Cara Angela,

La maggioranza degli utenti di questa mailing list (incluso il team di freesurfer, che mi ha chiesto di risponderti) non parla italiano. Per comunicazioni future ti suggerirei di scrivere in inglese, in modo da assicurarti assistenza diretta dal team.

Per preprocessare i tuoi dati devi seguire questi step:

1) Utilizzando il comando ‘setenv’ devi specificare il path completo della directory contenente i tuoi soggetti.

Per esempio, se la tua directory si trova in /DATI/SOGGETTI, devi usare il comando:

setenv SUBJECTS_DIR /DATI/SOGGETTI

2) cd $SUBJECTS_DIR

3) mkdir -p NOMESOGGETTO/mri/orig

4) mri_convert FILE_NAME.nii NOMESOGGETTO/mri/orig/001.mgz

5) recon-all -s NOMESOGGETTO -autorecon-all

Questo dovrebbe funzionare. In bocca al lupo!

Marco

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Marco L. Loggia, PhD

Postdoctoral Fellow, Mass General Hospital & Brigham and Women's Hospital

Harvard Medical School

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