Hi Doug,

Thanks for your help.

I got the attached output for the MD calculation - do you know if these are reasonable results ? how come the values of the corpus-callosum so different ?

CC results -
# ColHeaders  Index SegId NVoxels Volume_mm3 StructName Mean StdDev Min Max Range 
 35 251       449      449.0  CC_Posterior                       5.9866     7.7511     0.0000    16.0000    16.0000
 36 252       237      237.0  CC_Mid_Posterior                 183.9494   785.5627     0.0000  5001.0000  5001.0000
 37 253       174      174.0  CC_Central                      1587.2874  2217.3154     0.0000  5002.0000  5002.0000
 38 254       210      210.0  CC_Mid_Anterior                 1338.9333  1656.6611     0.0000  5002.0000  5002.0000
 39 255       401      401.0  CC_Anterior                     1340.8704   920.4716     0.0000  3028.0000  3028.0000
 

All results-

# ColHeaders  Index SegId NVoxels Volume_mm3 StructName Mean StdDev Min Max Range 
  1   0  16263767 16263767.0  Unknown                          105.0203   555.8546     0.0000  5002.0000  5002.0000
  2   4      1429     1429.0  Left-Lateral-Ventricle          1205.2814  1696.0261     0.0000  5001.0000  5001.0000
  3   5        61       61.0  Left-Inf-Lat-Vent               1651.1803  1050.3809     0.0000  5001.0000  5001.0000
  4   7      8733     8733.0  Left-Cerebellum-White-Matter     303.9889   692.3320     0.0000  3013.0000  3013.0000
  5   8     35697    35697.0  Left-Cerebellum-Cortex           328.1487   800.4635     0.0000  3016.0000  3016.0000
  6  10      5586     5586.0  Left-Thalamus-Proper             776.9293  1738.6683     0.0000  5001.0000  5001.0000
  7  11      2003     2003.0  Left-Caudate                    3098.6599  2212.4736     0.0000  5001.0000  5001.0000
  8  12      4464     4464.0  Left-Putamen                    3184.5918  1929.2238     0.0000  5001.0000  5001.0000
  9  13       726      726.0  Left-Pallidum                   3507.9766  2168.7949     4.0000  5001.0000  4997.0000
 10  14        57       57.0  3rd-Ventricle                   1272.3158  2118.5652     0.0000  5001.0000  5001.0000
 11  15       747      747.0  4th-Ventricle                     39.2918   136.0397     0.0000  1013.0000  1013.0000
 12  16     15338    15338.0  Brain-Stem                       887.5380  1201.0325     0.0000  5002.0000  5002.0000
 13  17      2316     2316.0  Left-Hippocampus                2519.1814  2068.5225     0.0000  5001.0000  5001.0000
 14  18       937      937.0  Left-Amygdala                   3112.2273  1532.0126     0.0000  5001.0000  5001.0000
 15  24       243      243.0  CSF                              139.6379   706.3411     0.0000  5002.0000  5002.0000
 16  26       431      431.0  Left-Accumbens-area             2903.3179   548.7380  1023.0000  5001.0000  3978.0000
 17  28      1892     1892.0  Left-VentralDC                  1104.6935  1975.9153     0.0000  5001.0000  5001.0000
 18  30        18       18.0  Left-vessel                     2812.7778   646.7617  1035.0000  3035.0000  2000.0000
 19  31       264      264.0  Left-choroid-plexus              740.3864  1035.1217     0.0000  5001.0000  5001.0000
 20  43      1486     1486.0  Right-Lateral-Ventricle         1163.9320  1678.3546     0.0000  5002.0000  5002.0000
 21  44        66       66.0  Right-Inf-Lat-Vent              4869.5908   335.7767  4031.0000  5002.0000   971.0000
 22  46      9063     9063.0  Right-Cerebellum-White-Matter    528.6555  1037.6643     0.0000  4013.0000  4013.0000
 23  47     32805    32805.0  Right-Cerebellum-Cortex          348.7231   902.4393     0.0000  4013.0000  4013.0000
