Hi Doug,
In the mri_compute_volume_fractions, it segments my PET data into gm, wm, and csf. But I'm wondering what exactly the output values represent. Is it probabilities that the voxel is a given tissue type or should it be the PET tracer uptake value limited to a given tissue type?

Other voxel-based partial volume correction methods put the MRI gm, wm, and csf segmented images into the same spatial resolution as the PET,  obtain a PET WM segment from the MRI WM segment, subtract the PET WM segment from the original PET image to obtain a GM PET image. Then the GM PET image is divided by the MRI GM image, to which a binarized GM mask is applied for a partial volume corrected PET image.

I was thinking that this may be possible by applying the wm.seg to the PET to get just the PET WM while maintaining the uptake values from the original in the WM regions.

Then do something like this:
fscalc --o gm.pet orig.pet sub wm.pet
fscalc --o gm.pet.div_mri gm.pet div gm.mri

And then use mri_binarize on the gm.mri and divide the gm.pet.div_mri by the output.

Do you think this would work? And what would I use to apply the wm.mri segmentation to the PET?
Could I use mri_binarize using the --wm flag an multiply the PET image by the output?

Thanks,
Corinna

On Mon, Jun 13, 2011 at 2:47 PM, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
A couple of things:
Map aparc+aseg into the PET space:
mri_label2vol --seg aparc+aseg.mgz --reg register.dat --temp subject.pet.pvf.nii --o subject_bl.petlabel.nii

Use the PET space aparc+aseg when computing the seg stats:
mri_segstats --seg  subject_bl.petlabel.nii --sum /home/corinna/blstats/subject.pvcorr.segstats.csv --i subject_bl.petlabel.nii --ctab segments.txt

doug

corinna bauer wrote:
Hi Doug,
I tried the partial volume correction method over the weekend and got some unexpected results. Many cortical GM regions were reported as having 0 uptake, left and right hemisphere uptake values for the same ROI were drastically different (i.e. 7 vs 150). Below is my code. Maybe I'm missing something?

mri_compute_volume_fractions register.dat bl_pet.nii subject_bl.pvf
fscalc --o subject.pet.pvf.nii bl_pet.nii div subject_bl.pvf.gm.mgz    mri_label2vol --seg aparc+aseg.mgz --reg register.dat --temp orig.mgz --o subject_bl.petlabel.nii
mri_segstats --seg aparc+aseg.mgz --sum /home/corinna/blstats/subject.pvcorr.segstats.csv --i subject_bl.petlabel.nii --ctab segments.txt
Corinna

On Fri, Jun 10, 2011 at 11:18 AM, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> wrote:

   No, that will be fine.
   doug

   corinna bauer wrote:

       Will I need to re-register the pet to the mri?

       On Fri, Jun 10, 2011 at 10:58 AM, Douglas N Greve
       <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> wrote:

          you'll need to get a new version then. You won't need to
       reanalyze
          your anatomicals in the new version, but you will need it
       to run
          these programs.

          doug

          corinna bauer wrote:

              I'm using 4.4.0

              On Fri, Jun 10, 2011 at 10:44 AM, Douglas N Greve
              <greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> wrote:


                 which version are you using? Both should be in both
       5.0 and
              5.1.
                 doug

                 corinna bauer wrote:

                     Hi Doug,

                     I used the mri_compute_volume_fractions and
       fscalc commands
                     and got this error message:

                     mri_compute_volume_fractions: Command not found.
                     fscalc: Command not found.

                     Other FreeSurfer commands, such as mri_segstats
       are working
                     fine in the same batch script.

                     Corinna


                     On Wed, Jun 8, 2011 at 2:30 PM, Douglas N Greve
                     <greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> wrote:



                        corinna bauer wrote:

                            Alright that should work. So do I use the
              pet.anat.nii
                     files
                            (from mri_vol2vol) as the input pet file
       to the
                            mri_compute_volume_fractions?

                        No, use the pet volume. This does everything
       in the
              pet space.

