How would you do that in the analysis?  Do you have 2 lines in the paradigm file for each condition?  one weighted as 1 and one weighted as my scale?  Or just take half the data as weight 1 and the other half weighted?  But you seem to suggest instead of say 5 set sizes, I;d have 10... I think I"m confused here.

Katie

On Wed, Dec 8, 2010 at 4:00 PM, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
You would represent each presentation as two different conditions, one with a weight that is always 1, the other weighted according to your scale. So this doubles the number of conditions. You would then test the weighted conditions. The weight=1 conditions represent an intercept, and the weighted conditions model the slope.

doug

Katie Bettencourt wrote:
And if I don't believe that?  What changes would I need to make?  I don't have a passive viewing condition to compare against, but it might equate to fixation as we are most interested in what occurs during the delay (which is the majority of each trial).

Katie

On Wed, Dec 8, 2010 at 1:15 PM, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> wrote:

   It comes down to whether you think there will be 0 activation in
   this area if there are 0 items held in memory. If so, then what
   you have is fine.

   doug

   Katie Bettencourt wrote:

       I'm not sure if that's exactly what I am saying.  Basically,
       there is an area in the brain (which I am trying to localize)
       that tracks the number of items you are holding in memory so
       that the more items you hold in memory, the higher the bold
       activation.  We have behavioral results saying how many items
       people are holding in each of the conditions, and we want to
       use this to get out an area in which the BOLD activation
       mirrors this.  In Brain Voyager, this is done by weighting the
       conditions by the behavior, which is what I am trying to do
       here.  I'm not sure that that translates exactly into what you
       are saying.

       Katie

       On Wed, Dec 8, 2010 at 11:47 AM, Douglas N Greve
       <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> wrote:


          It depends on what you want to test exactly.  You can just
       weight
          each presentation and test against fixation as you suggest.
       This
          implies that the response amp is 0 when your weight is 0. If
          that's not the case, then you need to make a modification.
       Let me
          know if  you need that.

          doug

          Katie Bettencourt wrote:

              Ah, there was one condition (the throw away one) that
       was all
              weighted 0, I will just change the weight on that one
       back to
              1.  For looking at what shows up in the weighted
       analysis, if
              I want to see areas that increase along my weights, would I
              just make a contrast of all of them vs fixation, and
       then any
              area that shows up in that comparison would be an area that
              followed my weighting (if that makes sense)?

              Katie

              On Tue, Dec 7, 2010 at 4:16 PM, Douglas N Greve
              <greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> wrote:

                 They do not need to be whole numbers. 0s should be
       ok, unless
                 there are some conditions that only have 0
       weighting. For throw
                 aways conditions, you usually just create a separate
              condition and
                 leave the weight at 1.

                 Katie Bettencourt wrote:

                     It does run ok when the FIR is all weighted to 1.
               There are
                     weights of 0 for the couple conditions that were
              essentially
                     throwaway trials for counterbalancing reasons.
        Is that
              what
                     is causing the trouble?  Do the numbers need to be
              whole numbers?

                     katie

                     On Tue, Dec 7, 2010 at 3:23 PM, Douglas N Greve
                     <greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> wrote:

                        It should work in 4.5 too. The numbers are
       weights.
              So if  you
                        think that the response to presentation A of
       condition 1
                     will be
                        twice that of presentation B of condition 1, then
              you would
                     have a
                        weight of 2 for pres A and 1 for pres B. The
       weight
              of fixation
                        (condition 0) is unimportant. I can't tell
       from the
              error msg
                        below whether the error is caused by the
       weighting or by
                     the FIR.
                        Does the FIR run ok when it is not weighted? Are
              there any task
                        weights that are 0?

