At 2012-05-21 21:02:46,"Bruce Fischl" <fischl@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
>what is the name of the file you uploaded?
>On Mon, 21 May 2012, Meng Li 
>wrote:
>
>> Hi professor,
>> The subject has been uploaded. Can you give me some advice to troubleshoot the outputs.
>> Thanks.
>> Meng Li
>> 
>> --
>> 
>> 
>> At 2012-05-20 21:27:28,"Bruce Fischl" <fischl@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
>>       If you put the gzipped and tarred subject dir on our FTP site I'll take a look
>> 
>> Cheers
>> Bruce
>> 
>> 
>> 
>> On May 20, 2012, at 12:41 AM, ?? <limengsecret@126.com> wrote:
>>
>>       Hi professor,
>> The attachment is the subject after running the recon-all command. MR data were obtained on a 1.5T Philips Achieva Nova
>> Dual MR  scanner. the sequence name is T1W.3D.FFE.SENSE and the voxel size is 0.90*0.90*1mm. how should I fix the poor
>> quality surface reconstruction?
>>  
>> Thanks a lot for your help.
>> Meng Li
>> 
>> At 2012-05-19 23:10:31,"Bruce Fischl" <fischl@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
>> >p.s. looks like an intensity normalization failure. Can you give us details 
>> >of the acquisition? Sequence name, voxel resolution, etc....? If you upload 
>> >the subject I'll take a look
>> >
>> >cheers
>> >Bruce
>> >
>> >On Sat, 19 May 2012, 
>> >limengsecret wrote:
>> >
>> >> Hi Professor,
>> >> The image blow shows the problems which occur.
>> >> color lines representing the surfaces (pial and white) were not along the
>> >> folding pattern, and the distance between the two sufaces was rather short.
>> >> How to deal with these problems?
>> >>  [IMAGE]
>> >> Thanks.
>> >>  
>> >> Meng Li
>> >>  
>> >> 
>> >> ____________________________________________________________________________
>> >> limengsecret
>> >>  
>> >> From: Bruce Fischl
>> >> Date: 2012-05-19 22:08
>> >> To: ??
>> >> CC: freesurfer
>> >> Subject: Re: [Freesurfer] how to edit the pial surface
>> >> Hi Meng
>> >>  
>> >> 1. Not positive  I understand, but I don't think it should matter.
>> >>  
>> >> 2. we'll need to see some data to diagnose this.
>> >>  
>> >> cheers
>> >> Bruce
>> >>  
>> >>  
>> >> On Sat, 19 May 2012, ?? wrote:
>> >>  
>> >> > 
>> >> > Hi FreeSurfer Experts,
>> >> > 
>> >> > I had 2 question about the output troubleshooting.
>> >> > 
>> >> > ?
>> >> > 
>> >> > 1)?? when I used the mri_convert command, the format of the input image I
>> >> > choosed was 4D nii format, but not the original dicom format, which would
>> >> > affect the result of reconstruction?
>> >> > 
>> >> > 2)?? When I checked the quality of output using tksurfer, I found the
>> >> > color line representing the surface (pial and white) were not along the
>> >> > folding pattern, and the distance between the two sufaces was rather shor
>> >> t.
>> >> > Whether or not it was caused by the bad GM/WM contrast? What is the best
>> >?? ?way
>> >> > to deal with them?
>> >> > 
>> >> > ?
>> >> > 
>> >> > Thanks.
>> >> > 
>> >> > ?
>> >> > 
>> >> > Meng Li
>> >> > 
>> >> > 
>> >> > 
>> >> > 
>> >> >
>> >>  
>> >>  
>> >> The information in this e-mail is intended only for the person to whom it i
>> >> s
>> >> addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-ma
>> >> il
>> >> contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLi
>> >> ne at
>> >> http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to you in e
>> >> rror
>> >> but does not contain patient information, please contact the sender and pro
>> >> perly
>> >> dispose of the e-mail.
>> >>  
>> >> 
>> >>
>> 
>> _____________________________________________________________________________________________________________________________________
>> [icon_att.gif] ?QQ?????????
>> [fu_rar.gif]
>> Sub.rar (262MB, 2012?06?19? 12:40 ??)???????http://mail.qq.com/cgi-bin/ftnExs_download?k=0d636362224297d81b9673551e640018555650550c520a561c5055060a49060409534e5a0f02041a535400500e0051
>> 070753545b3863326444014d105916320a&code=1ccb8d27&t=exs_ftn_download
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