Hi doug,

Thanks doug.

I saw the sig.mgh in freeview by typing this:

freeview -f $SUBJECTS_DIR/fsaverage/surf/rh.inflated:annot=aparc.annot:overlay=./sig.mgh

I set the vertex number which is at the maxmum in freeview. And the "pic1" in the attachment displays the cluster information in the *.summary file. "pic2" in the attachment represents freeview snapshot. The arrow in these two files echo the different coordinates which is refered in the previous e-mail.

Thanks again.

All the best.

Rujing Zha


At 2014-04-29 02:46:07,"Douglas N Greve" <greve@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
>
>On 04/26/2014 07:06 AM, charujing123 wrote:
>> Hi all,
>> I have done group analysis and see it in freeview. Also I can see my 
>> sig.cluster.summary file to find clusters those survived. As I know, 
>> the MNIX MNIY MNIZ in the cluster summary file is coordinates for the 
>> maximum. The coordinate system is MNI305. Also I input the vertex 
>> number at the maximum in freeview, but it echo different coordinate 
>> for the vertex from that in cluster summary file. Why?
>Which coordinate? are you looking at and on which surface?
>> Another question. There is "RAS" symbol at the bottom of freeview 
>> window. However I see the coordinates : inferior, posterior, left is 
>> negtive, superior, anterior,and right is positive. I suspect the 
>> coordinate system is LPI. Is that right?
>If left is negative, then it is RAS
>> Thanks.
>> All the best.
>> Rujing Zha
>> 2014-04-26
>> ------------------------------------------------------------------------
>> charujing123
>>
>>
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