 24  49      5262     5262.0  Right-Thalamus-Proper            625.0261  1578.8838     0.0000  5002.0000  5002.0000
 25  50      2143     2143.0  Right-Caudate                   2655.9062  1884.6532     0.0000  5002.0000  5002.0000
 26  51      4344     4344.0  Right-Putamen                   4297.2183  1264.8182    43.0000  5002.0000  4959.0000
 27  52       921      921.0  Right-Pallidum                  2260.4006  2455.9590    43.0000  5002.0000  4959.0000
 28  53      2515     2515.0  Right-Hippocampus               2451.9885  2322.6428     0.0000  5002.0000  5002.0000
 29  54      1121     1121.0  Right-Amygdala                  3649.0322  2089.6423    43.0000  5002.0000  4959.0000
 30  58       341      341.0  Right-Accumbens-area            2160.9326  1494.9885     0.0000  4023.0000  4023.0000
 31  60      2309     2309.0  Right-VentralDC                  856.0403  1765.5569     0.0000  5002.0000  5002.0000
 32  62        17       17.0  Right-vessel                    4945.1177   234.5327  4035.0000  5002.0000   967.0000
 33  63       195      195.0  Right-choroid-plexus            1060.4257  1698.5687     0.0000  5002.0000  5002.0000
 34  85        17       17.0  Optic-Chiasm                     374.4706   610.2134     0.0000  2023.0000  2023.0000
 35 251       449      449.0  CC_Posterior                       5.9866     7.7511     0.0000    16.0000    16.0000
 36 252       237      237.0  CC_Mid_Posterior                 183.9494   785.5627     0.0000  5001.0000  5001.0000
 37 253       174      174.0  CC_Central                      1587.2874  2217.3154     0.0000  5002.0000  5002.0000
 38 254       210      210.0  CC_Mid_Anterior                 1338.9333  1656.6611     0.0000  5002.0000  5002.0000
 39 255       401      401.0  CC_Anterior                     1340.8704   920.4716     0.0000  3028.0000  3028.0000
 40 1000        24       24.0  ctx-lh-unknown                  5001.0000       -nan  5001.0000  5001.0000     0.0000
 41 1001       854      854.0  ctx-lh-bankssts                  218.2401   534.4711     0.0000  3009.0000  3009.0000
 42 1002       421      421.0  ctx-lh-caudalanteriorcingulate  2067.9407  1589.9967     0.0000  5001.0000  5001.0000
 43 1003      3160     3160.0  ctx-lh-caudalmiddlefrontal      1924.0532  1171.6512     0.0000  5001.0000  5001.0000
 44 1005       497      497.0  ctx-lh-cuneus                      0.0000     0.0000     0.0000     0.0000     0.0000
 45 1006       618      618.0  ctx-lh-entorhinal               3607.0874  1856.6394     0.0000  5001.0000  5001.0000
 46 1007      3182     3182.0  ctx-lh-fusiform                 1484.3463  1486.4078     0.0000  5001.0000  5001.0000
 47 1008      4949     4949.0  ctx-lh-inferiorparietal            6.5112    80.7200     0.0000  1007.0000  1007.0000
 48 1009      3357     3357.0  ctx-lh-inferiortemporal          823.0471  1069.3124     0.0000  3031.0000  3031.0000
 49 1010       876      876.0  ctx-lh-isthmuscingulate            7.8413     7.7702     0.0000    16.0000    16.0000
 50 1011      2523     2523.0  ctx-lh-lateraloccipital            0.2029     1.2581     0.0000     8.0000     8.0000
 51 1012      2879     2879.0  ctx-lh-lateralorbitofrontal     1774.3990  1452.4291     0.0000  5001.0000  5001.0000
 52 1013      1962     1962.0  ctx-lh-lingual                     6.9760     5.2759     0.0000    47.0000    47.0000
 53 1014      1714     1714.0  ctx-lh-medialorbitofrontal      1330.5485  1269.4579     0.0000  5001.0000  5001.0000
 54 1015      4145     4145.0  ctx-lh-middletemporal            851.2019  1035.8433     0.0000  3031.0000  3031.0000
 55 1016       811      811.0  ctx-lh-parahippocampal          1237.8545  1632.6826     0.0000  5001.0000  5001.0000