                        doug

                        Katie Bettencourt wrote:

                            Ah, what I want is the 2nd one then.  I was
              trying to
                     do this
                            in freesurfer v 4.5 but I can't figure
       out how
              to use
                     the 4th
                            column in a way that doesn't crash during
              selxavg3-sess and
                            there isn't much on the wiki about how to use
              it, what
                     sorts
                            of numbers are acceptable in the 4th
       column?  I
              have 6
                            conditions plus fixation.  one condition
       I want
              to be
                     ignored
                            (so I set the weight to 0), and then I
       want an
              increase
                     as set
                            size increases but with a plateau at
       large set
              sizes.
                      I tried
                            weighting them as whole numbers above 1
       (which
              was what
                            fixation was set to), weighing them as
       all less
              than 1 (but
                            with fixation still as 1), weighing them less
              than 1 and so
                            that combined they add up to 1 (fixation
       still
              as 1),
                     but all
                            errored our in selxavg3-sess.  the same data
              analyzes fine
                            unweighted (all 1s in the 4th column of the
              paradigm file).

                            This is the output I get when I try to change
              the 4th
                     column
                            of the paradigm file:

                            selxavg3-sess -s 101103TM_supIPS -df
       supIPS.dir
              -analysis
                            supIPS-fir-weighted -overwrite
                                                 --------------------------------------------------------------
                            selxavg3-sess logfile is
                                                 /home/kcb/mri-space/supIPS_loc/log/selxavg3-sess-bold-supIPS-fir-weighted-101207145505.log
                                                 --------------------------------------------------------------
                            -------------------------------------------
                            /home/kcb/mri-space/101103TM_supIPS
                            Tue Dec  7 14:55:05 EST 2010
                            anadir =
                                                 /home/kcb/mri-space/101103TM_supIPS/bold/supIPS-fir-weighted
                            analysis supIPS-fir-weighted alread
       exists for
                     101103TM_supIPS
                             ... reanalyzing (deleting old analysis)
                            ------------------------------------------
                            ------- matlab output --------------------
                            Warning: Unable to open display 'iconic'.
        You
              will not be
                            able to display graphics on the screen.

                                                       < M A T L A B
       (R) >
                                             Copyright 1984-2010 The
              MathWorks, Inc.
                                           Version 7.10.0.499 (R2010a)
              64-bit (glnxa64)
                                                         February 5, 2010

                              To get started, type one of these: helpwin,
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                     <http://www.mathworks.com>
                            <http://www.mathworks.com>
              <http://www.mathworks.com>.


                             >> >> >> >> >> >> >>
                                          /usr/local/freesurfer4.5/fsfast/toolbox/fast_selxavg3.m
                            >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >>
       >> >>
              >> >> >> >>
                            $Id: fast_selxavg3.m,v 1.55.2.8
       2009/04/17 20:09:46
                     greve Exp $
                            outtop = /home/kcb/mri-space
                            Extension format = nii
                            UseFloat = 0
                            INFO: mask is not set, setting to brain
                             1 act_vs_fix-delay.mat
                            Ignoring stimulus duration for FIR model
                            Ignoring stimulus duration for FIR model
                            Ignoring stimulus duration for FIR model
                            Ignoring stimulus duration for FIR model
                            Ignoring stimulus duration for FIR model
                            Ignoring stimulus duration for FIR model
                            Excluding 2 points
                            nruns = 2
                            autostimdur = 0


                            outanadir =
                                                 /home/kcb/mri-space/101103TM_supIPS/bold/supIPS-fir-weighted
                            Found 48212/124416 (38.8) voxels in mask
                            Creating Design Matrix
                            Ignoring stimulus duration for FIR model
                            Ignoring stimulus duration for FIR model
                            Ignoring stimulus duration for FIR model
                            Ignoring stimulus duration for FIR model
                            Ignoring stimulus duration for FIR model
                            Ignoring stimulus duration for FIR model
                            Excluding 2 points
                            Warning: Matrix is singular to working
       precision.
                            > In fast_selxavg3 at 212
                            Ignoring stimulus duration for FIR model
                            Ignoring stimulus duration for FIR model
                            Ignoring stimulus duration for FIR model
                            Ignoring stimulus duration for FIR model
                            Ignoring stimulus duration for FIR model
                            Ignoring stimulus duration for FIR model
                            Excluding 2 points
                            Warning: Matrix is singular to working
       precision.
                            > In fast_selxavg3 at 212
                            ntptot = 616, nX = 80, DOF = 536
                            Saving X matrix to
                                                 /home/kcb/mri-space/101103TM_supIPS/bold/supIPS-fir-weighted/Xtmp.mat
                            ??? Error using ==> svd
                            Input to SVD must not contain NaN or Inf.

