in some regions like left amygdata, the difference exceed 5%
 
2010-02-02
Chunhui Chen
_________________
 
Institute of Cognitive Neuroscience and Learning
Beijing Normal University
Beijing, China 100875
发件人： Bruce Fischl
发送时间： 2010-01-22  12:38:11
收件人： chenchunhuichina
抄送：
主题： Re: Re: [Freesurfer] Orientation of 001.mgz versus raw dicom data
no, that shouldn't matter
On Fri, 22 Jan 2010, chenchunhuichina wrote:
 
> May I ask a related question?
>
> My structural data are acquired in sagital view, do I have to re-orient it before I run recon-all? In fslview, it's X axis is acturally from anterior to posterior.
>
> Thanks!
>
>
> 2010-01-22
>
>
>
> chenchunhuichina
>
>
>
> 发件人： Bruce Fischl
> 发送时间： 2010-01-22  07:06:58
> 收件人： yzhangd@artsci.wustl.edu
> 抄送： freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
> 主题： Re: [Freesurfer] Orientation of 001.mgz versus raw dicom data
>
> How do you know? It should be in the same space.
> Bruce
>
>
>
> On Jan 21, 2010, at 5:01 PM, yzhangd@artsci.wustl.edu wrote:
>
> > I have run the following command to create a 001.mgz file from raw
> > *.dcm
> > data:
> >
> > recon-all -s   <subjid  > -i   <path to *.dcm data  >
> >
> > The output 001.mgz file is not in the same native space as the
> > original
> > *.dcm data. Could anyone tell me what space the 001.mgz file is in?
> > Does
> > the above command change the orientation (i.e does it rotate/
> > translate)
> > besides simply converting from .dcm to 001.mgz
> >
> > thanks a lot
> >
> > yuning
> >
> >
> > _______________________________________________
> > Freesurfer mailing list
> > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
> > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
> >
> >
> _______________________________________________
> Freesurfer mailing list
> Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
> https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>