This message contained a link to a web site whose IP address has recently been associated with malicious activity.  Due to that activity, the site is not accessible from within the Partners Healthcare network.  The link has been modified in the message below.  If you feel this is an error, please contact the IS Service Desk and open a ticket with the network security - phs assignment group.

                                  IS Service Desk
BWH  617-732-5927    BWFH  617-983-7454    BWH-RICS  617-525-0848
DFCI  617-632-3399    LCC  857-307-4150       MCL  781-416-8940
MGH  617-726-5085    NHP  617-643-2020       NSMC  978-354-2014
NWH  617-243-6001    PCPO  781-433-3757    PHH  617-726-0790
PHS  857-282-4357     SRN  617-952-5555      CDHC  413-582-50051
*********************************


        External Email - Use Caution        

Dear Freesurfer experts,

I see the error message when I perform QDEC.
The error message is as below.

Id: mri_glmfit.c,v 1.196.2.8 2012/11/01 18:51:41 greve Exp $

cwd /home/sgk

cmdline mri_glmfit --y /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/y.mgh --fsgd /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/qdec.fsgd dods --glmdir /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI --surf fsaverage lh --label /mnt/hgfs/share/suicide/fsaverage/label/lh.aparc.label --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Avg-Intercept-area.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Avg-area-SSI-Cor.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Diff-S-NS-Intercept-area.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Diff-S-NS-Cor-area-SSI.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Diff-F-M-Intercept-area.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Diff-F-M-Cor-area-SSI.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-X-diagnosis-sex-Intercept-area.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-X-diagnosis-sex-Cor-area-SSI.mat

sysname  Linux

hostname localhost.localdomain

machine  x86_64

user     sgk

FixVertexAreaFlag = 1

UseMaskWithSmoothing     1

OneSampleGroupMean 0

y    /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/y.mgh

logyflag 0

usedti  0

FSGD /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/qdec.fsgd

labelmask  /mnt/hgfs/share/suicide/fsaverage/label/lh.aparc.label

maskinv 0

glmdir /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI

IllCondOK 0

ReScaleX 1

DoFFx 0

Creating output directory /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI

Loading y from /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/y.mgh

INFO: gd2mtx_method is dods

Saving design matrix to /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/Xg.dat

Normalized matrix condition is 24522.5

Design matrix ------------------

 1.000   0.000   0.000   0.000   15.000   0.000   0.000   0.000   24.000   0.000   0.000   0.000   21.000   0.000   0.000   0.000   149457.594   0.000   0.000   0.000;

 1.000   0.000   0.000   0.000   19.000   0.000   0.000   0.000   50.000   0.000   0.000   0.000   20.000   0.000   0.000   0.000   161540.203   0.000   0.000   0.000;

 1.000   0.000   0.000   0.000   7.000   0.000   0.000   0.000   55.000   0.000   0.000   0.000   26.000   0.000   0.000   0.000   167295.906   0.000   0.000   0.000;

 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   10.000   0.000   0.000   0.000   31.000   0.000   0.000   0.000   27.000   0.000   0.000   0.000   175241.703   0.000;

 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   15.000   0.000   0.000   0.000   59.000   0.000   0.000   0.000   23.000   0.000   0.000   0.000   165616.797   0.000;

 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   11.000   0.000   0.000   0.000   57.000   0.000   0.000   0.000   22.000   0.000   0.000   0.000   183255.594   0.000;

 1.000   0.000   0.000   0.000   26.000   0.000   0.000   0.000   37.000   0.000   0.000   0.000   23.000   0.000   0.000   0.000   159212.203   0.000   0.000   0.000;

 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   14.000   0.000   0.000   0.000   50.000   0.000   0.000   0.000   22.000   0.000   0.000   0.000   170017.094   0.000;

 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   16.000   0.000   0.000   0.000   26.000   0.000   0.000   0.000   19.000   0.000   0.000   0.000   190217.906   0.000;

 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   39.000   0.000   0.000   0.000   19.000   0.000   0.000   0.000   156341.000   0.000;

 1.000   0.000   0.000   0.000   18.000   0.000   0.000   0.000   49.000   0.000   0.000   0.000   32.000   0.000   0.000   0.000   168844.297   0.000   0.000   0.000;

 1.000   0.000   0.000   0.000   21.000   0.000   0.000   0.000   39.000   0.000   0.000   0.000   26.000   0.000   0.000   0.000   149945.406   0.000   0.000   0.000;

 1.000   0.000   0.000   0.000   11.000   0.000   0.000   0.000   39.000   0.000   0.000   0.000   22.000   0.000   0.000   0.000   166132.906   0.000   0.000   0.000;

 1.000   0.000   0.000   0.000   17.000   0.000   0.000   0.000   41.000   0.000   0.000   0.000   25.000   0.000   0.000   0.000   139924.406   0.000   0.000   0.000;

 1.000   0.000   0.000   0.000   27.000   0.000   0.000   0.000   45.000   0.000   0.000   0.000   34.000   0.000   0.000   0.000   133331.797   0.000   0.000   0.000;

 1.000   0.000   0.000   0.000   11.000   0.000   0.000   0.000   47.000   0.000   0.000   0.000   24.000   0.000   0.000   0.000   164844.703   0.000   0.000   0.000;