                            Error in ==> cond at 40
                              s = svd(A);

                            Error in ==> fast_selxavg3 at 248
                             XCond = cond(XtX);
                             >>
       ------------------------------------------
                            ERROR: fast_selxavg3() failed\n




                            katie

                            On Tue, Dec 7, 2010 at 2:50 PM, Douglas N
       Greve
                            <greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> wrote:

                               what are you trying to do exactly? The
       external
                     regressor is
                               usually used with a continuous measure
       (eg, skin
                            conductance, it
                               can also be used to seed-based functional
                     connectivity). If you
                               expect the hemodynamic response to be
       scaled by
                     something (eg,
                               reaction time), then that should be
       incorporated
                     into the
                            paradigm
                               file in the 4th column.

                               doug

                               Katie Bettencourt wrote:

                                   So I just need 1 column with a
       line for each
                     time point
                            that
                                   has the weight I want to give the
              condition that is
                            occuring
                                   at that time point?  And what do
       you mean a
                     contrast will
                                   automatically be created for it?
        I was
              trying
                     to use
                            this to
                                   find an area that increases with
       load but
              then
                     plateaus
                            at a
                                   point where subject's behavioral
       performance
                     plateaus (so
                                   essentially looking for a
       mirroring of the
                     behavioral
                            data in
                                   the neural data), will there just be a
              contrast
                     created
                            after
                                   I run selxavg3-sess that I can
       bring up with
                     tksurfer-sess
                                   afterwards?

                                   katie

                                   On Tue, Dec 7, 2010 at 11:40 AM,
       Douglas
              N Greve
                                   <greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
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       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>
                                   <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
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       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> wrote:

                                      It is just a text file with a value
              for each
                     time point.
                                   You can
                                      have multiple columns, but if
       it is a
              task,
                     then you
                                   probably want
                                      to keep one to make the
       interpretation
              easier. A
                            contrast will
                                      automatically be created for
       it. You
              can look
                     at the
                            mcprextreg
                                      file created by the motion
       correction
              to get
                     an idea.

                                      doug

                                      Katie Bettencourt wrote:

                                          I'm trying to set up an
       analysis
              using an
                     external
                                   regressor
                                          (as part of the mkanalysis-sess
              stream,
                     -taskreg
                            flag)  in
                                          version 5, but I'm not sure
       what the
                     taskreg.dat
                            file
                                   should
                                          look like.  The only thing
       I can
              find is
                     that it
                            should
                                   have a
                                          line for each time point.
        Does anyone
                     have any more
                                   guidance
                                          than this?

                                          Katie
                                                                             ------------------------------------------------------------------------

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                                      --     Douglas N. Greve, Ph.D.
                                      MGH-NMR Center
                                      greve@nmr.mgh.harvard.edu
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              617-726-7422

                                      Bugs:
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              <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
                            <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
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                                                        <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
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                                      FileDrop:
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       <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
                     <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
                                   <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
                                                 <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
                                                               <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
                                                                  <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>




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                                   person to
                                      whom it is
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       e-mail was
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              . If the
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              information, please
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                                      dispose of the e-mail.



                               --     Douglas N. Greve, Ph.D.
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                        --     Douglas N. Greve, Ph.D.
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