                            Also, has anyone published using this pv
              correction method
                            that you know of?

                        I don't know. I think this is how they do pvc in
              pet, but I
                     really
                        don't know the lit.


                            An alternative method that I was thinking
       was to do
                     something
                            similar to the cortical thickness correction
              Salat used and
                            sample on either side of the gray/white
       boundary
              and the
                            gray/csf boundary and calculate the ratio. Do
              you think
                     this
                            could account for the effects of pv in pet?

                        David's method was not for doing pvc, and I would
              not use
                     it for pet.

                        doug


                            Corinna


                            On Wed, Jun 8, 2011 at 1:44 PM, Douglas N
       Greve
                            <greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> wrote:

                               Actually, I think it only will affect
       the volume
                            measurement for
                               each structure, so that's no good.
       There is not a
                     flag to
                               mri_segstats that will do this. If you
       have a
                     registration
                            between
                               your native pet data and the FS anat, then
              you can use

                               mri_compute_volume_fractions regfile.dat
              pet.nii pvf
                               This will create pvf.{gm,wm,csf}.mgz

                               You can then correct the pet with
       something like
                               fscalc pet.nii div pvf.gm.mgz pet.pvf.nii

                               You can map the aparc+aseg into the
       pet space
              using
                            mri_label2vol
                               (and the reg from above), then use
              mri_segstats with the
                            files in
                               the native pet space.

                               doug

                               corinna bauer wrote:

                                   Hi Doug,
                                   I will give that a try. How will
       this account
                     for the
                            p.v. in
                                   pet data? Does it remove the
       voxels that are
                     mixed tissue
                                   classes? Does it account for
       partial volume
                     effects between
                                   neighbouring grey matter structures?
                                   Corinna

                                   On Wed, Jun 8, 2011 at 1:06 PM,
       Douglas N
              Greve
                                   <greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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                     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
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              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
                                   <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> wrote:

                                      Hi Corinna,
                                      try adding --pv mri/norm.mgz
                                      doug

                                      corinna bauer wrote:

                                          Hi all,
                                          I am wondering if partial
       volume
              is taken
                     into
                            account when
                                          calculating average uptake
       values
              of pet
                     data. I
                            know that
                                          aseg.stats takes partial
       volume into
                     account and
                            I am
                                          wondering if there is something
              similar
                     in place for
                                   pet data?
                                          From what I gather, most people
              when using
                            FreeSurfer
                                   correct
                                          for partial volume effects by
              regressing out
                            cortical
                                          thickness, but no basis for
       this
              correction
                            method has been
                                          provided. Any insight would be
              appreciated.

                                          n.b. to obtain the pet uptake
              values I used
                                   mri_segstats --seg
                                          mri/aparc+aseg.mgz --sum
              pet.segstats.dat --i
                            $petanat
                                   --ctab
                                          rois.txt

                                          Thank you,
                                          Corinna
                                                                             ------------------------------------------------------------------------

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                                      --     Douglas N. Greve, Ph.D.
                                      MGH-NMR Center
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                               --     Douglas N. Greve, Ph.D.
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                                             <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
                               FileDrop:
                                          www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
       <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
                     <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
                                   <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
                                                 <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
                                                    <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>



                        --     Douglas N. Greve, Ph.D.
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              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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                        Phone Number: 617-724-2358 <tel:617-724-2358>
       <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>>
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                        Bugs:
       surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
       <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
              <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
                            <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
                               <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
                        FileDrop:
                            www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
       <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
                     <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
                                   <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
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                 --     Douglas N. Greve, Ph.D.
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              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                 Phone Number: 617-724-2358 <tel:617-724-2358>
       <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>>
              <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358
       <tel:617-724-2358>>> Fax: 617-726-7422 <tel:617-726-7422>
              <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>>
                 <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>
       <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>>>

                 Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
       <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
              <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
                 <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
                 FileDrop:
              www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
       <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
                     <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
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          --     Douglas N. Greve, Ph.D.
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          Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
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          FileDrop:
       www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
       <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
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