, 2020 at 8:14 PM Amar
>             Shukla
>                   <amar28071989@gmail.com> wrote:
>                   >       Thank you so much sir
>                   >
>                   > On Mon, 13 Apr 2020, 19:56 Bruce
>             Fischl,
>                   <fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
>                   > wrote:
>                   >       yes, that should be doable if
>             you process in the order I
>                   >       suggested below
>                   >       cheers
>                   >       Bruce
>                   >       On
>                   >       Mon, 13 Apr 2020, Amar Shukla
>             wrote:
>                   >
>                   >       >
>                   >       >         External Email - Use
>             Caution        
>                   >       >
>                   >       > Dear Sir,
>                   >       >
>                   >       > Thank you for your precious
>             reply  
>                   >       >
>                   >       > Actually i am working on to
>             the study of Disease which
>                   >       have the effect on
>                   >       > the brain.
>                   >       >
>                   >       > 1) First i am using t1 image
>             for analysis of the same
>                   >       subject of that
>                   >       > disease.
>                   >       >
>                   >       > 2) I am using Diffussion image
>             for the analysis  for
>                   the
>                   >       same subject.
>                   >       >
>                   >       > So can i make any relation
>             between trac based analysis
>                   >       of diffusion image
>                   >       > and Volumetric analysis of T1
>             weighted image of same
>                   >       subject.
>                   >       >
>                   >       > regards
>                   >       > Amar Shukla
>                   >       >
>                   >       >
>                   >       > On Mon, 13 Apr 2020, 19:09
>             Bruce Fischl,
>                   >       <fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
>             wrote:
>                   >       >       Hi Amar
>                   >       >
>                   >       >       I'm not quite sure I
>             understand your question,
>                   but
>                   >       in FS you
>                   >       >       would use
>                   >       >       the T1 as input to
>             recon-all, then the outputs
>                   of
>                   >       that and the
>                   >       >       diffusion
>                   >       >       data would let you run
>             tracula
>                   >       >
>                   >       >       cheers
>                   >       >       Bruce
>                   >       >       On Mon, 13 Apr 2020,
>             Amar Shukla wrote:
>                   >       >
>                   >       >       >
>                   >       >       >         External Email
>             - Use Caution        
>                   >       >       >
>                   >       >       > Hello Freesurfer,
>                   >       >       >
>                   >       >       > Can we go through the
>             volumetric  [surface
>                   area
>                   >       and many more
>                   >       >       ] through DTI
>                   >       >       > images and  T1 or t2
>             weighted images of the
>                   same
>                   >       subject. Can
>                   >       >       we provide
>                   >       >       > common study and can
>             we develop any analysis
>                   on
>                   >       these studies.
>                   >       >       > My research is focused
>             on these direction o or
>                   >       any kind of
>                   >       >       corelation
>                   >       >       > through different
>             Images .
>                   >       >       > basis of diffusion
>             images and  T1 or t2
>                   weighted
>                   >       images,
>                   >       >       >
>                   >       >       > so please give
>             suggestions and comment on
>                   these.
>                   >       >       >
>                   >       >       >
>                   >       >       >
>                   >       >       > --
>                   >       >       > With Regards,
>                   >       >       > Amar Shukla
>                   >       >       >
>                   >       >       >
>                   >       >     
>              >_______________________________________________
>                   >       >       Freesurfer mailing list
>                   >       >     
>              Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>                   >       >     
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>                  
>               https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>                   >       >
>                   >       >
>                   >     
>              >_______________________________________________
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>                   >       Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>                   >     
>                  
>              https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>                   >
>                   >
>                   >
>                   > --
>                   > With Regards,
>                   > Amar Shukla
>                   > Assistant Professor, 
>                   > M tech AI ANN(2014-2016),
>                   > Centre Of Information Technology,
>                   > UPES 
>                   > Contact :+91 897 977 8016
>                   >
>                  
>             >_______________________________________________
>                   Freesurfer mailing list
>                   Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>                  
>             https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>
>
>
>             --
>             With Regards,
>             Amar Shukla
>             Assistant Professor, 
>             M tech AI ANN(2014-2016),
>             Centre Of Information Technology,
>             UPES 
>             Contact :+91 897 977 8016
>
>
>
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> Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
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> Amar Shukla
> Assistant Professor, 
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