yes, I think so

On Mon, 5 Aug 2013, Mark Plantz wrote:

thank you. Would the command simply be something like this: mri_modify -tr 0 -te 0 -ti 0 -fa 0 <input.mgz> <output.mgz> ?


On Thu, Aug 1, 2013 at 1:41 PM, Bruce Fischl <fischl@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
      Hi Mark

      the formatting got messed up so I can't parse your table. You can get around this using mri_modify, and just setting
      everything to 0. As for the effects, look at the images and see what you think.

      cheers
      Bruce

      On Thu, 1 Aug 2013, Mark Plantz wrote:

            Hello freesurfers,
                I currently have a series of images with various TR,TE,TI,FA values. I
            would like to use mri_ca_train to create a .gca atlas based on these
            segmented volumes. Unfortunately, they all have slightly different control
            parameters (TR,TE,TI,FA). Is there any way around this problem, or would it
            be best to break the subjects into multiple groups with the same control
            parameters?

            Here are the various parameters: [each row is a subject]

            TR
            TE
            TI
            flip angle
            9.38
            3.86
            450
            12
            9.34
            3.86
            450
            12
            9.38
            3.86
            450
            12
            9.38
            3.86
            450
            12
            9.34
            3.86
            450
            12
            9.44
            3.87
            450
            12
            9.39
            3.86
            450
            12
            2065.98
            7.61
            886.92
            90
            9.45
            3.89
            450
            12
            9.41
            3.87
            450
            12
            9.41
            3.87
            450
            12
            9.42
            3.91
            450
            12
            9.38
            3.86
            450
            12
            9.38
            3.86
            450
            12
            9.44
            3.86
            450
            12
            9.44
            3.86
            450
            12
            9.38
            3.86
            450
            12
            9.38
            3.86
            450
            12
            9.38
            3.86
            450
            12
            9.34
            3.86
            450
            12
            9.34
            3.86
            450
            12
            9.39
            3.86
            450
            12
            1900
            2.6
            900
            9
            1900
            2.6
            900
            9
            1900
            2.6
            900
            9
            9.41
            3.87
            450
            12
            9.41
            3.87
            450
            12
            9.41
            3.87
            450
            12
            1900
            2.6
            900
            9
            9.41
            3.87
            450
            12
            1900
            2.6
            900
            9
            1900
            2.6
            900
            9

            Thank you in advance.

            -Mark





The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is
addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail
contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at
http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to you in error
but does not contain patient information, please contact the sender and properly
dispose of the e-mail.