Hi doug,
Thanks doug.
I try to ftp by this manu,so I think server is "surfer.nmr.mgh.harvard.edu":
$ ftp surfer.nmr.mgh.harvard.edu
Connected to surfer.nmr.mgh.harvard.edu (132.183.202.158).
220 surfer.nmr.mgh.harvard.edu FTP server (Version wu-2.6.2-15.7x.legacy) ready.
Name (surfer.nmr.mgh.harvard.edu:fsurfer): anonymous
331 Guest login ok, send your complete e-mail address as password.
Password:
230 Guest login ok, access restrictions apply.
Remote system type is UNIX.
Using binary mode to transfer files.
ftp>
this information is available on the website:http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FtpFileExchange
All the best.
Rujing Zha
2014-02-28
charujing123
发件人：Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu>
发送时间：2014-02-28 01:01
主题：Re: [Freesurfer] Fw: Re: error in mri_glmfit-sim when using --bg and doss
收件人："freesurfer"<freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
抄送：
 
what server? 
On 02/27/2014 02:14 AM, charujing123 wrote: 
> Hi doug, 
> As file drop fail to me, so I try use ftp. And it work. I sent these 2  
> files in the server. 
> Thanks doug.Looking forward your help. 
> ALL the best. 
> Rujing Zha 
> 2014-02-27 
> ------------------------------------------------------------------------ 
> charujing123 
> ------------------------------------------------------------------------ 
> *发件人：*Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu> 
> *发送时间：*2014-02-27 01:54 
> *主题：*Re: [Freesurfer] Fw: Re: error in mri_glmfit-sim when using  
> --bg and doss 
> *收件人：*"freesurfer"<freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> 
> *抄送：* 
> Can you send me 
> rh.38sb_score.dods.glmdir/38sb_score-dods/mc-z.neg.3.sig.ocn.mgh and 
> /mnt/sdb1/psylab16/BACKUP/freesurfer/freesurfer/subjects/glm/rh.38sb_score.10.mgh  
> 
> through our file drop https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2 
> On 02/26/2014 01:16 AM, charujing123 wrote: 
> > Hi doug, 
> > OK. 
> > Terminal output of "mri_glmfit-sim --glmdir ../ --no-sim mc-z.neg.3 
> > --cwpvalthresh */0.5/*" is included in */file1/*, which cannot create 
> > something.y.ocn.dat as its several clusters. 
> > Terminal output of "mri_glmfit-sim --glmdir ../ --no-sim mc-z.neg.3 
> > --cwpvalthresh */0.1/*" is included in */file2/*, which can create 
> > something.y.ocn.dat as it has only one cluster. 
> > Thanks. 
> > All the best. 
> > Rujing Zha 
> > 2014-02-26 
> >  
> ------------------------------------------------------------------------ 
> > charujing123 
> >  
> ------------------------------------------------------------------------ 
> > *发件 人：*Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu> 
> > *发送时间：*2014-02-26 00:29 
> > *主题：*Re: [Freesurfer] Fw: Re: error in mri_glmfit- sim when using 
> > --bg and doss 
> > *收件人：*"charujing123"<charujing123@163.com> 
> > *抄 送：*"freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu"  
> <freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> 
> > Can you send the full terminal output? 
> > On 02/24/2014 09:52 PM, charujing123 wrote: 
> > > Hi doug and others, 
> > > Thanks doug. 
> > > Creating the something.y.ocn.dat,I find it can only creating an 
> > > average thickness for one cluster. When my numbers of clusters in 
> > > *sig.cluster.summary exceeding 1,then it cannot generate the 
> > > something.y.ocn.dat,and error will be exported in the window:memory 
> > > corruption. 
> > > I know how to set the threshold, that is to say p<threshod value.  
> So I 
> > > want to know how to set p>0.1or some other value to get only one 
> > > cluster average thickness. 
> > > Thanks. 
> > > ALL the best. 