 56 1017      1031     1031.0  ctx-lh-paracentral               163.8759   464.2348     0.0000  3014.0000  3014.0000
 57 1018      1511     1511.0  ctx-lh-parsopercularis          1511.6346  1118.9261     0.0000  3027.0000  3027.0000
 58 1019       793      793.0  ctx-lh-parsorbitalis             308.1538   665.0723     0.0000  3024.0000  3024.0000
 59 1020      1487     1487.0  ctx-lh-parstriangularis         1024.8049  1068.4369     0.0000  5001.0000  5001.0000
 60 1021       362      362.0  ctx-lh-pericalcarine               0.1768     1.6749     0.0000    16.0000    16.0000
 61 1022      2404     2404.0  ctx-lh-postcentral               230.2013   565.3003     0.0000  3030.0000  3030.0000
 62 1023       837      837.0  ctx-lh-posteriorcingulate        365.9355   763.2245     0.0000  3026.0000  3026.0000
 63 1024      5058     5058.0  ctx-lh-precentral                697.4423   964.1465     0.0000  3030.0000  3030.0000
 64 1025      2900     2900.0  ctx-lh-precuneus                   0.3721     2.4073     0.0000    16.0000    16.0000
 65 1026       968      968.0  ctx-lh-rostralanteriorcingulate  1851.4866  1085.8788     0.0000  3028.0000  3028.0000
 66 1027      5944     5944.0  ctx-lh-rostralmiddlefrontal      637.7747   985.5963     0.0000  3028.0000  3028.0000
 67 1028      9845     9845.0  ctx-lh-superiorfrontal          1617.2528  1355.0308     0.0000  5001.0000  5001.0000
 68 1029      3901     3901.0  ctx-lh-superiorparietal           45.0510   249.0687     0.0000  3007.0000  3007.0000
 69 1030      5179     5179.0  ctx-lh-superiortemporal         1407.5188  1191.6757     0.0000  5001.0000  5001.0000
 70 1031      4343     4343.0  ctx-lh-supramarginal             492.8904   936.2776     0.0000  3033.0000  3033.0000
 71 1032       202      202.0  ctx-lh-frontalpole                 0.0000     0.0000     0.0000     0.0000     0.0000
 72 1033      1041     1041.0  ctx-lh-temporalpole             2141.6599  1133.5350     0.0000  5001.0000  5001.0000
 73 1034       372      372.0  ctx-lh-transversetemporal       1850.0807  1024.5981     0.0000  5001.0000  5001.0000
 74 1035      2899     2899.0  ctx-lh-insula                   2277.8611  1366.0648     0.0000  5001.0000  5001.0000
 75 2000       138      138.0  ctx-rh-unknown                  4081.4709  1066.3595    43.0000  5002.0000  4959.0000
 76 2001       751      751.0  ctx-rh-bankssts                 2120.9041  1563.7277     0.0000  4015.0000  4015.0000
 77 2002       856      856.0  ctx-rh-caudalanteriorcingulate  1341.9065  1345.1031     0.0000  5002.0000  5002.0000
 78 2003      2573     2573.0  ctx-rh-caudalmiddlefrontal      3033.8103  1231.6836     0.0000  5002.0000  5002.0000
 79 2005       524      524.0  ctx-rh-cuneus                      0.0000     0.0000     0.0000     0.0000     0.0000
 80 2006       410      410.0  ctx-rh-entorhinal               4432.1440   723.8027    43.0000  5002.0000  4959.0000
 81 2007      3196     3196.0  ctx-rh-fusiform                 2248.0046  1983.5382     0.0000  5002.0000  5002.0000
 82 2008      5482     5482.0  ctx-rh-inferiorparietal           47.2470   342.8887     0.0000  4009.0000  4009.0000
 83 2009      3422     3422.0  ctx-rh-inferiortemporal         2445.4734  1710.7948     0.0000  5002.0000  5002.0000
 84 2010       799      799.0  ctx-rh-isthmuscingulate           11.3517    13.3818     0.0000    46.0000    46.0000
 85 2011      2898     2898.0  ctx-rh-lateraloccipital            1.3623     7.8864     0.0000    47.0000    47.0000
 86 2012      2711     2711.0  ctx-rh-lateralorbitofrontal     2557.2144  1550.0718     0.0000  5002.0000  5002.0000
