Thanks for your reply,doctor Nick:

I have done the subcortical volume analysis simply by working with the "aseg.volume.stats" txt in the "stats_tables" file with the SPSS soft .
But it results no difference,so, as this analysis was done based on the ROI,if the analysis can be done by each voxel ,if can ,how?

As I can see ,I think it can not ,not as the situation in the analysis of cortical thickness ,the subcotical volume is an entirety,such as the amygdala or hippocampus ,
if it has difference,it will be the total volume difference ,not some part of the the area.But I am not sure about it,is it right?

thanks ,
wang

At 2011-05-04 22:32:18，"Nick Schmansky" <nicks@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:

>wang,
>
>qdec doesnt yet support analysis of subcortical structures in the way i
>think you were expecting.  that is, currently only surface measures (by
>default thickness), is selectable as the independent variable.  a
>subcort volume is not yet selectable (its output results would be bar
>charts, not a surface display).  you can do a subcortical volume
>analysis by working with the aseg.stats file directly in some stats
>program (or mri_glmfit).
>
>so if a particular volume measure is selected via the stats import
>option, and it is selected as a possible factor, and that factor is
>selected as a regressor in the Design window, then when an analysis is
>run, it is entirely possible (and very likely) that there is no change
>in thickness value given a particular subcortical volume.  the one
>exception i have seen for this is hippocampal volume, which does have an
>effect on cortical thickness between controls and AD patients.
>
>n.
>
>
>On Wed, 2011-05-04 at 11:18 +0800, 汪贵宏 wrote:
>> Dear freesurfer experts:
>> 
>>      I had processed my data with recon-all, and also ,I had compared
>> the cortical thickness difference between the con and pat with
>> qdec .however,when i I try to compare the sub-cortical volume
>> difference between con and pat ,the results were the same as the
>> thickness,even in Analysis Results window,the option is not changed,as
>> the "Does the average thickness differ between con and pat?" So, I
>> have no idea about it,because I chose the ASEG.VOLUME in the "Stats
>> Data Import" window.
>> 
>>    In addition ,I wander whether the volume differ comparison is
>> processed based on ROI or vertex?
>> 
>>    Did anyone can help me with any suggestion.
>> 
>>   thank you
>>   wang
>> 
>> 
>> 
>> 
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