Timothy Hendrickson

Department of Psychiatry

University of Minnesota

Office: 612-624-6441

Mobile: 507-259-3434 (texts okay)

On Wed, Dec 21, 2016 at 12:47 PM, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:

your 10th column is all 0s

On 12/21/2016 01:26 PM, Timothy Hendrickson wrote:
> Just following up on the message below. I would appreciate a comment on this issue.
>
> -Tim
> FreeSurfer experts,
>
> I am attempting to use the two stage model for longitudinal analysis,
> however I keep receiving an error message that my design matrix is poorly
> scaled.
> I'm curious, I've used the same format of design matrix on cross
> sectional without problem.
> Anyway here is the command line input:
>
> mri_glmfit --glmdir
> rh.AllSite.gender.group.Age.thickness.fwhm10.twoStage.glmdir \
> --X DOSSDS.twoStage_AllSite_Gender_Group_Age.dat \
> --y rh.testretest.thickness-spc.stack.fwhm10.mgh \
> --C
> DiffDiagnosis_ControlMore_AcctSite_AcctGender_AcctAge_pairedAnalysis.DOSSDS.mtx
> \
> --label rh.testretest.fsaverage.cortex.label \
> --surf fsaverage rh
>
> The error message is attached within file
> error_designMtx_12_19_16.txt
>
> Additionally I've included my analysis script, all timepoint qdec file,
> temporal average qdec file, fsgd file, and design matrix.
> Any help would be extremely beneficial.
>
> -Tim
>
> Timothy Hendrickson
> Department of Psychiatry
> University of Minnesota
> Office: 612-624-6441
> Mobile: 507-259-3434 (texts okay)
> Design matrix ------------------
> 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.878;
> 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -2.325;
> 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.967;
> 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.552 0.000;
> 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.121 0.000 0.000 0.000;
> 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.588 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.101 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -2.205;
> 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.775 0.000 0.000 0.000;
> 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.316 0.000 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.590 0.000;
> 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.093 0.000 0.000;
> 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.880 0.000 0.000;
> 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -2.131 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.447 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -1.635 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.859 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.588 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.858 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.051;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -1.641 0.000 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.217;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -1.032 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.259 0.000 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.251 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.037 0.000 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.827 0.000 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.966 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.969 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.605;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.669 0.000 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.166 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.730 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.461;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -1.039 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.172 0.000 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.781 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.247;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.624;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.143 0.000 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.610;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.620 0.000 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.443 0.000 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.052 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.490;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.696 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.779;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.252 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.955 0.000 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.947 0.000 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.352 0.000 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.305 0.000 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.734;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.272 0.000 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.055;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.017 0.000 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.953 0.000 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.376;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.376;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.425 0.000 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.197 0.000 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.117 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.347 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.274 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.127;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.027 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.554 0.000 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.741 0.000 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.292 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.127 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.949 0.000 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.135 0.000 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.913 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.819 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.887 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.527 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.166;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.244;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.031 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.563 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.239 0.000 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.123 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.161 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.738 0.000 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.095 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.246 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.104 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.095 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.231 0.000 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.099 0.000 0.000;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.524;
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.265 0.000 0.000;
> --------------------------------
> ERROR: matrix is ill-conditioned or badly scaled, condno = 1e+08
> --------------------------------
> Possible problem with experimental design:
> Check for duplicate entries and/or lack of range of
> continuous variables within a class.
> If you seek help with this problem, make sure to send:
> 1. Your command line:
> mri_glmfit --glmdir
> rh.AllSite.gender.group.Age.thickness.fwhm10.twoStage.glmdir --X
> DOSSDS.twoStage_AllSite_Gender_Group_Age.dat --y
> rh.testretest.thickness-spc.stack.fwhm10.mgh --X
> DOSSDS.twoStage_AllSite_Gender_Group_Age.dat --C
> DiffDiagnosis_ControlMore_AcctSite_AcctGender_AcctAge_pairedAnalysis.DOSSDS.mtx
> --label rh.testretest.fsaverage.cortex.label --surf fsaverage rh
> 2. The FSGD file (if using one)
> 3. And the design matrix above
>
> Timothy Hendrickson
> Department of Psychiatry
> University of Minnesota
> Office: 612-624-6441
> Mobile: 507-259-3434 (texts okay)
>
>

> _______________________________________________
> Freesurfer mailing list
> Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
> https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer

--
Douglas N. Greve, Ph.D.
MGH-NMR Center
greve@nmr.mgh.harvard.edu
Phone Number: 617-724-2358
Fax: 617-726-7422

Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2
www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
Outgoing: ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/

_______________________________________________
Freesurfer mailing list
Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer

The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is
addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail
contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at
http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to you in error
but does not contain patient information, please contact the sender and properly
dispose of the e-mail.