Dear Douglas Greve, 

Thank you so much for your answer. 
But, unfortunately it did not work. 

The problem develops when I put bhth (global thickness) as a covariate. 
(I want to control age, sex, BDINS, and bhth for the comparison between two groups.)
If I don't put bhth as a covariate, there is no problem. 
And, inerestingly, if I put only bhth as a covariate (without putting other covariates), the error does not develop.

Does the normalization mean the log (bhth)?
I changed the bhth into log (bhth) and ran qdec again. However, the error appeared again as below.
(Actually, the bhth already shows normal distribution in spss.)
I am afraid that normalization would not be solution. 
Please see the file 1 (my FSGD file) and 2 (FSGD file made in qdec folder).

Normalized matrix condition is 16920.4
Design matrix ------------------
 1.000   0.000   0.000   0.000   27.000   0.000   0.000   0.000   3.000   0.000   0.000   0.000   0.415   0.000   0.000   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   28.000   0.000   0.000   0.000   4.000   0.000   0.000   0.000   0.387   0.000;
 1.000   0.000   0.000   0.000   25.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.400   0.000   0.000   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   26.000   0.000   0.000   0.000   7.000   0.000   0.000   0.000   0.399   0.000;
 1.000   0.000   0.000   0.000   35.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.390   0.000   0.000   0.000;
 1.000   0.000   0.000   0.000   30.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.376   0.000   0.000   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   24.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.385   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   24.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.379   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   28.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.372   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   33.000   0.000   0.000   0.000   2.000   0.000   0.000   0.000   0.379   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   45.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.362   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   38.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.362   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   24.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.394   0.000;
 1.000   0.000   0.000   0.000   28.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.364   0.000   0.000   0.000;
 1.000   0.000   0.000   0.000   30.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.390   0.000   0.000   0.000;
 1.000   0.000   0.000   0.000   39.000   0.000   0.000   0.000   3.000   0.000   0.000   0.000   0.348   0.000   0.000   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   48.000   0.000   0.000   0.000   4.000   0.000   0.000   0.000   0.382   0.000;
 1.000   0.000   0.000   0.000   32.000   0.000   0.000   0.000   3.000   0.000   0.000   0.000   0.374   0.000   0.000   0.000;
 1.000   0.000   0.000   0.000   32.000   0.000   0.000   0.000   4.000   0.000   0.000   0.000   0.399   0.000   0.000   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   31.000   0.000   0.000   0.000   2.000   0.000   0.000   0.000   0.376   0.000;
 1.000   0.000   0.000   0.000   33.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.378   0.000   0.000   0.000;
 1.000   0.000   0.000   0.000   33.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.405   0.000   0.000   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   44.000   0.000   0.000   0.000   4.000   0.000   0.000   0.000   0.359   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   41.000   0.000   0.000   0.000   2.000   0.000   0.000   0.000   0.384   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   41.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.381   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   43.000   0.000   0.000   0.000   3.000   0.000   0.000   0.000   0.384   0.000;
 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   21.000   0.000   0.000   0.000   10.000   0.000   0.000   0.000   0.382   0.000   0.000;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   46.000   0.000   0.000   0.000   13.000   0.000   0.000   0.000   0.382;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   41.000   0.000   0.000   0.000   8.000   0.000   0.000   0.000   0.379;
 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   29.000   0.000   0.000   0.000   13.000   0.000   0.000   0.000   0.382   0.000   0.000;
 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   39.000   0.000   0.000   0.000   12.000   0.000   0.000   0.000   0.376   0.000   0.000;
 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   27.000   0.000   0.000   0.000   6.000   0.000   0.000   0.000   0.374   0.000   0.000;
 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   57.000   0.000   0.000   0.000   11.000   0.000   0.000   0.000   0.368   0.000   0.000;
 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   24.000   0.000   0.000   0.000   7.000   0.000   0.000   0.000   0.374   0.000   0.000;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   31.000   0.000   0.000   0.000   11.000   0.000   0.000   0.000   0.366;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   23.000   0.000   0.000   0.000   11.000   0.000   0.000   0.000   0.402;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   34.000   0.000   0.000   0.000   11.000   0.000   0.000   0.000   0.373;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   32.000   0.000   0.000   0.000   10.000   0.000   0.000   0.000   0.411;
 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   37.000   0.000   0.000   0.000   2.000   0.000   0.000   0.000   0.409   0.000   0.000;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   46.000   0.000   0.000   0.000   5.000   0.000   0.000   0.000   0.380;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   48.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.375;
 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   42.000   0.000   0.000   0.000   3.000   0.000   0.000   0.000   0.392   0.000   0.000;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   54.000   0.000   0.000   0.000   8.000   0.000   0.000   0.000   0.388;
 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   30.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.394   0.000   0.000;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   36.000   0.000   0.000   0.000   12.000   0.000   0.000   0.000   0.379;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   34.000   0.000   0.000   0.000   9.000   0.000   0.000   0.000   0.362;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   38.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.407;
--------------------------------
ERROR: matrix is ill-conditioned or badly scaled, condno = 16920.4
--------------------------------
Possible problem with experimental design:
Check for duplicate entries and/or lack of range of
continuous variables within a class.
If you seek help with this problem, make sure to send:
  1. Your command line:
    mri_glmfit --y /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/Untitled/y.mgh --fsgd /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/Untitled/qdec.fsgd dods --glmdir /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/Untitled --surf fsaverage lh --label /mnt/hgfs/share/kang_fs/fsaverage/label/lh.aparc.label --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/Untitled/contrasts/lh-Avg-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/Untitled/contrasts/lh-Diff-H-I-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/Untitled/contrasts/lh-Diff-M-F-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/Untitled/contrasts/lh-X-diagnosis-sex-Intercept-thickness.mat 
  2. The FSGD file (if using one)
  3. And the design matrix above
Error in Analyze: command failed: mri_glmfit --y /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/Untitled/y.mgh --fsgd /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/Untitled/qdec.fsgd dods --glmdir /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/Untitled --surf fsaverage lh --label /mnt/hgfs/share/kang_fs/fsaverage/label/lh.aparc.label --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/Untitled/contrasts/lh-Avg-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/Untitled/contrasts/lh-Diff-H-I-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/Untitled/contrasts/lh-Diff-M-F-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/Untitled/contrasts/lh-X-diagnosis-sex-Intercept-thickness.mat