> > > Rujing Zha 
> > > 2014-02-25 
> > > 
> >  
> ------------------------------------------------------------------------ 
> > > charujing123 
> > > 
> >  
> ------------------------------------------------------------------------ 
> > > *发 件 人：*Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu> 
> > > *发送时间：*2014-02-25 00:28 
> > > *主 题：*Re: [Freesurfer] Fw: Re: error in mri_glmfit- sim when using 
> > > --bg and doss 
> > > *收 件 人：*"freesurfer"<freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> 
> > > *抄送：* 
> > > Try setting the cwpvalthresh to .9 or so. I think this is a numerical 
> > > error that occurs when the cwpthreshold is close to 1 
> > > doug 
> > > On 02/22/2014 04:53 AM, charujing123 wrote: 
> > > > Hi doug and others, 
> > > > I tried to perform it by this command "mri_glmfit-sim --glmdir  
> my_dir 
> > > > --no-sim mc-z.neg.3 --cwpvalthresh 0.999". It worked at  
> first.However 
> > > > it cannot work when I tried it again. It exited error after 
> > performing 
> > > > the first contrast. The export message is as below: 
> > > > 
> >  
> +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++  
> 
> > 
> > > 
> > > > Found 4 segmentations 
> > > > Computing statistics for each segmentation 
> > > > 1 1 169 169.000 
> > > > 2 2 135 135.000 
> > > > 3 3 90 90.000 
> > > > Reporting on 3 segmentations 
> > > > Computing spatial average of each frame 
> > > > 0 1 2*** glibc detected *** mri_segstats: malloc(): memory 
> > corruption: 
> > > > 0x2e61e810 *** 
> > > > ======= Backtrace: ========= 
> > > > /lib/libc.so.6[0x9e11dd] 
> > > > /lib/libc.so.6(__libc_malloc+0x67)[0x9e2d97] 
> > > > /lib/libc.so.6[0x9cf4cf] 
> > > > /lib/libc.so.6(fopen64+0x2c)[0x9d1a7c] 
> > > > mri_segstats[0x80536cd] 
> > > > /lib/libc.so.6(__libc_start_main+0xdc)[0x98ce9c] 
> > > > mri_segstats(__gxx_personality_v0+0x1c9)[0x804f791] 
> > > > ======= Memory map: ======== 
> > > > 00958000-00973000 r-xp 00000000 fd:00 60785448 /lib/ld-2.5.so 
> > > > 00973000-00974000 r-xp 0001a000 fd:00 60785448 /lib/ld-2.5.so 
> > > > 00974000-00975000 rwxp 0001b000 fd:00 60785448 /lib/ld-2.5.so 
> > > > 00977000-00acb000 r-xp 00000000 fd:00 60784655 /lib/libc-2.5.so 
> > > > 00acb000-00acc000 ---p 00154000 fd:00 60784655 /lib/libc-2.5.so 
> > > > 00acc000-00ace000 r-xp 00154000 fd:00 60784655 /lib/libc-2.5.so 
> > > > 00ace000-00acf000 rwxp 00156000 fd:00 60784655 /lib/libc-2.5.so 
> > > > 00acf000-00ad2000 rwxp 00acf000 00:00 0 
> > > > 00ad4000-00add000 r-xp 00000000 fd:00 60784725 /lib/libcrypt-2.5.so 
> > > > 00add000-00ade000 r-xp 00008000 fd:00 60784725 /lib/libcrypt-2.5.so 
