You can try normalizing your covariates. You can do so before putting them into the fsgd file or you can add the following two lines to your fsgd file:

DeMeanFlag 1

ReScaleFlag 1



On 9/9/16 11:25 PM, Seung Gul Kang wrote:
Hi, 

I am new learner in freesurfer and analyzing the difference of the thickness between two groups using qdec. 

There is a error as below. 
I don't know what is the reason.

ERROR: matrix is ill-conditioned or badly scaled, condno = 22801.1
--------------------------------
Possible problem with experimental design:
Check for duplicate entries and/or lack of range of
continuous variables within a class.
If you seek help with this problem, make sure to send:
  1. Your command line:
    mri_glmfit --y /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/y.mgh --fsgd /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/qdec.fsgd dods --glmdir /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2 --surf fsaverage lh --label /mnt/hgfs/share/kang_fs/fsaverage/label/lh.aparc.label --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/contrasts/lh-Avg-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/contrasts/lh-Diff-H-I-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/contrasts/lh-Diff-M-F-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/contrasts/lh-X-diagnosis-sex-Intercept-thickness.mat 
  2. The FSGD file (if using one)
  3. And the design matrix above
Error in Analyze: command failed: mri_glmfit --y /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/y.mgh --fsgd /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/qdec.fsgd dods --glmdir /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2 --surf fsaverage lh --label /mnt/hgfs/share/kang_fs/fsaverage/label/lh.aparc.label --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/contrasts/lh-Avg-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/contrasts/lh-Diff-H-I-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/contrasts/lh-Diff-M-F-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/contrasts/lh-X-diagnosis-sex-Intercept-thickness.mat

matrix

Design matrix ------------------
 1.000   0.000   0.000   0.000   27.000   0.000   0.000   0.000   3.000   0.000   0.000   0.000   2.600   0.000   0.000   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   28.000   0.000   0.000   0.000   4.000   0.000   0.000   0.000   2.440   0.000;
 1.000   0.000   0.000   0.000   25.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   2.510   0.000   0.000   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   26.000   0.000   0.000   0.000   7.000   0.000   0.000   0.000   2.500   0.000;
 1.000   0.000   0.000   0.000   35.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   2.450   0.000   0.000   0.000;
 1.000   0.000   0.000   0.000   30.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   2.380   0.000   0.000   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   24.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   2.430   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   24.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   2.390   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   28.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   2.350   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   33.000   0.000   0.000   0.000   2.000   0.000   0.000   0.000   2.400   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   45.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   2.300   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   38.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   2.300   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   24.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   2.480   0.000;
 1.000   0.000   0.000   0.000   28.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   2.310   0.000   0.000   0.000;
 1.000   0.000   0.000   0.000   30.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   2.460   0.000   0.000   0.000;
 1.000   0.000   0.000   0.000   39.000   0.000   0.000   0.000   3.000   0.000   0.000   0.000   2.230   0.000   0.000   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   48.000   0.000   0.000   0.000   4.000   0.000   0.000   0.000   2.410   0.000;
 1.000   0.000   0.000   0.000   32.000   0.000   0.000   0.000   3.000   0.000   0.000   0.000   2.370   0.000   0.000   0.000;
 1.000   0.000   0.000   0.000   32.000   0.000   0.000   0.000   4.000   0.000   0.000   0.000   2.510   0.000   0.000   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   31.000   0.000   0.000   0.000   2.000   0.000   0.000   0.000   2.380   0.000;
 1.000   0.000   0.000   0.000   33.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   2.390   0.000   0.000   0.000;
 1.000   0.000   0.000   0.000   33.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   2.540   0.000   0.000   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   44.000   0.000   0.000   0.000   4.000   0.000   0.000   0.000   2.290   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   41.000   0.000   0.000   0.000   2.000   0.000   0.000   0.000   2.420   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   41.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   2.400   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   43.000   0.000   0.000   0.000   3.000   0.000   0.000   0.000   2.420   0.000;
 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   21.000   0.000   0.000   0.000   10.000   0.000   0.000   0.000   2.410   0.000   0.000;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   46.000   0.000   0.000   0.000   13.000   0.000   0.000   0.000   2.410;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   41.000   0.000   0.000   0.000   8.000   0.000   0.000   0.000   2.400;
 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   29.000   0.000   0.000   0.000   13.000   0.000   0.000   0.000   2.400   0.000   0.000;
 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   39.000   0.000   0.000   0.000   12.000   0.000   0.000   0.000   2.380   0.000   0.000;
 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   27.000   0.000   0.000   0.000   6.000   0.000   0.000   0.000   2.370   0.000   0.000;
 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   57.000   0.000   0.000   0.000   11.000   0.000   0.000   0.000   2.330   0.000   0.000;
 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   24.000   0.000   0.000   0.000   7.000   0.000   0.000   0.000   2.370   0.000   0.000;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   31.000   0.000   0.000   0.000   11.000   0.000   0.000   0.000   2.330;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   23.000   0.000   0.000   0.000   11.000   0.000   0.000   0.000   2.520;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   34.000   0.000   0.000   0.000   11.000   0.000   0.000   0.000   2.360;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   32.000   0.000   0.000   0.000   10.000   0.000   0.000   0.000   2.570;
 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   37.000   0.000   0.000   0.000   2.000   0.000   0.000   0.000   2.570   0.000   0.000;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   46.000   0.000   0.000   0.000   5.000   0.000   0.000   0.000   2.400;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   48.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   2.370;
 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   42.000   0.000   0.000   0.000   3.000   0.000   0.000   0.000   2.470   0.000   0.000;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   54.000   0.000   0.000   0.000   8.000   0.000   0.000   0.000   2.450;
 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   30.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   2.480   0.000   0.000;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   36.000   0.000   0.000   0.000   12.000   0.000   0.000   0.000   2.390;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   34.000   0.000   0.000   0.000   9.000   0.000   0.000   0.000   2.300;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   38.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   2.550;
--------------------------------

I attached fsgd file.

Thank you. 

Best,
Seung-Gul
---
Seung Gul Kang, M.D., Ph.D. 

Psychiatrist, Associate Professor; Department of Psychiatry, Gil Medical Center, Gachon University, School of Medicine, 21, Namdong-daero 774 beon-gil, Namdong-gu, Incheon, 21565, South Korea
Research scholar; Sleep Disorders Clinical Research Program, Department of Psychiatry, Massachusetts General Hospital, Harvard Medical School, 1 Bowdoin Square, 9th floor, Boston, MA 02114, USA
Collaboration researcher; Division of Sleep & Circadian Disorders, Brigham & Women's Hospital, Harvard Medical School, 221 Longwood Ave, Boston MA 02115


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