After error message, I tried to put two lines into my FSGD file (file 3)
I put two lines into the below of the variables of the last subject.
But, I saw the error message again as below (blue letters).
Please check the file 3 (my FSGD file) and file 4 (made by qdec fsgd file).

============================================================
Data table loading completed successfully.
SUBJECTS_DIR is '/mnt/hgfs/share/kang_fs'
ERROR: QdecGlmDesign::GenerateContrasts: factor 1 must have 2 levels
ninputs = 47
Checking inputs
nframestot = 47
Allocing output
Done allocing
nframes = 47
Writing to /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/Untitled/y.mgh
gdfReadHeader: reading /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/Untitled/qdec.fsgd
WARNING: gdfReadV1: class diagnosis1-sexM is defined but not used.
INFO: DeMeanFlag keyword not found, DeMeaning will NOT be done.
Continuous Variable Means (all subjects)
0 age 34.7021 8.43225
1 BDINS 4.46809 4.30661
2 bhth 2.41468 0.0807373
Class Means of each Continuous Variable
1 diagnosisH-sexM  31.2727   1.5455   2.4318 
2 diagnosisI-sexM  34.0000   7.1111   2.4200 
3 diagnosis1-sexM     -nan     -nan     -nan 
4 diagnosisH-sexF  34.5333   2.0000   2.3940 
5 diagnosisI-sexF  38.5833   8.2500   2.4208 
6 diagnosis1-sexF     -nan     -nan     -nan 
INFO: gd2mtx_method is dods
Reading source surface /mnt/hgfs/share/kang_fs/fsaverage/surf/lh.white
ERROR: no contrasts specified.
Error in Analyze: command failed: mri_glmfit --y /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/Untitled/y.mgh --fsgd /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/Untitled/qdec.fsgd dods --glmdir /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/Untitled --surf fsaverage lh --label /mnt/hgfs/share/kang_fs/fsaverage/label/lh.aparc.label

I hope that you could solve this problem. 
I will really appreciate if you help.