> > > > 00ade000-00adf000 rwxp 00009000 fd:00 60784725 /lib/libcrypt-2.5.so 
> > > > 00adf000-00b06000 rwxp 00adf000 00:00 0 
> > > > 00b22000-00b2d000 r-xp 00000000 fd:00 60784686 
> > > > /lib/libgcc_s-4.1.2-20080825.so.1 
> > > > 00b2d000-00b2e000 rwxp 0000a000 fd:00 60784686 
> > > > /lib/libgcc_s-4.1.2-20080825.so.1 
> > > > 00c68000-00d48000 r-xp 00000000 fd:00 56176146 
> > /usr/lib/libstdc++.so.6.0.8 
> > > 
> > > > 00d48000-00d4c000 r-xp 000df000 fd:00 56176146 
> > /usr/lib/libstdc++.so.6.0.8 
> > > 
> > > > 00d4c000-00d4d000 rwxp 000e3000 fd:00 56176146 
> > /usr/lib/libstdc++.so.6.0.8 
> > > 
> > > > 00d4d000-00d53000 rwxp 00d4d000 00:00 0 
> > > > 00d72000-00d84000 r-xp 00000000 fd:00 60784662 /lib/libz.so.1.2.3 
> > > > 00d84000-00d85000 rwxp 00011000 fd:00 60784662 /lib/libz.so.1.2.3 
> > > > 08048000-08817000 r-xp 08048000 00:00 0 
> > > > 08817000-2e63b000 rwxp 08817000 00:00 0 [heap] 
> > > > f6300000-f6321000 rwxp f6300000 00:00 0 
> > > > f6321000-f6400000 ---p f6321000 00:00 0 
> > > > f6498000-f7e61000 rwxp f6498000 00:00 0 
> > > > f7f02000-f7f04000 rwxp f7f02000 00:00 0 
> > > > f7f04000-f7f2b000 r-xp 00000000 fd:00 60784705 /lib/libm-2.5.so 
> > > > f7f2b000-f7f2c000 r-xp 00026000 fd:00 60784705 /lib/libm-2.5.so 
> > > > f7f2c000-f7f2d000 rwxp 00027000 fd:00 60784705 /lib/libm-2.5.so 
> > > > f7f2d000-f7f42000 r-xp 00000000 fd:00 60784716  
> /lib/libpthread-2.5.so 
> > > > f7f42000-f7f43000 ---p 00015000 fd:00 60784716  
> /lib/libpthread-2.5.so 
> > > > f7f43000-f7f44000 r-xp 00015000 fd:00 60784716  
> /lib/libpthread-2.5.so 
> > > > f7f44000-f7f45000 rwxp 00016000 fd:00 60784716  
> /lib/libpthread-2.5.so 
> > > > f7f45000-f7f47000 rwxp f7f45000 00:00 0 
> > > > f7f47000-f7f4a000 r-xp 00000000 fd:00 60784670 /lib/libdl-2.5.so 
> > > > f7f4a000-f7f4b000 r-xp 00002000 fd:00 60784670 /lib/libdl-2.5.so 
> > > > f7f4b000-f7f4c000 rwxp 00003000 fd:00 60784670 /lib/libdl-2.5.so 
> > > > f7f4c000-f7f4d000 rwxp f7f4c000 00:00 0 
> > > > f7f6f000-f7f79000 r-xp 00000000 fd:00 60784678 
> > /lib/libnss_files-2.5.so 
> > > > f7f79000-f7f7a000 r-xp 00009000 fd:00 60784678 
> > /lib/libnss_files-2.5.so 
> > > > f7f7a000-f7f7b000 rwxp 0000a000 fd:00 60784678 
> > /lib/libnss_files-2.5.so 
> > > > f7f7b000-f7f7c000 rwxp f7f7b000 00:00 0 
> > > > ff8e2000-ff8f7000 rwxp 7ffffffe9000 00:00 0 [stack] 
> > > > ffffe000-fffff000 r-xp ffffe000 00:00 0 
> > > > Writing to ../rh.demo.glmdir/demo-doss-CON2IA/mc-z.neg.3.y.ocn.dat 
> > > > Abort 
> > > > 
> >  
> ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++  
> 
> > 
> > > 
> > > > Thanks. 
> > > > All the best. 
