no problem.

Bruce
On Sun, 19 Jun 2016, Trisanna Sprung-Much wrote:

thanks Dr. Fischl - I think sometimes my emails don't get sent out on the
first try and so I resend - don't mean to spam everyone.
Don't know how I missed the mri_average option - I think I need vacation
too.

thanks and have a lovely Sunday!

Trisanna

--

Ph.D. CandidateMcGill University
Integrated Program in Neuroscience
Psychology


On Sun, Jun 19, 2016 at 11:22 AM, Bruce Fischl <fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
wrote:
      Hi Trisanna

      Doug is on vacation and his response time is likely to be pretty
      slow. If any emails go unanswered you should repost them in a
      week or two.

      As for this, if you overlays are mapped to fsaverage you can
      just use mri_average to average them.

      cheers
      Bruce



      On Sun, 19 Jun 2016, Trisanna Sprung-Much wrote:

            Hi Doug

            So all of my overlays for each subject have been
            registered to fsaverage
            using mri_surf2surf. I am now wondering how I could
            create an average in
            "fsaverage space" using these overlays - I
            understand that
            mris_make_average_surface is an option but I cannot
            seem to find whether
            this works for overlays and not just surfaces
            (white, pial). I want to take
            each subject overlay on fsaverage and average them
            to get a probability map.

            thanks

            --
            Ph.D. CandidateMcGill University
            Integrated Program in Neuroscience
            Psychology


            On Fri, Jun 17, 2016 at 5:48 PM, Trisanna
            Sprung-Much
            <trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca> wrote:
                  Hi Doug

            So all of my sulci for each subject have been
            registered to fsaverage
            using mri_surf2surf. I am now wondering how I could
            create an average
            of a sulcus using these overlays - I understand that
            mris_make_average_surface is an option but I cannot
            seem to find
            whether this works for overlays and not just
            surfaces (white, pial). I
            want to take each subject overlay on fsaverage and
            average them to get
            a probability map for a single sulcus.

            thanks

            Trisanna

            --
            Ph.D. CandidateMcGill University
            Integrated Program in Neuroscience
            Psychology


            On Wed, Jun 15, 2016 at 6:25 PM, Trisanna
            Sprung-Much
            <trisanna.sprung-much@mail.mcgill.ca> wrote:
                  worked beautifully. Thank you!

            --
            Ph.D. CandidateMcGill University
            Integrated Program in Neuroscience
            Psychology


            On Wed, Jun 15, 2016 at 4:41 PM, Douglas N Greve
            <greve@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
                  Try surf2surf with --mapmethod nnf

                  On 06/15/2016 04:25 PM, Trisanna Sprung-Much
            wrote:
                  > Hi Doug - yes they do actually, I was quite
                  pleased. I did some trials
                  > with other subjects and the mri_vol2surf all
            looks
                  good. Very similar
                  > to what I had in our in-house software.
                  >
                  > Would things be better if I were to isolate
            each
                  sulcus as a .label
                  > and then try the mri_label2label? Someone
                  suggested perhaps the
                  > colours are overlapping with the overlay....
                  >
                  > --
                  > Ph.D. Candidate
                  > McGill University
                  > Integrated Program in Neuroscience
                  > Psychology
                  >
                  >
                  > On Wed, Jun 15, 2016 at 4:10 PM, Douglas N
            Greve
                  > <greve@nmr.mgh.harvard.edu
                  <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> wrote:
                  >
                  >     The problem is probably that the
            vol2surf
                  command did not properly
                  >     sample the labels onto the surface. Do
            the
                  labels on subject 00350
                  >     surfaces look ok?
                  >
                  >     On 06/15/2016 04:00 PM, Trisanna
            Sprung-Much
                  wrote:
                  >     > thanks Dr. Fischl
                  >     >
                  >     > So the command seems to have worked! I
            have
                  copied what ran in my
                  >     > terminal. When I open the test.mgz
            overlay
                  on the fsaverage pial
                  >     > surface, things look ok but a bit
            funny. I
                  am wondering if there is
                  >     > anything I can do to the mri_surf2surf
                  command to improve the
                  >     > registration to fsaverage? *See my
            snapshots
                  attached.*
                  >     >
                  >     > trisanna@kaplan:~$ mri_surf2surf
                  --srcsubject 00350 --sval
                  >     >
                 
            /data-01/trisanna/freesurfer/00350/surfaceoverlay_left.mgz
                  >     > --trgsubject fsaverage --tval test.mgz
                  --hemi lh
                  >     > srcsubject = 00350
                  >     > srcval     =
                  >   
                 
             /data-01/trisanna/freesurfer/00350/surfaceoverlay_left.mgz
                  >     > srctype    =
                  >     > trgsubject = fsaverage
                  >     > trgval     = test.mgz
                  >     > trgtype    =
                  >     > srcsurfreg = sphere.reg
                  >     > trgsurfreg = sphere.reg
                  >     > srchemi    = lh
                  >     > trghemi    = lh
                  >     > frame      = 0
                  >     > fwhm-in    = 0
                  >     > fwhm-out   = 0
                  >     > label-src  = (null)
                  >     > label-trg  = (null)
                  >     > OKToRevFaceOrder  = 1
                  >     > Reading source surface reg
                  >     >
                 
            /data-01/trisanna/freesurfer/00350/surf/lh.sphere.reg
                  >     > Loading source data
                  >     > Reading target surface reg
                  >     >
                 