 87 2013      2155     2155.0  ctx-rh-lingual                    36.0097   129.2816     0.0000  2007.0000  2007.0000
 88 2014      2138     2138.0  ctx-rh-medialorbitofrontal       657.1188   977.1573     0.0000  4028.0000  4028.0000
 89 2015      4142     4142.0  ctx-rh-middletemporal           1941.5190  1535.4354     0.0000  4031.0000  4031.0000
 90 2016       700      700.0  ctx-rh-parahippocampal          2320.7200  1722.3994     0.0000  5002.0000  5002.0000
 91 2017      1416     1416.0  ctx-rh-paracentral              1129.2288  1324.3389     0.0000  4014.0000  4014.0000
 92 2018      1076     1076.0  ctx-rh-parsopercularis          2799.9099  1442.7355     0.0000  5002.0000  5002.0000
 93 2019       795      795.0  ctx-rh-parsorbitalis             938.1031  1388.8167     0.0000  4024.0000  4024.0000
 94 2020      1307     1307.0  ctx-rh-parstriangularis         1947.5524  1547.6558     0.0000  4028.0000  4028.0000
 95 2021       414      414.0  ctx-rh-pericalcarine               0.0000     0.0000     0.0000     0.0000     0.0000
 96 2022      2549     2549.0  ctx-rh-postcentral              1229.1384  1388.3079     0.0000  4034.0000  4034.0000
 97 2023       901      901.0  ctx-rh-posteriorcingulate        522.5083  1161.7966     0.0000  5002.0000  5002.0000
 98 2024      4605     4605.0  ctx-rh-precentral               1467.4482  1491.9133     0.0000  4035.0000  4035.0000
 99 2025      3024     3024.0  ctx-rh-precuneus                   1.0999     4.9147     0.0000    46.0000    46.0000
100 2026       924      924.0  ctx-rh-rostralanteriorcingulate   651.9740   888.0228     0.0000  4028.0000  4028.0000
101 2027      6470     6470.0  ctx-rh-rostralmiddlefrontal     1012.6683  1376.5038     0.0000  4028.0000  4028.0000
102 2028      9798     9798.0  ctx-rh-superiorfrontal          2197.2322  1592.8611     0.0000  5002.0000  5002.0000
103 2029      3746     3746.0  ctx-rh-superiorparietal          175.9952   667.3113     0.0000  4033.0000  4033.0000
104 2030      5304     5304.0  ctx-rh-superiortemporal         2633.3694  1327.8750     0.0000  5002.0000  5002.0000
105 2031      3576     3576.0  ctx-rh-supramarginal            1440.6700  1530.0399     0.0000  5002.0000  5002.0000
106 2032       325      325.0  ctx-rh-frontalpole                 0.0000     0.0000     0.0000     0.0000     0.0000
107 2033       603      603.0  ctx-rh-temporalpole             3632.8491   978.0482     0.0000  5002.0000  5002.0000
108 2034       163      163.0  ctx-rh-transversetemporal       2137.0061  1348.5909     0.0000  4035.0000  4035.0000
109 2035      2857     2857.0  ctx-rh-insula                   3450.0242  1476.4425     0.0000  5002.0000  5002.0000
110 3001       885      885.0  wm-lh-bankssts                   221.4158   647.5278     0.0000  3009.0000  3009.0000
111 3002      1179     1179.0  wm-lh-caudalanteriorcingulate   1693.7269  1835.8118     0.0000  5001.0000  5001.0000
112 3003      4161     4161.0  wm-lh-caudalmiddlefrontal       1699.8068  1099.4926     0.0000  5001.0000  5001.0000
113 3005       480      480.0  wm-lh-cuneus                       0.0000     0.0000     0.0000     0.0000     0.0000
114 3006        82       82.0  wm-lh-entorhinal                3762.0854  1140.0966     4.0000  5001.0000  4997.0000
115 3007      2578     2578.0  wm-lh-fusiform                  1215.8875  1372.1278     0.0000  5001.0000  5001.0000
116 3008      4617     4617.0  wm-lh-inferiorparietal            22.2378   160.6620     0.0000  3007.0000  3007.0000
117 3009      1812     1812.0  wm-lh-inferiortemporal          1031.3306  1193.7415     0.0000  3031.0000  3031.0000
118 3010      2032     2032.0  wm-lh-isthmuscingulate            16.1855    97.1478     0.0000  1016.0000  1016.0000