> > > > Rujing Zha 
> > > > 2014-02-22 
> > > > 
> >  
> ------------------------------------------------------------------------ 
> > > 
> > > > charujing123 
> > > > 
> >  
> ------------------------------------------------------------------------ 
> > > 
> > > > *发 件 人：*"charujing123"<charujing123@163.com> 
> > > > *发送时间：*2014-02-22 10:22 
> > > > *主 题：* [Freesurfer] Fw: Re: error in mri_glmfit- sim when using 
> > --bg 
> > > > and doss 
> > > > *收件 人：*"freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu" 
> > > <freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> 
> > > > *抄送：* 
> > > > Hi doug and others, 
> > > > I am sorry for pasting files in my first contrast directory, if it 
> > can 
> > > > help me desolve the question: 
> > > > cache.th23.abs.pdf.dat mc-z.abs.2.sig.cluster.summary 
> > > > mc-z.neg.3.sig.cluster.summary mc-z.pos.3.sig.cluster.summary 
> > > > cache.th23.abs.sig.cluster.mgh mc-z.abs.2.sig.masked.mgh 
> > > > mc-z.neg.3.sig.masked.mgh mc-z.pos.3.sig.masked.mgh 
> > > > cache.th23.abs.sig.cluster.summary mc-z.abs.2.sig.ocn.annot 
> > > > mc-z.neg.3.sig.ocn.annot mc-z.pos.3.sig.ocn.annot 
> > > > cache.th23.abs.sig.masked.mgh mc-z.abs.2.sig.ocn.mgh 
> > > > mc-z.neg.3.sig.ocn.mgh mc-z.pos.3.sig.ocn.mgh 
> > > > cache.th23.abs.sig.ocn.annot mc-z.abs.2.sig.voxel.mgh 
> > > > mc-z.neg.3.sig.voxel.mgh mc-z.pos.3.sig.voxel.mgh 
> > > > cache.th23.abs.sig.ocn.mgh mc-z.abs.3.pdf.dat mc-z.neg.3.y.ocn.dat 
> > > > mc-z.pos.3.y.ocn.dat 
> > > > cache.th23.abs.sig.voxel.mgh mc-z.abs.3.sig.cluster.mgh 
> > > > mc-z.neg.pdf.dat mc-z.pos.pdf.dat 
> > > > C.dat mc-z.abs.3.sig.cluster.summary mc-z.neg.sig.cluster.mgh 
> > > > mc-z.pos.sig.cluster.mgh 
> > > > cnr.mgh mc-z.abs.3.sig.masked.mgh mc-z.neg.sig.cluster.summary 
> > > > mc-z.pos.sig.cluster.summary 
> > > > F.mgh mc-z.abs.3.sig.ocn.annot mc-z.neg.sig.masked.mgh 
> > > > mc-z.pos.sig.masked.mgh 
> > > > gamma.mgh mc-z.abs.3.sig.ocn.mgh mc-z.neg.sig.ocn.annot 
> > > > mc-z.pos.sig.ocn.annot 
> > > > gammavar.mgh mc-z.abs.3.sig.voxel.mgh mc-z.neg.sig.ocn.mgh 
> > > > mc-z.pos.sig.ocn.mgh 
> > > > maxvox.dat mc-z.abs.3.y.ocn.dat mc-z.neg.sig.voxel.mgh 
> > > > mc-z.pos.sig.voxel.mgh 
> > > > mc-z.abs.2.pdf.dat mc-z.neg.3.pdf.dat mc-z.pos.3.pdf.dat 
> > > > mc-z.pos.y.ocn.dat 
> > > > mc-z.abs.2.sig.cluster.mgh mc-z.neg.3.sig.cluster.mgh 
> > > > mc-z.pos.3.sig.cluster.mgh sig.mgh 
> > > > Thanks. 
> > > > All the best. 
> > > > Rujing Zha 
> > > > 2014-02-22 
> > > > 
> >  
> ------------------------------------------------------------------------ 
> > > 
> > > > charujing123 
> > > > 
> >  
> ------------------------------------------------------------------------ 
> > > 
> > > > *发 件 人：*"charujing123"<charujing123@163.com> 
> > > > *发送时间：*2014-02-22 10:18 
> > > > *主 题：*Re: [Freesurfer] error in mri_glmfit- 
> > > sim when using --bg and doss 
> > > > *收件 人：*"freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu" 
> > > <freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> 
> > > > *抄送：* 
> > > > Hi doug and others, 
> > > > Thanks doug. 
> > > > According this information 
> > > > 
> >  
> https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FsTutorial/GroupAnalysis#ViewCSDFile,  
> 
> > 
> > > 
> > > > I try to find the csd files in the csd folder(I am not sure this is 
> > > > what you just told me). But there are the csd files as I run 
> > > > simulation with --bg option. 
> > > > Also I try to find the csd files in the first contrast  
> directory, but 
> > > > I think, maybe I am wrong, none of these is csd files that you 
> > suggest. 
> > > > Doug, would you please describe it more detailly, as I am a new  
> user 
> > > > for FS? 
> > > > Thanks doug and others. 
> > > > All the best. 
