Dear Bruce,
In PialEdit_tktools http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FsTutorial/PialEdits_tktools, it say this:
recon-all -autorecon-pial -subjid pial_edits_before
.So I didnot know whether the "-autorecon-pial" option "-autorecon2-pial" option I can run.
Would you please tell me which one I should use?
Thanks.
All the best.
 
2013-12-10
Rujing Zha
发件人：Bruce Fischl <fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
发送时间：2013-12-10 21:17
主题：Re: [Freesurfer] after PialEdit_tktools
收件人："Rujing Zha"<zharj@mail.ustc.edu.cn>
抄送："freesurfer"<freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
 
Hi Rujing, 
 
yes, you should run -autorecon2-pial -autorecon3 
 
cheers 
Bruce 
On Tue, 10 Dec 2013, Rujing  
Zha wrote: 
 
> Dear all, 
> I run "recon-all -autorecon-pial -s subjects" after editing the pial by 
> PialEdit_tktools. However I only find "-autorecon2-pial" option in recon-all 
> manual. So I donot know whether I should run the "recon-all -s subjects 
> -autorecon3" to complete all the 31 stages? 
> Thanks. 
> All the best. 
>   
> 2013-12-10 
>  
> ____________________________________________________________________________ 
> Rujing Zha 
> School of Life Science 
>  
> University of Science and Technology of China 
>  
> E-mail: 
>  
> zharj@mail.ustc.edu.cn 
>  
> charujing@gmail.com 
>  
> charujing123@163.com 
>  
>        
>  
>  
> 
_______________________________________________ 
Freesurfer mailing list 
Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu 
https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer 
 
 
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