Hello freesurfers,

I'm trying to run mri_glmfit between groups analysis (patients vs. controls) with gender, age, medication (continuous), and duration of illness as covariates. The problem is, only the patients have medication and duration of illness values - by virtue of being control participants, the control group have values of zero for medication and duration of illness. This causes issues with the matrix and I'm trying to figure out how to get around it. Suggestions would be most appreciated. See output and details below, plus attached files.

Thanks!

Laura.

Command line:

mri_glmfit --y lh_grpDiffs_thickness10.mgh --fsgd grpdiffs_thickness_lh_Med_Dur.fsgd --fsgd-rescale --C Contrast1A_grp_Diffs_HCvsSZ_Med_Dur.mtx --surf fsaverage lh --cortex --glmdir lh_grpdiffs_lh_thickness_Med_Dur.glmdir

Output:

gdfReadHeader: reading grpdiffs_thickness_lh_Med_Dur.fsgd

INFO: demeaning continuous variables

Continuous Variable Means (all subjects)

0 Age 36.0909 11.4927

1 LH_Mean_Thick 2.34931 0.118499

2 medication 204.545 330.217

3 duration_illness 7.74545 11.4005

Class Means of each Continuous Variable

1 HCmale 34.3000 2.3799 0.0000 0.0000

2 HCfemale 32.5556 2.3723 0.0000 0.0000

3 SZmale 36.5000 2.3124 391.2500 14.6875

4 SZfemale 42.2000 2.3265 499.0000 19.1000

INFO: gd2mtx_method is dods

Reading source surface /ncf/snp/04/SCORE/freesurfer_analysis/fsaverage/surf/lh.white

Number of vertices 163842

Number of faces 327680

Total area 65416.648438

AvgVtxArea 0.399267

AvgVtxDist 0.721953

StdVtxDist 0.195470

$Id: mri_glmfit.c,v 1.196.2.6 2011/05/05 20:54:25 greve Exp $

cwd /ncf/snp/04/SCORE/freesurfer_analysis/glm_analysis

cmdline mri_glmfit --y lh_grpDiffs_thickness10.mgh --fsgd grpdiffs_thickness_lh_Med_Dur.fsgd --fsgd-rescale --C Contrast1A_grp_Diffs_HCvsSZ_Med_Dur.mtx --surf fsaverage lh --cortex --glmdir lh_grpdiffs_lh_thickness_Med_Dur.glmdir

sysname Linux

hostname ncfws14.rc.fas.harvard.edu

machine x86_64

user ltully

FixVertexAreaFlag = 1

UseMaskWithSmoothing 1

OneSampleGroupMean 0

y /ncf/snp/04/SCORE/freesurfer_analysis/glm_analysis/lh_grpDiffs_thickness10.mgh

logyflag 0

usedti 0

FSGD grpdiffs_thickness_lh_Med_Dur.fsgd

labelmask /ncf/snp/04/SCORE/freesurfer_analysis/fsaverage/label/lh.cortex.label

maskinv 0

glmdir lh_grpdiffs_lh_thickness_Med_Dur.glmdir

IllCondOK 0

ReScaleX 1

DoFFx 0

Creating output directory lh_grpdiffs_lh_thickness_Med_Dur.glmdir

Loading y from /ncf/snp/04/SCORE/freesurfer_analysis/glm_analysis/lh_grpDiffs_thickness10.mgh

INFO: gd2mtx_method is dods

Saving design matrix to lh_grpdiffs_lh_thickness_Med_Dur.glmdir/Xg.dat

Normalized matrix condition is 1e+08

Design matrix ------------------

0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000 0.000 0.000 -1.700 0.000 0.000 0.000 0.329 0.000 0.000 0.000 0.817 0.000;

0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.392 0.000 0.000 0.000 0.233 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 -0.148 0.000;

0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.191 0.000 0.000 0.000 0.013 0.000 0.000 0.000 -1.511 0.000 0.000 0.000 -0.272;

0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.479 0.000 0.000 0.000 0.427 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000 0.729 0.000;

0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 -0.907 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 -0.009;

0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.436 0.000 0.000 0.000 -0.029 0.000 0.000 0.000 -0.276 0.000 0.000 0.000 1.431 0.000;

1.000 0.000 0.000 0.000 0.757 0.000 0.000 0.000 -0.235 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;

1.000 0.000 0.000 0.000 1.018 0.000 0.000 0.000 -0.775 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;

1.000 0.000 0.000 0.000 1.627 0.000 0.000 0.000 -0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;

0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.953 0.000 0.000 0.000 -0.070 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;

1.000 0.000 0.000 0.000 1.105 0.000 0.000 0.000 0.854 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;

0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.518 0.000 0.000 0.000 -0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;

0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.713 0.000 0.000 0.000 0.359 0.000 0.000 0.000 -0.784 0.000 0.000 0.000 -0.886;