> > > > Rujing Zha 
> > > > 2014-02-22 
> > > > 
> >  
> ------------------------------------------------------------------------ 
> > > 
> > > > charujing123 
> > > > 
> >  
> ------------------------------------------------------------------------ 
> > > 
> > > > * 发 件 人：*Douglas Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu> 
> > > > *发送时间：*2014-02-21 23:49 
> > > > *主 题：*Re: [Freesurfer] error in mri_glmfit- 
> > > sim when using --bg and doss 
> > > > * 收 件 人：*"freesurfer"<freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> 
> > > > *抄送：* 
> > > > 
> > > > When you actually run the simulation, it only runs it for the first 
> > > > contrast. The simulation is the same for all contrasts, so you can 
> > > > just copy the csd files from the first contrast to the others, then 
> > > > run mri_glmfit-sim with the --no-sim option 
> > > > doug 
> > > > 
> > > > 
> > > > 
> > > > On 2/21/14 5:47 AM, charujing123 wrote: 
> > > >> Hi FS experts, 
> > > >> I ran the mri_glmfit with DOSS, followed by the 
> > > >> mri_glmfit-sim(running with --bg option). I have 4 contrasts, but 
> > > >> only the first one has some files of corrected results(i.e. 
> > > >> mc-z.neg.3.sig.cluster.summary). I donot know why. So I upload the 
> > > >> log file in the attachment. However, previously I ran  
> mri_glmfit by 
> > > >> DODS, and mri_glmfit-sim with --bg option.All the contrasts have 
> > > >> corrected results. 
> > > >> Thanks. 
> > > >> All the best. 
> > > >> Rujing Zha 
> > > >> 2014-02-21 
> > > >> 
> >  
> ------------------------------------------------------------------------ 
> > > 
> > > >> charujing123 
> > > >> 
> > > >> 
> > > >> _______________________________________________ 
> > > >> Freesurfer mailing list 
> > > >> Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu 
> > > >> https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer 
> > > > 
> > > > 
> > > > 
> > > > _______________________________________________ 
> > > > Freesurfer mailing list 
> > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu 
> > > > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer 
> > > -- 
> > > Douglas N. Greve, Ph.D. 
> > > MGH-NMR Center 
> > > greve@nmr.mgh.harvard.edu 
> > > Phone Number: 617-724-2358 
> > > Fax: 617-726-7422 
> > > Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting 
> > > FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2 
> > > www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html 
> > > Outgoing: 
> > ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/ 
> > > _______________________________________________ 
> > > Freesurfer mailing list 
> > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu 
> > > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer 
> > > The information in this e-mail is intended only for the person to 
> > whom it is 
> > > 
> > > addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and 
> > the e-mail 
> > > 
> > > contains patient information, please contact the Partners Compliance 
> > HelpLine at 
> > > 
> > > http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to 
> > you in error 
> > > 
> > > but does not contain patient information, please contact the sender 
> > and properly 
> > > 
> > > dispose of the e-mail. 
> > -- 
> > Douglas N. Greve, Ph.D. 
> > MGH-NMR Center 
> > greve@nmr.mgh.harvard.edu 
> > Phone Number: 617-724-2358 
> > Fax: 617-726-7422 
> > Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting 
> > FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2 
> > www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html 
> > Outgoing:  
> ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/ 
> > 
> > 
> > _______________________________________________ 
> > Freesurfer mailing list 
> > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu 
> > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer 
> --  
> Douglas N. Greve, Ph.D. 
> MGH-NMR Center 
> greve@nmr.mgh.harvard.edu 
> Phone Number: 617-724-2358 
> Fax: 617-726-7422 
> Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting 
> FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2 
> www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html 
> Outgoing: ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/ 
> _______________________________________________ 
> Freesurfer mailing list 
> Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu 
> https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer 
> 
> 
> _______________________________________________ 
> Freesurfer mailing list 
> Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu 
> https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer 
 
--  
Douglas N. Greve, Ph.D. 
MGH-NMR Center 
greve@nmr.mgh.harvard.edu 
Phone Number: 617-724-2358 
Fax: 617-726-7422 
 
Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting 
FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2 
www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html 
Outgoing: ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/ 
 
_______________________________________________ 
Freesurfer mailing list 
Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu 
https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer