Hi Doug,
I tried the partial volume correction method over the weekend and got some unexpected results. Many cortical GM regions were reported as having 0 uptake, left and right hemisphere uptake values for the same ROI were drastically different (i.e. 7 vs 150). Below is my code. Maybe I'm missing something?

mri_compute_volume_fractions register.dat bl_pet.nii subject_bl.pvf
fscalc --o subject.pet.pvf.nii bl_pet.nii div subject_bl.pvf.gm.mgz    
mri_label2vol --seg aparc+aseg.mgz --reg register.dat --temp orig.mgz --o subject_bl.petlabel.nii
mri_segstats --seg aparc+aseg.mgz --sum /home/corinna/blstats/subject.pvcorr.segstats.csv --i subject_bl.petlabel.nii --ctab segments.txt 

Corinna

On Fri, Jun 10, 2011 at 11:18 AM, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
No, that will be fine.
doug

corinna bauer wrote:
Will I need to re-register the pet to the mri?

On Fri, Jun 10, 2011 at 10:58 AM, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> wrote:

   you'll need to get a new version then. You won't need to reanalyze
   your anatomicals in the new version, but you will need it to run
   these programs.

   doug

   corinna bauer wrote:

       I'm using 4.4.0

       On Fri, Jun 10, 2011 at 10:44 AM, Douglas N Greve
       <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> wrote:


          which version are you using? Both should be in both 5.0 and
       5.1.
          doug

          corinna bauer wrote:

              Hi Doug,

              I used the mri_compute_volume_fractions and fscalc commands
              and got this error message:

              mri_compute_volume_fractions: Command not found.
              fscalc: Command not found.

              Other FreeSurfer commands, such as mri_segstats are working
              fine in the same batch script.

              Corinna


              On Wed, Jun 8, 2011 at 2:30 PM, Douglas N Greve
              <greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> wrote:



                 corinna bauer wrote:

                     Alright that should work. So do I use the
       pet.anat.nii
              files
                     (from mri_vol2vol) as the input pet file to the
                     mri_compute_volume_fractions?

                 No, use the pet volume. This does everything in the
       pet space.

                     Also, has anyone published using this pv
       correction method
                     that you know of?

                 I don't know. I think this is how they do pvc in
       pet, but I
              really
                 don't know the lit.


                     An alternative method that I was thinking was to do
              something
                     similar to the cortical thickness correction
       Salat used and
                     sample on either side of the gray/white boundary
       and the
                     gray/csf boundary and calculate the ratio. Do
       you think
              this
                     could account for the effects of pv in pet?

                 David's method was not for doing pvc, and I would
       not use
              it for pet.

                 doug


                     Corinna


                     On Wed, Jun 8, 2011 at 1:44 PM, Douglas N Greve
                     <greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> wrote:

                        Actually, I think it only will affect the volume
                     measurement for
                        each structure, so that's no good. There is not a
              flag to
                        mri_segstats that will do this. If you have a
              registration
                     between
                        your native pet data and the FS anat, then
       you can use

                        mri_compute_volume_fractions regfile.dat
       pet.nii pvf
                        This will create pvf.{gm,wm,csf}.mgz

                        You can then correct the pet with something like
                        fscalc pet.nii div pvf.gm.mgz pet.pvf.nii

                        You can map the aparc+aseg into the pet space
       using
                     mri_label2vol
                        (and the reg from above), then use
       mri_segstats with the
                     files in
                        the native pet space.

                        doug

                        corinna bauer wrote:

                            Hi Doug,
                            I will give that a try. How will this account
              for the
                     p.v. in
                            pet data? Does it remove the voxels that are
              mixed tissue
                            classes? Does it account for partial volume
              effects between
                            neighbouring grey matter structures?
                            Corinna

                            On Wed, Jun 8, 2011 at 1:06 PM, Douglas N
       Greve
                            <greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> wrote:

                               Hi Corinna,
                               try adding --pv mri/norm.mgz
                               doug

                               corinna bauer wrote:

                                   Hi all,
                                   I am wondering if partial volume
       is taken
              into
                     account when
                                   calculating average uptake values
       of pet
              data. I
                     know that
                                   aseg.stats takes partial volume into
              account and
                     I am
                                   wondering if there is something
       similar
              in place for
                            pet data?
                                   From what I gather, most people
       when using
                     FreeSurfer
                            correct
                                   for partial volume effects by
       regressing out
                     cortical
                                   thickness, but no basis for this
       correction
                     method has been
                                   provided. Any insight would be
       appreciated.