0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.083 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;

0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -1.088 0.000 0.000 0.000 0.190 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 -0.937 0.000;

1.000 0.000 0.000 0.000 -0.548 0.000 0.000 0.000 -0.454 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;

0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.375 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000 0.000 0.000 1.517 0.000 0.000 0.000 1.395;

1.000 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000 0.000 0.010 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;

0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.131 0.000 0.000 0.000 0.435 0.000 0.000 0.000 -1.185 0.000 0.000 0.000 0.378 0.000;

0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -1.001 0.000 0.000 0.000 -0.864 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000 -1.201 0.000;

0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.222 0.000 0.000 0.000 -2.138 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;

1.000 0.000 0.000 0.000 0.931 0.000 0.000 0.000 -1.214 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;

0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.088 0.000 0.000 0.000 -0.856 0.000 0.000 0.000 -0.943 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000;

0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.070 0.000 0.000 0.000 0.401 0.000 0.000 0.000 -1.208 0.000 0.000 0.000 0.342;

0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.114 0.000 0.000 0.000 -1.051 0.000 0.000 0.000 1.214 0.000 0.000 0.000 2.009;

0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -1.088 0.000 0.000 0.000 -0.147 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000 -1.113 0.000;

0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.017 0.000 0.000 0.000 -1.219 0.000 0.000 0.000 0.306 0.000 0.000 0.000 0.868;

0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.218 0.000 0.000 0.000 -0.721 0.000 0.000 0.000 -0.983 0.000 0.000 0.000 -0.323 0.000;

0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -1.149 0.000 0.000 0.000 2.139 0.000 0.000 0.000 0.154 0.000 0.000 0.000 -1.325;

0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.452 0.000 0.000 0.000 -0.325 0.000 0.000 0.000 -0.300 0.000 0.000 0.000 -1.061;

0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.044 0.000 0.000 0.000 0.486 0.000 0.000 0.000 -1.064 0.000 0.000 0.000 -0.060 0.000;

0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.653 0.000 0.000 0.000 -0.392 0.000 0.000 0.000 -0.912 0.000 0.000 0.000 1.080 0.000;

0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.975 0.000 0.000 0.000 -0.021 0.000 0.000 0.000 -0.300 0.000 0.000 0.000 -1.061;

0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -1.349 0.000 0.000 0.000 0.579 0.000 0.000 0.000 0.026 0.000 0.000 0.000 -1.113 0.000;

0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.566 0.000 0.000 0.000 1.895 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 -0.850 0.000;

1.000 0.000 0.000 0.000 0.670 0.000 0.000 0.000 -0.809 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;

1.000 0.000 0.000 0.000 -0.722 0.000 0.000 0.000 -0.716 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;

0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.831 0.000 0.000 0.000 1.398 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;

1.000 0.000 0.000 0.000 1.453 0.000 0.000 0.000 -0.978 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;

1.000 0.000 0.000 0.000 0.670 0.000 0.000 0.000 -2.429 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;

0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.744 0.000 0.000 0.000 -0.121 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;

0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.657 0.000 0.000 0.000 0.082 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;

1.000 0.000 0.000 0.000 1.018 0.000 0.000 0.000 1.318 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;

1.000 0.000 0.000 0.000 -1.244 0.000 0.000 0.000 1.208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;

0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -1.179 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;

1.000 0.000 0.000 0.000 -1.244 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;

1.000 0.000 0.000 0.000 -0.809 0.000 0.000 0.000 1.790 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;

1.000 0.000 0.000 0.000 -0.983 0.000 0.000 0.000 0.558 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;

1.000 0.000 0.000 0.000 -1.157 0.000 0.000 0.000 0.254 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;

1.000 0.000 0.000 0.000 -1.157 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;

0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.918 0.000 0.000 0.000 0.841 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;

0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.088 0.000 0.000 0.000 -1.354 0.000 0.000 0.000 3.660 0.000 0.000 0.000 1.343 0.000;

0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.305 0.000 0.000 0.000 1.819 0.000 0.000 0.000 -1.185 0.000 0.000 0.000 -1.025 0.000;

1.000 0.000 0.000 0.000 -0.461 0.000 0.000 0.000 0.870 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;

1.000 0.000 0.000 0.000 -1.418 0.000 0.000 0.000 -0.336 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;

--------------------------------

ERROR: matrix is ill-conditioned or badly scaled, condno = 1e+08

--
Laura M. Tully, PhD
Post-Doctoral Fellow in Psychiatry

UC Davis Imaging Research Center

4701 X Street,
Sacramento, CA 95817
Phone: (916) 734-7927
Fax: (916) 734-8750

Alumnus of Social Neuroscience & Psychopathology Lab, Harvard University

ltully@fas.harvard.edu

Follow me on twitter: @tully_laura
--