119 3011      2997     2997.0  wm-lh-lateraloccipital             0.3363     1.6057     0.0000     8.0000     8.0000
120 3012      3063     3063.0  wm-lh-lateralorbitofrontal      2151.0332  1257.6028     0.0000  5001.0000  5001.0000
121 3013      2399     2399.0  wm-lh-lingual                      9.0196    57.9046     0.0000  1007.0000  1007.0000
122 3014      1000     1000.0  wm-lh-medialorbitofrontal       1279.4041  1197.7087     0.0000  5001.0000  5001.0000
123 3015      1061     1061.0  wm-lh-middletemporal            1541.8662  1267.1495     0.0000  3031.0000  3031.0000
124 3016       485      485.0  wm-lh-parahippocampal           1200.3381  1504.2911     0.0000  5001.0000  5001.0000
125 3017      1419     1419.0  wm-lh-paracentral                153.4567   402.2811     0.0000  3012.0000  3012.0000
126 3018      1642     1642.0  wm-lh-parsopercularis           1965.9324  1107.3256     0.0000  3035.0000  3035.0000
127 3019       223      223.0  wm-lh-parsorbitalis              612.5202   779.3184     0.0000  3024.0000  3024.0000
128 3020      1630     1630.0  wm-lh-parstriangularis          2005.0251  1242.6742     0.0000  5001.0000  5001.0000
129 3021      1200     1200.0  wm-lh-pericalcarine                0.2133     1.7157     0.0000    16.0000    16.0000
130 3022      3343     3343.0  wm-lh-postcentral                884.3278   996.7158     0.0000  3033.0000  3033.0000
131 3023      2369     2369.0  wm-lh-posteriorcingulate         586.1232  1373.9506     0.0000  5001.0000  5001.0000
132 3024      6878     6878.0  wm-lh-precentral                 795.6331   948.9272     0.0000  3035.0000  3035.0000
133 3025      3369     3369.0  wm-lh-precuneus                    0.0427     0.8260     0.0000    16.0000    16.0000
134 3026      1423     1423.0  wm-lh-rostralanteriorcingulate  2465.6416   931.6223     0.0000  3028.0000  3028.0000
135 3027      5509     5509.0  wm-lh-rostralmiddlefrontal      1474.4030  1228.9650     0.0000  5001.0000  5001.0000
136 3028     10076    10076.0  wm-lh-superiorfrontal           2539.9971  1525.0880     0.0000  5001.0000  5001.0000
137 3029      5391     5391.0  wm-lh-superiorparietal           149.2150   477.9887     0.0000  3033.0000  3033.0000
138 3030      3330     3330.0  wm-lh-superiortemporal          1719.6111  1152.3683     0.0000  5001.0000  5001.0000
139 3031      4393     4393.0  wm-lh-supramarginal             1512.4888  1253.5046     0.0000  3033.0000  3033.0000
140 3032         9        9.0  wm-lh-frontalpole                  0.0000     0.0000     0.0000     0.0000     0.0000
141 3033       136      136.0  wm-lh-temporalpole              1872.0515  1192.4773     0.0000  3031.0000  3031.0000
142 3034       327      327.0  wm-lh-transversetemporal        2253.0886  1308.4039     5.0000  5001.0000  4996.0000
143 3035      3806     3806.0  wm-lh-insula                    1893.2344  1842.3096     0.0000  5001.0000  5001.0000
144 4001      1055     1055.0  wm-rh-bankssts                  2382.6738  1306.7096     0.0000  4016.0000  4016.0000
145 4002      1626     1626.0  wm-rh-caudalanteriorcingulate   2365.9939  1754.4871     0.0000  5002.0000  5002.0000
146 4003      3274     3274.0  wm-rh-caudalmiddlefrontal       2900.4553  1251.0457     0.0000  5002.0000  5002.0000
147 4005       462      462.0  wm-rh-cuneus                       0.0000     0.0000     0.0000     0.0000     0.0000
148 4006       106      106.0  wm-rh-entorhinal                3299.4058  1537.5352    43.0000  5002.0000  4959.0000
149 4007      2257     2257.0  wm-rh-fusiform                  1534.2335  1856.6631     0.0000  5002.0000  5002.0000