 1.000   0.000   0.000   0.000   23.000   0.000   0.000   0.000   46.000   0.000   0.000   0.000   26.000   0.000   0.000   0.000   163024.203   0.000   0.000   0.000;

 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   31.000   0.000   0.000   0.000   42.000   0.000   0.000   0.000   33.000   0.000   0.000   0.000   140203.797   0.000;

 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   18.000   0.000   0.000   0.000   21.000   0.000   0.000   0.000   29.000   0.000   0.000   0.000   186282.297   0.000;

 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   18.000   0.000   0.000   0.000   21.000   0.000   0.000   0.000   17.000   0.000   0.000   0.000   171746.094;

 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   17.000   0.000   0.000   0.000   34.000   0.000   0.000   0.000   15.000   0.000   0.000   0.000   145005.203   0.000   0.000;

 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   15.000   0.000   0.000   0.000   54.000   0.000   0.000   0.000   27.000   0.000   0.000   0.000   168633.203;

 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   17.000   0.000   0.000   0.000   27.000   0.000   0.000   0.000   20.000   0.000   0.000   0.000   186731.297;

 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   61.000   0.000   0.000   0.000   28.000   0.000   0.000   0.000   154627.500   0.000   0.000;

 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   10.000   0.000   0.000   0.000   44.000   0.000   0.000   0.000   22.000   0.000   0.000   0.000   154626.297   0.000   0.000;

 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   4.000   0.000   0.000   0.000   59.000   0.000   0.000   0.000   20.000   0.000   0.000   0.000   177918.500;

 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   4.000   0.000   0.000   0.000   56.000   0.000   0.000   0.000   27.000   0.000   0.000   0.000   157687.797   0.000   0.000;

 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   8.000   0.000   0.000   0.000   58.000   0.000   0.000   0.000   32.000   0.000   0.000   0.000   173899.094;

 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   21.000   0.000   0.000   0.000   20.000   0.000   0.000   0.000   18.000   0.000   0.000   0.000   175980.500;

 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   59.000   0.000   0.000   0.000   28.000   0.000   0.000   0.000   162526.703   0.000   0.000;

 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   2.000   0.000   0.000   0.000   37.000   0.000   0.000   0.000   20.000   0.000   0.000   0.000   198622.797;

 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   3.000   0.000   0.000   0.000   32.000   0.000   0.000   0.000   24.000   0.000   0.000   0.000   157633.906   0.000   0.000;

 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   17.000   0.000   0.000   0.000   21.000   0.000   0.000   0.000   21.000   0.000   0.000   0.000   164236.297;

 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   22.000   0.000   0.000   0.000   46.000   0.000   0.000   0.000   23.000   0.000   0.000   0.000   144559.703   0.000   0.000;

 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   7.000   0.000   0.000   0.000   32.000   0.000   0.000   0.000   24.000   0.000   0.000   0.000   156151.500   0.000   0.000;

 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   16.000   0.000   0.000   0.000   46.000   0.000   0.000   0.000   27.000   0.000   0.000   0.000   154306.406;

 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   19.000   0.000   0.000   0.000   20.000   0.000   0.000   0.000   188334.203;

 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   20.000   0.000   0.000   0.000   55.000   0.000   0.000   0.000   26.000   0.000   0.000   0.000   134977.406   0.000   0.000;

--------------------------------

ERROR: matrix is ill-conditioned or badly scaled, condno = 24522.5

--------------------------------

Possible problem with experimental design:

Check for duplicate entries and/or lack of range of

continuous variables within a class.

If you seek help with this problem, make sure to send:

  1. Your command line:

    mri_glmfit --y /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/y.mgh --fsgd /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/qdec.fsgd dods --glmdir /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI --surf fsaverage lh --label /mnt/hgfs/share/suicide/fsaverage/label/lh.aparc.label --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Avg-Intercept-area.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Avg-area-SSI-Cor.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Diff-S-NS-Intercept-area.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Diff-S-NS-Cor-area-SSI.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Diff-F-M-Intercept-area.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Diff-F-M-Cor-area-SSI.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-X-diagnosis-sex-Intercept-area.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-X-diagnosis-sex-Cor-area-SSI.mat

  2. The FSGD file (if using one)

  3. And the design matrix above

Error in Analyze: command failed: mri_glmfit --y /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/y.mgh --fsgd /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/qdec.fsgd dods --glmdir /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI --surf fsaverage lh --label /mnt/hgfs/share/suicide/fsaverage/label/lh.aparc.label --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Avg-Intercept-area.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Avg-area-SSI-Cor.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Diff-S-NS-Intercept-area.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Diff-S-NS-Cor-area-SSI.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Diff-F-M-Intercept-area.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Diff-F-M-Cor-area-SSI.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-X-diagnosis-sex-Intercept-area.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-X-diagnosis-sex-Cor-area-SSI.mat

 

I also attach the error message.

Could you tell me how I can fix this problem?

I am looking forward to receiving your reply.

Best regards,
Seung-Gul

Seung-Gul Kang, M.D., Ph.D. 
Psychiatrist, Professor; Department of Psychiatry, Gil Medical Center
연구부학장. Dean, Department of Research Affairs; Gachon University College of Medicine
인천광역시자살예방센터장. Director, Incheon Suicide Prevention Center
21, Namdong-daero 774 beon-gil, Namdong-gu, Incheon, 21565, South Korea

ᐧ