can you send us the full command line and screen output of what you ran?

On Mon, 5 Aug 2013, Mark Plantz wrote:

For some reason, when I run that command, I get the following output:
Input volume  is : seg_mov
Output volume is : seg_mov_2

There are no errors, but when I check "mri_info" of the output file, the TR, TE, etc. values are still non-zero. Any ideas what
could cause that to happen?

Thanks!

MP


On Mon, Aug 5, 2013 at 11:35 AM, Bruce Fischl <fischl@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
      yes, I think so
      On Mon, 5 Aug 2013, Mark Plantz wrote:

            thank you. Would the command simply be something like this: mri_modify -tr 0 -te 0 -ti 0 -fa 0
            <input.mgz> <output.mgz> ?


            On Thu, Aug 1, 2013 at 1:41 PM, Bruce Fischl <fischl@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
                  Hi Mark

                  the formatting got messed up so I can't parse your table. You can get around this using
            mri_modify, and just setting
                  everything to 0. As for the effects, look at the images and see what you think.

                  cheers
                  Bruce

                  On Thu, 1 Aug 2013, Mark Plantz wrote:

                        Hello freesurfers,
                            I currently have a series of images with various TR,TE,TI,FA values. I
                        would like to use mri_ca_train to create a .gca atlas based on these
                        segmented volumes. Unfortunately, they all have slightly different control
                        parameters (TR,TE,TI,FA). Is there any way around this problem, or would it
                        be best to break the subjects into multiple groups with the same control
                        parameters?

                        Here are the various parameters: [each row is a subject]

                        TR
                        TE
                        TI
                        flip angle
                        9.38
                        3.86
                        450
                        12
                        9.34
                        3.86
                        450
                        12
                        9.38
                        3.86
                        450
                        12
                        9.38
                        3.86
                        450
                        12
                        9.34
                        3.86
                        450
                        12
                        9.44
                        3.87
                        450
                        12
                        9.39
                        3.86
                        450
                        12
                        2065.98
                        7.61
                        886.92
                        90
                        9.45
                        3.89
                        450
                        12
                        9.41
                        3.87
                        450
                        12
                        9.41
                        3.87
                        450
                        12
                        9.42
                        3.91
                        450
                        12
                        9.38
                        3.86
                        450
                        12
                        9.38
                        3.86
                        450
                        12
                        9.44
                        3.86
                        450
                        12
                        9.44
                        3.86
                        450
                        12
                        9.38
                        3.86
                        450
                        12
                        9.38
                        3.86
                        450
                        12
                        9.38
                        3.86
                        450
                        12
                        9.34
                        3.86
                        450
                        12
                        9.34
                        3.86
                        450
                        12
                        9.39
                        3.86
                        450
                        12
                        1900
                        2.6
                        900
                        9
                        1900
                        2.6
                        900
                        9
                        1900
                        2.6
                        900
                        9
                        9.41
                        3.87
                        450
                        12
                        9.41
                        3.87
                        450
                        12
                        9.41
                        3.87
                        450
                        12
                        1900
                        2.6
                        900
                        9
                        9.41
                        3.87
                        450
                        12
                        1900
                        2.6
                        900
                        9
                        1900
                        2.6
                        900
                        9

                        Thank you in advance.

                        -Mark





            The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is
            addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail
            contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at
            http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to you in error
            but does not contain patient information, please contact the sender and properly
            dispose of the e-mail.