150 4008      4279     4279.0  wm-rh-inferiorparietal           298.4765   778.5995     0.0000  4009.0000  4009.0000
151 4009      1746     1746.0  wm-rh-inferiortemporal          2093.4932  1636.5851     0.0000  5002.0000  5002.0000
152 4010      1740     1740.0  wm-rh-isthmuscingulate            38.8356   243.3854     0.0000  2016.0000  2016.0000
153 4011      2606     2606.0  wm-rh-lateraloccipital             0.3427     3.9993     0.0000    47.0000    47.0000
154 4012      2949     2949.0  wm-rh-lateralorbitofrontal      2979.5647  1360.8296     0.0000  5002.0000  5002.0000
155 4013      2344     2344.0  wm-rh-lingual                     69.8114   372.1888     0.0000  4007.0000  4007.0000
156 4014      1302     1302.0  wm-rh-medialorbitofrontal       2224.4915  1450.4080     0.0000  4028.0000  4028.0000
157 4015      1691     1691.0  wm-rh-middletemporal            2155.5742  1632.5012     0.0000  5002.0000  5002.0000
158 4016       414      414.0  wm-rh-parahippocampal           2000.5846  1798.7676     0.0000  5002.0000  5002.0000
159 4017      2204     2204.0  wm-rh-paracentral               1233.0594  1383.9352     0.0000  4014.0000  4014.0000
160 4018      1397     1397.0  wm-rh-parsopercularis           3697.2634  1052.3094     0.0000  5002.0000  5002.0000
161 4019       349      349.0  wm-rh-parsorbitalis             1171.5272  1165.5026     0.0000  4003.0000  4003.0000
162 4020      1450     1450.0  wm-rh-parstriangularis          2595.8911  1333.6057     0.0000  5002.0000  5002.0000
163 4021      1072     1072.0  wm-rh-pericalcarine                0.0000     0.0000     0.0000     0.0000     0.0000
164 4022      3537     3537.0  wm-rh-postcentral               1828.3132  1400.6344     0.0000  4035.0000  4035.0000
165 4023      2235     2235.0  wm-rh-posteriorcingulate         674.7817  1563.4506     0.0000  5002.0000  5002.0000
166 4024      6263     6263.0  wm-rh-precentral                1554.2966  1416.0610     0.0000  4035.0000  4035.0000
167 4025      3400     3400.0  wm-rh-precuneus                   17.1824   184.4637     0.0000  2007.0000  2007.0000
168 4026      1047     1047.0  wm-rh-rostralanteriorcingulate  1860.3477  1164.7131     0.0000  4028.0000  4028.0000
169 4027      5332     5332.0  wm-rh-rostralmiddlefrontal      2273.0229  1726.8505     0.0000  5002.0000  5002.0000
170 4028      9343     9343.0  wm-rh-superiorfrontal           3128.9961  1617.0729     0.0000  5002.0000  5002.0000
171 4029      5015     5015.0  wm-rh-superiorparietal           700.2903  1143.9926     0.0000  4033.0000  4033.0000
172 4030      2331     2331.0  wm-rh-superiortemporal          3029.0220  1305.0964     0.0000  5002.0000  5002.0000
173 4031      4879     4879.0  wm-rh-supramarginal             2473.6401  1590.3677     0.0000  5002.0000  5002.0000
174 4032        64       64.0  wm-rh-frontalpole                  0.0000     0.0000     0.0000     0.0000     0.0000
175 4033       149      149.0  wm-rh-temporalpole              2900.0806  1074.6902     0.0000  4031.0000  4031.0000
176 4034       197      197.0  wm-rh-transversetemporal        2931.1321  1435.5095     0.0000  5002.0000  5002.0000
177 4035      3833     3833.0  wm-rh-insula                    2861.4229  2209.4307    41.0000  5002.0000  4961.0000
178 5001     17178    17178.0  Left-UnsegmentedWhiteMatter     1464.7604  1875.4178     0.0000  5001.0000  5001.0000
179 5002     18204    18204.0  Right-UnsegmentedWhiteMatter    1945.1401  2139.9580     0.0000  5002.0000  5002.0000

Thanks

Rotem

I would use step 3 for the wmparc instead of vol2vol.

you need both --seg and --seg-erode

--seg-erode 1 --seg
/usr/local/freesurfer/