Best,
Seung-Gul

---
Seung Gul Kang, M.D., Ph.D. 

Psychiatrist, Associate ProfessorDepartment of Psychiatry, Gil Medical Center, Gachon University, School of Medicine, 21, Namdong-daero 774 beon-gil, Namdong-gu, Incheon, 21565, South Korea
Research scholar; Sleep Disorders Clinical Research Program, Department of Psychiatry, Massachusetts General Hospital, Harvard Medical School, 1 Bowdoin Square, 9th floor, Boston, MA 02114, USA
Collaboration researcherDivision of Sleep & Circadian Disorders, Brigham & Women's Hospital, Harvard Medical School, 221 Longwood Ave, Boston MA 02115

2016-09-10 11:42 GMT-04:00 Douglas Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu>:

You can try normalizing your covariates. You can do so before putting them into the fsgd file or you can add the following two lines to your fsgd file:

DeMeanFlag 1

ReScaleFlag 1



On 9/9/16 11:25 PM, Seung Gul Kang wrote:
Hi, 

I am new learner in freesurfer and analyzing the difference of the thickness between two groups using qdec. 

There is a error as below. 
I don't know what is the reason.

ERROR: matrix is ill-conditioned or badly scaled, condno = 22801.1
--------------------------------
Possible problem with experimental design:
Check for duplicate entries and/or lack of range of
continuous variables within a class.
If you seek help with this problem, make sure to send:
  1. Your command line:
    mri_glmfit --y /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/y.mgh --fsgd /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/qdec.fsgd dods --glmdir /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2 --surf fsaverage lh --label /mnt/hgfs/share/kang_fs/fsaverage/label/lh.aparc.label --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/contrasts/lh-Avg-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/contrasts/lh-Diff-H-I-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/contrasts/lh-Diff-M-F-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/contrasts/lh-X-diagnosis-sex-Intercept-thickness.mat 
  2. The FSGD file (if using one)
  3. And the design matrix above
Error in Analyze: command failed: mri_glmfit --y /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/y.mgh --fsgd /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/qdec.fsgd dods --glmdir /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2 --surf fsaverage lh --label /mnt/hgfs/share/kang_fs/fsaverage/label/lh.aparc.label --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/contrasts/lh-Avg-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/contrasts/lh-Diff-H-I-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/contrasts/lh-Diff-M-F-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/contrasts/lh-X-diagnosis-sex-Intercept-thickness.mat

