No problem. Here's the log file again. http://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2/?p=iowkgmv The last iteration of AR2 and 3 I ran starts at line 6209. Hope this helps!


On Mon, Jun 10, 2013 at 1:57 PM, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:

Hi Erin, I've misplaced that log file. Can you send it to me again? it is not a big deal, except that it is not behaving the way I would expect which means that it might be me that is not understanding something.
thanks
doug


On 06/10/2013 02:34 PM, Erin Browning wrote:
I checked the log, and I ran AR2 + 3 on line 6209. It failed with the same error as AR2 alone. Further up, we'd only ran AR2. I didn't delete the log when I tried to rerun it several times, so it looks like all the failed ones appended to the log in order (so the newest ones are last).

Thanks for the updated file! We're rerunning several AR2+3 now with it.


On Fri, Jun 7, 2013 at 5:05 PM, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> wrote:

    The recon-all.log fail indicates that you did not use the
    -autorecon3 flag. In any event, I'm trying to get you a new
    version of mri_segstats, but it looks like our snowleopard build
    has not gone through since I made the change. I'll try again over
    the weekend or on Monday.
    doug



    On 06/07/2013 06:01 PM, Erin Browning wrote:


        The last thing I ran was

        recon-all -s freesurfer -autorecon2 -autorecon3

        Which still failed.

        We quality check after ar1, so we need to run ar1 separately
        from ar2 and 3.

        On Jun 7, 2013 4:53 PM, "Douglas N Greve"
        <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> wrote:


            you need to include the -autorecon3 flag simultaneously
        with the
            -autorecon1 and -autorecon2 flags.


            On 06/07/2013 05:45 PM, Erin Browning wrote:


                It fails before ar3 runs.

                On Jun 7, 2013 2:54 PM, "Douglas N Greve"
                <greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> wrote:


                    There is no indication in this log file that you ran
                autorecon3
                    doug


                    On 06/07/2013 02:51 PM, Erin Browning wrote:

                        Here's the log. I ran mri_add_xform_to_header
        after it
                failed
                        again last time and am currently rerunning
        AR2+3 on
                it, so you
                        can probably ignore the latest modifications
        to it.

        http://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2/?p=iowkgmv

                        We're running Mac OSX 10.6.8.

                        Thanks,
                        Erin


                        On Fri, Jun 7, 2013 at 12:22 PM, Douglas N Greve
                        <greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> wrote:

                            Hmmm, I don't know. I think that something
        strange is
                        happening.
                            Can you
                            send me the new recon-all.log file? Also,
        tell me what
                        platform
                            you are
                            using and I'll send you a new version of
        mri_segstats

