Dear colleagues,

as I posted before, we are recently using the freesurfer recon-all command. Here are three different commands we used:

1)# Version 1: Import as DICOM

#!/bin/sh -e

# Segmentierung mit FreeSurfer.

# Die Ergebnisse werden in dem Verzeichnis gespeichert, in dem sich

# dieses Script befindet.

# Verzeichnis der DICOM Daten

DCMDIR=../../Daten/DICOM

# Verzeichnis der NIFTI Daten

NIIDIR=../../Daten/NIFTI

# Unterverzeichnis der T1 Daten

T1DIR=E010Kopf_Studie/M_MPRAGE_sag

cd `dirname $0`

export SUBJECTS_DIR=`pwd`

for i in $DCMDIR/3001* ; do

     ID=`basename $i`

if [ ! -d $i/$T1DIR ] ; then

          echo "*** $ID: T1 DICOM Bilder nicht gefunden."

continue

     fi

     if [ -f $ID/scripts/IsRunning.lh+rh ] ; then

          cat $ID/scripts/IsRunning.lh+rh

echo "*** $ID: Segmentierung läuft gerade oder wurde abgebrochen."

echo "*** $ID: Bei Abbruch '$ID/scripts/IsRunning.lh+rh' löschen."

          continue

     fi

     if [ ! -f $SUBJECTS_DIR/$ID/mri/orig/001.mgz ] ; then

          recon-all -s $ID -i $i/$T1DIR/IM-*-0001.dcm

     fi

     if ! grep -q "CMDARGS -s $ID -all" \

          $SUBJECTS_DIR/$ID/scripts/recon-all.done ; then

          recon-all -s $ID -all

     fi

done

2)# Version 2: Import as NIFTI in standard orientation

#!/bin/sh -e

# Segmentierung mit FreeSurfer.

# Die Ergebnisse werden in dem Verzeichnis gespeichert, in dem sich

# dieses Script befindet.

# Verzeichnis der DICOM Daten

DCMDIR=../../Daten/DICOM

# Verzeichnis der NIFTI Daten

NIIDIR=../../Daten/NIFTI

cd `dirname $0`

export SUBJECTS_DIR=`pwd`

for i in $NIIDIR/3001*/*_T1_fov.nii.gz ; do

     DIR=`dirname $i`

     ID=`basename $DIR`

     if [ -f $ID/scripts/IsRunning.lh+rh ] ; then

          cat $ID/scripts/IsRunning.lh+rh

echo "*** $ID: Segmentierung läuft gerade oder wurde abgebrochen."

echo "*** $ID: Bei Abbruch '$ID/scripts/IsRunning.lh+rh' löschen."

          continue

     fi

     if [ ! -f $SUBJECTS_DIR/${ID}_2/mri/orig/001.mgz ] ; then

          recon-all -s ${ID}_2 -i $i

     fi

     if ! grep -q "CMDARGS -s ${ID}_2 -all" \

          $SUBJECTS_DIR/${ID}_2/scripts/recon-all.done ; then

          recon-all -s ${ID}_2 -all

     fi

done

3) # Version 3: Import as NIFTI.gz

#!/bin/sh -e

# Segmentierung mit FreeSurfer.

# Die Ergebnisse werden in dem Verzeichnis gespeichert, in dem sich

# dieses Script befindet.

# Verzeichnis der DICOM Daten

DCMDIR=../../Daten/DICOM

# Verzeichnis der NIFTI Daten

NIIDIR=../../Daten/NIFTI

cd `dirname $0`

export SUBJECTS_DIR=`pwd`

for i in $NIIDIR/3001*/*_T1.nii.gz ; do

     DIR=`dirname $i`

     ID=`basename $DIR`

     if [ -f $ID/scripts/IsRunning.lh+rh ] ; then

          cat $ID/scripts/IsRunning.lh+rh

echo "*** $ID: Segmentierung läuft gerade oder wurde abgebrochen."

echo "*** $ID: Bei Abbruch '$ID/scripts/IsRunning.lh+rh' löschen."

          continue

     fi

     if [ ! -f $SUBJECTS_DIR/${ID}_3/mri/orig/001.mgz ] ; then

          recon-all -s ${ID}_3 -i $i

     fi

     if ! grep -q "CMDARGS -s ${ID}_3 -all" \

          $SUBJECTS_DIR/${ID}_3/scripts/recon-all.done ; then

          recon-all -s ${ID}_3 -all

     fi

done

If you just look at the different output files, they look slightly different (just by looking at it).

Maybe you can help us by trying to find out why the output files are different?

Thanks very much in advance!

Best regards,

Susanne

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Susanne Schell, Dipl.-Psych.

Sektion Störungen der Persönlichkeitsentwicklung

Klinik für Kinder- und Jugendpsychiatrie

Universitätsklinikum Heidelberg

Tel: (+49) – (0)6221-56 35135

e-mail: susanne.schell@med.uni-heidelberg.de