matrix

Design matrix ------------------
 1.000   0.000   0.000   0.000   27.000   0.000   0.000   0.000   3.000   0.000   0.000   0.000   2.600   0.000   0.000   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   28.000   0.000   0.000   0.000   4.000   0.000   0.000   0.000   2.440   0.000;
 1.000   0.000   0.000   0.000   25.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   2.510   0.000   0.000   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   26.000   0.000   0.000   0.000   7.000   0.000   0.000   0.000   2.500   0.000;
 1.000   0.000   0.000   0.000   35.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   2.450   0.000   0.000   0.000;
 1.000   0.000   0.000   0.000   30.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   2.380   0.000   0.000   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   24.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   2.430   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   24.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   2.390   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   28.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   2.350   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   33.000   0.000   0.000   0.000   2.000   0.000   0.000   0.000   2.400   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   45.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   2.300   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   38.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   2.300   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   24.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   2.480   0.000;
 1.000   0.000   0.000   0.000   28.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   2.310   0.000   0.000   0.000;
 1.000   0.000   0.000   0.000   30.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   2.460   0.000   0.000   0.000;
 1.000   0.000   0.000   0.000   39.000   0.000   0.000   0.000   3.000   0.000   0.000   0.000   2.230   0.000   0.000   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   48.000   0.000   0.000   0.000   4.000   0.000   0.000   0.000   2.410   0.000;
 1.000   0.000   0.000   0.000   32.000   0.000   0.000   0.000   3.000   0.000   0.000   0.000   2.370   0.000   0.000   0.000;
 1.000   0.000   0.000   0.000   32.000   0.000   0.000   0.000   4.000   0.000   0.000   0.000   2.510   0.000   0.000   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   31.000   0.000   0.000   0.000   2.000   0.000   0.000   0.000   2.380   0.000;
 1.000   0.000   0.000   0.000   33.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   2.390   0.000   0.000   0.000;
 1.000   0.000   0.000   0.000   33.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   2.540   0.000   0.000   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   44.000   0.000   0.000   0.000   4.000   0.000   0.000   0.000   2.290   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   41.000   0.000   0.000   0.000   2.000   0.000   0.000   0.000   2.420   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   41.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   2.400   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   43.000   0.000   0.000   0.000   3.000   0.000   0.000   0.000   2.420   0.000;
 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   21.000   0.000   0.000   0.000   10.000   0.000   0.000   0.000   2.410   0.000   0.000;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   46.000   0.000   0.000   0.000   13.000   0.000   0.000   0.000   2.410;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   41.000   0.000   0.000   0.000   8.000   0.000   0.000   0.000   2.400;
 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   29.000   0.000   0.000   0.000   13.000   0.000   0.000   0.000   2.400   0.000   0.000;
 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   39.000   0.000   0.000   0.000   12.000   0.000   0.000   0.000   2.380   0.000   0.000;
 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   27.000   0.000   0.000   0.000   6.000   0.000   0.000   0.000   2.370   0.000   0.000;
 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   57.000   0.000   0.000   0.000   11.000   0.000   0.000   0.000   2.330   0.000   0.000;
 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   24.000   0.000   0.000   0.000   7.000   0.000   0.000   0.000   2.370   0.000   0.000;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   31.000   0.000   0.000   0.000   11.000   0.000   0.000   0.000   2.330;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   23.000   0.000   0.000   0.000   11.000   0.000   0.000   0.000   2.520;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   34.000   0.000   0.000   0.000   11.000   0.000   0.000   0.000   2.360;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   32.000   0.000   0.000   0.000   10.000   0.000   0.000   0.000   2.570;
 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   37.000   0.000   0.000   0.000   2.000   0.000   0.000   0.000   2.570   0.000   0.000;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   46.000   0.000   0.000   0.000   5.000   0.000   0.000   0.000   2.400;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   48.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   2.370;
 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   42.000   0.000   0.000   0.000   3.000   0.000   0.000   0.000   2.470   0.000   0.000;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   54.000   0.000   0.000   0.000   8.000   0.000   0.000   0.000   2.450;
 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   30.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   2.480   0.000   0.000;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   36.000   0.000   0.000   0.000   12.000   0.000   0.000   0.000   2.390;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   34.000   0.000   0.000   0.000   9.000   0.000   0.000   0.000   2.300;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   38.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   2.550;
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I attached fsgd file.

Thank you. 

Best,
Seung-Gul
---
Seung Gul Kang, M.D., Ph.D. 

Psychiatrist, Associate ProfessorDepartment of Psychiatry, Gil Medical Center, Gachon University, School of Medicine, 21, Namdong-daero 774 beon-gil, Namdong-gu, Incheon, 21565, South Korea
Research scholar; Sleep Disorders Clinical Research Program, Department of Psychiatry, Massachusetts General Hospital, Harvard Medical School, 1 Bowdoin Square, 9th floor, Boston, MA 02114, USA
Collaboration researcherDivision of Sleep & Circadian Disorders, Brigham & Women's Hospital, Harvard Medical School, 221 Longwood Ave, Boston MA 02115


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