                            doug



                            On 06/07/2013 01:14 PM, Erin Browning wrote:
                            > Could it be that since we skip motioncor, we
                skip the
                            > mri_add_xform_to_header program as well?
        Should I be
                        running that
                            > separately?
                            >
                            > Thanks,
                            > Erin Browning
                            >
                            >
                            > On Fri, Jun 7, 2013 at 11:54 AM, Erin
        Browning
                        <brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
        <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>
                <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
        <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>
                            <mailto:brownin8@uwm.edu
        <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu
        <mailto:brownin8@uwm.edu>>
                <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
        <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>
                            > <mailto:brownin8@uwm.edu
        <mailto:brownin8@uwm.edu>
                <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>
        <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
                <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>
                        <mailto:brownin8@uwm.edu
        <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu
        <mailto:brownin8@uwm.edu>>
                <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
        <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>> wrote:
                            >
                            >     Hi Doug--
                            >
                            >     Running:
                            >
                            >     recon-all -s freesurfer -autorecon2
        -autorecon3
                            >
                            >     produced the same error. Could you
        send me
                the new
                        version
                            of the
                            >     program?
                            >
                            >     Thanks!
                            >     Erin Browning
                            >
                            >
                            >     On Thu, Jun 6, 2013 at 3:01 PM,
        Douglas N Greve
                            >     <greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> wrote:
                            >
                            >
                            >         OK, this is a known problem when
        running
                        recon-all with
                            >         -autorecon1
                            >         -autorecon2 but not autorecon3.
        If you
                run it with
                            >         -autorecon3, then it
                            >         should run all the way through
        without a
                problem.
                            >         Alternatively, I can
                            >         give you a new version of the
        offending
                program
                            (mri_segstats)
                            >         that will
                            >         allow you to use just ar1 and ar2.
                            >
                            >         doug
                            >
                            >
                            >
                            >
                            >         On 06/06/2013 03:46 PM, Erin
        Browning wrote:
                            >         > Here is the log file.
                            >         >
                            >         >
        http://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2/?p=zrh2oi9>
                            >         >
                            >         > Thank you!
                            >         >
                            >         >
                            >         > On Thu, Jun 6, 2013 at 2:43
        PM, Erin
                Browning
                            >         <brownin8@uwm.edu
        <mailto:brownin8@uwm.edu>
                <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>
        <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
                <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>
                        <mailto:brownin8@uwm.edu
        <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu
        <mailto:brownin8@uwm.edu>>
                <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
        <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>
                            <mailto:brownin8@uwm.edu
        <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu
        <mailto:brownin8@uwm.edu>>
                <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
        <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>
                        <mailto:brownin8@uwm.edu
        <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu
        <mailto:brownin8@uwm.edu>>
                <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
        <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>
                            >         > <mailto:brownin8@uwm.edu
        <mailto:brownin8@uwm.edu>
                <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>
                        <mailto:brownin8@uwm.edu
        <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu
        <mailto:brownin8@uwm.edu>>>
                <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
        <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>
                        <mailto:brownin8@uwm.edu
        <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu
        <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>
                            <mailto:brownin8@uwm.edu
        <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu
        <mailto:brownin8@uwm.edu>>
                <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
        <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>
                        <mailto:brownin8@uwm.edu
        <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu
        <mailto:brownin8@uwm.edu>>
                <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
        <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>>> wrote:
                            >         >
                            >         >     Yes, it was. I tried copy and
                pasting it
                        and just
                            >         attaching the
                            >         >     log file. Can I paste urls
        here?
                I'll just
                        upload
                            it to
                            >         pastebin
                            >         >     or something like that.
                            >         >
                            >         >
                            >         >     On Thu, Jun 6, 2013 at
        2:38 PM,
                Douglas N
                        Greve
                            >         >     <greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
                            >                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>
                            >                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
                            >                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> wrote:
                            >         >
                            >         >         That's weird, people
        upload their
                        recon-all.log
                            >         files all the
                            >         >         time. Was
                            >         >         the email kicked back
        to you?
                            >         >
                            >         >         On 06/06/2013 03:27
        PM, Erin
                Browning
                        wrote:
                            >         >         > The log file for
        recon-all
                is too
                        large. How
                            >         should I send it?
                            >         >         >
                            >         >         >
                            >         >         > On Thu, Jun 6, 2013
        at 1:48 PM,
                        Douglas N Greve
                            >         >         >
        <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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                            >                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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                            >                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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         <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
                            >                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>> wrote:
                            >         >         >
                            >         >         >     Hi Erin, thanks for
                reposting.
                        Can you
                            post the
                            >         > recon-all.log file?
                            >         >         > doug
                            >         >         >
                            >         >         >
                            >         >         >     On 06/06/2013
        02:37 PM, Erin
                        Browning wrote:
                            >         >         > > Hi everyone--
                            >         >         > >
                            >         >         > > I emailed the other
                day about
                            hyperintensity
                            >         after running
                            >         >         > motioncor.
                            >         >         > > We've skipped
                motioncor in our
                        processing
                            >         now, but we
                            >         >         keep getting
                            >         >         > > this error while
                running AR2.
                            >         >         > >
                            >         >         > > \n mri_ca_register
                        -invert-and-save
                            >         > transforms/talairach.m3z \n
                            >         >         > > mri passed volume
        size is
                        different
                            from the
                            >         one used
                            >         >         to create
                            >         >         >     M3D data
                            >         >         > > Loading, Inverting,
                Saving,
                        Exiting ...
                            >         >         > > Reading
                transforms/talairach.m3z
                            >         >         > > gunzip -c
                transforms/talairach.m3z
                            >         >         > > Inverting GCAM
                            >         >         > > ERROR: mri_ca_register
                with
                        non-zero
                            status 0
                            >         >         > > Darwin
        cerebrum.uwm.edu <http://cerebrum.uwm.edu>
        <http://cerebrum.uwm.edu>
                        <http://cerebrum.uwm.edu>
                            <http://cerebrum.uwm.edu>
                            >         <http://cerebrum.uwm.edu>
                <http://cerebrum.uwm.edu>
                            >         >         <http://cerebrum.uwm.edu>
                            >         >         >           <http://cerebrum.uwm.edu> 10.8.0
                        Darwin
                            Kernel
                            >         >         > > Version 10.8.0:
        Tue Jun  7
                        16:33:36
                            PDT 2011;
                            >         >         > >
                        root:xnu-1504.15.3~1/RELEASE_I386 i386
                            >         >         > > recon-all -s
                freesurfer exited
                        with ERRORS
                            >         at Wed Jun  5
                            >         >         > 19:32:56 CDT 2013
                            >         >         > >
                            >         >         > > I tried rerunning
                recon-all -s
                        freesurfer
                            >         -talairach
                            >         >         before running
                            >         >         > > AR2, and that didn't
                fix the
                        error. What's
                            >         going wrong?
                            >         >         > >
                            >         >         > > Thanks,
                            >         >         > > Erin Browning
                            >         >         > >
                            >         >         > >
                            >         >         > >
                            >         >         > >
                                   _______________________________________________
                            >         >         > > Freesurfer mailing
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        https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
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                            >         >         >     --
                            >         >         > Douglas N. Greve, Ph.D.
                            >         >         > MGH-NMR Center
                            >         >         >