Hi all.

I was puzzled when I checked the the aseg.stats in the fs_output_folder after I run the routuine recon-all cmd.(fs6.0_linux)

In this stat file  I found that the nvoxel value doesn't equal to the volumes of each subcortical segmentation. They even doesn't follow a arithmetic correlation.

But the header reads that the voxel is equal to 1 mm^3 in volume.

So why?

I wiil be greatly appreciated if somebody could tell me if there is anything wrong with my ideas.

the sample of my aseg.stat file(some lines) is appended here.

# Title Segmentation Statistics 

# 

# generating_program mri_segstats

# cvs_version $Id: mri_segstats.c,v 1.121 2016/05/31 17:27:11 greve Exp $

# VoxelVolume_mm3 1 

# ColHeaders  Index SegId NVoxels Volume_mm3 StructName normMean normStdDev normMin normMax normRange  

  1   4     18001    18343.9  Left-Lateral-Ventricle            37.8841     9.3238    24.0000    90.0000    66.0000 

  2   5      1641     1672.0  Left-Inf-Lat-Vent                 45.0488    11.6523    23.0000    82.0000    59.0000 

  3   7     16241    16825.4  Left-Cerebellum-White-Matter      84.3527     5.6642    29.0000    98.0000    69.0000 

  4   8     52760    52711.2  Left-Cerebellum-Cortex            66.2411     9.4589    25.0000    91.0000    66.0000 

  5  10      7246     6891.5  Left-Thalamus-Proper              91.3607     9.1942    41.0000   107.0000    66.0000 

  6  11      3246     3140.1  Left-Caudate                      85.8783     7.9460    53.0000   107.0000    54.0000 

  7  12      4285     4264.4  Left-Putamen                      91.0488     4.3328    63.0000   104.0000    41.0000 

  8  13      2022     2006.2  Left-Pallidum                    100.0514     4.3088    75.0000   118.0000    43.0000 

  9  14      2969     3048.2  3rd-Ventricle                     39.8787     8.2650    26.0000    81.0000    55.0000 

 10  15      1552     1705.4  4th-Ventricle                     40.3808     9.6486    23.0000    79.0000    56.0000 

 11  16     19144    18890.9  Brain-Stem                        83.6324    10.1835    34.0000   108.0000    74.0000 

 12  17      3738     3442.8  Left-Hippocampus                  74.7269     8.1358    40.0000    97.0000    57.0000 

 13  18      1100     1054.6  Left-Amygdala                     76.2536     7.1347    43.0000    95.0000    52.0000 

 14  24      1791     1694.4  CSF                               51.9894    11.2187    32.0000    94.0000    62.0000 

 15  26       278      249.5  Left-Accumbens-area               85.4928     6.2711    54.0000    93.0000    39.0000 

 16  28      4171     3992.6  Left-VentralDC                    92.5809    11.1675    41.0000   116.0000    75.0000 

 17  30         0        0.0  Left-vessel                        0.0000     0.0000     0.0000     0.0000     0.0000 

 18  31       928      888.8  Left-choroid-plexus               52.3438    10.8472    31.0000    78.0000    47.0000 

 19  43     20737    20900.1  Right-Lateral-Ventricle           37.1717     8.9953    25.0000    92.0000    67.0000 

 20  44      5481     5495.9  Right-Inf-Lat-Vent                37.8816     9.1653    26.0000    79.0000    53.0000 

 21  46     16633    17143.0  Right-Cerebellum-White-Matter     83.6901     5.3551    40.0000    99.0000    59.0000 

 22  47     54353    54454.1  Right-Cerebellum-Cortex           66.2976     9.1862    20.0000    89.0000    69.0000 

 23  49      6416     6042.8  Right-Thalamus-Proper             89.1852     9.9130    37.0000   106.0000    69.0000 

 24  50      3294     3062.4  Right-Caudate                     87.1703     8.2085    53.0000   107.0000    54.0000 

 25  51      3794     3796.8  Right-Putamen                     92.5113     4.1020    62.0000   104.0000    42.0000 

 26  52      2124     2028.5  Right-Pallidum                   102.1172     4.1392    75.0000   118.0000    43.0000 

 27  53      2980     2742.1  Right-Hippocampus                 73.9638     9.4803    28.0000    96.0000    68.0000 

 28  54      1299     1132.8  Right-Amygdala                    69.1655    14.6045    28.0000    98.0000    70.0000 

 29  58       273      223.8  Right-Accumbens-area              88.0403     5.5989    64.0000    99.0000    35.0000 

 30  60      3924     3713.0  Right-VentralDC                   92.1210    12.3974    35.0000   117.0000    82.0000 

 31  62        13       24.5  Right-vessel                      60.4615     6.2930    48.0000    71.0000    23.0000 

 32  63      1302     1224.4  Right-choroid-plexus              51.1751    10.0901    31.0000    79.0000    48.0000 

 33  72         0        0.0  5th-Ventricle                      0.0000     0.0000     0.0000     0.0000     0.0000 

 34  77      1508     1452.2  WM-hypointensities                74.0351    13.0445    37.0000   107.0000    70.0000 

 35  78         0        0.0  Left-WM-hypointensities            0.0000     0.0000     0.0000     0.0000     0.0000 

--