            /data-01/trisanna/freesurfer/fsaverage/surf/lh.sphere.reg
                  >     > Done
                  >     > Mapping Source Volume onto Source
            Subject
                  Surface
                  >     > surf2surf_nnfr: building source hash
                  (res=16).
                  >     > Surf2Surf: Forward Loop (163842)
                  >     >
                  >     > surf2surf_nnfr: building target hash
                  (res=16).
                  >     > Surf2Surf: Reverse Loop (166912)
                  >     > Reverse Loop had 41306 hits
                  >     > Surf2Surf: Dividing by number of hits
                  (163842)
                  >     > INFO: nSrcLost = 0
                  >     > nTrg121 = 132490, nTrgMulti = 31352,
                  MnTrgMultiHits = 2.31749
                  >     > nSrc121 = 137180, nSrcLost = 0,
            nSrcMulti =
                  29732, MnSrcMultiHits =
                  >     > 2.28602
                  >     > Saving target data
                  >     > Saving to test.mgz
                  >     >
                  >     > best
                  >     >
                  >     > Trisanna
                  >     >
                  >     > --
                  >     > Ph.D. Candidate
                  >     > McGill University
                  >     > Integrated Program in Neuroscience
                  >     > Psychology
                  >     >
                  >     >
                  >     > On Wed, Jun 15, 2016 at 12:13 PM,
            Bruce
                  Fischl
                  >     > <fischl@nmr.mgh.harvard.edu
                  <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
            >     <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu
            >     <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu>>> wrote:
            >     >
            >     >     Hi Trisanna
            >     >
            >     >     you would only use those options of if
            you
            were transforming
            >     a surface
            >     >     Bruce
            >     >
            >     >
            >     >     On Wed, 15 Jun 2016, Trisanna
            Sprung-Much
            wrote:
            >     >
            >     >         thanks Dr. Fischl
            >     >
            >     >         I assume that for surface overlays
            one
            cannot specify
            >     >         --sval-xyz and --tval-xyz or the
            command
            will treat the
            >     input
            >     >         as a surface
            >     >         itself?
            >     >
            >     >         best
            >     >
            >     >         Trisanna
            >     >
            >     >
            >     >
            >     >
            >     >         --
            >     >         Ph.D. CandidateMcGill University
            >     >         Integrated Program in Neuroscience
            >     >         Psychology
            >     >
            >     >
            >     >         On Wed, Jun 15, 2016 at 11:11 AM,
            Bruce
            Fischl
            >     >         <fischl@nmr.mgh.harvard.edu
            >     <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
            >     >         <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu
            >     <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu>>> wrote:
            >     >               Hi Trisanna
            >     >
            >     >               you don't need to inflate the
            overlays. They can just
            >     >         use the existing surface-based
            (sphere.reg) registration.
            >     >
            >     >               cheers
            >     >               Bruce
            >     >               On Wed, 15 Jun 2016, Trisanna
            Sprung-Much wrote:
            >     >
            >     >                     Hi there
            >     >                     So I have sulcal labels
            from
            another software
            >     >         (.mnc format) from which I am trying
            to
            generate some
            >     >                     probability maps. I was
            able
            >     >                     to convert the .mnc to
            .mgz
            surface overlay
            >     using
            >     >         mri_vol2surf for my MRIs after
            running all
            MRIs in
            >     >                     recon-all. So, now I
            have
            >     >                     all my painted voxels as
            surface overlays, as I
            >     >         was instructed to do a few months
            ago.
            >     >
            >     >                     I was told that the next
            step
            would be to use
            >     >         mri_surf2surf to resample the
            overlays to
            fsaverage.
            >     >
            >     >                     I am a bit confused as I
            would
            think that
            >     the next
            >     >         step would be to take the surface
            overlays
            and
            >     >                     inflate them before I
            register
            >     >                     them to fsaverage. I see
            that
            when recon-all
            >     runs,
            >     >         it computes the registration of the
            MRI
            surface to
            >     >                     fsaverage and saves it
            as
            >     >                     sphere.reg. Is there a
            way I
            can inflate my
            >     >         surface overlays in a similar manner
            and
            then apply this
            >     >                     same registration to my
            >     >                     surface overlays? Or am
            I
            missing something?
            >     >
            >     >                     thanks very much!
            >     >
            >     >                     Trisanna
            >     >
            >     >
            >     >                     --
            >     >                     Ph.D. CandidateMcGill
            University
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            >     >
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            e-mail was sent to
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            >     >         error and the e-mail
            >     >               contains patient information,
            please
            contact the
            >     >         Partners Compliance HelpLine at
            >     > http://www.partners.org/complianceline . If
            the
            e-mail was
            >     >         sent to you in error
            >     >               but does not contain patient
            information, please
            >     contact
            >     >         the sender and properly
            >     >               dispose of the e-mail.
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            >     Phone Number: 617-724-2358 <tel:617-724-2358>
            >     Fax: 617-726-7422 <tel:617-726-7422>
            >
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            >   
             <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
            >     FileDrop:
            https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2
            >   
             www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
            >   
             <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
            >     Outgoing:
            >   
             ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/
            >
            >   
             _______________________________________________
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            Douglas N. Greve, Ph.D.
            MGH-NMR Center
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            Phone Number: 617-724-2358
            Fax: 617-726-7422

            Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
            FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2
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