Hello Amirhossein,

Can you please provide me with the contents of build-stamp.txt in the /Applications/freesurfer directory?

-Zeke

On 07/22/2013 04:23 PM, amirhossein manzouri wrote:

Hi,
Yes I am getting the memory error with version 5.3, exactly the one that
is reported in this link:
https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/pipermail//freesurfer/2011-July/019392.html
Thanks,


On Mon, Jul 22, 2013 at 8:15 PM, Anastasia Yendiki

<ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu>> wrote:


    Hi Amirhossein - That fix applied only to the 5.1 version. I'd
    recommend using the 5.3 version for tracula. Are you getting a
    memory error, and if so with which version?

    Thanks,
    a.y


    On Mon, 22 Jul 2013, amirhossein manzouri wrote:

        Dear Anastasia,

        I am trying to download the dmri_5.1_snow_leopard.tar.__gz from

        FreeSurfer
        website to solve memory problem but it is not available. Would
        you please
        check the source to the link?


        On Wed, Jul 17, 2013 at 5:51 PM, amirhossein manzouri

        <a.h.manzouri@gmail.com <mailto:a.h.manzouri@gmail.com>> wrote:
               The format of my bval file was wrong so I edited your
        file and
               tried and it worked, also bvec should be in three columns
        as you
               have mentioned before.


        On Wed, Jul 17, 2013 at 5:11 PM, Anastasia Yendiki
        <ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu

        <mailto:ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu>> wrote:

               Good to hear! Can you please share with all of us what was
               wrong with your original files? It may help others who
               have the same problem in the future. Thanks!

               On Wed, 17 Jul 2013, amirhossein manzouri wrote:

                     Thanks Anastasia,
                     IT HELPED!


                     On Tue, Jul 16, 2013 at 5:25 PM, Anastasia
                     Yendiki <ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu

        <mailto:ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu>>

                     wrote:

                           Hi Amirhossein - I'm attaching sample
                     files.

                           a.y

                           On Tue, 16 Jul 2013, amirhossein
                     manzouri wrote:

                                 Hi Anastasia,
                                 I have tried both , 3-row and
                     3-column format and still
                                 wrong bvecc and bval
                                 from flip4fsl. Could you please
                     send me a sample of your
                                 original files so I
                                 can compare?


                                 On Mon, Jul 15, 2013 at 7:44 PM,
                     Anastasia Yendiki
                                 <ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu

        <mailto:ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu>>

                     wrote:

                                       Hi Amirhossein - Are your
                     original bvecs/bvals in
                                 3-row format
                                       instead of 3-column format?

        http://surfer.nmr.mgh.harvard.__edu/fswiki/FsTutorial/Tracula

        <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FsTutorial/Tracula>

                                       Thanks,
                                       a.y

                                       On Mon, 15 Jul 2013,
                     amirhossein manzouri wrote:

                                             Dear Experts,
                                             I am running trac-all
                     -prep -c dmrirc on my
                                 DWI
                                             data. After flip4fsl
                     step I get the attached
                                 bval
                                             and bvec file which
                     the bvec one is wrong so
                                 the
                                             process exits
                                             with error in dtifit.
                     I have also attached
                                  original
                                             bvec and bval.

                                             --
                                             Best regards,
                                             Amirhossein Manzouri







                                 The information in this e-mail is
                     intended only for the
                                 person to whom
                                 it is
                                 addressed. If you believe this
                     e-mail was sent to you in
                                 error and the
                                 e-mail
                                 contains patient information,
                     please contact the Partners
                                 Compliance
                                 HelpLine at

        http://www.partners.org/__complianceline

        <http://www.partners.org/complianceline> . If
                     the e-mail was
                                 sent to you
                                 in error
                                 but does not contain patient
                     information, please contact
                                 the sender
                                 and properly
                                 dispose of the e-mail.




                                 --
                                 Best regards,
                                 Amirhossein Manzouri







                     --
                     Best regards,
                     Amirhossein Manzouri







        --
        Best regards,
        Amirhossein Manzouri






        --
        Best regards,
        Amirhossein Manzouri







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Best regards,
Amirhossein Manzouri

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