                                   n.b. to obtain the pet uptake
       values I used
                            mri_segstats --seg
                                   mri/aparc+aseg.mgz --sum
       pet.segstats.dat --i
                     $petanat
                            --ctab
                                   rois.txt

                                   Thank you,
                                   Corinna
                                                               ------------------------------------------------------------------------

                                                 _______________________________________________
                                   Freesurfer mailing list
                                   Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
                     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                            <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
                     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
                                          <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
                     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                            <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
                     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>

                                                               https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer


                               --     Douglas N. Greve, Ph.D.
                               MGH-NMR Center
                               greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>
                               Phone Number: 617-724-2358
       <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>>
              <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358
       <tel:617-724-2358>>>
                     <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>
       <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>> <tel:617-724-2358
       <tel:617-724-2358>
              <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>>>>
                            <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>
       <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>>
              <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358
       <tel:617-724-2358>>> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>
              <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>>
                     <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>
       <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>>>>> Fax:

              617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422
       <tel:617-726-7422>> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>
              <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>>>
                            <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>
       <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>>
              <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422
       <tel:617-726-7422>>>>
                               <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>
       <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>>
              <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422
       <tel:617-726-7422>>>
                     <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>
       <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>> <tel:617-726-7422
       <tel:617-726-7422>
              <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>>>>>




                               Bugs:
              surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
       <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
              <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
                            <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
                                          <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
                                             <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>

                               FileDrop:
                                          www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
       <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
                     <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
                                   <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
                                                 <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
                                                    <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>




                               The information in this e-mail is intended
              only for the
                            person to
                               whom it is
                               addressed. If you believe this e-mail was
              sent to you in
                            error and
                               the e-mail
                               contains patient information, please
       contact the
                     Partners
                               Compliance HelpLine at
                               http://www.partners.org/complianceline
       . If the
                     e-mail was
                            sent to
                               you in error
                               but does not contain patient
       information, please
                     contact the
                               sender and properly
                               dispose of the e-mail.



                        --     Douglas N. Greve, Ph.D.
                        MGH-NMR Center
                        greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
                        Phone Number: 617-724-2358 <tel:617-724-2358>
       <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>>
              <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358
       <tel:617-724-2358>>>
                     <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>
       <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>> <tel:617-724-2358
       <tel:617-724-2358>
              <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>>>> Fax:
       617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422
       <tel:617-726-7422>>
                     <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>
       <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>>>
                        <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>
       <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>>
              <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422
       <tel:617-726-7422>>>>

                        Bugs:
       surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
       <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
              <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
                            <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
                               <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
                        FileDrop:
                            www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
       <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
                     <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
                                   <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
                                      <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>



                 --     Douglas N. Greve, Ph.D.
                 MGH-NMR Center
                 greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
              <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                 Phone Number: 617-724-2358 <tel:617-724-2358>
       <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>>
              <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358
       <tel:617-724-2358>>> Fax: 617-726-7422 <tel:617-726-7422>
              <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>>
                 <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>
       <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>>>

                 Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
       <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
              <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
                 <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
                 FileDrop:
              www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
       <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
                     <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
                        <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>



          --     Douglas N. Greve, Ph.D.
          MGH-NMR Center
          greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
       <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
          Phone Number: 617-724-2358 <tel:617-724-2358>
       <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>> Fax: 617-726-7422
       <tel:617-726-7422>
          <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>>

          Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
       <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
          <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
          FileDrop:
       www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
       <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
          <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>



   --     Douglas N. Greve, Ph.D.
   MGH-NMR Center
   greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
   Phone Number: 617-724-2358 <tel:617-724-2358> Fax: 617-726-7422
   <tel:617-726-7422>

   Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
   <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
   FileDrop: www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
   <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>



--
Douglas N. Greve, Ph.D.
MGH-NMR Center
greve@nmr.mgh.harvard.edu
Phone Number: 617-724-2358 Fax: 617-726-7422

Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
FileDrop: www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html