On Fri, Jun 7, 2013 at 5:05 PM, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:

The recon-all.log fail indicates that you did not use the -autorecon3 flag. In any event, I'm trying to get you a new version of mri_segstats, but it looks like our snowleopard build has not gone through since I made the change. I'll try again over the weekend or on Monday.
doug

On 06/07/2013 06:01 PM, Erin Browning wrote:

The last thing I ran was

recon-all -s freesurfer -autorecon2 -autorecon3

Which still failed.

We quality check after ar1, so we need to run ar1 separately from ar2 and 3.

On Jun 7, 2013 4:53 PM, "Douglas N Greve" <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> wrote:

you need to include the -autorecon3 flag simultaneously with the
-autorecon1 and -autorecon2 flags.

On 06/07/2013 05:45 PM, Erin Browning wrote:

It fails before ar3 runs.

On Jun 7, 2013 2:54 PM, "Douglas N Greve"
<greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> wrote:

There is no indication in this log file that you ran
autorecon3
doug

On 06/07/2013 02:51 PM, Erin Browning wrote:

Here's the log. I ran mri_add_xform_to_header after it
failed
again last time and am currently rerunning AR2+3 on
it, so you
can probably ignore the latest modifications to it.

http://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2/?p=iowkgmv

We're running Mac OSX 10.6.8.

Thanks,
Erin

On Fri, Jun 7, 2013 at 12:22 PM, Douglas N Greve
<greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> wrote:

Hmmm, I don't know. I think that something strange is
happening.
Can you
send me the new recon-all.log file? Also, tell me what
platform
you are
using and I'll send you a new version of mri_segstats

doug

On 06/07/2013 01:14 PM, Erin Browning wrote:
> Could it be that since we skip motioncor, we
skip the
> mri_add_xform_to_header program as well? Should I be
running that
> separately?
>
> Thanks,
> Erin Browning
>
>
> On Fri, Jun 7, 2013 at 11:54 AM, Erin Browning
<brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
<mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>
<mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
<mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>
> <mailto:brownin8@uwm.edu
<mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu
<mailto:brownin8@uwm.edu>>
<mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
<mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>> wrote:
>
> Hi Doug--
>
> Running:
>
> recon-all -s freesurfer -autorecon2 -autorecon3
>
> produced the same error. Could you send me
the new
version
of the
> program?
>
> Thanks!
> Erin Browning
>
>
> On Thu, Jun 6, 2013 at 3:01 PM, Douglas N Greve
> <greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> wrote:
>
>
> OK, this is a known problem when running
recon-all with
> -autorecon1
> -autorecon2 but not autorecon3. If you
run it with
> -autorecon3, then it
> should run all the way through without a
problem.
> Alternatively, I can
> give you a new version of the offending
program
(mri_segstats)
> that will
> allow you to use just ar1 and ar2.
>
> doug
>
>
>
>
> On 06/06/2013 03:46 PM, Erin Browning wrote:
> > Here is the log file.
> >
> >
http://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2/?p=zrh2oi9>
> >
> > Thank you!
> >
> >
> > On Thu, Jun 6, 2013 at 2:43 PM, Erin
Browning
> <brownin8@uwm.edu
<mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu
<mailto:brownin8@uwm.edu>>
<mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
<mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>
<mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
<mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>
<mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
<mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>
> > <mailto:brownin8@uwm.edu
<mailto:brownin8@uwm.edu>
<mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>
<mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
<mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>
<mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
<mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>
<mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
<mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>> wrote:
> >
> > Yes, it was. I tried copy and
pasting it
and just
> attaching the
> > log file. Can I paste urls here?
I'll just
upload
it to
> pastebin
> > or something like that.
> >
> >
> > On Thu, Jun 6, 2013 at 2:38 PM,
Douglas N
Greve
> > <greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> wrote:
> >
> > That's weird, people upload their
recon-all.log
> files all the
> > time. Was
> > the email kicked back to you?
> >
> > On 06/06/2013 03:27 PM, Erin
Browning
wrote:
> > > The log file for recon-all
is too
large. How
> should I send it?
> > >
> > >
> > > On Thu, Jun 6, 2013 at 1:48 PM,
Douglas N Greve
> > > <greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>
> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> wrote:
> > >
> > > Hi Erin, thanks for
reposting.
Can you
post the
> > recon-all.log file?
> > > doug
> > >
> > >
> > > On 06/06/2013 02:37 PM, Erin
Browning wrote:
> > > > Hi everyone--
> > > >
> > > > I emailed the other
day about
hyperintensity
> after running
> > > motioncor.
> > > > We've skipped
motioncor in our
processing
> now, but we
> > keep getting
> > > > this error while
running AR2.
> > > >
> > > > \n mri_ca_register
-invert-and-save
> > transforms/talairach.m3z \n
> > > > mri passed volume size is
different
from the
> one used
> > to create
> > > M3D data
> > > > Loading, Inverting,
Saving,
Exiting ...
> > > > Reading
transforms/talairach.m3z
> > > > gunzip -c
transforms/talairach.m3z
> > > > Inverting GCAM
> > > > ERROR: mri_ca_register
with
non-zero
status 0
> > > > Darwin
cerebrum.uwm.edu <http://cerebrum.uwm.edu>
<http://cerebrum.uwm.edu>
<http://cerebrum.uwm.edu>
> <http://cerebrum.uwm.edu>
<http://cerebrum.uwm.edu>
> > <http://cerebrum.uwm.edu>
> > > <http://cerebrum.uwm.edu> 10.8.0
Darwin
Kernel
> > > > Version 10.8.0: Tue Jun 7
16:33:36
PDT 2011;
> > > >
root:xnu-1504.15.3~1/RELEASE_I386 i386
> > > > recon-all -s
freesurfer exited
with ERRORS
> at Wed Jun 5
> > > 19:32:56 CDT 2013
> > > >
> > > > I tried rerunning
recon-all -s
freesurfer
> -talairach
> > before running
> > > > AR2, and that didn't
fix the
error. What's
> going wrong?
> > > >
> > > > Thanks,
> > > > Erin Browning
> > > >
> > > >
> > > >
> > > >
_______________________________________________
> > > > Freesurfer mailing list
> > > >
Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
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> >
https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
> > >
> > > --
> > > Douglas N. Greve, Ph.D.
> > > MGH-NMR Center
> > > greve@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
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<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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> > > Phone Number:
617-724-2358 <tel:617-724-2358>
<tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>>
> > > Fax: 617-726-7422
<tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>>
> > >
> > > Bugs:
> surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
<http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
<http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
<http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
> <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
> > <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
> > >
> <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
> > > FileDrop:
> https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2
> > >
>
www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
<http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
<http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
<http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
> <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
> >
> <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
> > >
> >
> <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
> > > Outgoing:
> > >
>
ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/
> > >
> > >
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> > > Freesurfer mailing list
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